| 1 |
1
하기의 단계를 실시하도록 컴퓨터 프로세서를 지시하는 지시사항(instructions)이 포함된(embodied) 컴퓨터-독해가능한(computer-readable) 저장 매체: (a) 벼(Oryza sativa
|
| 2 |
2
제 1 항에 있어서, 상기 벼는 자포니카 품종(japonica cultivar)인 것을 특징으로 하는 저장매체
|
| 3 |
3
제 1 항에 있어서, 상기 유전자의 기능적 링크는 동종 또는 이종 식물의 기능적 유전자 네트워크(functional gene networks)인 것을 특징으로 하는 저장매체
|
| 4 |
4
제 1 항에 있어서, 상기 저장매체는 상기 순위매김된 후보 유전자들의 대상 형질 또는 대상 생물학적 경로에 기반하여 상기 쿼리 유전자의 기능을 예측하는 단계를 추가적으로 실시하는 것을 특징으로 하는 저장매체
|
| 5 |
5
제 1 항에 있어서, 상기 후보 유전자의 순위매김은 (ⅰ) network direct neighborhood 또는 (ⅱ) context-associated hubs 알고리즘에 기반하는 것을 특징으로 하는 저장매체
|
| 6 |
6
제 5 항에 있어서, 상기 후보 유전자의 순위매김은 network direct neighborhood 및 context-associated hubs 알고리즘이 상호보완적으로 작용하여 실시되는 것을 특징으로 하는 저장매체
|
| 7 |
7
제 5 항에 있어서, 상기 network direct neighborhood 알고리즘은 대상 형질 또는 대상 생물학적 경로와 관련되어 있다고 알려진 유전자(guide gene)와 상기 후보 유전자의 연결도 스코어(connectivity score)를 평가하여 상기 후보 유전자를 순위매김하는 것을 특징으로 하는 저장매체
|
| 8 |
8
제 5 항에 있어서, 상기 context-associated hubs 알고리즘은 (ⅰ) 대상 형질 또는 생물학적 경로에 영향을 주는 조건이 부가된 환경 하에서 변화된 발현량을 보이는 유전자(differentially expressed genes, DEG) 네트워크 및 (ⅱ) 허브 유전자로 구성된 서브네트워크(subnetwork)가 중첩되는 경우, 상기 서브 네트워크의 허브 유전자를 상기 대상 형질 또는 생물학적 경로에 대한 새로운 후보 유전자로 판단하는 것을 특징으로 하는 저장매체
|
| 9 |
9
제 1 항에 있어서, 상기 저장매체는 형질(traits) 또는 대상 생물학적 경로(biological pathway)와 관련된 후보 유전자를 검색하기 위하여, 벼 인디카 품종(indica cultivar) 또는 애기장대(Arabidopsis thaliana)를 가이드(guide) 유전자로 제시하는 단계를 추가적으로 실시하는 것을 특징으로 하는 저장매체
|
| 10 |
10
제 1 항에 있어서, 상기 저장매체는 상기 순위매김된 후보 유전자의 기능을 검증하기 위하여 조직 특이적 유전자 발현 데이터와 비교하는 단계를 추가적으로 실시하는 것을 특징으로 하는 저장매체
|
| 11 |
11
제 1 항에 있어서, 상기 기능적 링크는 문헌 큐레이트된(literature curated, LC) 단백질-단백질 상호작용(PPI)으로부터 예측된 링크, 공동-발현(co-expression, CX) 패턴으로부터 예측된 링크 및 오쏠로지(orthology)에 의해 다른 종의 네트워크로부터 전환된 링크 (Associalogs)로 구성된 군에서 선택되는 1 이상의 링크를 포함하는 것을 특징으로 하는 저장 매체
|
| 12 |
12
제 1 항에 있어서, 상기 네트워크는 하기 구성 네트워크를 포함하는 것을 특징으로 하는 저장 매체: PubMed Central의 전문 논문 중 애기장대 오쏠로그의 동시인용; 마이크로어레이 실험을 통한 애기장대 오쏠로그의 동시발현; 고효율 실험에 의해 측정된 애기장대 오쏠로그 간의 단백질-단백질 상호작용; 문헌에 근거한 애기장대 오쏠로그 간의 단백질-단백질 상호작용; PubMed Central의 전문 논문 중 Caenorhabditis elegans 오쏠로그의 동시인용; 마이크로어레이 실험을 통한 C
|
| 13 |
13
제 1 항에 있어서, 상기 대상 형질 또는 대상 생물학적 경로는 상기 벼의 질병(disorders), 발아(shooting), 발달상태(development conditions), 외부환경에 대한 상태변화 또는 스트레스와 연관된 것을 특징으로 하는 저장 매체
|
| 14 |
14
다음을 포함하는 벼의 유전자 기능 예측(prediction)을 위한 시스템:(a) 컴퓨터 프로세서; 및 (b) 상기 프로세서와 커플링된 상기 제 1 항 내지 제 13 항 중 어느 한 항의 컴퓨터-독해가능한(computer-readable) 저장 매체
|
