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유전자의 발현 패턴 데이터와 단백질 상호작용 데이터를이용한 유전자 패스웨이 예측 방법 및 시스템

  • 기술번호 : KST2015099688
  • 담당센터 : 대전기술혁신센터
  • 전화번호 : 042-610-2279
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 유전자의 발현 패턴 데이터와 단백질 상호작용 데이터를 이용하여 생물학적으로 같은 특정 목적을 수행하는 패스웨이를 예측하는 방법 및 시스템에 관한 것이다. 본 발명에 따른 유전자의 패스웨이 예측 방법은 유전자의 발현 패턴 데이터로부터 유전자 간 패스웨이 추출 알고리즘을 통해 부분 패스웨이를 생성하고, 이 부분 패스웨이를 매칭시켜 그래프 구조로 표시하는 제 1 단계, 유전자의 단백질 상호작용 데이터로부터 패스웨이 추출 알고리즘을 통해 부분 패스웨이를 생성하고, 이 부분 패스웨이를 매칭시켜 그래프 구조로 표시하는 제 2 단계, 및 제 1 단계의 그래프 구조와 제 2 단계의 그래프 구조를 그래프 매칭 알고리즘을 통해 융합하여 그래프 구조로 표시하는 제 3 단계를 포함한다. 이와 같이 본 발명에 따른 패스웨이 예측 방법은 질병 발병 기전이나 경로에 대한 것을 생물학적인 많은 실험을 통한 것이 아니라, 해당 mRNA 발현 패턴과 기존에 밝혀져 있는 단백질 상호작용 데이터를 통해서 예측함으로 시간과 비용을 효율적으로 줄일 수 있으며, 또한, 두 가지 이상의 생물학적 데이터를 사용함으로써 예측 결과의 신뢰성이 향상될 수 있다.유전자, 발현 패턴, 단백질 상호작용, 패스웨이, 예측
Int. CL C12Q 1/68 (2006.01)
CPC G16B 25/10(2013.01) G16B 25/10(2013.01) G16B 25/10(2013.01)
출원번호/일자 1020050068784 (2005.07.28)
출원인 한국전자통신연구원
등록번호/일자 10-0668413-0000 (2007.01.08)
공개번호/일자 10-2006-0064492 (2006.06.13) 문서열기
공고번호/일자 (20070116) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보 대한민국  |   1020040102913   |   2004.12.08
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2005.07.28)
심사청구항수 8

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 한국전자통신연구원 대한민국 대전광역시 유성구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 정호열 대한민국 서울 강북구
2 신미영 대한민국 대전 유성구
3 박선희 대한민국 대전 서구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 신영무 대한민국 서울특별시 강남구 영동대로 ***(대치동) KT&G타워 *층(에스앤엘파트너스)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 한국전자통신연구원 대한민국 대전광역시 유성구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 특허출원서
Patent Application		 2005.07.28 수리 (Accepted) 1-1-2005-0414329-24
2 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search		 2006.07.05 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
3 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search		 2006.08.10 수리 (Accepted) 9-1-2006-0049531-77
4 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2006.08.30 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2006-0507026-35
5 명세서등보정서
Amendment to Description, etc.		 2006.10.24 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2006-0769143-00
6 의견서
Written Opinion		 2006.10.24 수리 (Accepted) 1-1-2006-0769050-52
7 등록결정서
Decision to grant		 2006.12.29 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2006-0784081-11
8 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2009.08.04 수리 (Accepted) 4-1-2009-5150899-36
9 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2015.02.02 수리 (Accepted) 4-1-2015-0006137-44
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
유전자의 발현 패턴 데이터로부터 생성된 유전자 발현 유사성 그래프로부터 유전자간 패스웨이 추출 알고리즘을 통해 부분 패스웨이를 생성하고, 그래프 매칭 알고리즘을 통해 부분 패스웨이를 매칭시켜 그래프 구조로 표시하는 제 1 단계;유전자의 단백질 상호작용 데이터로부터 생성된 단백질 상호작용 그래프로부터 패스웨이 추출 알고리즘을 통해 부분 패스웨이를 생성하고, 그래프 매칭 알고리즘을 통해 부분 패스웨이를 매칭시켜 그래프 구조로 표시하는 제 2 단계; 및 제 1 단계의 그래프 구조와 제 2 단계의 그래프 구조를 그래프 매칭 알고리즘을 통해 융합하여 그래프 구조로 표시하는 제 3 단계;를 포함하는 것을 특징으로 하는 유전자 패스웨이 예측 방법
2 2
제 1항에 있어서, 상기 제 1 단계는유전자의 발현 패턴 데이터를 입력하는 단계;상기 유전자의 발현 패턴 데이터로부터 각각의 유전자를 정점으로 하고, 유전자 간의 발현 패턴의 유사성을 거리로 측정하여 특정 임계값 이상이면 간선으로 연결하여 유전자 발현 유사성 그래프를 생성하는 단계;상기 유전자 발현 유사성 그래프로부터 두 유전자간의 최단거리 알고리즘에 의해 부분 패스웨이를 생성하는 단계; 및생성된 모든 부분 패스웨이를 그래프로 가정하여 그래프 매칭 알고리즘을 통해 그래프 구조로 표시하는 단계;를 포함하는 것을 특징으로 하는 유전자 패스웨이 예측 방법
3 3
제 1항에 있어서, 상기 제 2 단계는 유전자의 단백질 상호작용 데이터를 입력하는 단계;상기 유전자의 단백질 상호작용 데이터로부터 각각의 유전자를 정점으로 하고, 유전자간의 단백질 상호작용의 유사성을 거리로 측정하여 특정 임계값 이상이면 간선으로 연결하여 단백질 상호작용 그래프를 생성하는 단계;상기 단백질 상호작용 그래프로부터 두 유전자간의 최단거리 알고리즘에 의해 부분 패스웨이를 생성하는 단계; 및생성된 모든 부분 패스웨이를 그래프로 가정하여 그래프 매칭 알고리즘을 통해 그래프 구조로 표시하는 단계;를 포함하는 것을 특징으로 하는 유전자 패스웨이 예측 방법
4 4
제 2항에 있어서, 상기 유전자의 발현 패턴 데이터는 DNA 칩 실험을 통해서 생성되는 시간별로 연속되는 mRNA 발현 패턴 데이터 또는 특정 화학 물질에 대한 반응과 같은 실험에 의해서 생성된 mRNA 발현 패턴 데이터인 것을 특징으로 하는 유전자 패스웨이 예측방법
5 5
제 2항에 있어서, 상기 유전자의 발현 패턴은 실험 횟수 m번인 발현 패턴 데이터인 경우 m차원의 수학적인 벡터로 표현하고, 이 벡터를 이용하여 유전자들의 발현 유사성이 수학적인 거리로 측정되는 것을 특징으로 하는 유전자 패스웨이 예측 방법
6 6
제 2항에 있어서, 상기 최단거리 알고리즘은 정점의 디그리(degree)가 4 미만인 것을 시작점과 종말점으로 역할을 수행하는 유전자로 하고, 이들 유전자들을 두 개의 유전자 집합으로 하여 두 개의 유전자 집합 간의 가능한 모든 쌍에 대하여 수행되는 것을 특징으로 하는 유전자 패스웨이 예측 방법
7 7
제 1항 내지 제 3항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 그래프 매칭 알고리즘은 두 개의 그래프간에 일치하는 정점의 개수가 특정 임계값 이상이면 매칭된다고 판별하는 알고리즘인 것을 특징으로 하는 유전자 패스웨이 예측 방법
8 8
유전자의 생물학적 패스웨이를 예측하는 시스템에 있어서, DNA 칩 실험 또는 특정 화학물질에 대한 반응실험을 통해 얻은 유전자의 발현 패턴 데이터들이 저장된 제 1 데이터베이스와,제 1 데이터베이스에 저장된 해당 유전자의 단백질 상호작용 데이터가 저장된 제 2 데이터베이스와,제 1 데이터베이스에 저장된 데이터 및 제 2 데이터베이스에 저장된 데이터로부터 각각 최단거리 알고리즘을 통해 부분 패스웨이를 생성하는 최단거리 추출기와 제 1 데이터베이스의 데이터로부터 생성된 부분 패스웨이와 제 2 데이터베이스의 데이터로부터 생성된 부분 패스웨이를 그래프 매칭 알고리즘을 통해 결합하는 부분 패스웨이 결합기를 포함하는 패스웨이 예측부와를 구비하는 것을 특징으로 하는 유전자의 생물학적 패스웨이 예측 시스템
지정국 정보가 없습니다
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순번 패밀리번호 국가코드 국가명 종류
1 US07848890 US 미국 FAMILY
2 US20060122792 US 미국 FAMILY

DOCDB 패밀리 정보

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순번 패밀리번호 국가코드 국가명 종류
1 US2006122792 US 미국 DOCDBFAMILY
2 US7848890 US 미국 DOCDBFAMILY
국가 R&D 정보가 없습니다.