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도메인 특이적인 계통발생학적 프로파일 유사성을 이용한 유전자 네트워크의 개선 방법

  • 기술번호 : KST2015126697
  • 담당센터 : 서울서부기술혁신센터
  • 전화번호 : 02-6124-6930
요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 도메인-특이적 PPS를 이용한 유전자 네트워크의 개선 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 방법에 의해 신호전달 경로에서 상호의존적인 두 유전자에 대한 도메인 특이적인 PPS를 측정할 수 있다. 본 발명에 따른 유전자에 대한 도메인 특이적 PPS를 이용하여 유전자의 생명체 내 신호전달 경로를 효과적으로 재구축할 수 있다. 또한, 본 발명의 도메인 특이적 PPS에 기반한 유전자 네트워크를 병합하여 공통-유전되는 유전자들에 대한 계통발생학적 프로파일 사이의 유사성을 정확하게 측정할 수 있으며 상기 구축된 유전자 네트워크를 이용하여 인간의 질병에 관련된 유전자를 예측할 수 있다.
Int. CL G06F 19/12 (2011.01)
CPC G06F 19/12(2013.01) G06F 19/12(2013.01)
출원번호/일자 1020140012940 (2014.02.05)
출원인 연세대학교 산학협력단
등록번호/일자 10-1636995-0000 (2016.06.30)
공개번호/일자 10-2015-0092780 (2015.08.17) 문서열기
공고번호/일자 (20160721) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2014.02.05)
심사청구항수 7

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 연세대학교 산학협력단 대한민국 서울특별시 서대문구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 이인석 대한민국 서울특별시 서대문구
2 신준하 대한민국 서울특별시 서대문구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 특허법인 남앤남 대한민국 서울특별시 중구 서소문로 ** (서소문동, 정안빌딩 *층)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 연세대학교 산학협력단 서울특별시 서대문구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application
2014.02.05 수리 (Accepted) 1-1-2014-0112494-55
2 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search
2014.07.08 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
3 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search
2014.08.08 수리 (Accepted) 9-1-2014-0065075-00
4 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2014.09.25 수리 (Accepted) 4-1-2014-5114224-78
5 [출원서등 보정]보정서
[Amendment to Patent Application, etc.] Amendment
2014.12.11 수리 (Accepted) 1-1-2014-1206271-31
6 의견제출통지서
Notification of reason for refusal
2015.06.05 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2015-0379282-03
7 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)
2015.08.05 수리 (Accepted) 1-1-2015-0760761-52
8 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment
2015.08.05 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2015-0760762-08
9 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)
2015.08.05 수리 (Accepted) 1-1-2015-0761656-34
10 의견제출통지서
Notification of reason for refusal
2015.12.24 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2015-0898334-63
11 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment
2016.02.24 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2016-0182239-73
12 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)
2016.02.24 수리 (Accepted) 1-1-2016-0182244-02
13 등록결정서
Decision to grant
2016.06.27 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2016-0460664-54
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번호 청구항
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컴퓨터에 의해 수행되는, 유전자 네트워크를 구축하는 방법으로서,i) 3가지 도메인 고세균, 원핵생물 또는 진핵생물에 속하는 다양한 종의 유전체를 포함하는 참조 유전체에 대한 서열 정보를 상용화된 데이터베이스로부터 수집하고;ii) 상기 도메인의 각 동일 도메인 내에서, 상기 참조 유전체 중 하나의 참조 유전체 내에서 상호작용하는 유전자 쌍 A 및 B를 선별하며;iii) 상기 선별된 유전자 쌍 A 및 B에 대하여 하기 [수식 1] 내지 [수식 3]에 의해 정보 이론을 기반으로 하는 상호간 정보 수치(MI)를 계산하여 유전자 A 및 유전자 B에 대한 도메인 특이적인 계통발생학적 프로파일의 유사성(PPS)을 측정하는 단계로서, 하기 [수식 1] 내지 [수식 3]에서 H(A)는 각 참조 유전체 내 유전자 A의 확률분포 p(a)에 대한 주변 엔트로피이고, H(B)는 각 참조 유전체 내 유전자 B의 확률분포 p(b)에 대한 주변 엔트로피이며, H(A,B)는 유전자 A 및 B의 결합 확률 분포에 대한 고유 엔트로피인, 단계;[수식 1][수식 2][수식 3]iv) 하기 [수식 4]에 의해 계산된 로그 가능성 수치(LLS, Log Likelyhood Score)를 사용하여 도메인 특이적 공통 유전 패턴에 의한 하나의 유전체 내 경로를 재구축하는 단계로서, 하기 [수식 4]에서 P(L|E) 및 P(~L|E)는 주어진 실험자료 또는 계산자료(E) 내에서 관찰할 수 있는 양성(L) 및 음성(~L) 골드 스탠다드 경로 연관성의 빈도수이고, P(L) 및 P(~L)는 사전의 예상값인, 단계; 및[수식 4]v) 상기 측정된 도메인 특이적인 계통발생학적 프로파일을 하기 [수식 5]에 의해 가중합하는 단계로서, 하기 [수식 5]에서 L0는 각각의 링크에 대한 모든 LLS 값 중에서 최고의 LLS 값을 나타내고, D는 네트워크 간 상호관계의 정도를 나타내는 자유 상수를 나타내며, T는 병합될 모든 네트워크에 대한 LLS의 역치를 나타내며, i는 각각의 링크에 대한 LLS 숫자를 높은 수에서 낮은 수로 정렬하여 얻어지는 등급 색인(rank index)인, 단계;[수식 5]를 포함하는, 유전자 네트워크를 구축하는 방법
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제 1항에 있어서,상기 원핵생물 유전체에 대한 정보는 국립센터(NCBI, ftp://ftp
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삭제
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삭제
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진핵생물 유전체 또는 원핵생물 유전체에 대해 제 1항에 따라 측정한 도메인 특이적 PPS를 사용하여 인간 유전자 네트워크를 예측하는 방법
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제 5항에 있어서,상기 예측은 단일 도메인 내 유전자의 기능적 연결을 분석하는 것에 의해 수행하는 것을 특징으로 하는, 인간 유전자 네트워크를 예측하는 방법
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제 5항 또는 제 6항에 있어서,상기의 진핵생물 유전체는 100개 이상이고, 원핵생물 유전체는 800개 이상인 것을 특징으로 하는
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제 1항의 방법에 의해 구축된 유전자 네트워크를 이용하여 인간 질병에 관련된 유전자를 예측하는 방법
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제 8항에 있어서,상기 예측은 가우시안 스무딩법에 의해 이루어지는, 인간 질병에 관련된 유전자를 예측하는 방법
지정국 정보가 없습니다
패밀리정보가 없습니다
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순번 연구부처 주관기관 연구사업 연구과제
1 미래창조과학부 연세대학교 산학협력단 중견연구자지원사업(도약연구) 네트워크기반 시스템유전학 접근법에 의한 복잡형질연구
2 농림축산식품부 연세대학교 산학협력단 바이오그린21사업 유전자네트워크기반 시스템생물학 연구
3 미래창조과학부 연세대학교 산학협력단 바이오의료기술개발사업 시스템생물학을 이용한 줄기세포 기반 독성 및 약효평가 시스템 개발
4 미래창조과학부 연세대학교 산학협력단 바이오의료기술개발사업 줄기세포 분화 최적화 및 조직재생 기전 규명을 위한 시스템생물학 기반기술 개발