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서버가, 유전자에 관한 질의어 및 프라이머에 관한 필터링 제약조건들을 수신하는 단계;상기 서버가, 상기 질의어에 기초하여, 미리 구비된 유전자 정보 색인으로부터 적어도 하나의 염기 서열의 식별자를 검색하는 단계;상기 서버가, 상기 적어도 하나의 염기 서열의 식별자에 기초하여, 특이성 조건을 만족하도록 미리 구비된 후보 프라이머 집합의 색인으로부터 적어도 하나의 후보 프라이머를 검색하는 단계;상기 서버가, 상기 필터링 제약조건들에 기초하여, 상기 적어도 하나의 후보 프라이머를 필터링하는 단계; 및상기 서버가, 상기 필터링 결과에 기초하여, 상기 질의어 및 상기 필터링 제약조건들을 만족하는 프라이머 쌍에 관한 정보를 제공하는 단계를 포함하고, 상기 후보 프라이머 집합의 색인은 대규모 DNA 서열 데이터베이스에 대한 하둡 기반의 오프라인 연산을 통해 미리 구비되는,특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 쌍을 디자인하는 방법
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제1항에 있어서, 상기 후보 프라이머 집합의 색인은상기 대규모 DNA 서열 데이터베이스에서 하둡 분산 알고리즘을 통해 복수 개의 최소 필터링 조건을 적용하여 상기 필터링 조건을 만족하는 후보 프라이머 집합을 추출하고, 상기 추출된 모든 후보 프라이머 집합을 하둡 분산 알고리즘을 통해 비 표적 서열들과 비교하여 5‘ 끝 부분에 미리 정해진 수 이상의 미스매치를 가지면서 나머지 3’ 부분이 유사하거나, 전체적으로 미리 정해진 수의 미스매치만을 가지는 후보를 제거하는 상동성 테스트를 통과한 후보를 추출함으로써 생성되는, 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 쌍을 디자인하는 방법
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서버가, 유전자에 관한 질의어 및 프라이머에 관한 필터링 제약조건들을 수신하는 단계;상기 서버가, 상기 질의어에 기초하여, 미리 구비된 유전자 정보 색인으로부터 적어도 하나의 염기 서열의 식별자를 검색하는 단계;상기 서버가, 상기 적어도 하나의 염기 서열의 식별자에 기초하여, 특이성 조건을 만족하도록 미리 구비된 후보 프라이머 집합의 색인으로부터 적어도 하나의 후보 프라이머를 검색하는 단계;상기 서버가, 상기 필터링 제약조건들에 기초하여, 상기 적어도 하나의 후보 프라이머를 필터링하는 단계; 상기 서버가, 상기 필터링 결과에 기초하여, 상기 질의어 및 상기 필터링 제약조건들을 만족하는 프라이머 쌍에 관한 정보를 제공하는 단계;상기 서버가, 특이성 조건을 만족하도록 미리 구비된 후보 프루브 집합의 색인으로부터 적어도 하나의 후보 프루브를 검색하는 단계;상기 서버가, 프루브와 관련된 필터링 제약조건들에 기초하여, 상기 적어도 하나의 후보 프루브를 필터링하는 단계; 및상기 서버가, 상기 필터링된 후보 프루브 중 상기 프라이머 쌍의 위치 조건에 맞는 프루브를 검색하는 단계를 포함하는, 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 쌍을 디자인하는 방법
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제1항에 있어서, 상기 유전자 정보 색인은 고유한 유전자 정보-상기 고유한 유전자 정보는 GenBank accession number, NCBI CCDS ID를 포함함-를 가지는 두 개의 해시 구조 색인; 중복되는 유전자 정보-상기 중복되는 유전자 정보는 NCBI gene symbol, NCBI gene ID, GenBank aliases 그리고 keyword를 포함함-를 가지는 네 개의 리스트 구조 색인; 및상기 모든 유전자 정보를 가지고 있는 하나의 리스트 구조 색인을 포함하는, 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 쌍을 디자인하는 방법
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서버가, 유전자에 관한 질의어 및 프라이머에 관한 필터링 제약조건들을 수신하는 단계;상기 서버가, 상기 질의어에 기초하여, 미리 구비된 유전자 정보 색인으로부터 적어도 하나의 염기 서열의 식별자를 검색하는 단계;상기 서버가, 상기 적어도 하나의 염기 서열의 식별자에 기초하여, 특이성 조건을 만족하도록 미리 구비된 후보 프라이머 집합의 색인으로부터 적어도 하나의 후보 프라이머를 검색하는 단계;상기 서버가, 상기 필터링 제약조건들에 기초하여, 상기 적어도 하나의 후보 프라이머를 필터링하는 단계; 및상기 서버가, 상기 필터링 결과에 기초하여, 상기 질의어 및 상기 필터링 제약조건들을 만족하는 프라이머 쌍에 관한 정보를 제공하는 단계를 포함하고, 상기 후보 프라이머 집합의 색인의 구조는, key 필드와 value 필드를 포함하고, 상기 key필드는 species:sidset+len(*)의 형태로 primer의 길이를 나타내는 len, 역방향 프라이머를 의미하는 *를 포함하고, 상기 value 필드는 primer+sid+pos의 형태로 primer 서열과 위치 정보(pos)를 가지는 해시 구조의 색인인, 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 쌍을 디자인하는 방법
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제1항에 있어서,상기 서버가, 상기 필터링 제약조건들이 디폴트(default) 값인 경우, 상기 적어도 하나의 염기 서열의 식별자에 기초하여, 미리 구비된 캐시 프라이머 쌍들-상기 캐시 프라이머 쌍들은 각 표적 서열에 대해 미리 계산된 상위 1위의 프라이머 쌍들에 대응함-의 색인으로부터 적어도 하나의 프라이머 쌍을 검색하는 단계를 더 포함하는, 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 쌍을 디자인하는 방법
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제7항에 있어서, 캐시 프라이머 쌍들의 색인은, key와 value를 포함하고, key는 species:top:sidset의 형태로, value는 sid+f
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제1항에 있어서, 상기 필터링하는 단계는상기 필터링 제약조건들 중 싱글 필터링 조건에 기초하여, 상기 적어도 하나의 후보 프라이머를 필터링하는 단계; 및상기 필터링 제약조건들 중 페어 필터링 조건에 기초하여, 싱글 필터링 조건을 만족하는 후보 프라이머로부터 상기 프라이머 쌍을 디자인하는 단계를 포함하는, 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 쌍을 디자인하는 방법
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제1항에 있어서, 상기 필터링하는 단계는, 싱글 필터링 조건으로 길이, 온도, GC content, self-complementarity, 3’ end self-complementarity, 연속된 염기, end stability, 그리고 hairpin을 순차적으로 확인하여 조건을 만족하지 않는 프라이머를 제거하는 단계를 포함하는, 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 쌍을 디자인하는 방법
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제1항에 있어서, 상기 필터링하는 단계는, 페어 필터링 조건으로, 온도 차이, 길이 차이, 생성물의 길이, pair-complementary, 그리고 3’ end pair-complementary를 순차적으로 확인하여 조건을 만족하지 않는 프라이머를 제거하는 단계를 포함하는, 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 쌍을 디자인하는 방법
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서버가, 유전자에 관한 질의어 및 프라이머에 관한 필터링 제약조건들을 수신하는 단계;상기 서버가, 상기 질의어에 기초하여, 미리 구비된 유전자 정보 색인으로부터 적어도 하나의 염기 서열의 식별자를 검색하는 단계;상기 서버가, 상기 적어도 하나의 염기 서열의 식별자에 기초하여, 특이성 조건을 만족하도록 미리 구비된 후보 프라이머 집합의 색인으로부터 적어도 하나의 후보 프라이머를 검색하는 단계;상기 서버가, 상기 필터링 제약조건들에 기초하여, 상기 적어도 하나의 후보 프라이머를 필터링하는 단계; 및상기 서버가, 상기 필터링 결과에 기초하여, 상기 질의어 및 상기 필터링 제약조건들을 만족하는 프라이머 쌍에 관한 정보를 제공하는 단계를 포함하고,상기 서버가, 상기 필터링 제약조건들을 만족하는 프라이머 쌍이 복수인 경우,상기 복수의 프라이머 쌍을 동일한 sidset 그룹 별로 정렬하는 단계를 더 포함하는, 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 쌍을 디자인하는 방법
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제12항에 있어서, 상기 정렬하는 단계는, 페어 필터링 과정을 통과한 프라이머쌍들에 대해 정방향 프라이머 패널티와 역방향 프라이머 패널티의 합으로 패널티를 계산하는 단계를 포함하는, 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 쌍을 디자인하는 방법
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제13항에 있어서,상기 서버가, 상기 프라이머 쌍에 대해 패널티가 계산되면, 같은 sidset 그룹 내에서 패널티 점수가 가장 높은 상위 프라이머 쌍들을 위치 조건을 만족하는 프루브와 함께 웹 페이지로 출력하는 단계를 더 포함하는, 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 쌍을 디자인하는 방법
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서버가, 유전자에 관한 질의어 및 프라이머에 관한 필터링 제약조건들을 수신하는 단계;상기 서버가, 상기 질의어에 기초하여, 미리 구비된 유전자 정보 색인으로부터 적어도 하나의 염기 서열의 식별자를 검색하는 단계;상기 서버가, 상기 적어도 하나의 염기 서열의 식별자에 기초하여, 특이성 조건을 만족하도록 미리 구비된 후보 프라이머 집합의 색인으로부터 적어도 하나의 후보 프라이머를 검색하는 단계;상기 서버가, 상기 필터링 제약조건들에 기초하여, 상기 적어도 하나의 후보 프라이머를 필터링하는 단계; 상기 서버가, 상기 필터링 결과에 기초하여, 상기 질의어 및 상기 필터링 제약조건들을 만족하는 프라이머 쌍에 관한 정보를 제공하는 단계; 및상기 서버가, 사용자에 의해 주어진 싱글/페어 필터링 제약조건들을 만족하는 특정 하나의 표적 서열에 붙는 상위 프라이머 쌍들; 사용자에 의해 주어진 싱글/페어 필터링 제약조건들을 만족하는 여러 표적 서열에 붙는 상위 프라이머 쌍들; 사용자에 의해 주어진 엄격한 싱글/페어 필터링 제약조건들을 만족하는 프라이머 쌍들이 없는 질의들; 및 색인에 없어 검색된 유효한 후보 프라이머들이 없는 질의들로 구분하여 각각 출력하는 단계를 포함하는, 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 쌍을 디자인하는 방법
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서버가, 유전자에 관한 질의어 및 프라이머에 관한 필터링 제약조건들을 수신하는 단계;상기 서버가, 상기 질의어에 기초하여, 미리 구비된 유전자 정보 색인으로부터 적어도 하나의 염기 서열의 식별자를 검색하는 단계;상기 서버가, 상기 적어도 하나의 염기 서열의 식별자에 기초하여, 특이성 조건을 만족하도록 미리 구비된 후보 프라이머 집합의 색인으로부터 적어도 하나의 후보 프라이머를 검색하는 단계;상기 서버가, 상기 필터링 제약조건들에 기초하여, 상기 적어도 하나의 후보 프라이머를 필터링하는 단계; 상기 서버가, 상기 필터링 결과에 기초하여, 상기 질의어 및 상기 필터링 제약조건들을 만족하는 프라이머 쌍에 관한 정보를 제공하는 단계;상기 서버가, 사용자에 의해 주어진 싱글/페어 필터링 제약조건들을 만족하는 특정 하나의 표적 서열에 붙는 상위 프라이머 쌍들과 프루브들이 존재하는 경우, 유전자 정보와 프라이머 쌍의 서열, 프루브의 서열, 온도, amplicon size, 그리고 위치를 제시하는 단계; 상기 서버가, 상기 사용자에 의해 주어진 싱글/페어 필터링 제약조건들을 만족하는 여러 표적 서열에 붙는 상위 프라이머 쌍들이 존재하는 경우, 유전자 정보와 프라이머 쌍의 서열, 온도, amplicon size, 그리고 위치를 제시하는 단계;상기 서버가, 상기 사용자에 의해 주어진 엄격한 싱글/페어 필터링 제약조건들을 만족하는 프라이머 쌍들이 없는 경우, 유전자 정보와 값을 변경해야 할 제약조건들, 사용자가 입력한 값, 그리고 수정해야 하는 값을 제시하는 단계; 및상기 서버가, 색인에 없어 검색된 유효한 후보 프라이머들이 없는 경우, 결과가 없는 질의어와 재검색 가이드라인을 제공하는 단계를 포함하는, 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 쌍을 디자인하는 방법
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제 16항에 있어서, 상기 서버가, 상기 사용자에 의해 주어진 엄격한 싱글/페어 필터링 제약조건들을 만족하는 프라이머쌍들이 없는 경우와 상기 사용자에 의해 주어진 질의어가 색인에 없어 검색된 유효한 후보 프라이머들이 없는 경우, 결과 화면에서 바로 사용자가 질의어와 제약조건을 수정하고 재검색함으로써 정확한 검색 결과를 얻을 수 있는 대화형 (interactive) 인터페이스를 제공하는 단계를 더 포함하는, 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 쌍을 디자인하는 방법
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하드웨어와 결합되어 제1항 및 제3항 내지 제17항 중 어느 하나의 항의 방법을 실행시키기 위하여 기록 매체에 저장된 컴퓨터 프로그램
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