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다음의 단계를 포함하는 세포내 타겟분자에 특이적으로 결합하는 세포내 타겟팅(intracellular targeting) 바이포달 펩타이드 바인더(bipodal peptide binder)의 제조방법:(a) (i) 가닥간(interstrand) 비공유결합이 형성되는 패러럴(parallel), 안티패러럴(antiparallel) 또는 패러럴(parallel)과 안티패러럴(antiparallel) 아미노산 가닥들을 포함하는 구조 안정화 부위(structure stabilizing region); (ii) 상기 구조 안정화 부위의 양 말단에 결합되어 있고 무작위적으로 선택된 각각 n 및 m 개의 아미노산을 포함하는 타겟 결합 부위 I(target binding region I) 및 타겟 결합 부위 II(target binding region II)를 포함하는 바이포달 펩타이드 바인더의 라이브러리를 제공하는 단계;(b) 상기 라이브러리와 타겟을 접촉시키는 단계;(c) 상기 타겟과 결합된 바이포달 펩타이드 바인더를 선택하는 단계; 및(d) 상기 선택된 바이포달 펩타이드 바인더에 세포막투과 펩타이드(CPP)를 결합시키는 단계
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제 1 항에 있어서, 상기 구조 안정화 부위에 형성되는 가닥간 비공유결합은 수소결합, 정전기적 상호작용, 소수성상호작용, 반데르 발스 상호작용, 파이-파이 상호작용, 양이온-파이 상호작용 또는 이들의 조합인 것을 특징으로 하는 방법
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제 1 항에 있어서, 상기 구조 안정화 부위의 아미노산 가닥들은 링커로 연결된 것을 특징으로 하는 방법
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제 1 항에 있어서, 상기 구조 안정화 부위는 헤어핀, β-헤어핀, 베타-턴, 링커로 연결된 β-쉬트, 루이신 지퍼, 링커로 연결된 루이신 지퍼, 루이신 리치 모티프 또는 링커로 연결된 루이신 리치 모티프인 것을 특징으로 하는 방법
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제 4 항에 있어서, 상기 구조 안정화 부위는 β-헤어핀인 것을 특징으로 하는 방법
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제 5 항에 있어서, 상기 β-헤어핀은 서열목록 제 1 서열 내지 제 19 서열로 구성된 군으로부터 선택되는 아미노산 서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법
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제 6 항에 있어서, 상기 β-헤어핀은 서열목록 제 2 서열, 제 14 서열 또는 제 18 서열로부터 선택되는 아미노산 서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법
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제 5 항에 있어서, 상기 β-헤어핀은 다음 일반식 I 로 표시되는 것을 특징으로 하는 방법:일반식 IX1 은 Ser 또는 Gly-Glu 이고, X2 및 X''2 는 서로 독립적으로 Thr, His, Val, Ile, Phe 또는 Tyr 이며, X3 는 Trp 또는 Tyr 이고, X4 는 타입 I, 타입 I'', 타입 II, 타입 II'' 또는 타입 III 또는 타입 III'' 턴 서열이고, X5 는 Trp 또는 Phe 이며, X6는 Trp 또는 Val 이고, X7는 Lys 또는 Thr-Glu 이다
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제 5 항에 있어서, 상기 β-헤어핀은 다음 일반식 II로 표시되는 것을 특징으로 하는 방법:일반식 IIX1 은 Arg, Gly-Glu 또는 Lys-Lys 이고, X2 는 Gln 또는 Thr 이며, X3 는 타입 I, 타입 I'', 타입 II, 타입 II'' 또는 타입 III 또는 타입 III'' 턴 서열이고, X4는 Gln, Thr-Glu 또는 Gln-Glu 이다
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제 5 항에 있어서, 상기 β-헤어핀은 다음 일반식 III으로 표시되는 것을 특징으로 하는 방법:일반식 IIIX1 은 Lys 또는 Lys-Lys 이고, X2 는 Trp 또는 Tyr 이고, X3 는 Val 또는 Thr 이며, X4 는 타입 I, 타입 I'', 타입 II, 타입 II'' 또는 타입 III 또는 타입 III'' 턴 서열이고, X5 는 Trp 또는 Ala 이며, X6 는 Trp 또는 Val 이고, X7 은 Glu 또는 Gln-Glu 이다
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제 5 항에 있어서, 상기 β-헤어핀은 다음 일반식 IV로 표시되는 것을 특징으로 하는 방법:일반식 IVX1은 Lys-Thr 또는 Gly 이고, X2는 Trp 또는 Tyr 이고, X3는 타입 I, 타입 I'', 타입 II, 타입 II'' 또는 타입 III 또는 타입 III'' 턴 서열이고, X4 는 Thr-Glu 또는 Gly 이다
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제 8 항에 있어서, 상기 β-헤어핀은 상기 일반식 I 에서 X1 은 Ser 또는 Gly-Glu 이고, X2 및 X''2 는 서로 독립적으로 Thr, His 또는 Val 이며, X3 는 Trp 또는 Tyr 이고, X4 는 타입 I, 타입 I'', 타입 II 또는 타입 II'' 서열이고, X5 는 Trp 또는 Phe 이며, X6는 Trp 또는 Val 이고, X7는 Lys 또는 Thr-Glu 이다
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제 1 항에 있어서, 상기 타겟 결합 부위 I 의 아미노산 개수 n 은 2-20 인 것을 특징으로 하는 방법
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제 1 항에 있어서, 상기 타겟 결합 부위 II의 아미노산 개수 m 은 2-20 인 것을 특징으로 하는 방법
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제 1 항에 있어서, 상기 라이브러리는 플라스미드, 박테리오파아지, 파아지미드로, 이스트 또는 박테리아로부터 제작된 것을 특징으로 하는 방법
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제 1 항에 있어서, 상기 타겟 결합 부위 I 및 타겟 결합 부위 II는 타겟에 공동으로 작용하여 결합하는 것을 특징으로 하는 방법
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제 1 항에 있어서, 상기 세포막투과 펩타이드(CPP)는 구조 안정화 부위, 타겟 결합 부위 I(target binding region I) 또는 타겟 결합 부위 II(target binding region II)에 결합되어 있는 것을 특징으로 하는 방법
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제 1 항에 있어서, 상기 세포막투과 펩타이드(CPP)는 HIV-1 Tat 단백질, 올리고알지닌, ANTP 펩타이드, HSV VP22 전사조절단백질, vFGF 에서 유래된 MTS 펩타이드, Penetratin, Transportan, Pep-1 펩타이드, Pep-7 펩타이드, Buforin II, MAP(model amphiphatic peptide), k-FGF, Ku 70, pVEC, SynB1 또는 HN-1 인 것을 특징으로 하는 방법
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19
제 1 항에 있어서, 상기 세포내 타겟분자는 세포막 단백질의 세포질 영역, 세포질 단백질, 소기관(organelled) 단백질, 핵 단백질, 세포 내 핵산분자 또는 세포 내 화학물질인 것을 특징으로 하는 방법
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제 19 항에 있어서, 상기 세포내 타겟분자는 암발생 관련 단백질, 아폽토시스 관련 단백질, 수용체의 세포질 영역, G- protein coupled receptor 의 세포질 영역, 호르몬, 호르몬 수용체, 효소, Histone deacetylase (HDAC), 면역관련 단백질, Toll-like receptors 의 시그널링에 관여하는 세포내 단백질, 혈액응고 관련 단백질, ER(endoplasmic reticulum)에 있는 단백질, 마이토콘드리아에 있는 단백질 또는 핵 단백질인 것을 특징으로 하는 방법
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(a) 가닥간(interstrand) 비공유결합이 형성된 패러럴(parallel), 안티패러럴(antiparallel) 또는 패러럴(parallel)과 안티패러럴(antiparallel) 아미노산 가닥들을 포함하는 구조 안정화 부위(structure stabilizing region);(b) 상기 구조 안정화 부위의 양 말단에 결합되어 있고 무작위적으로 선택된 각각 n 및 m 개의 아미노산을 포함하는 타겟 결합 부위 I(target binding region I) 및 타겟 결합 부위 II(target binding region II); 및(c) 상기 구조 안정화 부위 또는 상기 타겟 결합 부위에 결합된 세포막투과 펩타이드(CPP)를 포함하는 세포내 타겟분자에 특이적으로 결합하는 세포내 타겟팅(intracellular targeting) 바이포달 펩타이드 바인더
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제 21 항에 있어서, 상기 구조 안정화 부위에 형성된 가닥간 비공유결합은 수소결합, 정전기적 상호작용, 소수성상호작용, 반데르 발스 상호작용, 파이-파이 상호작용, 양이온-파이 상호작용 또는 이들의 조합인 것을 특징으로 하는 바이포달 펩타이드 바인더
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제 21 항에 있어서, 상기 구조 안정화 부위의 아미노산 가닥들은 링커로 연결된 것을 특징으로 하는 바이포달 펩타이드 바인더
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제 21 항에 있어서, 상기 구조 안정화 부위는 헤어핀, β-헤어핀, 베타-턴, 링커로 연결된 β-쉬트, 루이신 지퍼 또는 링커로 연결된 루이신 지퍼, 루이신 리치 모티프인 것을 특징으로 하는 바이포달 펩타이드 바인더
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제 21 항에 있어서, 상기 구조 안정화 부위는 β-헤어핀인 것을 특징으로 하는 바이포달 펩타이드 바인더
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제 25 항에 있어서, 상기 β-헤어핀은 서열목록 제 1 서열 내지 제 19 서열로 구성된 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 바이포달 펩타이드 바인더
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제 26 항에 있어서, 상기 β-헤어핀은 서열목록 제 2 서열, 제 14 서열 또는 제 18 서열로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 바이포달 펩타이드 바인더
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제 25 항에 있어서, 상기 β-헤어핀은 다음 일반식 I 로 표시되는 것을 특징으로 하는 바이포달 펩타이드 바인더:일반식 IX1 은 Ser 또는 Gly-Glu 이고, X2 및 X''2 는 서로 독립적으로 Thr, His, Val, Ile, Phe 또는 Tyr 이며, X3 는 Trp 또는 Tyr 이고, X4 는 타입 I, 타입 I'', 타입 II, 타입 II'' 또는 타입 III 또는 타입 III'' 턴 서열이고, X5 는 Trp 또는 Phe 이며, X6는 Trp 또는 Val 이고, X7는 Lys 또는 Thr-Glu 이다
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제 25 항에 있어서, 상기 β-헤어핀은 다음 일반식 II로 표시되는 것을 특징으로 하는 바이포달 펩타이드 바인더:일반식 IIX1 은 Arg, Gly-Glu 또는 Lys-Lys 이고, X2 는 Gln 또는 Thr 이며, X3 는 타입 I, 타입 I'', 타입 II, 타입 II'' 또는 타입 III 또는 타입 III'' 턴 서열이고, X4는 Gln, Thr-Glu 또는 Gln-Glu 이다
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제 25 항에 있어서, 상기 β-헤어핀은 다음 일반식 III으로 표시되는 것을 특징으로 하는 바이포달 펩타이드 바인더:일반식 IIIX1 은 Lys 또는 Lys-Lys 이고, X2 는 Trp 또는 Tyr 이고, X3 는 Val 또는 Thr 이며, X4 는 타입 I, 타입 I'', 타입 II, 타입 II'' 또는 타입 III 또는 타입 III'' 턴 서열이고, X5 는 Trp 또는 Ala 이며, X6 는 Trp 또는 Val 이고, X7 은 Glu 또는 Gln-Glu 이다
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제 25 항에 있어서, 상기 β-헤어핀은 다음 일반식 IV로 표시되는 것을 특징으로 하는 바이포달 펩타이드 바인더:일반식 IVX1은 Lys-Thr 또는 Gly 이고, X2는 Trp 또는 Tyr 이고, X3는 타입 I, 타입 I'', 타입 II, 타입 II'' 또는 타입 III 또는 타입 III'' 턴 서열이고, X4 는 Thr-Glu 또는 Gly 이다
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제 26 항에 있어서, 상기 β-헤어핀은 상기 일반식 I 에서 X1 은 Ser 또는 Gly-Glu 이고, X2 및 X''2 는 서로 독립적으로 Thr, His 또는 Val 이며, X3 는 Trp 또는 Tyr 이고, X4 는 타입 I, 타입 I'', 타입 II 또는 타입 II'' 서열이고, X5 는 Trp 또는 Phe 이며, X6는 Trp 또는 Val 이고, X7는 Lys 또는 Thr-Glu 이다
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제 21 항에 있어서, 상기 타겟 결합 부위 I 의 아미노산 개수 n 은 2-20 인 것을 특징으로 하는 바이포달 펩타이드 바인더
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제 21 항에 있어서, 상기 타겟 결합 부위 II의 아미노산 개수 m 은 2-20 인 것을 특징으로 하는 바이포달 펩타이드 바인더
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제 21 항에 있어서, 상기 타겟 결합 부위 I 및 타겟 결합 부위 II는 타겟에 공동으로 작용하여 결합하는 것을 특징으로 하는 바이포달 펩타이드 바인더
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36
제 21 항에 있어서, 상기 세포막투과 펩타이드(CPP)는 구조 안정화 부위, 타겟 결합 부위 I(target binding region I) 또는 타겟 결합 부위 II(target binding region II)에 결합되어 있는 것을 특징으로 하는 바이포달 펩타이드 바인더
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제 21 항에 있어서, 상기 세포막투과 펩타이드(CPP)는 HIV-1 Tat 단백질, 올리고알지닌, ANTP 펩타이드, HSV VP22 전사조절단백질, vFGF 에서 유래된 MTS 펩타이드, Penetratin, Transportan, Pep-1 펩타이드, Pep-7 펩타이드, Buforin II, MAP(model amphiphatic peptide), k-FGF, Ku 70, pVEC, SynB1 또는 HN-1 인 것을 특징으로 하는 바이포달 펩타이드 바인더
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제 21 항에 있어서, 상기 세포내 타겟분자는 세포막 단백질의 세포질 영역, 세포질 단백질, 소기관(organelled) 단백질 또는 핵 단백질, 세포 내 핵산분자 또는 세포 내 화학물질인 것을 특징으로 하는 바이포달 펩타이드 바인더
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제 38 항에 있어서, 상기 세포내 타겟분자는 암발생 관련 단백질, 아폽토시스 관련 단백질, 수용체의 세포질 영역, G- protein coupled receptor 의 세포질 영역, 호르몬, 호르몬 수용체, 효소, Histone deacetylase (HDAC), 면역관련 단백질, Toll-like receptors 의 시그널링에 관여하는 세포내 단백질, 혈액응고 관련 단백질, ER(endoplasmic reticulum)에 있는 단백질, 마이토콘드리아에 있는 단백질 또는 핵 단백질인 것을 특징으로 하는 방법
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상기 제 21 항 내지 제 39 항 중 어느 한 항의 바이포달 펩타이드 바인더를 코딩하는 핵산 분자
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상기 제 40 항의 핵산 분자를 포함하는 바이포달 펩타이드 바인더의 발현용 벡터
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