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주어진 생물학적 서열을 반으로 나누어 전단부와 후단부로 구분하고 상기 전단부로부터 후보 전위부들을 설정하고 상기 후보 전위부들에 매칭되는 매칭 후보 전위부들을 탐색하는 매칭 후보 전위부 탐색부;상기 후단부로부터 후보 후위부들을 설정하고 상기 후보 후위부들에 매칭되는 매칭 후보 후위부들을 탐색하는 매칭 후보 후위부 탐색부; 및상기 탐색된 매칭 후보 전위부들 및 매칭 후보 후위부들 중 서로 인접하는 매칭 후보 전위부-매칭 후보 후위부 패어가 존재하는지 여부를 판단하고 인접하는 매칭 후보 전위부-매칭 후보 후위부 패어가 존재할 경우 해당 패어에서 매칭 후보 후위부가 선행하여 위치할 경우 유사 매듭 구조로 판단하는 유사매듭 판단부를 포함하되,상기 매칭 후보 전위부 탐색부 및 상기 매칭 후보 후위부 탐색부는 오토마타를 이용하여 매칭 후보 전위부 및 매칭 후보 후위부를 탐색하는 것을 특징으로 하는 유사매듭 구조 판단 장치
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제1항에 있어서,상기 매칭 후보 전위부 탐색부는,상기 매칭 후보 전위부들을 탐색하기 위한 오토 마타를 생성하는 오타마타 생성부; 및상기 생성된 오토마타를 이용하여 상기 후보 전위부들에 매칭되는 매칭 후보 전위부들이 존재하는지 여부 및 매칭 후보 전위부들의 위치를 탐색하는 탐색부를 포함하는 것을 특징으로 하는 유사매듭 구조 판단 장치
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제2항에 있어서,상기 매칭 후보 후위부 탐색부는,상기 매칭 후보 후위부들을 탐색하기 위한 오토마타를 생성하는 오토마타 생성부; 및상기 생성된 오토마타를 이용하여 상기 후보 전위부들에 매칭되는 매칭 후보 후위부들이 존재하는지 여부 및 매칭 후보 후위부들의 위치를 탐색하는 탐색부를 포함하는 것을 특징으로 하는 유사매듭 구조 판단 장치
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제3항에 있어서,상기 매칭 후보 전위부 탐색부 및 상기 매칭 후보 후위부 탐색부에서 생성하는 오토마타는 특정 문자가 입력될 경우 상태를 이동하도록 설정된 goto 함수 및 특정 문자 입력에 실패할 경우 특정 상태로 이동하도록 설정된 failure 함수를 포함하는 것을 특징으로 하는 유사매듭 구조 판단 장치
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제3항에 있어서,상기 매칭 후보 후위부 탐색부는 상기 후단부의 서열을 반전 시키고 상보적으로 변환한 후 후보 후위부들을 설정하는 것을 특징으로 하는 유사매듭 구조 판단 장치
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제2항에 있어서, 상기 생성된 오토마타로는 상기 주어진 생물학적 서열을 반전시키고 상보적으로 변환한 서열이 입력되는 것을 특징으로 하는 유사매듭 구조 판단 장치
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제3항에 있어서,상기 매칭 후보 후위부 탐색부에서 생성되는 오토마타로는 상기 주어진 서열이 입력되는 것을 특징으로 하는 유사매듭 구조 판단 장치
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주어진 생물학적 서열을 반으로 나누어 전단부와 후단부로 구분하고 상기 전단부로부터 후보 전위부들을 설정하고 상기 후보 전위부들에 매칭되는 매칭 후보 전위부들을 탐색하는 단계(a); 상기 후단부로부터 후보 후위부들을 설정하고 상기 후보 후위부들에 매칭되는 매칭 후보 후위부들을 탐색하는 단계(b); 및상기 탐색된 매칭 후보 전위부들 및 매칭 후보 후위부들 중 서로 인접하는 매칭 후보 전위부-매칭 후보 후위부 패어가 존재하는지 여부를 판단하고 인접하는 매칭 후보 전위부-매칭 후보 후위부 패어가 존재할 경우 해당 패어에서 매칭 후보 후위부가 선행하여 위치할 경우 유사 매듭 구조로 판단하는 단계(c)를 포함하되,상기 단계 (a) 및 상기 단계 (b)는 오토마타를 이용하여 매칭 후보 전위부 및 매칭 후보 후위부를 탐색하는 것을 특징으로 하는 유사매듭 구조 판단 방법
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제8항에 있어서,상기 단계(a)는,상기 매칭 후보 전위부들을 탐색하기 위한 오토 마타를 생성하는 단계; 및상기 생성된 오토마타를 이용하여 상기 후보 전위부들에 매칭되는 매칭 후보 전위부들이 존재하는지 여부 및 매칭 후보 전위부들의 위치를 탐색하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 유사매듭 구조 판단 방법
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제9항에 있어서,상기 단계(b)는,상기 매칭 후보 후위부들을 탐색하기 위한 오토마타를 생성하는 단계; 및상기 생성된 오토마타를 이용하여 상기 후보 전위부들에 매칭되는 매칭 후보 후위부들이 존재하는지 여부 및 매칭 후보 후위부들의 위치를 탐색하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 유사매듭 구조 판단 방법
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제10항에 있어서,상기 단계(a) 및 상기 단계(b)에서 생성하는 오토마타는 특정 문자가 입력될 경우 상태를 이동하도록 설정된 goto 함수 및 특정 문자 입력에 실패할 경우 특정 상태로 이동하도록 설정된 failure 함수를 포함하는 것을 특징으로 하는 유사매듭 구조 판단 방법
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제10항에 있어서,상기 단계(b)는 상기 후단부의 서열을 반전 시키고 상보적으로 변환한 후 후보 후위부들을 설정하는 것을 특징으로 하는 유사매듭 구조 판단 방법
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제9항에 있어서, 상기 생성된 오토마타로는 상기 주어진 생물학적 서열을 반전시키고 상보적으로 변환한 서열이 입력되는 것을 특징으로 하는 유사매듭 구조 판단 방법
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제10항에 있어서,상기 단계(b)에서 생성되는 오토마타로는 상기 주어진 서열이 입력되는 것을 특징으로 하는 유사매듭 구조 판단 방법
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