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차세대 염기서열 분석법을 기반으로 하는 결실 유전자군 검출 방법(Detection method of gene deletion based on next-generation sequencing)

  • 기술번호 : KST2016013425
  • 담당센터 : 서울서부기술혁신센터
  • 전화번호 : 02-6124-6930
요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 차세대 염기서열 분석법을 기반으로 하는 결실 유전자군 검출 방법에 관한 것이다. 유전자 결실은 질병으로 발전하기 때문에 염기서열 분석에 있어서 유전자 결실 부위를 찾아내는 것이 중요함에도 불구하고, 기존의 variant calling 염기서열 분석법은 결실 유전자 검출에 한계를 보이는 문제점이 있었다. 그러나 본 발명의 리드 분포도 염기서열 분석법은 차세대 염기서열 분석법을 기반으로 하여 야생형(Wild type), 이형 결실형(Hetero deletion) 및 동형 결실형(Homo deletion) 유전자를 정확하게 구분하여 진단함으로써, 질병 진단 및 모니터링에 큰 활용이 기대된다.
Int. CL G06F 19/22 (2011.01) C12Q 1/68 (2006.01)
CPC G16B 30/00(2013.01) G16B 30/00(2013.01)
출원번호/일자 1020140190728 (2014.12.26)
출원인 연세대학교 산학협력단
등록번호/일자 10-1638473-0000 (2016.07.05)
공개번호/일자 10-2016-0082715 (2016.07.11) 문서열기
공고번호/일자 (20160712) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 등록
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2014.12.26)
심사청구항수 14

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 연세대학교 산학협력단 대한민국 서울특별시 서대문구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 장윤수 대한민국 서울특별시 강남구
2 황승용 대한민국 서울특별시 서초구
3 연종필 대한민국 경기도 안양시 만안구
4 임세리 대한민국 경기도 안산시 상록구
5 홍지영 대한민국 경기도 의왕시

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 특허법인 정안 대한민국 서울특별시 강남구 선릉로 *** ***층(논현동,썬라이더빌딩)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 연세대학교 산학협력단 서울특별시 서대문구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application
2014.12.26 수리 (Accepted) 1-1-2014-1264326-03
2 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search
2015.05.27 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
3 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search
2015.07.13 수리 (Accepted) 9-1-2015-0047705-89
4 의견제출통지서
Notification of reason for refusal
2016.04.28 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2016-0313989-73
5 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment
2016.06.14 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2016-0567196-72
6 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)
2016.06.14 수리 (Accepted) 1-1-2016-0567228-45
7 등록결정서
Decision to grant
2016.06.30 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2016-0474768-76
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번호 청구항
1 1
(a) 시료의 염기서열을 확인하는 단계; (b) (a)단계에서 확인된 염기서열을 레퍼런스 염기서열과 비교하여, 염기서열 변이가 발생한 유전자를 추출하는 단계;(c) 상기 추출된 유전자에 매칭되는 레퍼런스 서열조각(리드)들을 시료의 염기서열에 결합시켜 리드 결합율을 확인하는 단계; 및(d) 상기 리드 결합율이 리드 분포도 내에서 최고값 대비 50% 미만값이 나타나는 경우에 이형 결실 유전자로 판단하는 단계를 포함하는, 이형 결실 유전자의 진단을 위한 정보제공방법
2 2
제 1항에 있어서, 상기 (a)단계에서의 염기서열을 확인하는 방법은 차세대염기서열분석법을 사용하는 것인, 이형 결실 유전자의 진단을 위한 정보제공방법
3 3
제 1항에 있어서,상기 이형 결실 유전자는 결실 유전자의 크기가 20 내지 3000 bp인, 이형 결실 유전자의 진단을 위한 정보제공방법
4 4
제 1항에 있어서,상기 이형 결실 유전자는 BIM 유전자인, 이형 결실 유전자의 진단을 위한 정보제공방법
5 5
제 1항에 있어서,상기 이형 결실 유전자는 폐암 유발 유전자인, 이형 결실 유전자의 진단을 위한 정보제공방법
6 6
(a) 시료의 염기서열을 확인하는 단계; (b) (a)단계에서 확인된 염기서열을 레퍼런스 염기서열과 비교하여, 염기서열 변이가 발생한 유전자를 추출하는 단계;(c) 상기 추출된 유전자(X)에 매칭되는 레퍼런스 서열조각(리드)들을 시료의 염기서열에 결합시켜, 결합된 리드 분포도 내의 군(cluster)의 개수(Y)를 확인하는 단계; 및(d) 상기 X - Y가 0보다 큰 경우에 동형 결실 유전자로 판단하는 단계를 포함하는, 동형 결실 유전자의 진단을 위한 정보제공방법
7 7
제 6항에 있어서, 상기 (a)단계에서의 염기서열을 확인하는 방법은 차세대염기서열분석법을 사용하는 것인, 동형 결실 유전자의 진단을 위한 정보제공방법
8 8
제 6항에 있어서,상기 동형 결실 유전자는 결실 유전자의 크기가 20 내지 3000 bp인, 동형 결실 유전자의 진단을 위한 정보제공방법
9 9
제 6항에 있어서,상기 동형 결실 유전자는 BIM 유전자인, 동형 결실 유전자의 진단을 위한 정보제공방법
10 10
제 6항에 있어서,상기 동형 결실 유전자는 폐암 유발 유전자인, 동형 결실 유전자의 진단을 위한 정보제공방법
11 11
(a) 시료의 염기서열을 확인하는 서열확인부; (b) 시료의 염기서열을 레퍼런스 염기서열과 비교하는 서열비교부;(c) 염기서열 변이가 발생한 유전자에 매칭되는 레퍼런스 서열조각(리드)들을 시료의 염기서열에 결합시켜 리드 결합율을 확인하는 리드분석부; 및(d) 상기 리드 결합율이 리드 분포도 내에서 최고값 대비 50% 미만값이 나타나는 경우에 이형 결실 유전자로 판단하는 연산부를 포함하는, 이형 결실 유전자의 진단장치
12 12
제 11항에 있어서,상기 (a)단계에서의 염기서열을 확인하는 방법은 차세대염기서열분석법을 사용하는 것인, 이형 결실 유전자의 진단장치
13 13
(a) 시료의 염기서열을 확인하는 서열확인부; (b) 시료의 염기서열을 레퍼런스 염기서열과 비교하는 서열비교부;(c) 염기서열 변이가 발생한 유전자(X)에 매칭되는 레퍼런스 서열조각(리드)들을 시료의 염기서열에 결합시켜, 결합된 리드 분포도 내의 군(cluster)의 개수(Y)를 확인하는 리드분석부; 및(d) 상기 X - Y가 0보다 큰 경우에 동형 결실 유전자로 판단하는 연산부를 포함하는, 동형 결실 유전자의 진단장치
14 14
제 13항에 있어서,상기 (a)단계에서의 염기서열을 확인하는 방법은 차세대염기서열분석법을 사용하는 것인, 동형 결실 유전자의 진단장치
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순번 연구부처 주관기관 연구사업 연구과제
1 보건복지부 연세대학교 산학협력단 임상연구인프라조성 차세대 유전체 기반 검사법의 의료현장 적용을 위한 프로세스 개발