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유전자 서열에서의 프레임쉬프트위치 예측 시스템

  • 기술번호 : KST2015157347
  • 담당센터 : 인천기술혁신센터
  • 전화번호 : 032-420-3580
요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 유전자 서열에서의 프레임쉬프트 위치 예측 시스템에 관한 것으로서, 유전자 종류에 따라 변화되어 검출하기 어려운 프로그램화된 프레임쉬프트(Programmed Frameshift)를 -1 프레임쉬프트와 +1 프레임쉬프트로 구분하여, 각각의 프레임쉬프트의 구조를 모델화하고, 기본 모델을 기반으로 4 가지 형식의 모듈을 구성하여 상기 각 모듈을 다양하게 조합함으로써, 사용자가 지정하는 다양한 모델의 프레임쉬프트를 예측할 수 있으며, 전산학적 방법을 이용하여 프레임쉬프트를 효율적으로 검출할 수 있고, 이에 따른 웹 서비스를 제공함으로써 사용자의 운영체제에 상관없이 접근하여 사용 가능하며, 프레임쉬프트의 검색 요청 메세지와 프레임쉬프트의 검색 결과에 대한 응답 메세지가 XML로 송, 수신되기 때문에 다양한 언어를 사용하는 프로그램에서도 응용하여 사용할 수 있는 유전자 서열에서의 프레임쉬프트 위치 예측 시스템을 제공하기 위한 것으로서, 그 기술적 구성은 사용자가 지정한 프레임쉬프트의 종류에 대응되도록, 뉴클레오타이드의 서열을 패턴으로 표현하고, 상기 패턴에 포함되는 뉴클레오타이드를 설정하는 패턴 모듈; 특정 뉴클레오타이드 서열에 대응하는 시그널을 정의하는 시그널 모듈; 스템-루프(Stem-Loop) 또는 슈도노트를 지정할 수 있는 이차구조 모듈; 뉴클레오티드의 의미없는 서열로 이루어지는 스페이서의 길이를 입력하는 스페이서 모듈; 을 조합하여, 사용자가 입력한 타겟 유전자의 뉴클레오타이드 서열에 대한 데이터 베이스에서, 상기 프레임쉬프트 위치를 예측할 수 있다.프레임쉬프트, 샤인 달가노 서열, 슈도노트, 스템-루프(Stem-Loop)
Int. CL C12N 15/11 (2010.01) C12N 15/09 (2010.01)
CPC
출원번호/일자 1020060106383 (2006.10.31)
출원인 인하대학교 산학협력단
등록번호/일자
공개번호/일자 10-2008-0038884 (2008.05.07) 문서열기
공고번호/일자
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 거절
심사진행상태 발송처리완료
심판사항 심판사항
구분
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2006.10.31)
심사청구항수 8

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 인하대학교 산학협력단 대한민국 인천광역시 미추홀구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 한경숙 대한민국 인천광역시 연수구
2 문상훈 대한민국 인천광역시 남구
3 변양아 대한민국 서울특별시 구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 이원희 대한민국 서울특별시 강남구 테헤란로 ***, 성지하이츠빌딩*차 ***호 (역삼동)

최종권리자

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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 특허출원서
Patent Application
2006.10.31 수리 (Accepted) 1-1-2006-0796926-65
2 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search
2007.06.07 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
3 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search
2007.07.12 수리 (Accepted) 9-1-2007-0040836-77
4 의견제출통지서
Notification of reason for refusal
2007.08.27 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2007-0459988-06
5 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2007.10.29 수리 (Accepted) 1-1-2007-0772735-24
6 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2007.11.27 수리 (Accepted) 1-1-2007-0851357-55
7 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2007.12.27 수리 (Accepted) 1-1-2007-0938611-10
8 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2008.01.28 수리 (Accepted) 1-1-2008-0068217-51
9 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2008.02.27 수리 (Accepted) 1-1-2008-0143591-05
10 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2008.03.07 수리 (Accepted) 4-1-2008-0003929-31
11 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)
2008.03.27 수리 (Accepted) 1-1-2008-0223017-74
12 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment
2008.03.27 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2008-0223016-28
13 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2008.06.12 수리 (Accepted) 4-1-2008-5093865-89
14 거절결정서
Decision to Refuse a Patent
2008.07.04 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2008-0359404-87
15 명세서 등 보정서(심사전치)
Amendment to Description, etc(Reexamination)
2008.09.05 보정각하 (Rejection of amendment) 7-1-2008-0039881-63
16 보정각하결정서
Decision of Rejection for Amendment
2008.09.18 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2008-0483103-70
17 심사전치출원의 심사결과통지서
Notice of Result of Reexamination
2008.09.18 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2008-0483104-15
18 심사관의견요청서
Request for Opinion of Examiner
2008.10.31 수리 (Accepted) 7-8-2008-0036809-89
19 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2009.11.17 수리 (Accepted) 4-1-2009-5220324-82
20 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2015.07.22 수리 (Accepted) 4-1-2015-5098802-16
21 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2016.09.05 수리 (Accepted) 4-1-2016-5127132-49
22 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2018.03.02 수리 (Accepted) 4-1-2018-5036549-31
23 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2018.12.27 수리 (Accepted) 4-1-2018-5266647-91
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
사용자가 지정한 프레임쉬프트의 종류에 대응되도록,뉴클레오타이드의 서열을 패턴으로 표현하고, 상기 패턴에 포함되는 뉴클레오타이드를 설정하는 패턴 모듈;특정 뉴클레오타이드 서열에 대응하는 시그널을 정의하는 시그널 모듈;스템-루프(Stem-Loop) 또는 슈도노트를 지정할 수 있는 이차구조 모듈;뉴클레오티드의 의미없는 서열로 이루어지는 스페이서의 길이를 입력하는 스페이서 모듈;을 조합하여, 사용자가 입력한 타겟 유전자의 뉴클레오타이드 서열에서, 상기 프레임쉬프트 위치를 예측할 수 있는 유전자 서열에서의 프레임쉬프트 위치 예측 시스템
2 2
제1항에 있어서, 상기 프레임쉬프트는 -1 프레임쉬프트, 원핵 유전자의 +1 프레임쉬프트 및 진핵 생물 유전자의 +1 프레임쉬프트를 포함하여 이루어지는 것을 특징으로 하는 유전자 서열에서의 프레임쉬프트 위치 예측 시스템
3 3
제1항에 있어서,상기 -1 프레임쉬프트에서,상기 패턴은 X XXY YYZ 형식의 패턴이고, X는 N(아데닌, 구아닌, 시토신, 티민), Y는 W(아데닌 또는 시토신), Z는 H(아데닌, 시토신, 티민)이 대입되는 패턴 모듈;4 내지 11 뉴클레오타이드의 스페이서 모듈;스템-루프(Stem-Loop) 또는 슈도노트를 지정할 수 있는 이차구조 모듈;이 순차적으로 이루어지는 것을 특징으로 하는 유전자 서열에서의 프레임쉬프트 위치 예측 시스템
4 4
제1항에 있어서,상기 원핵 유전자의 +1 프레임쉬프트에서,GGGA 또는 AGGG 또는 GGAG 또는 GGGG의 샤인 달가노 서열을 가지는 상류 시그널 모듈;3 뉴클레오타이드의 스페이서를 가지는 스페이서 모듈;CUU, URA, C 의 서열을 가지는 하류 시그널 모듈;이 순차적으로 이루어지는 것을 특징으로 하는 유전자 서열에서의 프레임쉬프트 위치 예측 시스템
5 5
제4항에 있어서,상기 R은 아데닌 또는 구아닌이 대입될 수 있는 것을 특징으로 하는 유전자 서열에서의 프레임쉬프트 위치 예측 시스템
6 6
제1항에 있어서,상기 진핵 생물 유전자의 +1 프레임쉬프트에서,UUU UGA 또는 UCC UGA 또는 CCC UGA를 가지는 시그널 모듈;4 내지 11 뉴클레오타이드의 스페이서를 가지는 스페이서 모듈;스템-루프(Stem-Loop) 또는 슈도노트를 지정할 수 있는 이차구조 모듈;이 순차적으로 이루어지는 것을 특징으로 하는 유전자 서열에서의 프레임쉬프트 위치 예측 시스템
7 7
사용자가 원하는 프레임쉬프트 모델을 설정하는 단계;뉴클레오타이드의 서열을 패턴으로 표현하고, 상기 패턴에 포함되는 뉴클레오타이드를 설정하는 패턴 모듈과, 특정 뉴클레오타이드 서열에 대응하는 시그널을 정의하는 시그널 모듈과, 스템-루프(Stem-Loop) 또는 슈도노트를 지정할 수 있는 이차구조 모듈과, 스페이서의 길이를 입력하는 스페이서 모듈에 데이터를 입력하는 단계;사용자가 원하는 타겟 유전자에 대한 유전자 서열 데이터를 로딩시켜 상기 단계에서 설정한 사용자지정 프레임쉬프트 모델을 검색하는 단계;를 포함하여 이루어지는 것을 특징으로 하는 유전자 서열에서의 프레임쉬프트 위치 예측 방법
8 8
제7항에 있어서,상기 검색하는 단계에 있어서,각 모듈 중에서 중요도가 높은 모듈을 기준 모듈로 설정하는 단계;를 더 포함하며, 상기 유전자 서열 데이터에서 상기 기준 모듈을 우선 검색하는 것을 특징으로 하는 유전자 서열에서의 프레임쉬프트 위치 예측 방법
지정국 정보가 없습니다
순번, 패밀리번호, 국가코드, 국가명, 종류의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 패밀리정보 - 패밀리정보 표입니다.
순번 패밀리번호 국가코드 국가명 종류
1 US20080103745 US 미국 FAMILY

DOCDB 패밀리 정보

순번, 패밀리번호, 국가코드, 국가명, 종류의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 패밀리정보 - DOCDB 패밀리 정보 표입니다.
순번 패밀리번호 국가코드 국가명 종류
1 US2008103745 US 미국 DOCDBFAMILY
국가 R&D 정보가 없습니다.