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(a) 뉴클레아제 표적 후보 서열을 제공하는 단계; (b) 주어진 뉴클레아제 표적 후보 서열에 존재하는 마이크로 상동 (microhomology)에 대한 정보를 수집하는 단계; 및(c) 상기 (b) 단계에서 수집된 마이크로 상동에 대한 정보를 바탕으로 마이크로 상동과 결부된 out-of-frame 형태의 결실(microhomology-associated out-of-frame deletion)의 빈도를 예측하는 단계를 포함하는, 유전자 녹아웃을 위한 뉴클레아제 표적 서열을 선택하는 방법
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제1항에 있어서,상기 방법은 (c) 단계에서 예측된, 주어진 뉴클레아제 표적 후보 서열의 마이크로 상동과 결부된 out-of-frame 형태의 결실의 빈도와 다른 뉴클레아제 표적 후보 서열의 마이크로 상동과 결부된 out-of-frame 형태의 결실의 빈도를 비교하는 단계를 포함하는 것인, 방법
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제1항에 있어서, 상기 마이크로 상동에 대한 정보는 마이크로 상동 서열의 크기, 마이크로 상동 서열 간의 거리 및 마이크로 상동 서열의 서열 정보를 포함하는 것인, 방법
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제1항에 있어서, 상기 뉴클레아제는 ZFNs(zinc finger nucleases), TALENs(transcription-activator-like effector nucleases) 및 RGENs(RNA-guided engineered nucleases)로 구성된 군에서 선택되는 것인, 방법
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제1항에 있어서, 상기 (c) 단계는 주어진 뉴클레아제 표적 후보 서열에 존재하는 마이크로 상동의 예상 결실 패턴에 대한 스코어 (패턴 스코어)를 산출하는 단계; 및산출된 패턴 스코어를 바탕으로, (i) 주어진 뉴클레아제 표적 후보 서열에 존재하는 전체 마이크로 상동의 패턴 스코어의 합인 마이크로 상동 스코어, 및 (ii) 이에 대한 out-of-frame 형태의 결실과 결부된 마이크로 상동의 패턴 스코어의 합의 비율 (out-of-frame 스코어)을 산출하는 단계를 포함하는, 방법
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i) 뉴클레아제 표적 후보 서열을 제공하는 단계; ii) 주어진 뉴클레아제 표적 서열에서, 뉴클레아제 절단 예상 위치를 기준으로 양쪽 서열 부위에 2bp 이상의 동일한 서열이 존재하는지를 확인하여 마이크로 상동의 존재를 확인하는 단계;iii) 상기 표적 서열에 마이크로 상동이 존재하면, 존재하는 마이크로 상동에 대한 정보를 수집하고, 상기 ii) 및 iii) 단계를 1회 이상 반복하는 단계; iv) 주어진 뉴클레아제 표적 후보 서열에 존재하는 마이크로 상동의 예상 결실 패턴에 대한 스코어 (패턴 스코어)를 산출하는 단계; 및v) 산출된 패턴 스코어를 바탕으로, (i) 주어진 뉴클레아제 표적 후보 서열에 존재하는 전체 마이크로 상동의 패턴 스코어의 합인 마이크로 상동 스코어, 및 (ii) 이에 대한 out-of-frame 형태의 결실과 결부된 마이크로 상동의 패턴 스코어의 합의 비율 (out-of-frame 스코어)을 산출하는 단계를 포함하는, 유전자 녹아웃을 위한 뉴클레아제 표적 서열을 선택하는 방법
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제5항 또는 제6항에 있어서, 상기 패턴 스코어는 하기 수학식 1로 산출되는 것인, 방법: [수학식 1]패턴 스코어 = S X exp(-△ / Wlength)여기서,S는 상기 마이크로 상동 서열의 크기 및 상기 마이크로 상동 서열의 염기쌍(base pairing) 에너지에 비례하는 마이크로 상동 인덱스(Microhomology index)이고,△는 두 마이크로 상동 서열의 5'에 위치한 시작점 사이의 거리 또는 두 마이크로 상동 서열의 3'에 위치한 말단 사이의 거리 (결실 길이)이고;Wlength는 상기 마이크로 상동 서열 간의 거리에 대한 가중치임
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제5항 또는 제6항에 있어서, 상기 마이크로 상동 스코어는 하기 수학식 2로 산출되고, out-of-frame 스코어는 하기 수학식 3으로 산출되는 것인 방법:[수학식 2] 마이크로 상동 스코어 = ∑ 패턴 스코어,여기서, 상기 마이크로 상동 스코어는 얻어진 모든 마이크로 상동에 대한 패턴 스코어 값의 합임; [수학식 3] Out-of-frame 스코어 = ∑ Out-of-frame 결실의 패턴 스코어 / 마이크로 상동 스코어 (∑ 패턴 스코어),여기서, ∑ out-of-frame 결실의 패턴 스코어는 결실 길이가 3의 배수가 아닌 경우에 해당하는 마이크로 상동 서열의 패턴 스코어 값의 합임
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제7항에 있어서, 상기 수학식 1에서 a) 마이크로 상동 인덱스 (S)는 하기 수학식 4로 계산되는 것이고, b) Wlength는 20인, 방법:[수학식 4]마이크로 상동 인덱스(S) = (마이크로 상동 서열의 G 및 C의 수)*2 + (마이크로 상동 서열의 A 및 T의 수)
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삭제
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제1항 내지 제6항 중 어느 한 항의 단계를 수행하는, 컴퓨터 판독 가능한 기록 매체에 저장된 컴퓨터 프로그램
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제11항의 프로그램이 기록된 컴퓨터 판독 가능한 기록 매체
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