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유전자 발현 프로파일을 이용한 유사 유전자 그룹을 탐색하는 방법에 있어서,(a) 상기 유전자 발현 프로파일을 선행 처리하는 단계;(b) 시드 유전자의 추출을 위한 입력변수 값을 설정하는 단계;(c) 상기 설정된 입력변수 값을 이용하여 k(k=1,2,3,……,n)개의 시드 유전자를 추출하는 단계;(d) 상기 추출된 k개의 시드 유전자를 이용하여 유사 유전자 그룹을 탐색하는 단계; 및(e) 상기 탐색된 유사 유전자 그룹을 평가하는 단계를 포함하여 이루어진 것을 특징으로 하는 유전자 발현 프로파일을 이용한 유사 유전자 그룹의 탐색 방법
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제 1항에 있어서, 상기 단계(a)에서 상기 유전자 발현 프로파일의 데이터를 발현 패턴의 유사성에 따른 유전자 그룹의 탐색이 용이하도록 하기 위해 데이터의 범위를 사용자가 명시하는 평균(Mean)과 표준편차(Std) 내에 존재하도록 각 유전자별 발현 값을 수학식 1에 의해 변환처리함으로써 정규화된 발현 값(ngij)을 얻도록 이루어진 것을 특징으로 하는 유전자 발현 프로파일을 이용한 유사 유전자 그룹의 탐색 방법
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제 1항에 있어서, 상기 단계(c)는, (c1) 상기 유전자 발현 프로파일로부터 각 유전자의 여러 실험조건에 따른 발현 값을 표현한 발현 벡터()를 중심축으로 하고, 사용자에 의해 설정된 입력변수(s) 값에 따라 함수폭이 조절되는 가우시안 함수()를 정의하는 단계; (c2) 상기 정의된 가우시안 함수()에 의해 각 유전자의 발현 벡터()를 변환하여 임의의 변환 발현 행렬(Φ)를 생성하는 단계; (c3) 상기 생성된 변환 발현 행렬(Φ)로부터 상호 독립성이 가장 강한 k개의 열벡터를 결정하기 위해 치환 행렬(P)을 획득하는 단계; (c4) 상기 획득한 치환 행렬(P)에 의해 유전자 발현 프로파일을 독립성이 강한 순서대로 재배열하는 단계; 및 (c5) 상기 재배열된 유전자 발현 프로파일에서 1~k번째까지의 유전자를 선택함에 따라 k개의 시드 유전자를 최종 결정하는 단계를 포함하여 이루어진 것을 특징으로 하는 유전자 발현 프로파일을 이용한 유사 유전자 그룹의 탐색 방법
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제 3항에 있어서, 상기 단계(c2)에서 상기 변환 발현 행렬(Φ)은 하기의 수학식 2에 의해 생성되는 것을 특징으로 하는 유전자 발현 프로파일을 이용한 유사 유전자 그룹의 탐색 방법
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제 3항에 있어서, 상기 단계(c3)는, (c3-1) 상기 변환 발현 행렬(Φ)의 특이값 분해(SVD)를 계산하는 단계; (c3-2) 상기 계산된 우측 특이행렬(V)의 1~k번째까지의 열백터로 구성된 행렬()을 획득하는 단계; 및 (c3-3) 상기 획득된 행렬()의 전치행렬에 대해 QR 인수분해를 적용하는 단계를 포함하여 이루어진 것을 특징으로 하는 유전자 발현 프로파일을 이용한 유사 유전자 그룹의 탐색 방법
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제 1항에 있어서, 상기 단계(d)는, (d1) 상기 추출된 k개의 시드 유전자()를 클러스터의 중심으로 설정하는 단계; 및 (d2) 각 유전자의 발현 벡터와 가장 유사도가 높은 발현 벡터를 지닌 유전자가 속한 클러스터로 유전자의 클러스터 멤버쉽()을 결정하는 단계를 포함하여 이루어진 것을 특징으로 하는 유전자 발현 프로파일을 이용한 유사 유전자 그룹의 탐색 방법
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제 6항에 있어서, 상기 단계(d2)에서 상기 유전자의 클러스터 맴버쉽()은 하기의 수학식 3에 의해 결정되는 것을 특징으로 하는 유전자 발현 프로파일을 이용한 유사 유전자 그룹의 탐색 방법
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제 1항에 있어서, 상기 단계(d)는, 상기 추출된 k개의 시드 유전자를 k-means 클러스터링을 위한 초기 중심값으로 설정한 후, 상기 설정된 초기 중심값에 따라 클러스터를 생성하고, 상기 생성된 클러스터로 유전자의 클러스터 멤버쉽을 결정하는 단계를 포함하여 이루어진 것을 특징으로 하는 유전자 발현 프로파일을 이용한 유사 유전자 그룹의 탐색 방법
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제 1항에 있어서, 상기 단계(d)는, 상기 추출된 k개의 시드 유전자를 k-means 클러스터링을 위한 초기 중심값으로 설정한 후, 상기 설정된 초기 중심값에 따라 클러스터를 생성하고, 상기 생성된 클러스터로 유전자의 클러스터 멤버쉽을 결정하는 단계를 포함하여 이루어진 것을 특징으로 하는 유전자 발현 프로파일을 이용한 유사 유전자 그룹의 탐색 방법
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