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프로브맵을 이용하여 유전자 서열을 복원하는 방법 및 장치

  • 기술번호 : KST2015137417
  • 담당센터 : 서울동부기술혁신센터
  • 전화번호 : 02-2155-3662
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 프로브맵을 이용한 유전자 서열 복원 방법은 표적 서열에 프로브가 혼성화된 결과에 기초하여 프로브를 정렬하고, 정렬된 위치들 각각에 대한 대표값을 결정하고, 결정된 대표값과 프로브의 염기서열 정보가 매핑된 프로브맵을 이용하여 표적 서열의 염기서열을 복원한다.
Int. CL G16B 30/00 (2019.01.01) G16B 25/20 (2019.01.01) C12Q 1/6869 (2018.01.01)
CPC G16B 30/00(2013.01) G16B 30/00(2013.01) G16B 30/00(2013.01)
출원번호/일자 1020110000548 (2011.01.04)
출원인 삼성전자주식회사, 서울대학교산학협력단
등록번호/일자 10-1768122-0000 (2017.08.08)
공개번호/일자 10-2012-0079320 (2012.07.12) 문서열기
공고번호/일자 (20170816) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 등록
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2015.12.30)
심사청구항수 18

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 삼성전자주식회사 대한민국 경기도 수원시 영통구
2 서울대학교산학협력단 대한민국 서울특별시 관악구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 안태진 대한민국 서울특별시 강남구
2 안소연 대한민국 서울특별시 성북구
3 원성호 대한민국 서울특별시 관악구
4 김수현 대한민국 서울특별시 서초구
5 박태성 대한민국 서울특별시 서초구
6 이성영 대한민국 서울특별시 은평구
7 이승연 대한민국 서울특별시 서초구
8 연보라 대한민국 경기도 안성시
9 박영호 대한민국 경기도 부천시 소사구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 리앤목특허법인 대한민국 서울 강남구 언주로 **길 **, *층, **층, **층, **층(도곡동, 대림아크로텔)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 삼성전자주식회사 경기도 수원시 영통구
2 서울대학교 산학협력단 서울특별시 관악구
번호, 서류명, 접수/발송일자, 처리상태, 접수/발송일자의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 행정처리 표입니다.
번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application		 2011.01.04 수리 (Accepted) 1-1-2011-0004940-58
2 [출원서등 보정]보정서
[Amendment to Patent Application, etc.] Amendment		 2011.03.23 수리 (Accepted) 1-1-2011-0211884-99
3 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2011.09.27 수리 (Accepted) 4-1-2011-5195109-43
4 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2012.06.21 수리 (Accepted) 4-1-2012-5132663-40
5 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2013.01.14 수리 (Accepted) 4-1-2013-5007213-54
6 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2015.03.17 수리 (Accepted) 4-1-2015-5033829-92
7 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2015.05.13 수리 (Accepted) 4-1-2015-5062924-01
8 [심사청구]심사청구(우선심사신청)서
[Request for Examination] Request for Examination (Request for Preferential Examination)		 2015.12.30 수리 (Accepted) 1-1-2015-1288590-25
9 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search		 2016.10.11 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
10 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search		 2016.12.15 수리 (Accepted) 9-1-2016-0051067-31
11 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2016.12.21 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2016-0923646-14
12 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)		 2017.02.20 수리 (Accepted) 1-1-2017-0173555-19
13 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2017.02.20 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2017-0173556-65
14 등록결정서
Decision to grant		 2017.06.26 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2017-0442393-09
15 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2019.05.13 수리 (Accepted) 4-1-2019-5093546-10
16 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2019.05.23 수리 (Accepted) 4-1-2019-5101798-31
17 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2019.08.02 수리 (Accepted) 4-1-2019-5154561-59
18 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2020.11.25 수리 (Accepted) 4-1-2020-5265458-48
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
표적 서열에 일정 길이의 염기서열을 갖는 프로브가 혼성화된 결과에 기초하여 상기 표적 서열에 상기 프로브를 정렬하는 단계;상기 프로브의 상기 정렬된 위치들에 대한 통계적인 분포에 기초하여 상기 정렬된 위치들을 대표하는 대표값을 결정하는 단계; 및상기 결정된 대표값과 상기 프로브의 염기서열 정보가 매핑된 프로브맵을 이용하여 상기 표적 서열의 염기서열을 복원하는 단계를 포함하고,상기 정렬 및 결정하는 단계는 상기 프로브와 다른 염기서열을 갖는 다른 프로브들에 대하여 반복적으로 수행되고, 상기 프로브맵은 사용된 프로브들의 매핑 정보를 포함하고,상기 정렬하는 단계는반복적으로 검출된 상기 혼성화된 결과로부터 상기 프로브가 혼성화된 위치에 대한 오차에 기초하여 상기 프로브를 정렬함으로써 상기 프로브의 매핑 정보를 포함하는 상기 프로브맵을 생성하는 단계; 및상기 프로브맵에 포함된 다른 프로브들의 매핑 정보들을 이용하여 상기 프로브의 상기 매핑 정보를 개량(refine)하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 프로브맵을 이용한 유전자 서열 복원 방법
2 2
제 1 항에 있어서,상기 정렬하는 단계는 상기 프로브가 혼성화된 위치에 대한 오차가 최소화되도록 상기 프로브를 정렬하는 것을 특징으로 하는 방법
3 3
삭제
4 4
제 1 항에 있어서,상기 개량하는 단계는 상기 프로브맵에 포함된 매핑 정보들 중 상기 프로브와 적어도 하나의 염기가 다른 염기서열을 갖는 프로브들의 매핑 정보를 참조하여 정렬하는 것을 특징으로 하는 방법
5 5
제 1 항에 있어서,상기 결정하는 단계는 상기 통계적인 분포가 정규 분포인 경우, 상기 정규 분포를 대표하는 값으로 상기 대표값을 결정하는 것을 특징으로 하는 방법
6 6
제 1 항에 있어서,상기 결정하는 단계는 상기 통계적인 분포가 정규 분포가 아닌 경우, 상기 정렬된 결과에 대해 마르코프 체인(Markov chain)의 수학적 모델로 반복적 시뮬레이션(Monte Carlo simulation)을 수행하여 상기 대표값을 결정하는 것을 특징으로 하는 방법
7 7
제 1 항에 있어서,상기 복원하는 단계는 상기 프로브맵에 포함된, 복원하고자 하는 상기 표적 서열의 위치와 이웃하는 프로브들의 위치 및 염기서열의 정보를 이용하여 상기 복원하고자 하는 위치로부터 복원하는 것을 특징으로 하는 방법
8 8
제 7 항에 있어서,상기 복원하는 단계는 상기 복원하고자 하는 위치로부터 5' 말단 및 3' 말단의 양방향으로 이웃하는 프로브들의 위치 및 염기서열의 정보를 이용하여 복원하는 것을 특징으로 하는 방법
9 9
제 7 항에 있어서,상기 복원하는 단계는 상기 복원 과정에서 복원될 염기의 경우의 수가 복수인 경우 상기 복수의 경우의 수에 대응되는 염기서열들의 후보들을 생성하는 단계; 및상기 생성된 후보들 중 참조 서열과 비교하여 가장 유사한 후보의 염기서열을 상기 표적 서열의 염기서열로 결정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법
10 10
제 7 항에 있어서,상기 복원하는 단계는 상기 복원 과정에서 복원될 염기의 경우의 수가 복수인 경우 상기 복수의 경우의 수에 대응되는 염기서열들의 후보들을 생성하는 단계; 및상기 후보들에 포함된 염기들에 대응되는 IUPAC 코드를 이용하여 상기 표적 서열의 염기서열을 결정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법
11 11
제 1 항 내지 제 2 항, 제 4 항 내지 제 10항 중에 어느 한 항의 방법을 컴퓨터에서 실행시키기 위한 프로그램을 기록한 컴퓨터로 읽을 수 있는 기록매체
12 12
표적 서열에 일정 길이의 염기서열을 갖는 프로브가 혼성화된 결과에 기초하여 상기 표적 서열에 상기 프로브를 정렬하는 프로브 정렬부;상기 프로브의 상기 정렬된 위치들에 대한 통계적인 분포에 기초하여 상기 정렬된 위치들을 대표하는 대표값을 결정하는 대표값 결정부; 및상기 결정된 대표값과 상기 프로브의 염기서열 정보가 매핑된 프로브맵을 이용하여 상기 표적 서열의 염기서열을 복원하는 복원부를 포함하고,상기 프로브 정렬부 및 대표값 결정부는 상기 프로브와 다른 염기서열을 갖는 다른 프로브들에 대하여 반복적으로 수행되고, 상기 프로브맵은 사용된 프로브들의 매핑 정보를 포함하고,상기 프로브 정렬부는반복적으로 검출된 상기 혼성화된 결과로부터 상기 프로브가 혼성화된 위치에 대한 오차에 기초하여 상기 프로브를 정렬함으로써 상기 프로브의 매핑 정보를 포함하는 상기 프로브맵을 생성하는 스트레칭부(stretching unit); 및상기 프로브맵에 포함된 다른 프로브들의 매핑 정보들을 이용하여 상기 프로브의 상기 매핑 정보를 개량(refine)하는 폴리싱부(polishing unit)를 포함하는 것을 특징으로 하는 프로브맵을 이용한 유전자 서열 복원 장치
13 13
제 12 항에 있어서,상기 프로브 정렬부는 상기 프로브가 혼성화된 위치에 대한 오차가 최소화되도록 상기 프로브를 정렬하는 것을 특징으로 하는 장치
14 14
삭제
15 15
제 12 항에 있어서,상기 폴리싱부는 상기 프로브맵에 포함된 매핑 정보들 중 상기 프로브와 적어도 하나의 염기가 다른 염기서열을 갖는 프로브들의 매핑 정보를 참조하여 정렬하는 것을 특징으로 하는 장치
16 16
제 12 항에 있어서,상기 대표값 결정부는 상기 통계적인 분포가 정규 분포인 경우, 상기 정규 분포를 대표하는 값으로 상기 대표값을 결정하는 것을 특징으로 하는 장치
17 17
제 12 항에 있어서,상기 복원부는 상기 프로브맵에 포함된, 복원하고자 하는 상기 표적 서열의 위치와 이웃하는 프로브들의 위치 및 염기서열의 정보를 이용하여 상기 복원하고자 하는 위치로부터 복원하는 것을 특징으로 하는 장치
18 18
제 17 항에 있어서,상기 복원부는 상기 복원하고자 하는 위치로부터 5' 말단 및 3' 말단의 양방향으로 이웃하는 프로브들의 위치 및 염기서열의 정보를 이용하여 복원하는 것을 특징으로 하는 장치
19 19
제 17 항에 있어서,상기 복원부는상기 복원 과정에서 복원될 염기의 경우의 수가 복수인 경우 상기 복수의 경우의 수에 대응되는 염기서열들의 후보들을 생성하는 염기서열 후보 생성부; 및상기 생성된 후보들 중 참조 서열과 비교하여 가장 유사한 후보의 염기서열을 상기 표적 서열의 염기서열로 결정하는 염기서열 결정부를 포함하는 것을 특징으로 하는 장치
20 20
제 17 항에 있어서,상기 복원부는상기 복원 과정에서 복원될 염기의 경우의 수가 복수인 경우 상기 복수의 경우의 수에 대응되는 염기서열들의 후보들을 생성하는 염기서열 후보 생성부; 및상기 후보들에 포함된 염기들에 대응되는 IUPAC 코드를 이용하여 상기 표적 서열의 염기서열을 결정하는 염기서열 결정부를 포함하는 것을 특징으로 하는 장치
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1 지식경제부 삼성전자 주식회사 청정제조기반산업원천기술개발사업 차세대 염기서열 분석기 개발