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정방향 프라이머 결합 영역, 및 표적 서열의 제 1 영역에 특이적으로 혼성화하는 LHS(left hybridization sequence) 영역을 포함하는 LPO(left probe oligonucleotide); 및상기 표적 서열의 상기 제 1 영역과 연속으로 연결된 제 2 영역에 특이적으로 혼성화하는 RHS(right hybridization sequence) 및 역방향 프라이머 결합 영역을 포함하는 RPO(right probe oligonucleotide);로 구성되고,상기 LHS(left hybridization sequence) 및 상기 RHS(right hybridization sequence)가 서열 변호 1 및 서열 번호 2 인 제 1 프로브, 서열번호 3 및 서열번호 4 인 제 2 프로브, 서열번호 5 및 서열번호 6 인 제 3 프로브, 서열번호 7 및 서열번호 8 인 제 4 프로브, 서열번호 9 및 서열번호 10 인 제 5 프로브, 서열번호 11 및 서열번호 12 인 제 6 프로브, 서열번호 13 및 서열번호 14 인 제 7 프로브로 이루어진 그룹에서 선택되는 어느 하나인 것인 호흡기 감염균 검출용 프로브
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제 1 항에 있어서,상기 서열 변호 1 및 서열 번호 2 인 제 1 프로브는 대장균(Escherichia coli) 의 유전자 malB 의 서열 번호 15 에 특이적으로 혼성 결합하고,상기 서열번호 3 및 서열번호 4 인 제 2 프로브는 Streptococcus pneumoniae 의 유전자 Pneumolysin 의 서열 번호 16 에 특이적으로 혼성 결합하고,상기 서열번호 5 및 서열번호 6 인 제 3 프로브는 Acinetobacterbaumannii 의 유전자 BlaOXA51-like 의 서열 번호 17 에 특이적으로 혼성 결합하고,상기 서열번호 7 및 서열번호 8 인 제 4 프로브는 Methicillin-resistance Staphylococcus aureus 의 유전자 mecA 의 서열 번호 18 에 특이적으로 혼성 결합하고,상기 서열번호 9 및 서열번호 10 인 제 5 프로브는 Staphylococcus aureus 의 유전자 nuc 의 서열 번호 19에 특이적으로 혼성 결합하고, 상기 서열번호 11 및 서열번호 12 인 제 6 프로브는 Klebsiellapneumoniae 의 유전자 phoE 의 서열 번호 20 에 특이적으로 혼성 결합하고,상기 서열번호 13 및 서열번호 14 인 제 7 프로브는 Pseudomonas aeruginosa 의 유전자의 efcX 의 서열 번호 21에 특이적으로 혼성 결합하는 것을 특징으로 하는 호흡기 감염균 검출용 프로브
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3
제 1 항에 의한 호흡기 감염균 검출용 프로브를 2개 내지 7개 포함하는 호흡기 감염균 검출용 프로브 세트
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제 1 항의 호흡기 감염균 검출용 프로브, 또는 제 3 항의 프로브 세트를 포함하는 호흡기 감염균 검출용 키트
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5
하기 단계를 포함하는 호흡기 감염균의 존재를 검출하는 방법:(1) 시료를 예비 증폭 시키는 단계; (2) 예비 증폭된 시료를 제 1 항의 호흡기 감염균 프로브 세트와 접촉시켜 혼성화시키는 단계;(3) 상기 시료와 혼성화된 프로브를 라이게이션(ligation)하여 프로브 어셈블리(probe assembly)를 형성시키는 단계;(4) 상기 형성된 프로브 어셈블리(probe assembly)를 주형으로 하여 PCR 증폭시키는 단계;(5) 상기 증폭 산물을 분리 및 검출하는 단계; 및(6) 상기 증폭 산물이 분리, 검출되는 경우 상기 시료 내에 상기 증폭된 프로브 어셈블리(probe assembly)를 구성하는 프로브가 상보적으로 결합하는 호흡기 감염균이 존재하는 것으로 판단하는 단계
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제 5 항에 있어서, 상기 (1) 단계의 시료를 예비 증폭시키는 단계에서는 제 1 프라이머 세트 내지 제 7 프라이머 세트를 이용하여 시료 내의 균주의 표적 서열의 제 1 영역 및 상기 제 1 영역과 연속으로 연결된 제 2 영역을 증폭시키는 것인 호흡기 감염균의 존재를 검출하는 방법
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7
제 6 항에 있어서, 상기 서열 변호 22 및 서열 번호 23 인 제 1 프라이머 세트는 대장균(Escherichia coli) 의 유전자 malB 의 제 1 영역 및 제 2 영역을 증폭하고,상기 서열번호 24 및 서열번호 25 인 제 2 프라이머 세트는 Streptococcus pneumoniae 의 유전자 Pneumolysin 의 제 1 영역 및 제 2 영역을 증폭하고,상기 서열번호 26 및 서열번호 27 인 제 3 프라이머 세트는 Acinetobacterbaumannii 의 유전자 BlaOXA51-like 의 제 1 영역 및 제 2 영역을 증폭하고,상기 서열번호 28 및 서열번호 29 인 제 4 프라이머 세트는 Methicillin-resistance Staphylococcus aureus 의 유전자 mecA 의 제 1 영역 및 제 2 영역을 증폭하고,상기 서열번호 30 및 서열번호 31인 제 5 프라이머 세트는 Staphylococcus aureus 의 유전자 nuc 의 제 1 영역 및 제 2 영역을 증폭하고,상기 서열번호 32 및 서열번호 33인 제 6 프라이머 세트는 Klebsiellapneumoniae 의 유전자의 phoE 의 제 1 영역 및 제 2 영역을 증폭하고,상기 서열번호 34 및 서열번호 35 인 제 7 프라이머 세트는 Pseudomonas aeruginosa 의 유전자 efcX 의 제 1 영역 및 제 2 영역을 증폭하는 것을 특징으로 하는 호흡기 감염균의 존재를 검출하는 방법
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제 5 항에 있어서, 상기 (2) 단계에서, 상기 시료의 표적 서열 제 1 영역과 상기 LPO 프로브의 LHS가 혼성화되고, 상기 시료의 표적 서열 제 2 영역과 상기 RPO 프로브의 RHS 가 혼성화되는 것을 특징으로 하는 호흡기 감염균의 존재를 검출하는 방법
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9
제 5 항에 있어서, 상기 (2) 단계에서 2시간 내지 4시간 동안 혼성화 되는 것을 특징으로 하는 호흡기 감염균의 존재를 검출하는 방법
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10
제 5 항에 있어서,상기 (3) 단계에서, 상기 시료의 제 1 영역과 혼성 결합된 LPO의 LHS의 말단과 상기 시료의 제 2 영역과 혼성 결합된 RPO의 RHS의 말단을 라이게이션(ligation)하여 정방향 프라이머 결합 영역-LHS-RHS-역방향 프라이머 결합 영역 으로 구성된 프로브 어셈블리(probe assembly)를 형성하는 것을 특징으로 하는 호흡기 감염균의 존재를 검출하는 방법
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제 5 항에 있어서,상기 (4) 단계에서, 상기 프로브 어셈블리(probe assembly)를 구성하는 LPO(left probe oligonucleotide)가 포함하는 정방향 프라이머 결합 영역, 및 RPO(right probe oligonucleotide)가 포함하는 역방향 프라이머 결합 영역에 상보적으로 결합하는 프라이머 세트를 사용하여 상기 형성된 프로브 어셈블리(probe assembly)가 PCR 증폭되는 것을 특징으로 하는 호흡기 감염균의 존재를 검출하는 방법
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제 5 항에 있어서,상기 (5) 단계에서, 프로브 어셈블리(probe assembly)를 주형으로 하여 PCR 증폭된 정도를 CE-SSCP(Capillary Electrophoresis-Single strand conformation polymorphism)를 이용하여 분리 및 검출하는 것을 특징으로 하는 호흡기 감염균의 존재를 검출하는 방법
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제 5 항에 있어서,상기 (2) 단계에서, 제 3 항에 의한 호흡기 감염균 검출용 프로브 세트를 사용하여 복수의 호흡기 감염균의 존재를 한번에 검출하는 것을 특징으로 하는 호흡기 감염균의 존재를 검출하는 방법
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