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SiNG-PCRseq 방법을 적용한 핵산의 표준화 정량 분석 방법(A method of standarized nucleic acid quantitation through spiking-in neighbor genome-coupled competitive PCR amplicon sequencing)

  • 기술번호 : KST2016010607
  • 담당센터 : 대전기술혁신센터
  • 전화번호 : 042-610-2279
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 근연종 유전체를 정량 대상 시료에 혼합한 뒤 근연종 서열간의 유사성을 활용하여 공동 증폭(co-amplification)시킨 경쟁 PCR 앰플리콘 서열분석(spiking-in neighbor genome-coupled competitive PCR amplicon sequencing, SiNG-PCRseq) 방법을 적용한, 시료 내 핵산 정량 분석 방법에 관한 것으로, 구체적으로 본 발명의 SiNG-PCRseq 방법은 세포주, 중합 효소와 같은 변할 수 있는 다양한 실험 조건에서 표준화된 상대적인 DNA 정량 값을 제공할 수 있고, 상기 제공된 표준화된 DNA 정량 값은 기존 핵산 정량 분석방법으로 사용되는 RNA-seq 방법과 비교하였을 때, 시료 내 핵산에 대한 상대적인 정량 값을 실험 조건이나 시료 종류에 관계없이 정확하고 간편하게 제공하므로, 본 발명의 SiNG-PCRseq 방법은 시료 내 핵산의 표준화 정량 분석 방법에 유용하게 사용될 수 있다.
Int. CL G06F 19/22 (2011.01) C12Q 1/68 (2006.01) G06F 19/24 (2011.01)
CPC G16B 30/00(2013.01) G16B 30/00(2013.01) G16B 30/00(2013.01)
출원번호/일자 1020140158851 (2014.11.14)
출원인 한국 한의학 연구원
등록번호/일자
공개번호/일자 10-2016-0057792 (2016.05.24) 문서열기
공고번호/일자 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 등록
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2014.11.14)
심사청구항수 9

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 한국 한의학 연구원 대한민국 대전광역시 유성구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 정상균 대한민국 대전광역시 유성구
2 오수아 대한민국 대전광역시 유성구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 손민 대한민국 서울특별시 송파구 법원로 ***, *층(문정동)(특허법인한얼)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 한국 한의학 연구원 대한민국 대전광역시 유성구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application		 2014.11.14 수리 (Accepted) 1-1-2014-1099083-76
2 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search		 2015.06.10 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
3 [대리인선임]대리인(대표자)에 관한 신고서
[Appointment of Agent] Report on Agent (Representative)		 2015.11.10 수리 (Accepted) 1-1-2015-1091773-19
4 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search		 2016.05.23 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-6-2016-0073503-13
5 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2016.06.21 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2016-0445711-16
6 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)		 2016.08.22 수리 (Accepted) 1-1-2016-0811581-50
7 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)		 2016.09.21 수리 (Accepted) 1-1-2016-0916138-21
8 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2016.09.21 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2016-0916139-77
9 거절결정서
Decision to Refuse a Patent		 2017.03.09 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2017-0177866-43
10 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)		 2017.04.10 수리 (Accepted) 1-1-2017-0347980-92
11 [명세서등 보정]보정서(재심사)
Amendment to Description, etc(Reexamination)		 2017.04.10 보정승인 (Acceptance of amendment) 1-1-2017-0347981-37
12 등록결정서
Decision to Grant Registration		 2017.04.20 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2017-0284812-76
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번호 청구항
1 1
i) 대상 유래 세포에서 분리된 DNA 또는 cDNA와, 이의 근연종 유래 세포에서 분리된 유전체 DNA(genomic DNA, gDNA)를 혼합하는 단계;ii) 상기 단계 i)에서 혼합한 DNA 시료를 다중 PCR(multiple PCR)로 증폭하여 앰플리콘(amplicon)을 수득하는 단계;iii) 상기 단계 ii)에서 수득한 서열 라이브러리를 서열분석(sequencing)한 후, 이를 기준 서열(reference sequence)과 비교하여 리드 값(read count)을 정량하는 단계;iv) 상기 단계 iii)에서 정량한 리드 값을 이용하여, 증폭된 앰플리콘에 대한 대상 서열의 비율 값(fraction of sequence, γA)을 산출하는 단계;v) 상기 단계 iv)에서 산출한 비율 값(γA)을 이용하여, 절차상의 편향을 보정한 편향 보정값(γAc)를 계산하는 단계로서, 상기 편향 보정값(γAc)은 하기 [수학식 4]를 이용하여 산출하는 것을 특징으로 하는 것인, 단계:[수학식 4](상기 식에서, γA 및 γB는 혼합 시료 내의 증폭된 앰플리콘에 있어서, 대상 서열 A 및 근연종 서열 B의 비율(fraction)을 나타내며;pA 및 pB는 대상 서열 A 및 근연종 서열 B가 동일하지 않은 몰로 혼합된 기준 시료 내에 혼합된 혼합비율을 나타내고; 및γARef 및 γBRef는 대상 서열 A 및 근연종 서열 B가 동일하지 않은 몰로 혼합된 기준 시료 내의 증폭된 앰플리콘에 있어서, 대상 서열 A 및 근연종 서열 B의 비율을 나타낸다
2 2
제 1항에 있어서, 상기 단계 i)의 대상은 인간이고, 이의 근연종은 오랑우탄, 침팬지, 원숭이 또는 고릴라인 것을 특징으로 하는, 시료 내 핵산의 표준화 정량 방법
3 3
제 1항에 있어서, 상기 단계 i)의 세포는 림프아세포(lymphoblast), 섬유아세포(fibroblast) 또는 유도만능줄기세포(induced pluripotent stem cells, iPSC)인 것을 특징으로 하는, 시료 내 핵산의 표준화 정량 방법
4 4
제 1항에 있어서, 상기 단계 ii)의 다중 PCR은 다중 경쟁적 PCR(multiple competitive PCR)인 것을 특징으로 하는, 시료 내 핵산의 표준화 정량 방법
5 5
제 1항에 있어서, 상기 단계 iv)의 비율 값(γA)은 하기 [수학식 7]를 이용하여 산출하는 것을 특징으로 하는, 시료 내 핵산의 표준화 정량 방법;[수학식 7]
6 6
삭제
7 7
제 1항에 있어서, 상기 단계 vi)의 상대적인 존재비(RAA/B)는 하기 [수학식 8]를 이용하여 산출하는 것을 특징으로 하는, 시료 내 핵산의 표준화 정량 방법;[수학식 8]
8 8
제 1항에 있어서, 상기 단계 vii)의 표준화된 정량값(standardized quantities, StQs)은 하기 [수학식 9]를 이용하여 산출하는 것을 특징으로 하는, 시료 내 핵산의 표준화 정량 방법;[수학식 9]
9 9
i) 제 1항의 표준화 정량 방법을 이용하여 대상 유래의 서로 다른 유전자들 사이의 표준화된 정량값을 산출하는 단계; 및ii) 상기 단계 i)의 표준화 정량값을 통해 대상인 한 종 내 서로 다른 유전자 간의 표준화된 비율의 정보를 제공하는 방법
10 10
i) 제 1항의 표준화 정량 방법을 이용하여 질병 또는 질병적 상태와 관련된 유전자의 표준화된 정량값을 산출하는 단계; 및ii) 상기 단계 i)의 표준화 정량값을 대조군과 비교하는 단계를 포함하는, 상기 유전자 관련 질병 진단의 정보를 제공하는 핵산의 표준화 정량값의 분석 방법
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1 WO2016076524 WO 세계지적재산권기구(WIPO) FAMILY

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순번 연구부처 주관기관 연구사업 연구과제
1 미래창조과학부 한국한의학연구원 바이오의료기술개발사업 미병자료 통합분석 및 예방관리 시스템 개발