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단백질 2-ＤＥ 젤 이미지에서의 질병 의존 단백질의 도출방법

  • 기술번호 : KST2015124908
  • 담당센터 : 서울서부기술혁신센터
  • 전화번호 : 02-6124-6930
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 단백질 2-DE 젤 이미지에서의 질병 의존 단백질의 도출 방법에 관한 것으로서, 이차원 전기영동(2-Dimensional Electrophoresis; 2-DE) 장치로부터 얻어진 단백질 젤 이미지에서 질병에 의해 발현량이 변화하는 단백질을 보다 효율적이고 효과적으로 도출할 수 있는 질병 의존 단백질의 도출 방법에 관한 것이다. 단백질의 발현량 변화 분석에는 통계적 방법이 많이 이용되고 있으며, 단백질 상용 이미지 분석 소프트웨어에서 제공하는 그래픽을 이용한 방법들도 있으나, 이 방법들은 많은 조직 내에 존재하는 수많은 단백질을 일일이 비교, 분석해야 하는 어려움이 있었다. 본 발명에서는, 단백질의 발현량의 변화를 판단하기 위한 척도로서 종래와 같은 정상에서의 단백질 발현량과 비정상에서의 단백질 발현량의 차이가 아닌 배수를 이용하고, 단백질의 질병 의존 단백질 여부를 판단하기 위한 예외 함수를 이용하여 분석을 수행함으로써, 종래의 통계적 분석 방법에 비해 질병 의존 단백질의 더욱 효율적인 도출이 가능해지고, 종래의 통계적 분석 방법에서 발견되지 않은 질병 의존 단백질을 찾을 수 있는 등 더욱 정확한 분석이 가능해진다. 단백질, 전기영동, 2-DE, 젤 이미지, 질병 의존, 단백질, 예외 함수
Int. CL G06F 19/18 (2011.01) G01N 33/48 (2011.01)
CPC G01N 33/68(2013.01) G01N 33/68(2013.01) G01N 33/68(2013.01)
출원번호/일자 1020070016374 (2007.02.16)
출원인 연세대학교 산학협력단
등록번호/일자 10-0883898-0000 (2009.02.09)
공개번호/일자 10-2008-0076446 (2008.08.20) 문서열기
공고번호/일자 (20090217) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2007.02.16)
심사청구항수 4

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 연세대학교 산학협력단 대한민국 서울특별시 서대문구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 이원석 대한민국 서울 영등포구
2 심정은 대한민국 서울 서대문구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 이학수 대한민국 부산광역시 연제구 법원로 **, ****호(이학수특허법률사무소)
2 백남훈 대한민국 서울특별시 강남구 강남대로 ***, KTB네트워크빌딩**층 한라국제특허법률사무소 (역삼동)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 연세대학교 산학협력단 대한민국 서울특별시 서대문구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 특허출원서
Patent Application		 2007.02.16 수리 (Accepted) 1-1-2007-0145209-91
2 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search		 2007.12.18 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
3 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search		 2008.01.14 수리 (Accepted) 9-1-2008-0001084-25
4 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2008.01.28 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2008-0042650-56
5 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2008.03.28 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2008-0225115-97
6 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)		 2008.03.28 수리 (Accepted) 1-1-2008-0225116-32
7 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2008.07.25 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2008-0389805-29
8 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)		 2008.09.25 수리 (Accepted) 1-1-2008-0675605-34
9 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2008.09.25 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2008-0675604-99
10 등록결정서
Decision to grant		 2008.12.30 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2008-0649323-56
11 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2011.12.15 수리 (Accepted) 4-1-2011-5252006-10
12 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2013.04.24 수리 (Accepted) 4-1-2013-5062749-37
13 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2013.06.24 수리 (Accepted) 4-1-2013-5088566-87
14 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2014.09.25 수리 (Accepted) 4-1-2014-5114224-78
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
2-DE 젤 이미지로부터 질병에 의하여 발현량이 변화하는 질병 의존 단백질을 도출하기 위한 방법에 있어서,정상 조직과 비정상 조직의 2-DE 젤 이미지에서 참조 이미지의 동일 참조 스팟에 연결된 정상 조직의 스팟과 비정상 조직의 스팟을 한 쌍으로 하는 각각의 페어-교차 연결들에 대해서 정상 조직과 비정상 조직의 두 스팟의 발현량을 계산하는 단계와; 상기 각 페어-교차 연결들에 대해서 상기 두 스팟의 발현량을 토대로 정상 조직과 비정상 조직간의 발현 변화의 차이에 따라 발현이 억제된 상태”,“발현 변화가 없는 상태”또는 발현이 된 상태”로 변화 속성을 부여하기 위해서 미리 설정된 변화율 임계치 λ에 대하여,상기 각 페어-교차 연결에서 비정상 조직의 스팟의 발현량이 정상 조직의 스팟의 발현량의 1/λ배 이하이면 페어-교차 연결의 변화 속성을 해당 단백질의 발현량이 질병에 의해 일정수준 이상 감소했음을 의미하는 “발현이 억제된 상태(under-expressed)"로 부여하고,상기 비정상 조직의 스팟의 발현량이 정상 조직의 스팟의 발현량의 1/λ배보다 크고 정상 조직의 스팟의 발현량의 λ배보다 작으면, 페어-교차 연결의 변화 속성을“발현 변화가 없는 상태(normal-expressed)"로 부여하고,상기 비정상 조직의 스팟의 발현량이 정상 조직의 스팟의 발현량의 λ배 이상이면, 페어-교차 연결의 변화 속성을, 해당 단백질의 발현량이 질병에 의해 일정 수준 이상 증가했음을 나타내는“발현이 된 상태(over-expressed)"라 부여하는 변화 속성을 계산하여 부여하는 단계와;상기 페어-교차 연결들의 집합인 페어 단백질 집합에 대해서, 각 페어 단백질 집합의 발현 특성을 정의하기 위해서 각 페어 단백질 집합에 속하는 페어-교차 연결들 중,“발현이 억제된 상태”,“발현 변화가 없는 상태”또는“발현이 된 상태”의 발현 변화 속성을 갖는 페어 교차 연결들의 개수로 구성되는 하기 식(E1)로 정의하는 페어 단백질 집합의 변화 요약값을 계산하는 단계와;상기 페어 단백질 집합에 대해서, 상기 변화 요약값을 토대로 한 페어 단백질 집합에서 가장 강한 특성을 갖는 변화 속성의 변화 정도를 계산하기 위하여, 식(E2)에 의해, 페어 단백질 집합에 속하는 페어-교차 연결들 중,“발현이 억제된 상태”,“발현 변화가 없는 상태”또는“발현이 된 상태”인 페어-교차 연결 수의 비율 중에 가장 큰 경향의 비율로서 정의하는 예외함수를 이용하여 예외 함수의 결과값을 계산하는 단계와;상기 예외 함수의 결과값을 미리 설정된 예외 임계치와 비교하여 해당 단백질의 질병 의존 단백질 여부를 판정하는 단계;를 포함하는 것을 특징으로 하는 단백질 2-DE 젤 이미지에서의 질병 의존 단백질의 도출 방법
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삭제
3 3
청구항 1에 있어서,상기 변화 속성을 계산하여 부여하는 단계는,상기 각 페어-교차 연결들에 대해서 상기 두 스팟의 발현량으로부터 발현량의 변화율을 계산한 뒤, 계산된 변화율과 미리 설정된 변화율 임계치 λ를 이용하여 변화 속성을 계산하는 것을 특징으로 하는 단백질 2-DE 젤 이미지에서의 질병 의존 단백질의 도출 방법
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청구항 3에 있어서,상기 변화 속성을 계산하기 위한 변화율은, 상기 비정상 조직의 스팟의 발현량을 정상 조직과 비정상 조직의 두 스팟의 발현량의 합으로 나눈 값으로 계산되는 것을 특징으로 하는 단백질 2-DE 젤 이미지에서의 질병 의존 단백질의 도출 방법
5 5
청구항 3 또는 청구항 4에 있어서,상기 변화 속성은, 상기 변화율이 1/(λ+1) 이하이면 해당 단백질의 발현량이 질병에 의해 일정수준 이상 감소했음을 나타내는 "발현이 억제된 상태(under-expressed)"로, 1/(λ+1)보다 크고 λ/(λ+1)보다 작으면 "발현 변화가 없는 상태(normal-expressed)"로, λ/(λ+1) 이상이면 해당 단백질의 발현량이 질병에 의해 일정수준 이상 증가했음을 나타내는 "발현이 된 상태(over-expressed)"로 계산되는 것을 특징으로 하는 단백질 2-DE 젤 이미지에서의 질병 의존 단백질의 도출 방법
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