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하나의 핵산상에서 서로 떨어져 있는 복수의 염기서열 요소들의 PCR 증폭 방법

  • 기술번호 : KST2015207876
  • 담당센터 : 대전기술혁신센터
  • 전화번호 : 042-610-2279
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 하나의 핵산상에서 서로 떨어져 있는 복수의 염기서열 요소들의 PCR 증폭 방법에 관한 것으로, 더욱 구체적으로 하나의 핵산상에서 서로 떨어진 DNA상의 복수의 염기서열 요소들을 DNA origami를 이용해 연접(bringing them in close proximity)시킨 후 해당 연접 서열들을 하나의 amplicon으로 PCR 증폭하는 방법에 관한 것이다.본 발명에 따르면, 한 염색체상에서 서로 떨어져 위치한 복수의 염기서열 요소들을 DNA origami를 매개로 한 PCR 방법을 통해 하나의 amplicon으로 손쉽게 증폭할 수 있으며, 상기 증폭된 PCR amplicon의 분석을 통해 서로 물리적 연관되어 있는 염기서열 요소들의 관계를 신속하고 효과적으로 밝힐 수 있다. 예컨대, 복수의 SNP와 같은 염기서열 다형성 부위들 또는 대립유전자들의 Haplotype phasing이 가능하며, 유전자 재조합(recombination) 기술에 의해 원하는 유전자가 원하는 부위에 삽입되었는지를 확인하는데 유용하다.
Int. CL C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/113 (2010.01) C12N 15/11 (2006.01)
CPC C12Q 1/686(2013.01) C12Q 1/686(2013.01) C12Q 1/686(2013.01) C12Q 1/686(2013.01)
출원번호/일자 1020120145765 (2012.12.13)
출원인 한국 한의학 연구원
등록번호/일자 10-1468585-0000 (2014.11.27)
공개번호/일자 10-2014-0077048 (2014.06.23) 문서열기
공고번호/일자 (20141203) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2012.12.13)
심사청구항수 9

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 한국 한의학 연구원 대한민국 대전광역시 유성구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 정상균 대한민국 대전 유성구
2 오수아 대한민국 대전 유성구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 이문섭 대한민국 서울특별시 관악구 남부순환로 ****, ***호 제니스국제특허법률사무소 (봉천동, 청동빌딩)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 한국 한의학 연구원 대전광역시 유성구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application		 2012.12.13 수리 (Accepted) 1-1-2012-1039449-18
2 보정요구서
Request for Amendment		 2012.12.24 발송처리완료 (Completion of Transmission) 1-5-2012-0152388-64
3 [출원서등 보정]보정서
[Amendment to Patent Application, etc.] Amendment		 2013.01.16 수리 (Accepted) 1-1-2013-0043389-27
4 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2013.06.11 수리 (Accepted) 4-1-2013-0024945-61
5 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search		 2013.10.07 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
6 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search		 2013.11.11 수리 (Accepted) 9-1-2013-0091172-40
7 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2014.05.27 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2014-0362412-10
8 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2014.07.25 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2014-0705928-11
9 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)		 2014.07.25 수리 (Accepted) 1-1-2014-0705927-76
10 등록결정서
Decision to grant		 2014.11.24 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2014-0803834-41
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번호 청구항
1 1
다음 단계들을 포함하는 한 핵산 분자상에서 서로 떨어져 있는 염기서열 요소들을 한꺼번에 PCR 증폭시키는 방법:1) 서로 떨어져 있는 염기서열 요소들을 오리가미(oRIgami) 형태로 연접시키기 위하여, 첫번째 염기서열 요소의 뒷부분(안티센스 서열의 5'쪽) 서열 및 두번째 염기서열 다형성 부위의 앞부분(안티센스 서열의 3'쪽) 서열과 각각 상보적인 서열들을 양끝에 가지며 가운데 3-10 뉴클레오타이드 길이의 링커를 포함하는 단일가닥 올리고뉴클레오티드인 DARI(Distance Arrangement by DNA oRIgami)를 사용하여 상기 염기서열 요소들의 주변서열과 상보적 결합을 유도하여 해당 염기서열 요소들을 연접시키는 단계;2) 연접된 염기서열 요소들이 포함된 단일 가닥 주형 DNA를 생성하는 단계; 및3) 상기 주형 DNA를 PCR을 통해 증폭하는 단계
2 2
제1항에 있어서, 상기 1) 단계에서 오리가미 형태로 연접되는 것은 상기 염기서열 요소들을 포함하는 핵산분자의 안티센스(anti-sense) 서열이고, 상기 2)단계에서 생성된 단일가닥 주형 DNA는 상기 염기서열 요소들을 포함하는 핵산분자의 센스(sense) 서열인 것을 특징으로 하는 PCR 증폭 방법
3 3
삭제
4 4
삭제
5 5
제1항에 있어서, 상기 2) 단계에서 상기 주형 DNA의 생성은 서로 떨어져 있는 염기서열 요소들을 연접시킨 DARI 올리고뉴클레오티드의 5’쪽 상부 쪽에 연접하거나 떨어진 곳에 또 다른 올리고뉴클레오티드인 MURI(MarginalUpstream todaRI)를 오리가미로 연접된 염기서열의 3’쪽에 상보결합시키고, 상기 MURI와 DARI를 DNA 중합반응과 라이게이션(Ligation) 반응을 통하여 공유결합 시키고 DARI의 3’쪽에 오리가미로 연접된 염기서열의 5’쪽 상보적 서열을 신장시키는 것을 특징으로 하는 PCR 증폭 방법
6 6
제5항에 있어서, 상기 MURI 올리고뉴클레오티드는 첫번째 염기서열 요소의 앞부분(안티센스 서열의 3'쪽) 서열과 상보적인 서열을 가지거나, 상기 앞부분 서열과 상보적인 서열 및 첫번째 염기서열 요소의 서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 PCR 증폭 방법
7 7
제5항에 있어서, 상기 3) 단계에서 상기 DARI와 MURI의 상보적 결합과 DNA 중합반응 및 라이게이션(ligation) 반응에 의해 생성된 원거리 염기서열 요소들을 포함하는 단일가닥의 DNA를 주형으로 하여 PCR을 통해 이를 증폭하는 것을 특징으로 하는 PCR 증폭 방법
8 8
제7항에 있어서, 상기 PCR 증폭을 위해 포워드 프라이머(Forward primer)로서 상기 MURI 올리고뉴클레오티드를 그대로 또는 첫번째 염기서열 요소의 앞부분(안티센스 서열의 3'쪽) 서열과 상보적인 서열을 사용하고, 리버스 프라이머(Reverse primer)로서 두번째 염기서열 요소의 뒷부분(안티센스 서열의 5'쪽) 서열을 사용하는 것을 특징으로 하는 PCR 증폭 방법
9 9
다음 단계들을 포함하는 한 핵산 분자상에서 서로 떨어져 있는 염기서열 요소들의 관계를 분석하는 방법으로서, 상기 서로 떨어져 있는 염기서열 요소들간의 관계 분석은 대립유전자들의 하플로타입 페이징(Haplotype phasing) 또는 유전자 재조합(recombination) 기술에 의해 원하는 유전자가 원하는 부위에 삽입되었는지를 확인하는 것을 특징으로 하는 분석 방법:1) 서로 떨어져 있는 염기서열 요소들을 오리가미(oRIgami) 형태로 연접시키기 위하여, 첫번째 염기서열 요소의 뒷부분(안티센스 서열의 5'쪽) 서열 및 두번째 염기서열 다형성 부위의 앞부분(안티센스 서열의 3'쪽) 서열과 각각 상보적인 서열들을 양끝에 가지며 가운데 3-10 뉴클레오타이드 길이의 링커를 포함하는 단일가닥 올리고뉴클레오티드인 DARI(Distance Arrangement by DNA oRIgami)를 사용하여 상기 염기서열 요소들의 주변서열과 상보적 결합을 유도하여 해당 염기서열 요소들을 연접시키는 단계;2) 연접된 염기서열 요소들이 포함된 단일 가닥 주형 DNA를 생성하는 단계; 및3) 상기 주형 DNA를 PCR을 통해 증폭하는 단계
10 10
제9항에 있어서, 상기 3)단계에서 PCR 증폭된 앰플리콘(amplicon)의 시퀀싱을 통해 상기 서로 떨어져 있는 염기서열 요소들의 염기서열을 분석 하는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 분석 방법
11 11
제9항에 있어서, 상기 염기서열 요소는 염기서열 다형성 부위, SNP, 대립유전자, 표적 유전자, 유전자 변이 또는 유전자 마커인 것을 특징으로 하는 분석 방법
12 12
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13 13
삭제
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순번 연구부처 주관기관 연구사업 연구과제
1 교육과학기술부 한국한의학연구원 기관고유사업 의료수요자 중심의 건강증진을 위한 미병(未病)관리시스템 개발