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차세대 시퀀싱 방법을 이용하여 생물체의 엽록체, 미토콘드리아 또는 핵 리보솜 DNA의 완전한 게놈 서열을 해독하는 방법

  • 기술번호 : KST2015137488
  • 담당센터 : 서울동부기술혁신센터
  • 전화번호 : 02-2155-3662
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 (a) 생물체의 전체 게놈을 대상으로 차세대 시퀀싱(NGS, next generation sequencing) 방법으로 염기서열을 해독하는 단계; (b) 상기 (a) 단계의 염기서열 해독을 통해 생성되는 리드(서열조각)들을 이용하여 엽록체 게놈 커버리지 양에 기초하여 NGS 데이터 세트를 생성하는 단계; (c) 상기 (b) 단계의 생성된 NGS 데이터 세트의 리드들을 어셈블리 소프트웨어를 사용하여 어셈블리하는 단계; (d) 상기 (c) 단계의 어셈블리 후 생성된 컨티그에서 엽록체, 미토콘드리아 및 핵 리보솜 DNA(nrDNA, nuclear ribosomal DNA) 서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 서열을 포함하는 컨티그들을 분리하는 단계; 및 (e) 상기 (d) 단계의 분리된 컨티그들을 염기서열 비교 프로그램을 이용하여 연결하고 어셈블리 중 발생한 오류를 수정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 생물체의 엽록체, 미토콘드리아 또는 핵 리보솜 DNA의 완전한 게놈 서열을 단독으로 또는 동시에 해독하는 방법 및 상기 방법을 수행하기 위한 컴퓨터로 판독 가능한 프로그램을 기록한 기록매체에 관한 것이다.
Int. CL G16B 20/00 (2019.01.01)
CPC
출원번호/일자 1020130167982 (2013.12.31)
출원인 서울대학교산학협력단
등록번호/일자 10-1447593-0000 (2014.09.29)
공개번호/일자
공고번호/일자 (20141007) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 등록
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2013.12.31)
심사청구항수 8

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 서울대학교산학협력단 대한민국 서울특별시 관악구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 양태진 대한민국 경기도 안양시 동안구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 최규환 대한민국 대전광역시 서구 한밭대로 ***, **층 그린국제특허법률사무소 (둔산동)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 서울대학교산학협력단 서울특별시 관악구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application		 2013.12.31 수리 (Accepted) 1-1-2013-1209266-93
2 보정요구서
Request for Amendment		 2014.01.14 발송처리완료 (Completion of Transmission) 1-5-2014-0006679-89
3 [출원서등 보정]보정서
[Amendment to Patent Application, etc.] Amendment		 2014.01.16 수리 (Accepted) 1-1-2014-0043996-66
4 [우선심사신청]심사청구(우선심사신청)서
[Request for Preferential Examination] Request for Examination (Request for Preferential Examination)		 2014.05.22 수리 (Accepted) 1-1-2014-0480797-60
5 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search		 2014.05.29 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
6 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search		 2014.06.12 수리 (Accepted) 9-1-2014-0049735-50
7 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2014.06.25 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2014-0437404-92
8 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2014.07.16 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2014-0667451-64
9 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)		 2014.07.16 수리 (Accepted) 1-1-2014-0667445-90
10 [지정기간단축]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Reduction of Designated Period] Request for Extension of Period (Reduction, Expiry Reconsideration)		 2014.07.25 수리 (Accepted) 1-1-2014-0700899-13
11 등록결정서
Decision to grant		 2014.09.28 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2014-0664741-21
12 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2015.03.17 수리 (Accepted) 4-1-2015-5033829-92
13 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2015.05.13 수리 (Accepted) 4-1-2015-5062924-01
14 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2019.05.13 수리 (Accepted) 4-1-2019-5093546-10
15 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2019.05.23 수리 (Accepted) 4-1-2019-5101798-31
16 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2019.08.02 수리 (Accepted) 4-1-2019-5154561-59
17 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2020.11.25 수리 (Accepted) 4-1-2020-5265458-48
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
(a) 생물체의 전체 게놈을 대상으로 차세대 시퀀싱(NGS, next generation sequencing) 방법으로 염기서열을 해독하는 단계;(b) 상기 (a) 단계의 염기서열 해독을 통해 생성되는 리드(서열조각)들을 이용하여 엽록체, 미토콘드리아 또는 핵 리보솜 DNA의 게놈 커버리지 양에 기초하여 NGS 데이터 세트를 생성하는 단계;(c) 상기 (b) 단계의 생성된 NGS 데이터 세트의 리드들을 어셈블리 소프트웨어를 사용하여 어셈블리하는 단계;(d) 상기 (c) 단계의 어셈블리 후 생성된 컨티그에서 엽록체, 미토콘드리아 및 핵 리보솜 DNA(nrDNA, nuclear ribosomal DNA) 서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 서열을 포함하는 컨티그들을 분리하는 단계; 및(e) 상기 (d) 단계의 분리된 컨티그들을 염기서열 비교 프로그램을 이용하여 연결하고 어셈블리 중 발생한 오류를 수정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 생물체의 엽록체, 미토콘드리아 또는 핵 리보솜 DNA의 완전한 게놈 서열을 단독으로 또는 동시에 해독하는 방법
2 2
제1항에 있어서, 엽록체 또는 미토콘드리아의 완전한 염기서열을 해독하는 (e) 단계는, 상기 (d) 단계의 분리된 컨티그 중 엽록체 서열을 포함하는 컨티그를 정렬하고 연결시켜 완전한 원형 서열로 만든 후, 생성된 원시 데이터 서열을 매핑하고 어셈블리 오류를 제거하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법
3 3
제1항에 있어서, 핵 리보솜 DNA의 완전한 염기서열을 해독하는 (e) 단계는, 상기 (d) 단계의 분리된 컨티그 중 45s rDNA 서열을 포함하는 컨티그를 인위적으로 두 개 나열한 후, 그 사이에 인위적인 갭을 부여하고, 갭 클로저(Gap closer) 프로그램을 사용하여 유전자와 유전자 사이(IGS, intergenic spacer) 영역의 물리적 갭을 채우고 완전한 45s rDNA 단위를 완성하고, 완성된 완전한 45s rRNA 단위의 원시 데이터 서열을 매핑하고 어셈블리 오류를 제거하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법
4 4
제1항에 있어서, 생물체는 미생물, 하등 광합성 생물체, 버섯류, 거대 유전체를 가진 고등 식물체, 곤충, 어류 또는 동물인 것을 특징으로 하는 방법
5 5
제1항에 있어서, 상기 NGS 데이터 세트는 엽록체 게놈의 50~500배를 커버리지 할 수 있는 양인 것을 특징으로 하는 방법
6 6
제1항에 있어서, 상기 어셈블리 소프트웨어는 CLC de novo 어셈블리 소프트웨어 또는 SOAP de novo 어셈블리 소프트 웨어인 것을 특징으로 하는 방법
7 7
제1항에 있어서, 상기 어셈블리 오류는 염기서열 오류, 가짜 갭(false gap), 종렬중복(tandem repeat) 오류, 단일중합체(monopolymer) 오류 또는 단일염기 다형성(SNP) 오류인 것을 특징으로 하는 방법
8 8
제1항 내지 제7항 중 어느 한 항의 방법을 수행하기 위한 컴퓨터로 판독 가능한 프로그램을 기록한 기록매체
지정국 정보가 없습니다
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1 WO2015102226 WO 세계지적재산권기구(WIPO) DOCDBFAMILY
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순번 연구부처 주관기관 연구사업 연구과제
1 농촌진흥청 서울대학교 차세대바이오그린21 사업 인삼 표준유전체 정보 완성