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적어도 한 종류의 유전자를 탐침하는 프로브셋(probe set)과 유전자 발현 실험의 대상인 생물의 조직을 포함하는 실험샘플을 이용한 유전자 발현 반응을 분석하기 위한 데이터의 재구성 장치를 활용한 유전자 발현 반응을 분석하기 위한 데이터 재구성 방법에 있어서,수신부가, 복수의 상기 프로브셋을 복수의 상기 실험샘플 각각과 반응시킨 발현 실험 결과인 발현값을 포함하는 유전자 발현 데이터, 상기 복수의 프로브셋별 탐침 유전자 정보 및 상기 복수의 실험샘플별 실험 변인 정보를 DB로부터 수신하는 단계;매칭부가, 상기 탐침 유전자 정보에 포함된 복수의 이종상동성 유전자(orthologous gene)의 정보 및 상기 유전자 발현 데이터에 기초하여, 상기 복수의 이종상동성 유전자별 상기 복수의 실험샘플 각각에 대한 상기 발현값을 산출하는 단계;선별부가, 상기 실험 변인 정보에 기초하여, 상기 복수의 실험샘플 중에서 적어도 하나의 대조군 및 실험군을 선별하는 단계; 및생성부가, 상기 선별된 적어도 하나의 대조군 및 실험군 각각에 대응되는 상기 복수의 이종상동성 유전자별로 산출된 상기 발현값의 정보를 포함하는 프로파일 데이터를 생성하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 이종상동유전자 발현 반응을 분석하기 위한 데이터의 재구성 방법
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제1항에 있어서,상기 유전자 발현 데이터가 상기 복수의 프로브셋 및 상기 복수의 실험샘플 간의 상기 발현값을 나타내는 행렬의 형태일 때,데이터변환부가, 상기 행렬에 포함된 발현값의 크기에 기초하여, 선택적으로 상기 발현값을 상기 발현값의 로그값으로 대체하는 단계; 및상기 데이터변환부가, 상기 행렬의 행 또는 열에 포함된 결손 원소의 개수에 기초하여, 선택적으로 상기 행 또는 열을 삭제하거나 상기 결손 원소를 보정값으로 대체하는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 이종상동유전자 발현 반응을 분석하기 위한 데이터의 재구성 방법
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제2항에 있어서,상기 결손 원소를 보정값으로 대체하는 단계는상기 행렬의 행 또는 열에 포함된 결손 원소의 개수 및 전체 원소의 개수 간의 비율이 소정의 임계비율 이상이면, 상기 행 또는 열을 삭제하고,상기 비율이 상기 임계비율 미만이면, 상기 결손 원소를 인접한 다른 원소의 상기 발현값에 기초한 보정값으로 대체하는 것을 특징으로 하는 이종상동유전자 발현 반응을 분석하기 위한 데이터의 재구성 방법
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제1항에 있어서,상기 복수의 실험샘플 각각에 대한 상기 발현값을 산출하는 단계는상기 탐침 유전자 정보를 이용하여 상기 복수의 프로브셋과 상기 복수의 이종상동성 유전자 간의 다대다 매칭 관계를 결정하는 단계;상기 다대다 매칭 관계를 다대일 매칭 관계로 변환하는 단계; 및상기 다대일 매칭 관계를 일대일 매칭 관계로 변환하는 단계를 포함하고,상기 다대일 매칭 관계 및 일대일 매칭 관계로 변환하는 단계는 상기 변환된 매칭 관계에 기초하여, 상기 복수의 이종상동성 유전자별 상기 복수의 실험샘플 각각에 대한 상기 발현값을 산출하는 것을 특징으로 하는 이종상동유전자 발현 반응을 분석하기 위한 데이터의 재구성 방법
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제4항에 있어서, 상기 다대다 매칭 관계를 다대일 매칭 관계로 변환하는 단계는복수의 상기 이종상동성 유전자에 매칭된 하나의 상기 프로브셋에 대하여,상기 복수의 이종상동성 유전자 중 선택된 하나를 매칭하거나, 상기 복수의 이종상동성 유전자 각각에 대응되는 복수의 가상프로브셋으로 분할하여 매칭하는 것을 특징으로 하는 이종상동유전자 발현 반응을 분석하기 위한 데이터의 재구성 방법
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제4항에 있어서, 상기 다대일 매칭 관계를 일대일 매칭 관계로 변환하는 단계는복수의 상기 프로브셋에 매칭된 하나의 상기 이종상동성 유전자에 대하여,상기 복수의 프로브셋별로 상기 복수의 실험샘플에 대하여 산출된 상기 발현값의 분산 또는 평균에 기초하여 선택된 하나의 상기 프로브셋을 매칭하거나, 상기 복수의 프로브셋을 하나의 가상프로브셋으로 통합하여 매칭하는 것을 특징으로 하는 이종상동유전자 발현 반응을 분석하기 위한 데이터의 재구성 방법
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제1항에 있어서,상기 적어도 하나의 대조군 및 실험군을 선별하는 단계는상기 실험 변인 정보를 이용하여 상기 복수의 실험샘플에 포함된 대조군당 실험군의 개수 및 시계열적인 실험의 수행 여부를 판단하는 단계;상기 판단결과에 따라, 상기 복수의 실험샘플을 이용하는 실험구성을 단조건 실험구성, 다조건 실험구성, 단조건 시계열 실험구성 및 다조건 시계열 실험구성 중의 하나로 결정하는 단계; 및상기 결정된 실험구성에 대응되는 상기 적어도 하나의 대조군 및 실험군을 선별하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 이종상동유전자 발현 반응을 분석하기 위한 데이터의 재구성 방법
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제1항에 있어서,상기 프로파일 데이터를 생성하는 단계는상기 선별된 적어도 하나의 대조군 및 실험군 각각에 대응되는 상기 복수의 이종상동성 유전자별로 산출된 상기 발현값의 평균, 분산 및 평균의 차이값 중 적어도 하나를 더 포함하는 프로파일 데이터를 생성하는 것을 특징으로 하는 이종상동유전자 발현 반응을 분석하기 위한 데이터의 재구성 방법
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적어도 한 종류의 유전자를 탐침하는 프로브셋과 유전자 발현 실험의 대상인 생물의 조직을 포함하는 실험샘플을 이용한 유전자 발현 반응을 분석하기 위한 데이터 재구성 장치에 있어서,복수의 상기 프로브셋을 복수의 상기 실험샘플 각각과 반응시킨 발현 실험 결과인 발현값을 포함하는 유전자 발현 데이터, 상기 복수의 프로브셋별 탐침 유전자 정보 및 상기 복수의 실험샘플별 실험 변인 정보를 DB로부터 수신하는 수신부;상기 탐침 유전자 정보에 포함된 복수의 이종상동성 유전자의 정보 및 상기 유전자 발현 데이터에 기초하여, 상기 복수의 이종상동성 유전자별 상기 복수의 실험샘플 각각에 대한 상기 발현값을 산출하는 매칭부;상기 실험 변인 정보에 기초하여, 상기 복수의 실험샘플 중에서 적어도 하나의 대조군 및 실험군을 선별하는 선별부; 및상기 선별된 적어도 하나의 대조군 및 실험군 각각에 대응되는 상기 복수의 이종상동성 유전자별로 산출된 상기 발현값의 정보를 포함하는 프로파일 데이터를 생성하는 생성부를 포함하는 것을 특징으로 하는 이종상동유전자 발현 반응을 분석하기 위한 데이터 재구성 장치
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제9항에 있어서,상기 유전자 발현 데이터가 상기 복수의 프로브셋 및 상기 복수의 실험샘플 간의 상기 발현값을 나타내는 행렬의 형태일 때,상기 행렬에 포함된 발현값의 크기에 기초하여, 선택적으로 상기 발현값을 상기 발현값의 로그값으로 대체하고, 상기 행렬의 행 또는 열에 포함된 결손 원소의 개수에 기초하여, 선택적으로 상기 행 또는 열을 삭제하거나 상기 결손 원소를 보정값으로 대체하는 데이터변환부를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 이종상동유전자 발현 반응을 분석하기 위한 데이터 재구성 장치
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제10항에 있어서,상기 데이터변환부는상기 행렬의 행 또는 열에 포함된 결손 원소의 개수 및 전체 원소의 개수 간의 비율이 소정의 임계비율 이상이면, 상기 행 또는 열을 삭제하고,상기 비율이 상기 임계비율 미만이면, 상기 결손 원소를 인접한 다른 원소의 상기 발현값에 기초한 보정값으로 대체하는 것을 특징으로 하는 이종상동유전자 발현 반응을 분석하기 위한 데이터 재구성 장치
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제9항에 있어서,상기 매칭부는상기 탐침 유전자 정보를 이용하여 상기 복수의 프로브셋과 상기 복수의 이종상동성 유전자 간의 다대다 매칭 관계를 결정하고,상기 다대다 매칭 관계를 다대일 매칭 관계로 변환하고,상기 다대일 매칭 관계를 일대일 매칭 관계로 변환하며,상기 다대일 매칭 관계 및 일대일 매칭 관계로 변환할 때, 상기 변환된 매칭 관계에 기초하여, 상기 복수의 이종상동성 유전자별 상기 복수의 실험샘플 각각에 대한 상기 발현값을 산출하는 것을 특징으로 하는 이종상동유전자 발현 반응을 분석하기 위한 데이터 재구성 장치
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제12항에 있어서, 상기 다대다 매칭 관계를 다대일 매칭 관계로 변환할 때,복수의 상기 이종상동성 유전자에 매칭된 하나의 상기 프로브셋에 대하여,상기 복수의 이종상동성 유전자 중 선택된 하나를 매칭하거나, 상기 복수의 이종상동성 유전자 각각에 대응되는 복수의 가상프로브셋으로 분할하여 매칭하는 것을 특징으로 하는 이종상동유전자 발현 반응을 분석하기 위한 데이터 재구성 장치
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제12항에 있어서, 상기 다대일 매칭 관계를 일대일 매칭 관계로 변환할 때,복수의 상기 프로브셋에 매칭된 하나의 상기 이종상동성 유전자에 대하여,상기 복수의 프로브셋별로 상기 복수의 실험샘플에 대하여 산출된 상기 발현값의 분산 또는 평균에 기초하여 선택된 하나의 상기 프로브셋을 매칭하거나, 상기 복수의 프로브셋을 하나의 가상프로브셋으로 통합하여 매칭하는 것을 특징으로 하는 이종상동유전자 발현 반응을 분석하기 위한 데이터 재구성 장치
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제9항에 있어서,상기 선별부는상기 실험 변인 정보를 이용하여 상기 복수의 실험샘플에 포함된 대조군당 실험군의 개수 및 시계열적인 실험의 수행 여부를 판단하고,상기 판단결과에 따라, 상기 복수의 실험샘플을 이용하는 실험구성을 단조건 실험구성, 다조건 실험구성, 단조건 시계열 실험구성 및 다조건 시계열 실험구성 중의 하나로 결정하고,상기 결정된 실험구성에 대응되는 상기 적어도 하나의 대조군 및 실험군을 선별하는 것을 특징으로 하는 이종상동유전자 발현 반응을 분석하기 위한 데이터 재구성 장치
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