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서열번호 113 내지 168로 기재된 아미노산 서열 중 어느 하나의 서열을 갖는 타이로신 탈인산화효소(protein tyrosine phosphatase; 이하, PTP) 활성 도메인 또는 서열번호 256 내지 260 및 서열번호 271 내지 290으로 기재된 아미노산 서열 중 어느 하나의 서열을 갖는 PTP 단백질을 가수분해 처리하여 생성된 PTP의 발현량 정량 분석용 표준 펩타이드
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제 1항에 있어서, 서열번호 169 내지 255로 구성된 군으로부터 선택되는 아미노산 서열을 갖는 것을 특징으로 하는 표준 펩타이드
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서열번호 169 내지 255로 구성된 군으로부터 선택되는 아미노산 서열을 가진 PTP의 발현 정량 분석용 합성 표준 펩타이드
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제 3항에 있어서, 산화위험성이 있는 잔기를 포함하는 아미노산인 시스테인 및 메티오닌을 제외한 아미노산이 안정한 동위원소를 가진 아미노산인 류신, 발린, 아르기닌 또는 리신으로 치환되는 것을 특징으로 하는 합성 표준 펩타이드
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제 4항에 있어서, 치환은 합성 과정에서 안정한 동위원소를 가진 아미노산인 류신, 발린, 아르기닌 또는 리신을 첨가함으로써 이루어지거나, 합성 후 특정 아미노산에 안정한 동위원소를 가진 기능기를 표지함으로써 수행되는 것을 특징으로 하는 합성 표준 펩타이드
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삭제
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제 4항에 있어서, 안정한 동위원소는 13C, 15N 및 2H로 이루어진 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 표준 펩타이드
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8
제 1항의 표준 펩타이드 또는 제 3항의 합성 표준 펩타이드에 특이적으로 결합할 수 있는 항체
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제 8항에 있어서, 항체는 다클론 항체 또는 단클론 항체인 것을 특징으로 하는 항체
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1) 피검체로부터 분리된 시료를 가수분해하는 단계;
2) 단계 1)의 가수분해된 시료에 제 4항의 합성 표준 펩타이드를 첨가하는 단계;
3) 단계 2)의 가수분해된 시료로부터 야생형 및 동위원소로 치환된 합성 표준 펩타이드를 추출하여 정량분석하는 단계; 및,
4) 단계 3)의 야생형 펩타이드의 발현량과 동위원소로 치환된 합성 표준 펩타이드의 양을 비교하여 야생형 펩타이드 발현량의 절대값을 구하는 단계를 포함하는 PTP 정량 방법
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제 10항에 있어서, 단계 1)의 시료는 혈액, 조직 및 분비물로 이루어진 군으로부터 선택된 어느 하나인 것을 특징으로 하는 방법
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제 10항에 있어서, 단계 1)의 가수분해는 트립신, 키모트립신, 펩신, 써몰리신 및 프로티나제 K로 이루어진 군으로부터 선택된 어느 하나인 것을 특징으로 하는 방법
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제 10항에 있어서, 단계 3)의 표준 펩타이드의 추출은 상기 펩타이드에 특이적으로 결합할 수 있는 항체 또는 리간드를 이용하여 추출할 수 있는 것을 특징으로 하는 방법
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제 13항에 있어서, 항체는 다클론 항체 또는 단클론 항체인 것을 특징으로 하는 방법
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제 13항에 있어서, 항체는 다클론 항체인 것을 특징으로 하는 방법
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제 10항에 있어서, 단계 3)의 정량분석은 LC/MS 질량분석 방법, SELDI(Surface-Enchanced Laser Desorption/Ionization) 및 샌드위치 ELISA를 이용한 정량분석 방법으로 이루어진 군으로부터 선택된 어느 하나의 방법에 의해 수행되는 것을 특징으로 하는 방법
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17
1) 피검체로부터 분리된 시료로부터 PTP를 농축하는 단계;
2) 단계 1)의 농축된 시료를 가수분해하는 단계;
3) 단계 2)의 가수분해된 시료에 제 4항의 합성 표준 펩타이드를 첨가하는 단계; 및,
4) 단계 3)의 야생형 펩타이드의 발현량과 동위원소로 치환된 합성 표준 펩타이드의 양을 비교하여 야생형 펩타이드 발현량의 절대값을 구하는 단계를 포함하는 PTP 정량 방법
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제 17항에 있어서, 단계 1)의 PTP 농축은 PTP 효소 활성부위에 결합하는 화합물을 사용하여 수행되는 것을 특징으로 하는 방법
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1) 암에 걸린 개체로부터 분리된 시료를 가수분해하는 단계;
2) 단계 1)의 가수분해된 시료에 제 4항의 합성 표준 펩타이드를 첨가하는 단계;
3) 단계 2)의 가수분해된 시료로부터 야생형 및 동위원소로 치환된 합성 표준 펩타이드를 추출하여 정량분석하는 단계;
4) 단계 3)의 야생형 펩타이드의 발현량과 동위원소로 치환된 합성 표준 펩타이드의 양을 비교하여 야생형 펩타이드 발현량의 절대값을 구하는 단계; 및,
5) 단계 4)의 절대값과 정상 개체에게서의 야생형 펩타이드 발현량의 절대값을 비교하여 정상 개체와 통계적으로 유의한 차이를 보이는 표준 펩타이드를 확인하는 단계를 포함하는 암 관련 바이오 마커를 스크리닝하는 방법
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1) 특정 질환을 앓고 있는 개체로부터 분리된 시료를 가수분해하는 단계;
2) 단계 1)의 가수분해된 시료에 제 4항의 합성 표준 펩타이드를 첨가하는 단계;
3) 단계 2)의 가수분해된 시료로부터 야생형 및 동위원소로 치환된 합성 표준 펩타이드를 추출하여 정량분석하는 단계;
4) 단계 3)의 야생형 펩타이드의 발현량과 동위원소로 치환된 합성 표준 펩타이드의 양을 비교하여 야생형 펩타이드 발현량의 절대값을 구하는 단계; 및,
5) 단계 4)의 절대값과 정상 개체에게서의 야생형 펩타이드 발현량의 절대값을 비교하여 정상 개체와 통계적으로 유의한 차이를 보이는 표준 펩타이드를 확인하는 단계를 포함하는 특정 질환 특이적 바이오 마커를 스크리닝하는 방법
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1) 암에 걸린 개체로부터 분리된 시료를 가수분해하는 단계;
2) 단계 1)의 가수분해된 시료에 제 19항의 방법으로 스크리닝된 하나 이상의 바이오 마커의 동위원소로 치환된 합성 표준 펩타이드를 첨가하는 단계;
3) 단계 2)의 가수분해된 시료로부터 야생형 및 동위원소로 치환된 합성 표준 펩타이드를 추출하여 정량분석하는 단계;
4) 단계 3)의 야생형 펩타이드의 발현량과 동위원소로 치환된 합성 표준 펩타이드의 양을 비교하여 야생형 펩타이드 발현량의 절대값을 구하는 단계; 및,
5) 단계 4)의 절대값과 정상 개체에게서의 야생형 펩타이드 발현량의 절대값을 비교하여 정상 개체와 유의한 차이를 보이는 표준 펩타이드를 확인하는 단계를 포함하는 암 질환의 진단을 위한 정보를 제공하는 방법
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1) 피검체로부터 분리된 시료로부터 PTP를 농축하는 단계;
2) 단계 1)의 농축된 시료를 가수분해하는 단계;
3) 단계 2)의 가수분해된 시료에 제 19항의 방법으로 스크리닝된 하나 이상의 바이오 마커의 동위원소로 치환된 합성 표준 펩타이드를 첨가하는 단계; 및,
4) 단계 3)의 야생형 펩타이드의 발현량과 동위원소로 치환된 합성 표준 펩타이드의 양을 비교하여 야생형 펩타이드 발현량의 절대값을 구하는 단계; 및,
5) 단계 4)의 절대값과 정상 개체에게서의 야생형 펩타이드 발현량의 절대값을 비교하여 정상 개체와 유의한 차이를 보이는 개체를 확인하는 단계를 포함하는 암질환의 진단을 위한 정보를 제공하는 방법
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제 22항에 있어서, 단계 1)의 PTP 농축은 PTP 효소 활성부위에 결합하는 화합물을 사용하여 수행되는 것을 특징으로 하는 방법
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제 8항의 항체를 포함하는 암 질환 진단용 키트
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제 24항에 있어서, 항체는 다클론 또는 단클론 항체인 것을 특징으로 하는 암 질환 진단용 키트
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제 1항의 표준 펩타이드 또는 제 3항의 합성 표준 펩타이드에 특이적으로 결합할 수 있는 제 1 단클론 항체 및 상기 제 1 단클론 항체가 결합한 부위를 제외한 부위에 특이적으로 결합할 수 있는 제 2 단클론 항체를 포함하는 암 질환 진단용 키트
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제 26항에 있어서, 제 2 단클론 항체에 결합할 수 있으며, 발색 반응용 기질과 반응할 수 있는 효소가 표지 된 2차 항체 또는 바이오틴으로 표지 된 2차 항체를 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는 암 질환 진단용 키트
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