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인간 유전체 데이터를 포함하는 하나 이상의 파일을 입력받는 파일 입력부; 및상기 파일의 포지션 정보를 기반으로 멀티쓰레딩을 이용한 병렬 리딩을 사용하여 상기 파일을 기설정된 윈도우 크기로 읽어 들여 대립 유전자 카운팅을 수행하고 그 결과를 병합하는 카운팅부;를 포함하는 것을 특징으로 하는 대립 유전자 카운팅 장치
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청구항 1에 있어서,상기 파일은 바이너리 정렬 맵(BAM) 파일인 것을 특징으로 하는 대립 유전자 카운팅 장치
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청구항 1에 있어서,상기 카운팅부는 GPU 기반의 병렬 처리 기법을 이용하여 상기 결과를 병합하는 것을 특징으로 하는 대립 유전자 카운팅 장치
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청구항 3에 있어서,상기 카운팅부는, 상기 결과를 병합함에 있어서,쓰레드마다 정해진 GPU 메모리 위치에 출력할 데이터를 라이트하고 소요된 바이트 수를 저장하고, 각 쓰레드의 소요된 바이트값을 가지고 프리픽스 섬(prefix sum)값을 구하고 이를 이용하여 각 쓰레드마다 시작 위치를 병렬로 계산하고, 상기 프리픽스 섬(prefix sum)값과 각각의 위치마다 처리된 데이터길이 정보를 이용하여 최초 만들어진 데이터를 재정렬하는 것을 특징으로 하는 대립 유전자 카운팅 장치
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청구항 1에 있어서,상기 카운팅부는 상기 파일의 포지션별로 아데닌(A), 티민(T), 구아닌(G), 및 싸이토신(C)의 개수를 카운팅하는 것을 특징으로 하는 대립 유전자 카운팅 장치
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청구항 5에 있어서,상기 카운팅부는 불명확염기(D) 및 결실 염색체(D)의 개수를 추가로 카운팅하는 것을 특징으로 하는 대립 유전자 카운팅 장치
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청구항 1에 있어서,상기 카운팅부에서 출력되는 결과를 저장하는 저장부를 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는 대립 유전자 카운팅 장치
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대립 유전자 카운팅 장치가, 인간 유전체 데이터를 포함하는 하나 이상의 파일을 입력받는 단계; 및상기 대립 유전자 카운팅 장치가, 상기 파일을 근거로 대립 유전자의 수를 카운팅하는 단계;를 포함하고, 상기 카운팅하는 단계는,상기 파일의 포지션 정보를 기반으로 멀티쓰레딩을 이용한 병렬 리딩을 사용하여 상기 파일을 기설정된 윈도우 크기로 읽어 들이는 단계; 상기 윈도우 크기별로 대립 유전자의 수를 카운팅하는 단계; 및 상기 카운팅 결과를 병합하는 단계;를 포함하는 것을 특징으로 하는 대립 유전자 카운팅 방법
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청구항 8에 있어서,상기 파일은 바이너리 정렬 맵(BAM) 파일인 것을 특징으로 하는 대립 유전자 카운팅 방법
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청구항 8에 있어서,상기 병합하는 단계는 GPU 기반의 병렬 처리 기법을 이용하여 상기 카운팅 결과를 병합하는 것을 특징으로 하는 대립 유전자 카운팅 방법
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청구항 10에 있어서,상기 병합하는 단계는,쓰레드마다 정해진 GPU 메모리 위치에 출력할 데이터를 라이트하고 소요된 바이트 수를 저장하는 단계; 각 쓰레드의 소요된 바이트값을 가지고 프리픽스 섬(prefix sum)값을 구하고 이를 이용하여 각 쓰레드마다 시작 위치를 병렬로 계산하는 단계; 및상기 프리픽스 섬(prefix sum)값과 각각의 위치마다 처리된 데이터길이 정보를 이용하여 최초 만들어진 데이터를 재정렬하는 단계;를 포함하는 것을 특징으로 하는 대립 유전자 카운팅 방법
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청구항 8에 있어서,상기 카운팅하는 단계는 상기 파일의 포지션별로 아데닌(A), 티민(T), 구아닌(G), 및 싸이토신(C)의 개수를 카운팅하는 것을 특징으로 하는 대립 유전자 카운팅 방법
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청구항 12에 있어서,상기 카운팅하는 단계는 불명확염기 및 결실 염색체의 개수를 추가로 카운팅하는 것을 특징으로 하는 대립 유전자 카운팅 방법
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