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단백질의 좌표정보를 가지고 있는 단백질 데이터베이스 뱅크(Protein Database Bank(PDB))의 PDB 파일들과, 단백질 원자(atom)들의 NMR 실험에 의한 화학적 이동(chemical shift)정보들을 가지고 있는 바이오 마그네틱 리저넌스 뱅크(Bio Magnetic Resonance Bank(BMRB))의 화학적 이동(chemical shift)데이터들을 기반으로 만든 관계형 데이터베이스인 YDB 데이터베이스의 구축하는 단계; 및 상기 YDB 데이터베이스를 기반으로 단백질 2차구조를 예측하도록 NMR 실험을 마친 단백질에 대해 6가지 백본 원자(backbone atom) 들의 지정(assignment) 만으로 2차 구조를 예측할 수 있는 GetSBY 프로그램의 구축 단계와;상기 GetSBY 프로그램의 구동과 함께 상기 YDB 데이터베이스를 처리한 2차구조, 이면각, 수화도 데이터베이스 인덱스파일을 읽어서, 메모리에 적재되어 검색의 빠른 처리속도를 갖도록 한 단계와; 상기 GetSBY 프로그램이 BMRB의 Star 파일 포맷과 Sparky의 shifts 파일 포맷으로 입력을 받아서, 2차구조 예측을 하고자 하는 단백질의 NMR 백본 화학적 이동(NMR backbone chemical shift)들을 지정(assign)한 데이터가 들어있는 BMRB star 또는 Sparky assignment table 파일 경로를 주고 원하는 옵션을 선택한 단백질 2차 구조를 예측하기 위한 계산 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 핵자기분광학을 이용한 단백질 2차 구조 예측 방법
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청구항 1에 있어서, 상기 계산 단계에서, 원하는 옵션은 상기 YDB 데이터베이스의 6가지 데이터베이스를 적용시켜서, 6가지 데이터베이스 종류와 점수를 계산할 때 표준 편차(Standard Deviation)을 이용할 것인가 아니면 그냥 평균과의 차이만을 사용할 것인가중 선택된 하나인 것을 특징으로 하는 핵자기분광학을 이용한 단백질 2차 구조 예측 방법
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청구항 1에 있어서, 상기 YDB 데이터베이스를 구축은:BMRB(Bio Magnetic Resonance Bank)의 ftp site에서 제공하고 있는 dbmatch
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청구항 3에 있어서, 상기 TMatchParse는 dbmatch
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청구항 3에 있어서, 상기 PDB 파일과 STAR 파일 간의 인덱스를 맞추기 위한 특별한 알고리즘이 쓰이게 되는데, PDB에 나타난 시퀀스를 10개 연속으로 가져오고 STAR에 나타난 시퀀스를 10개 연속으로 가져와서 맞는지를 확인하면서 맞게 되는 경우에 대해 입력하도록 한 것을 특징으로 하는 핵자기분광학을 이용한 단백질 2차 구조 예측 방법
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청구항 3에 있어서, 상기 파일(File) 데이터베이스들은 단백질 구조정보(좌표, 원자간 거리, 이면각), 그리고 화학적 이동(Chemical Shift), 2차구조, 수화도, SCOP FOLD 분류 등의 정보들을 모두 각각의 레코드로 입력해두고, 시퀀스 정보, 2차구조 패턴 정보들도 저장해 두어서 커다란 풀(pool)을 형성하며 이루어진 것을 특징으로 하는 핵자기분광학을 이용한 단백질 2차 구조 예측 방법
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청구항 1에 있어서, 상기 GetSBY 프로그램의 구동은:BMRB의 Star 파일 포맷과 Sparky의 shifts 파일 포맷으로 입력을 받아서, 화학적 이동(chemical shift) 정보를 저장하기 위한 리스트를 생성하는 단계와;상기 PEAKDATA를 넣고 있는 리스트의 PEAKDATA 수 만큼 루프를 돌면서 PEAKDATA 안의 ATOMDATA 들을 받아서 스코어를 계산하는 단계와;H, E, C 3가지 구조에 대해 가장 적은 스코어(score)를 나타낸 것을 선택하여 신뢰도를 구하는 단계와;단백질의 나타날 수 없는 구조 상태, 신뢰도가 매우 낮거나 화학적 이동(chemical shift)이 아예 주어지지 않은 경우에 대한 처리를 하는 스무싱(Smoothing) 단계와;최종 결과를 csv 포맷으로 저장하는 단계;를 포함하는 것을 특징으로 하는 핵자기분광학을 이용한 단백질 2차 구조 예측 방법
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청구항 7에 있어서, 상기 리스트에 시퀀스(sequence)를 나타내는 PEAKDATA란 구조체를 넣고 그 구조체 안에 pAtomList라는 리스트를 생성하여 화학적 이동(chemical shift) 데이터를 갖는 ATOMDATA라는 구조체를 넣어두도록 한 것을 특징으로 하는 핵자기분광학을 이용한 단백질 2차 구조 예측 방법
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청구항 7에 있어서, 상기 6가지 핵종의 각각의 스코어는 아래 식[스코어(score) = absolute value(observed c
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청구항 7에 있어서, 상기 신뢰도는 아래 식[신뢰도 = 두 번째로 낮은 점수 / (첫 번째 낮은 점수 + 두 번째 낮은 점수) * 100]으로 구해지는 것을 특징으로 하는 핵자기분광학을 이용한 단백질 2차 구조 예측 방법
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