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하기 단계를 포함하는, 고체 기판(substrate) 상에서 표면 결합된 올리고뉴클레오타이드를 제조하는 방법:부분적으로 혼성화된 올리고뉴클레오타이드 결합체(complex)를 생성하기에 충분한 조건 하에서, 제1 고체 기판의 표면에 결합된 제1 올리고뉴클레오타이드의 서열에 상보적인 올리고뉴클레오타이드 서열을 포함하는 표적 올리고뉴클레오타이드를 상기 제1 올리고뉴클레오타이드와 접촉시키는 단계;분절 혼성화된 올리고뉴클레오타이드 결합체를 생성하기에 충분한 조건 하에서, 상기 부분적으로 혼성화된 올리고뉴클레오타이드 결합체의 표적 올리고뉴클레오타이드의 비혼성화된 부분에 상보적인 올리고뉴클레오타이드 서열을 포함하는 제2 올리고뉴클레오타이드를 상기 부분적으로 혼성화된 올리고뉴클레오타이드 결합체와 접촉시키는 단계; 및 상기 제1 올리고뉴클레오타이드와 상기 제2 올리고뉴클레오타이드를 공유결합시키기에 충분한 조건 하에서, 상기 분절 혼성화된 올리고뉴클레오타이드 결합체를 연결효소(ligase)와 접촉시켜, 상기 표적 올리고뉴클레오타이드의 뉴클레오타이드 서열에 상보적인 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 표면 결합된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 표면 결합된 올리고뉴클레오타이드 결합체를 생성하는 단계
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청구항 1에 있어서, 표적 올리고뉴클레오타이드를 제1 기판 표면과 접촉시키는 단계가 제1 올리고뉴클레오타이드를 표적 올리고뉴클레오타이드의 한 부분에 혼성화시키기에 충분한 조건 하에서 상기 제1 올리고뉴클레오타이드를 제2 고체 기판의 표면에 결합된 상기 표적 올리고뉴클레오타이드와 접촉시키는 것을 포함하는, 방법
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청구항 1에 있어서, 제2 올리고뉴클레오타이드가, 분절 혼성화된 올리고뉴클레오타이드 결합체가 표적 올리고뉴클레오타이드에 혼성화되지 않은 제2 올리고뉴클레오타이드의 적어도 한 부분을 포함하도록 부가적인 올리고뉴클레오타이드를 추가로 포함하는, 방법
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청구항 3에 있어서, 제1 올리고뉴클레오타이드와 제2 올리고뉴클레오타이드 사이의 공유결합을 형성하는 상기 단계 전에 표적 올리고뉴클레오타이드에 혼성화되지 않은 제2 올리고뉴클레오타이드의 적어도 한 부분을 연결하는(ligating) 단계를 추가로 포함하는 방법
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청구항 1에 있어서, 표면 결합된 올리고뉴클레오타이드 결합체로부터 표적 올리고뉴클레오타이드를 제거하기에 충분한 조건 하에서 상기 표면 결합된 올리고뉴클레오타이드 결합체로부터 상기 표적 올리고뉴클레오타이드를 제거하여 상기 표적 올리고뉴클레오타이드의 상보적인 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 제1 기판 표면 결합된 올리고뉴클레오타이드를 생성하는 단계를 추가로 포함하는 방법
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청구항 1에 있어서, 제1 올리고뉴클레오타이드가 제1 링커에 의해 제1 기판 표면에 결합되는, 방법
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청구항 6에 있어서, 제1 링커가 덴드론(dendron)을 포함하는, 방법
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청구항 7에 있어서, 덴드론이 하기 화학식 I로 표시되는, 방법:화학식 I-Z-[R1]m-Q1-{[R2-Q2]a-{(R3-Q3)b-[(R4-Q4)c-(R5-Y)x]y}z}n 상기 식에서, m, a, b 및 c는 각각 독립적으로 0 또는 1이고;x는 c가 0 또는 1인 경우 1이고, x는 1 내지 Q4의 산화 상태 - 1의 정수이고; y는 b가 0 또는 1인 경우 1이고, y는 1 내지 Q3의 산화 상태 - 1의 정수이고; z는 a가 0 또는 1인 경우 1이고, z는 1 내지 Q2의 산화 상태 - 1의 정수이고; n은 1 내지 Q1의 산화 상태 - 1의 정수이고; Q1은 3 이상의 산화 상태를 갖는 중심 원자이고;Q2, Q3 및 Q4는 각각 독립적으로 3 이상의 산화 상태를 갖는 분지 원자이고;R1, R2, R3, R4 및 R5는 각각 독립적으로 링커이고;Z는 제1 올리고뉴클레오타이드에 결합된 작용기이고;Y는 각각 독립적으로 작용기이고, 이때 복수의 Y가 제1 고체 기판 표면에 부착되되;n, x, y 및 z의 합은 3 이상이다
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청구항 8에 있어서, Z가 N, O, S, P 및 이들의 조합물로 구성된 군으로부터 선택된 헤테로원자를 포함하는, 방법
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청구항 8에 있어서, Z가 -NR-C(=X)-0-, -0-C(=X)-0-, -NR-C(=X)- 및 -0-C(=X)-로 구성된 군으로부터 선택된 작용기를 포함하고, 이때 X가 N, O 또는 S이고, R은 수소, 알킬, 사이클로알킬, 아랄킬, 아릴 또는 (사이클로알킬)알킬인, 방법
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청구항 8에 있어서,R1, R2, R3, R4 및 R5가 각각 독립적으로 4 내지 20개의 링커 쇄 원자를 포함하는 링커이고, 이때 링커 쇄 원자가 C, O, N, S 및 P로 구성된 군으로부터 각각 독립적으로 선택되는, 방법
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청구항 1에 있어서, 제1 고체 기판이 원자력 현미경(atomic force microscope) 팁(tip)인 방법
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청구항 1에 있어서, 제1 올리고뉴클레오타이드가 10 이상의 올리고뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법
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청구항 1에 있어서, 제2 올리고뉴클레오타이드가 10 이상의 올리고뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법
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청구항 1에 있어서, 표적 올리고뉴클레오타이드의 뉴클레오타이드 서열에 상보적인 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 단일 표면 결합된 올리고뉴클레오타이드를 생성하는 방법
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청구항 15에 있어서, 고체 기판이 원자력 현미경 팁인, 방법
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청구항 1에 있어서, 표면 결합된 올리고뉴클레오타이드 결합체가 고착된(tethered) 잔기(moiety)를 추가로 포함하는, 방법
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청구항 17에 있어서, 고착된 잔기가 표지, 프로브, 리간드, 펩타이드 또는 이들의 조합물을 포함하는, 방법
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하기 단계를 포함하는, 단일 가닥 올리고뉴클레오타이드를 제1 고체 기판 표면 상에 부착시키는 방법:제1 혼성화된 부분적 이중 가닥 올리고뉴클레오타이드 결합체를 생성하기에 충분한 조건 하에서, 제1 고체 기판의 표면에 결합된 제1 단일 가닥 올리고뉴클레오타이드의 뉴클레오타이드 서열에 상보적인 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 단일 가닥 표적 올리고뉴클레오타이드를 상기 제1 단일 가닥 올리고뉴클레오타이드와 접촉시키는 단계;분절 혼성화된 이중 가닥 올리고뉴클레오타이드 결합체를 생성하기에 충분한 조건 하에서, 상기 제1 혼성화된 부분적 이중 가닥 올리고뉴클레오타이드 결합체의 표적 올리고뉴클레오타이드의 비혼성화된 부분에 상보적인 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 제2 올리고뉴클레오타이드를 상기 제1 혼성화된 부분적 이중 가닥 올리고뉴클레오타이드 결합체와 접촉시키는 단계;상기 제1 올리고뉴클레오타이드와 상기 제2 올리고뉴클레오타이드를 공유결합시키기에 충분한 조건 하에서, 상기 분절 혼성화된 이중 가닥 올리고뉴클레오타이드 결합체를 연결효소와 접촉시켜 상기 표적 올리고뉴클레오타이드의 뉴클레오타이드 서열에 상보적인 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 제1 고체 기판 표면 결합된 이중 가닥 올리고뉴클레오타이드 결합체를 생성하는 단계; 및 상기 제1 고체 기판 표면 결합된 이중 가닥 올리고뉴클레오타이드 결합체를 변성시키기에 충분한 조건 하에서, 상기 제1 고체 기판 표면 결합된 이중 가닥 올리고뉴클레오타이드 결합체를 변성시켜 상기 표적 올리고뉴클레오타이드의 뉴클레오타이드 서열에 상보적인 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 제1 고체 기판 표면 결합된 단일 가닥 올리고뉴클레오타이드를 생성하는 단계
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하기 단계를 포함하는, 샘플에서 특정 올리고뉴클레오타이드의 존재를 확인하는 방법:샘플이 청구항 19의 방법에 의해 생성된, 고체 기판 표면에 결합된 단일 가닥 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 프로브 올리고뉴클레오타이드의 뉴클레오타이드 서열에 상보적인 뉴클레오타이드 서열을 갖는 특정 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 경우, 프로브-리간드 혼성화된 결합체를 생성하기에 충분한 조건 하에서 상기 샘플을 고체 기판 표면에 결합된 프로브 올리고뉴클레오타이드와 접촉시키는 단계; 및상기 고체 기판 표면 상의 프로브-리간드 혼성화된 결합체의 존재를 확인하는 단계로서, 이때 상기 고체 기판 표면 상의 프로브-리간드 혼성화된 결합체의 존재는 상기 특정 올리고뉴클레오타이드가 상기 샘플에 존재한다는 표시인, 단계
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청구항 20에 있어서, 제1 고체 기판이 원자력 현미경 팁인, 방법
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