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sRNA 및 RNA 시퀀싱 데이터 또는 miRNA 및 mRNA 타겟 쌍 추정 데이터를 사용하여 miRNA의 잠재적인 타겟 mRNA를 추정하는 단계; 상기 추정된 miRNA 및 mRNA 타겟 쌍에 대해, 위치 접근성(site accessibility) 또는 상관관계 임계값(correlation threshold)을 만족하는 miRNA-mRNA 타겟 쌍을 선별하는 단계; 및 상기 선별된 miRNA-mRNA 타겟 쌍 각각에 대해, miRNA 및 mRNA의 발현량을 사용하여 mRNA에 대한 miRNA의 발현량의 분할 비율을 결정하는 단계로서, miRNA가 mRNA 전체에 분할되는 비율로써 miRNA와 mRNA 사이의 관계를 설정하는 것인 단계를 포함하는 miRNA 및 mRNA의 발현 데이터를 통합 분석하는 방법
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청구항 1에 있어서, 상기 추정하는 단계는 sRNA 및 RNA 시퀀싱 데이터를 사용하여 mRNA에 대한 miRNA의 서열 맵핑(sequence mapping)을 통해 추정하는 것인 miRNA 및 mRNA의 발현 데이터를 통합 분석하는 방법
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청구항 2에 있어서, 상기 서열 맵핑은 mRNA의 비발현부위를 포함하여 수행되는 것인 miRNA 및 mRNA의 발현 데이터를 통합 분석하는 방법
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청구항 1에 있어서, 상기 선별하는 단계는 위치 접근성(site accessibility) 또는 상관관계 임계값(correlation threshold)을 만족하는 miRNA-mRNA 타겟 쌍을 선별하는 것인 miRNA 및 mRNA의 발현 데이터를 통합 분석하는 방법
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청구항 1에 있어서, 상기 선별하는 단계는 miRNA의 발현 수준과 mRNA의 발현 수준이 음의 상관 관계를 갖는 miRNA-mNRA 타겟 쌍을 선별하는 것인 miRNA 및 mRNA의 발현 데이터를 통합 분석하는 방법
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청구항 1에 있어서, 상기 선별하는 단계는 타겟 위치의 17nt 업-스트림 및 13nt 다운 스트림을 잘라내고, 비-접힘 에너지를 계산하기 위해 서열 단편의 최적 2차 구조를 예측하는 단계; 및 계산된 접힙 에너지에 비해 낮은 miRNA-mRNA 결합 에너지 값을 갖는 쌍을 선별하는 단계를 포함하는 것인 miRNA 및 mRNA의 발현 데이터를 통합 분석하는 방법
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청구항 1에 있어서, 상기 결정하는 단계는 유전 알고리즘 및 쿼시 뉴튼 법을 사용하여 상기 분할 비율의 최적화를 수행하는 단계를 포함하는 것인 miRNA 및 mRNA의 발현 데이터를 통합 분석하는 방법
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청구항 1에 있어서, 상기 결정하는 단계는 하기 수학식 4에 의해서 분할 비율을 결정하는 것인 miRNA 및 mRNA의 발현 데이터를 통합 분석하는 방법;[수학식 4]식 중 w는 분할 비율 값이고, wji는 mRNA i에 대한 miRNA j의 발현양의 분배를 모델링하는 분할 비율 값이고, 는 시료 t에서 mRNA i의 실제 발현 값이고, 는 시료 t에서 mRNA i의 예측 발현 값이고, Cji는 miRNA j가 mRNA i를 표적할 때 1의 값을 갖는 지시 변수이다
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청구항 1에 있어서, 상기 결정된 분할 비율을 통해 miRNA의 타겟 mRNA를 예측하거나, 또는 miRNA의 타겟 mRNA의 예측을 통해 개체 또는 시료의 표현형간의 연관성을 식별하는 단계를 더 포함하는 것인 miRNA 및 mRNA의 발현 데이터를 통합 분석하는 방법
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청구항 1 내지 6 및 8 내지 10 중 어느 한 항의 방법을 컴퓨터에서 실행시키기 위한 프로그램을 기록한 컴퓨터로 읽을 수 있는 기록매체
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sRNA 및 RNA 시퀀싱 데이터 또는 miRNA 및 mRNA 타겟 쌍 추정 데이터를 사용하여 miRNA의 잠재적인 타겟 mRNA를 추정하는 추정부; 상기 추정된 miRNA 및 mRNA 타겟 쌍에 대해, 위치 접근성(site accessibility) 또는 상관관계 임계값(correlation threshold)을 만족하는 miRNA-mRNA 타겟 쌍을 선별하는 선별부; 및 상기 선별된 miRNA-mRNA 타겟 쌍 각각에 대해, miRNA 및 mRNA의 발현량을 사용하여 mRNA에 대한 miRNA의 발현량의 분할 비율을 결정하는 결정부를 포함하고, 상기 결정부는 miRNA가 mRNA 전체에 분할되는 비율로써 miRNA와 mRNA 사이의 관계를 설정하는 것인 miRNA 및 mRNA의 발현 데이터를 통합 분석하는 장치
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13
청구항 12에 있어서, 상기 추정부는 sRNA 및 RNA 시퀀싱 데이터를 사용하여 mRNA에 대한 miRNA의 서열 맵핑(sequence mapping)을 통해 추정하는 것인 miRNA 및 mRNA의 발현 데이터를 통합 분석하는 장치
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청구항 13에 있어서, 상기 서열 맵핑은 mRNA의 비발현부위를 포함하여 수행되는 것인 miRNA 및 mRNA의 발현 데이터를 통합 분석하는 장치
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청구항 12에 있어서, 상기 선별부는 위치 접근성(site accessibility) 또는 상관관계 임계값(correlation threshold)을 만족하는 miRNA-mRNA 타겟 쌍을 선별하는 것인 miRNA 및 mRNA의 발현 데이터를 통합 분석하는 장치
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청구항 12에 있어서, 상기 선별부는 miRNA의 발현 수준과 mRNA의 발현 수준이 음의 상관 관계를 갖는 miRNA-mNRA 타겟 쌍을 선별하는 것인 miRNA 및 mRNA의 발현 데이터를 통합 분석하는 장치
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삭제
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청구항 12에 있어서, 상기 결정부는 유전 알고리즘 및 쿼시 뉴튼 법을 사용하여 분할 비율의 최적화를 수행하는 것인 miRNA 및 mRNA의 발현 데이터를 통합 분석하는 장치
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청구항 12에 있어서, 상기 결정부는 하기 수학식 4에 의해서 분할 비율을 결정하는 것인 miRNA 및 mRNA의 발현 데이터를 통합 분석하는 장치;[수학식 4]식 중 w는 분할 비율 값이고, wji는 mRNA i에 대한 miRNA j의 발현양의 분배를 모델링하는 분할 비율 값이고, 는 시료 t에서 mRNA i의 실제 발현 값이고, 는 시료 t에서 mRNA i의 예측 발현 값이고, Cji는 miRNA j가 mRNA i를 표적할 때 1의 값을 갖는 지시 변수이다
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청구항 12에 있어서, 상기 결정된 분할 비율을 통해 miRNA의 타겟 mRNA를 예측하거나, 또는 miRNA의 타겟 mRNA의 예측을 통해 개체 또는 시료의 표현형간의 연관성을 식별하는 GO 식별부를 더 포함하는 것인 miRNA 및 mRNA의 발현 데이터를 통합 분석하는 장치
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