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복수의 표적 ｍＲＮＡ에 적용 가능한 ｓｉＲＮＡ염기서열을 추출하는 방법

  • 기술번호 : KST2015193316
  • 담당센터 : 부산기술혁신센터
  • 전화번호 : 051-606-6561
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 siRNA 염기서열의 추출 방법에 관한 것으로, 키워드 트라이 (keyword trie)를 사용하여 보존된 염기서열을 검색하여 복수의 표적 mRNA에 적용 가능한 siRNA 염기서열을 추출하는 본 발명의 방법은, 상이한 혈청형 (serotype)을 갖는 다양한 종류의 바이러스의 복제를 전반적으로 억제할 수 있는 효과적인 siRNA를 설계하는데 매우 유용하다.
Int. CL C12N 15/11 (2010.01) C12N 15/10 (2010.01)
CPC G06F 19/22(2013.01) G06F 19/22(2013.01)
출원번호/일자 1020060048568 (2006.05.30)
출원인 울산대학교 산학협력단
등록번호/일자 10-0793505-0000 (2008.01.03)
공개번호/일자 10-2007-0114923 (2007.12.05) 문서열기
공고번호/일자 (20080114) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2006.05.30)
심사청구항수 5

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 울산대학교 산학협력단 대한민국 울산광역시 남구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 이희란 대한민국 서울 송파구
2 이휘선 대한민국 서울 강남구
3 안정현 대한민국 서울 동대문구
4 김유겸 대한민국 서울 성동구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 장성구 대한민국 서울특별시 서초구 마방로 ** (양재동, 동원F&B빌딩)(제일특허법인(유))

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 울산대학교 산학협력단 대한민국 울산 남구
번호, 서류명, 접수/발송일자, 처리상태, 접수/발송일자의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 행정처리 표입니다.
번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 특허출원서
Patent Application		 2006.05.30 수리 (Accepted) 1-1-2006-0382858-15
2 대리인사임신고서
Notification of resignation of agent		 2006.10.11 불수리 (Non-acceptance) 1-1-2006-0733903-16
3 대리인사임신고서
Notification of resignation of agent		 2006.10.17 수리 (Accepted) 1-1-2006-0747406-08
4 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search		 2007.02.12 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
5 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search		 2007.03.15 수리 (Accepted) 9-1-2007-0017326-64
6 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2007.05.23 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2007-0279884-89
7 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)		 2007.07.23 수리 (Accepted) 1-1-2007-0530137-22
8 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2007.07.23 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2007-0530151-62
9 등록결정서
Decision to grant		 2007.11.13 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2007-0605024-55
10 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2008.08.21 수리 (Accepted) 4-1-2008-5134663-69
11 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2013.11.29 수리 (Accepted) 4-1-2013-0057072-80
12 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2013.12.30 수리 (Accepted) 4-1-2013-5176374-15
13 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2016.06.20 수리 (Accepted) 4-1-2016-5080807-13
14 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2020.07.10 수리 (Accepted) 4-1-2020-5154267-54
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
(a) 복수의 표적 mRNA로부터 하나의 표적 mRNA을 선택하는 단계;(b) 상기 (a) 단계에서 선택된 표적 mRNA로부터 염기의 개수 m (mn, n은 상기 로딩된 표적 mRNA의 문자열 수의 최소값)인 서픽스 서열 (suffix sequence)을 키워드 (keyword)로서 생성하는 단계;(c) 상기 (b) 단계에서 생성한 키워드로 구성된 키워드 트라이 (keyword trie)를 형성하는 단계;(d) 상기 (a) 단계에서 이미 선택되었던 상기 표적 mRNA 외의 표적 mRNA를 선택하고 이로부터 염기의 수가 m인 서픽스 서열을 키워드로 생성하는 단계;(e) 상기 (d) 단계에서 생성한 키워드를 상기 키워드 트라이에 추가하되, 이미 키워드 트라이를 구성하고 있는 키워드와 상기 추가되는 키워드를 비교하여 모든 염기가 일치되는 완전 상동 보존 패턴 (complete homology conserved pattern) 이외의 염기 배열은 키 (key) 값에서 제외하는 방법, 또는 일정 부분의 염기서열은 완전히 일치하고 그 외의 서열에 대해서는 일치하지 않는 염기서열의 개수, k (0kp, k는 정수, p는 상기 m에서 상기 완전 일치하는 염기서열의 염기 개수를 제한 값)를 검색자가 선택하여 상기 완전히 일치되는 서열의 위치를 기준으로 표적 mRNA의 5' 방향으로 추가적으로 서열을 검색하여 불일치하는 서열의 개수가 k인 불완전 상동 보존 패턴 (incomplete homology conserved pattern) 외의 염기배열은 키 값에서 제외하는 방법에 의해 키워드 트라이를 확장하는 단계; (f) 이미 선택되었던 표적 mRNA 외의 표적 mRNA가 전부 선택될 때까지 상기 (d) 단계에서 상기 (e) 단계까지를 반복 수행하는 단계;(g) 상기 (f) 단계에서 형성된 확장된 키워드 트라이를 검색하여 완전 상동 보존 패턴 또는 불완전 상동 보존 패턴을 검색하여 추출하는 단계; 및(h) 상기 (g) 단계에서 추출된 보존 패턴에 적용 가능한 siRNA 후보군을 선정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는, 복수의 표적 mRNA로부터 siRNA 후보 염기서열을 추출하는 방법
2 2
(a) 복수의 표적 mRNA로부터 하나의 표적 mRNA을 선택하는 단계;(b) 상기 (a) 단계에서 선택된 표적 mRNA로부터 염기의 개수 m (mn, n은 상기 로딩된 표적 mRNA의 문자열 수의 최소값)인 서픽스 서열 (suffix sequence)을 키워드 (keyword)로서 생성하는 단계;(c) 상기 (b) 단계에서 생성한 키워드로 구성된 키워드 트라이 (keyword trie)를 형성하는 단계; (d) 상기 (a) 단계에서 이미 선택되었던 상기 표적 mRNA 외의 표적 mRNA를 선택하고 이로부터 염기의 수가 m인 서픽스 서열을 키워드로 생성하는 단계;(e) 상기 (d) 단계에서 생성한 키워드를 상기 키워드 트라이에 추가하되, 이미 키워드 트라이를 구성하고 있는 키워드와 상기 추가되는 키워드를 비교하여 모든 염기가 일치되는 완전 상동 보존 패턴 (complete homology conserved pattern) 이외의 염기 배열은 키 (key) 값에서 제외하는 방법, 또는 일정 부분의 염기서열은 완전히 일치하고 그 외의 서열에 대해서는 일치하지 않는 염기서열의 개수, k (0kp, k는 정수, p는 상기 m에서 상기 완전 일치하는 염기서열의 염기 개수를 제한 값)를 검색자가 선택하여 상기 완전히 일치되는 서열의 위치를 기준으로 표적 mRNA의 5' 방향으로 추가적으로 서열을 검색하여 불일치하는 서열의 개수가 k인 불완전 상동 보존 패턴 (incomplete homology conserved pattern) 외의 염기배열은 키 값에서 제외하는 방법에 의해 키워드 트라이를 확장하는 단계; (f) 이미 선택되었던 표적 mRNA 외의 표적 mRNA가 전부 선택될 때까지 상기 (d) 단계에서 상기 (e) 단계까지를 반복 수행하는 단계;(g) 상기 (f) 단계에서 형성된 확장된 키워드 트라이를 검색하여 완전 상동 보존 패턴 또는 불완전 상동 보존 패턴을 검색하여 추출하는 단계; (h) 상기 (g) 단계에서 추출된 보존 패턴에 적용 가능한 siRNA 후보군을 선정하는 단계; 및(i) 상기 (h) 단계에서 선정된 siRNA 염기서열 중에서,(1) 표적 mRNA의 염기서열 모티프가 AAN19TT, NAN19TT, AAN19NN, NAN19NN을 포함하는 제 1 조건;(2) G 염기 및 C 염기의 수가 전체 염기 수에 대해서 35%에서 52%사이에 존재하는 제 2 조건;(3) G 염기가 연속하여 3번을 초과하여 배열되어 있지 않아야 하는 제 3 조건;(4) A 또는 T 염기가 연속하여 4번을 초과하여 존재하지 않는 제 4 조건; 및(5) “A/U” 염기쌍이 위치 15에서 위치 19까지 최소한 3개가 존재하는 제 5 조건을 만족하는 것만을 추출하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는, 복수의 표적 mRNA로부터 siRNA 염기서열을 추출하는 방법
3 3
제 2 항에 있어서, 상기 추출된 siRNA 염기서열 중에서,(i) 퓨린이 위치 1에 있는 제 6 조건;(ii) A 염기가 위치 3에 있는 제 7 조건;(iii) U 염기가 위치 10에 있는 제 8 조건;(iv) G 이외의 염기가 위치 13에 있는 제 9 조건;(v) A 염기가 위치 19에 있는 제 10 조건;(vi) G 또는 C가 위치 19에 있는 제 11 조건; 및(vii) 피리딘이 위치 19에 있는 제 12 조건 중에서 상기 제 6, 7, 8, 10 및/또는 12의 조건을 만족하는 경우에는 각각 1점을 부가하고, 상기 9 및/또는 11을 부가하는 경우에는 1점을 감하여 최종 합계 후 정렬하여 미리 정해진 기준치 이상인 것만 추출하는 단계를 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는 방법
4 4
제 1 항 내지 제 3 항 중 어느 한 항에 기재된 방법을 실현시키기 위한 일련의 명령들을 포함하는 프로그램이 저장된, 컴퓨터로 판독 가능한 기록매체
5 5
제 4 항에 있어서, 추출된 siRNA 후보 염기서열 또는 siRNA 염기서열의 열역학 데이터를 계산하거나 인터넷 웹 서버로부터 전송받는 단계를 추가로 포함하는 프로그램이 저장된, 컴퓨터로 판독 가능한 기록매체
지정국 정보가 없습니다
패밀리정보가 없습니다
국가 R&D 정보가 없습니다.