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접미사 트리의 병렬 생성을 위한 트라이 자료구조 기반 접미사 병렬 분할 방법

  • 기술번호 : KST2015157976
  • 담당센터 : 인천기술혁신센터
  • 전화번호 : 032-420-3580
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 접미사 트리의 병렬 생성을 위한 트라이 자료구조 기반 접미사 병렬 분할 방법이 개시된다. 접미사 병렬 분할 방법은, 입력 문자열의 샘플 문자열(sampled string)을 이용하여 접미사의 공통 접두사를 표현하는 자료 구조인 분할 트라이(partition trie)를 생성하는 단계; 상기 분할 트라이의 각 노드에 대해 MSL(modified suffix link)을 계산하는 단계; 및 상기 MSL을 이용하여 상기 입력 문자열에 대한 접미사 인덱스를 상기 분할 트라이 내에서 각 접미사에 해당되는 노드로 이동시키는 단계를 포함할 수 있다.
Int. CL G06F 9/38 (2006.01) G06F 17/20 (2006.01)
CPC G06F 9/38(2013.01) G06F 9/38(2013.01)
출원번호/일자 1020120117022 (2012.10.22)
출원인 인하대학교 산학협력단
등록번호/일자 10-1355254-0000 (2014.01.17)
공개번호/일자
공고번호/일자 (20140128) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2012.10.22)
심사청구항수 3

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 인하대학교 산학협력단 대한민국 인천광역시 미추홀구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 심정섭 대한민국 인천 남동구
2 나중채 대한민국 서울 강남구
3 서준호 대한민국 서울 송파구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 양성보 대한민국 서울특별시 강남구 선릉로***길 ** (논현동) 삼성빌딩 *층(피앤티특허법률사무소)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 인하대학교 산학협력단 인천광역시 미추홀구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application		 2012.10.22 수리 (Accepted) 1-1-2012-0855047-62
2 [대리인선임]대리인(대표자)에 관한 신고서
[Appointment of Agent] Report on Agent (Representative)		 2013.05.16 수리 (Accepted) 1-1-2013-0434981-18
3 [우선심사신청]심사청구(우선심사신청)서
[Request for Preferential Examination] Request for Examination (Request for Preferential Examination)		 2013.06.17 수리 (Accepted) 1-1-2013-0537570-94
4 [우선심사신청]선행기술조사의뢰서
[Request for Preferential Examination] Request for Prior Art Search		 2013.06.19 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
5 [우선심사신청]선행기술조사보고서
[Request for Preferential Examination] Report of Prior Art Search		 2013.06.26 수리 (Accepted) 9-1-2013-0049439-16
6 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2013.08.28 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2013-0599137-15
7 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2013.10.28 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2013-0973947-18
8 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)		 2013.10.28 수리 (Accepted) 1-1-2013-0973946-62
9 최후의견제출통지서
Notification of reason for final refusal		 2013.11.18 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2013-0789867-83
10 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2013.11.20 보정승인 (Acceptance of amendment) 1-1-2013-1054085-34
11 등록결정서
Decision to grant		 2014.01.10 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2014-0023604-73
12 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2015.07.22 수리 (Accepted) 4-1-2015-5098802-16
13 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2016.09.05 수리 (Accepted) 4-1-2016-5127132-49
14 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2018.03.02 수리 (Accepted) 4-1-2018-5036549-31
15 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2018.12.27 수리 (Accepted) 4-1-2018-5266647-91
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
접미사 트리의 병렬 생성을 위한 접미사 병렬 분할 방법에 있어서,입력 문자열의 샘플 문자열(sampled string)을 이용하여 접미사의 공통 접두사를 표현하는 자료 구조인 분할 트라이(partition trie)를 생성하는 단계;상기 분할 트라이의 각 노드에 대해 MSL(modified suffix link)을 계산하는 단계; 및상기 MSL을 이용하여 상기 입력 문자열에 대한 접미사 인덱스를 상기 분할 트라이 내에서 각 접미사에 해당되는 노드로 이동시키는 단계를 포함하고,상기 분할 트라이를 생성하는 단계는,접두사들의 빈도 수를 기준으로 노드를 확장해가면서 상기 분할 트라이를 생성하는 것으로,(1) 상기 샘플 문자열에 포함된 부분 문자열을 추출한 후 상기 샘플 문자열을 루트 노드(root node)로 하고 상기 부분 문자열을 리프 노드(leaf node)로 정의하는 단계;(2) 상기 입력 문자열의 샘플 문자열만을 이용하여 상기 빈도 수를 계산하되, 상기 부분 문자열 각각에 대하여 상기 부분 문자열이 상기 샘플 문자열 내에서 등장하는 빈도 수를 계산하는 단계;(3) 상기 부분 문자열 중 상기 빈도 수가 임계치를 초과한 문자열에 대하여 상기 리프 노드를 확장하고 상기 빈도 수가 상기 임계치 이하인 문자열을 분할 노드(partition node)로 정의하는 단계; 및(4) 상기 리프 노드의 확장에 따라 상기 리프 노드 간에 연결된 문자열에 대하여 상기 샘플 문자열 내에서의 빈도 수를 계산한 후 상기 (3) 단계를 반복하는 단계를 포함하고,상기 MSL은 상기 분할 트라이의 각 노드가 표현하는 문자열의 접두사 중 가장 길이가 긴 접두사에 대응되는 노드이며,상기 분할 트라이 내에서 각 접미사에 해당되는 노드로 이동시키는 단계는,상기 입력 문자열의 가장 왼쪽부터 오른쪽으로 진행되는 것으로, 상기 루트 노드에서 시작하여 상기 입력 문자열의 첫 번째 접미사에 대응되는 분할 노드를 찾은 이후에는 상기 첫 번째 접미사에 대응하는 분할 노드를 기준으로 상기 MSL을 이용하여 내부 노드에서 상기 입력 문자열의 다음 접미사에 대응되는 분할 노드를 찾고,상기 입력 문자열에 대한 접미사 인덱스를 분할 노드 안으로 이동시키는 과정을 각각의 접두사에 대해 동시에 수행하되, 상기 입력 문자열을 쓰레드(thread) 개수만큼의 영역으로 분할한 후 분할된 영역 각각에 대해 하나의 쓰레드를 처리하는 것을 특징으로 하는 접미사 병렬 분할 방법
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삭제
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제1항에 있어서,상기 MSL을 계산하는 단계는,상기 분할 트라이에서 너비 우선 검색(breadth first search) 방식을 이용하여 각 노드의 MSL을 계산하는 것을 특징으로 하는 접미사 병렬 분할 방법
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제1항에 있어서,상기 분할 트라이 내에서 각 접미사에 해당되는 노드로 이동시키는 단계는,상기 입력 문자열의 모든 접미사에 대하여 각 접미사에 대응되는 분할 노드를 찾아 해당 접미사 인덱스를 삽입하는 것을 특징으로 하는 접미사 병렬 분할 방법
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삭제
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순번 연구부처 주관기관 연구사업 연구과제
1 교육과학기술부 인하대학교 산학협력단 핵심연구(개인) 차세대 유전체서열분석을 위한 근사문자열 알고리즘 개발