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표적 단백질에 결합되는 리간드를 동정하기(identifying) 위한 방법으로서,결합 부위를 포함하는 표적 단백질을 인실리코(in silico) 모델링하는 단계;상기 결합 부위를 복수개의 물 분자로 이루어진 결합 분자들로 인실리코 수화시키는 단계;상기 복수개의 물 분자 중의 물 분자들이 분자 동역학 시뮬레이션 동안 국지화된 채로 있는 영역들을 발견함으로써 상기 결합 부위 내의 수화 부위들을 인실리코 발견하는 단계;상기 물 분자들의 상기 수화 부위들과의 상호작용들을, 수소 결합 수용자 상호작용(A) 또는 수소 결합 공여자 상호작용(D)으로서, 분류하는 단계;분류된 상호작용들을 매핑하여 수소 결합 분류의 주형(template)을 제공하는 단계;리간드들의 라이브러리 내의 리간드들을 상기 주형과 비교하는 단계; 및상기 리간드들의 라이브러리 내의 적어도 하나의 리간드를 상기 비교하는 단계의 결과로서 동정하는 단계로서, 상기 적어도 하나의 리간드는 미리 규정된 역치 내로 상기 주형을 충족시키는, 상기 동정하는 단계를 포함하는, 표적 단백질에 결합되는 리간드를 동정하기 위한 방법
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제1항에 있어서, 상기 동정하는 단계는, 상기 적어도 하나의 리간드가 적어도 3개의 부위 지점(site point) 상에 결합한다면, 상기 미리 규정된 역치 내로 상기 주형을 충족시키는 것으로 간주되는, 표적 단백질에 결합되는 리간드를 동정하기 위한 방법
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제1항에 있어서, 상기 수화 부위들을 발견하는 단계는, 물의 밀도가 순수(neat water)의 밀도의 적어도 2배인 수화 부위들을 발견하는, 표적 단백질에 결합되는 리간드를 동정하기 위한 방법
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제1항에 있어서, 상기 수화 부위들을 발견하는 단계는, 물 분자들의 산소 원자가 상기 분자 동역학 시뮬레이션을 통해서 상기 수화 부위의 1옹스트롬 이내에 잔존하는 수화 부위들을 발견하는, 표적 단백질에 결합되는 리간드를 동정하기 위한 방법
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제1항에 있어서, 상기 리간드는 펩타이드인, 표적 단백질에 결합되는 리간드를 동정하기 위한 방법
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제1항에 있어서, 상기 상호작용들을 분류하는 단계는, 상기 상호작용들을 수소 결합 수용자 상호작용(A), 수소 결합 공여자 상호작용(D), 소수성(H) 또는 방향성(R)으로서 분류하는, 표적 단백질에 결합되는 리간드를 동정하기 위한 방법
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제1항에 있어서, 상기 상호작용들을 분류하는 단계는 상기 수소 결합 수용자 상호작용 또는 상기 수소 결합 공여자 상호작용의 지향성(directionality)을 분류하는 단계를 포함하는, 표적 단백질에 결합되는 리간드를 동정하기 위한 방법
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표적 단백질의 결합 부위의 주형을 제조하기 위한 방법으로서,결합 부위를 포함하는 표적 단백질을 인실리코 모델링하는 단계;상기 결합 부위를 복수개의 물 분자로 이루어진 결합 분자들로 인실리코 수화시키는 단계;상기 복수개의 물 분자 중의 물 분자들이 분자 동역학 시뮬레이션 동안 국지화된 채로 있는 상기 결합 부위들 내의 영역들을 발견함으로써 상기 결합 부위 내의 수화 부위들을 인실리코 발견하는 단계;상기 물 분자들의 상기 수화 부위들과의 상호작용들을, 수소 결합 수용자 상호작용(A) 또는 수소 결합 공여자 상호작용(D)으로서, 분류하는 단계; 및분류된 상호작용들을 매핑하여 수소 결합 분류의 주형을 제공하는 단계를 포함하는, 표적 단백질의 결합 부위의 주형을 제조하기 위한 방법
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제8항에 있어서, 상기 분류하는 단계는 추가로 상기 결합 부위 내의 소수성 영역(H)들을 동정하되, 상기 주형은 동정된 소수성 영역들을 포함하는, 표적 단백질의 결합 부위의 주형을 제조하기 위한 방법
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제8항에 있어서, 상기 수화 부위들을 발견하는 단계는, 물의 밀도가 순수의 밀도의 적어도 2배인 수화 부위들을 발견하는, 표적 단백질의 결합 부위의 주형을 제조하기 위한 방법
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제8항에 있어서, 미리 결정된 역치 내로 상기 주형을 충족시키는 리간드를 합성하는 단계를 더 포함하는, 표적 단백질의 결합 부위의 주형을 제조하기 위한 방법
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제8항에 있어서, 상기 수화 부위들 중 적어도 하나를 삭제하여 리간드들의 라이브러리에 대한 후속의 선별을 위한 제2 주형을 제조하는 단계를 더 포함하는, 표적 단백질의 결합 부위의 주형을 제조하기 위한 방법
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제8항에 있어서, 상기 수화 부위들 중 적어도 하나를 부가하여 리간드들의 라이브러리에 대한 후속의 선별을 위한 제2 주형을 제조하는 단계를 더 포함하는, 표적 단백질의 결합 부위의 주형을 제조하기 위한 방법
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제8항에 있어서, 상기 표적 단백질 내의 적어도 하나의 방향족 기를 동정함으로써 적어도 하나의 소수성 영역을 분류하는 단계를 더 포함하되, 상기 주형은 상기 적어도 하나의 소수성 영역을 포함하는, 표적 단백질의 결합 부위의 주형을 제조하기 위한 방법
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제8항에 있어서, 상기 결합 부위의 정전기적 상호작용들을 매핑함으로써 적어도 하나의 소수성 영역을 분류하는 단계를 더 포함하되, 상기 주형은 상기 적어도 하나의 소수성 영역을 포함하는, 표적 단백질의 결합 부위의 주형을 제조하기 위한 방법
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제8항에 있어서, 상기 수화 부위들을 발견하는 단계는, 물 분자들의 산소 원자가 상기 분자 동역학 시뮬레이션을 통해서 상기 수화 부위의 1옹스트롬 이내에 잔존하는 수화 부위들을 발견하는, 표적 단백질의 결합 부위의 주형을 제조하기 위한 방법
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표적 단백질의 결합 부위의 주형을 제조하기 위한 방법의 단계들을 수행하기 위하여 기계에 의해 실행 가능한 명령어들의 프로그램을 유형적으로(tangibly) 구현하는, 기계에 의해 판독 가능한 프로그램 저장 디바이스로서,상기 방법은,결합 부위를 포함하는 표적 단백질을 인실리코 모델링하는 단계;상기 결합 부위를 복수개의 물 분자로 이루어진 결합 분자들로 인실리코 수화시키는 단계;상기 복수개의 물 분자 중의 물 분자들이 분자 동역학 시뮬레이션 동안 국지화된 채로 있는 영역들을 발견함으로써 상기 결합 부위 내의 수화 부위들을 인실리코 발견하는 단계;상기 물 분자들의 상기 수화 부위들과의 상호작용들을, 수소 결합 수용자 상호작용(A) 또는 수소 결합 공여자 상호작용(D)으로서, 분류하는 단계;분류된 상호작용들을 매핑하여 수소 결합 분류의 주형을 제공하는 단계를 포함하는, 프로그램 저장 디바이스
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제17항에 있어서, 상기 수화 부위들을 발견하는 단계는, 물의 밀도가 순수의 밀도의 적어도 2배인 수화 부위들을 발견하는, 프로그램 저장 디바이스
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제17항에 있어서, 상기 수화 부위들을 발견하는 단계는, 물 분자들의 수소 원자가 상기 분자 동역학 시뮬레이션을 통해서 상기 수화 부위의 1옹스트롬 이내에 잔존하는 수화 부위들을 발견하는, 프로그램 저장 디바이스
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제17항에 있어서,리간드들의 라이브러리 내의 리간드들을 상기 주형과 비교하는 단계; 및상기 리간드들의 라이브러리 내의 적어도 하나의 리간드를 상기 비교하는 단계의 결과로서 동정하는 단계로서, 상기 적어도 하나의 리간드는 미리 규정된 역치 내로 상기 주형을 충족시키는, 상기 동정하는 단계를 더 포함하는, 프로그램 저장 디바이스
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