| 1 |
1
대상세포의 돌연변이 염기서열 및 상기 대상세포의 전체 RNA 염기서열을 수신하는 단계; 수신된 상기 전체 RNA 염기서열이 갖는 발현값을 산출하는 단계; 상기 산출된 발현값을 기초로 상기 수신된 돌연변이 염기서열을 필터링하는 단계;상기 필터링된 돌연변이 염기서열을 아미노산 서열로 변환하는 단계;변환된 아미노산 서열을 갖는 펩타이드의 IC50값을 산출하는 단계;상기 산출된 펩타이드의 IC50값을 기초로 상기 변환된 아미노산 서열 중에서 신항원 후보 펩타이드를 결정하는 단계; 및상기 신항원 후보 펩타이드의 면역적 특징을 기초로, 상기 신항원 후보 펩타이드에 대한 면역원성을 복수의 수준으로 분류함으로써 신항원을 결정하는 단계를 포함하는, 신항원 탐지 방법
|
| 2 |
2
제1항에 있어서,상기 대상세포의 돌연변이는 체성 돌연변이인, 신항원 탐지 방법
|
| 3 |
3
제1항에 있어서,상기 IC50값을 산출하는 단계는, 상기 전체 RNA 염기서열을 기초로 HLA의 대립형질을 결정하는 단계; 상기 산출된 발현값을 기초로 발현된 돌연변이 염기서열을 아미노산 서열로 변환하는 단계; 및상기 변환된 아미노산 서열을 갖는 펩타이드와 상기 결정된 HLA 대립형질간의 IC50값을 산출하는 단계를 포함하는, 신항원 탐지 방법
|
| 4 |
4
제1항에 있어서,상기 필터링하는 단계는,상기 전체 RNA 염기서열 중에서 TPM (transcriptome per million) 이 1 이상인 RNA 염기서열을 필터링하는 단계를 더 포함 하는, 신항원 탐지 방법
|
| 5 |
5
제1항에 있어서,상기 신항원 후보 펩타이드를 결정하는 단계는, 상기 산출된 펩타이드와 MHCⅠ 단백질 결합력 및 상기 펩타이드-MHCⅠ의 복합체가 세포 표면에 나타나는 정도, 상기 펩타이드-MHCⅠ의 복합체의 면역원성, 상기 펩타이드를 이루는 아미노산의 소수성, 극성, 전하값, 이미 알려진 에피토프와 상기 펩타이드와의 유사도, 상기 펩타이드와 야생형의 펩타이드의 IC50값의 비교 및 상기 펩타이드와 MHCⅠ 결합부위의 연결도 중 적어도 하나에 기초로 신항원 후보 펩타이드를 결정하는 단계인, 신항원 탐지 방법
|
| 6 |
6
제5항에 있어서, 상기 펩타이드와 MHCⅠ 결합부위의 연결도는 하기 수학식 1로 산출되는, 신항원 탐지 방법
|
| 7 |
7
삭제
|
| 8 |
8
제1항에 있어서,상기 면역원성을 복수의 수준으로 분류함으로써 신항원을 결정하는 단계는 체성 돌연변이의 정보를 포함하는 주석 또는 HLA 대립형질의 정보를 포함하는 주석 중 적어도 하나의 주석을 기초로 면역원성이 복수의 수준으로 분류되는 단계를 포함하는, 신항원 탐지 방법
|
| 9 |
9
구동 가능한 신항원을 탐지하기 위한 전자 디바이스로서,통신부와 동작 가능하게 연결된 프로세서를 포함하고,상기 프로세서는,상기 통신부를 통해 대상세포의 돌연변이 염기서열 및 상기 대상세포의 전체 RNA 염기서열을 수신하고,수신된 상기 전체 RNA 염기서열이 갖는 발현값을 산출하고,상기 산출된 발현값을 기초로 상기 수신된 돌연변이 염기서열을 필터링하고,상기 필터링된 돌연변이 염기서열을 아미노산 서열로 변환하고,변환된 아미노산 서열을 갖는 펩타이드의 IC50값을 산출하고,상기 산출된 펩타이드의 IC50값을 기초로, 상기 변환된 아미노산 서열 중에서 신항원 후보 펩타이드를 결정하고,상기 신항원 후보 펩타이드의 면역적 특징을 기초로, 상기 신항원 후보 펩타이드에 대한 면역원성을 복수의 수준으로 분류함으로써 신항원을 결정하도록 구성된 프로세서를 포함하는, 신항원 탐지 디바이스
|
| 10 |
10
제9항에 있어서,상기 신항원 탐지 디바이스는 면역치료 표적에 관한 정보를 제공하는 디바이스인, 신항원 탐지 디바이스
|
| 11 |
11
제9항에 있어서,상기 IC50값을 산출하는 프로세서는, 상기 전체 RNA 염기서열을 기초로 HLA의 대립형질을 결정하고, 상기 산출된 발현값을 기초로 발현된 돌연변이 염기서열을 아미노산 서열로 변환하고, 상기 변환된 아미노산 서열을 갖는 펩타이드와 상기 결정된 HLA 대립형질간의 IC50값을 산출하도록 구성된 프로세서를 포함하는, 신항원 탐지 디바이스
|
| 12 |
12
제9항에 있어서,상기 필터링하는 프로세서는,상기 전체 RNA 염기서열 중에서 TPM (transcriptome per million) 이 1 이상인 RNA 염기서열을 필터링하도록 구성된 프로세서를 포함하는, 신항원 탐지 디바이스
|
| 13 |
13
제9항에 있어서,상기 신항원 후보 펩타이드를 결정하는 프로세서는,상기 산출된 펩타이드와 MHCⅠ 단백질 결합력 및 상기 펩타이드-MHCⅠ의 복합체가 세포 표면에 나타나는 정도, 상기 펩타이드-MHCⅠ의 복합체의 면역원성, 상기 펩타이드를 이루는 아미노산의 소수성, 극성, 전하값, 이미 알려진 에피토프와 상기 펩타이드와의 유사도, 상기 펩타이드와 야생형의 펩타이드의 IC50값의 비교 및 상기 펩타이드와 MHCⅠ 결합부위의 연결도 중 적어도 하나에 기초로 신항원 후보 펩타이드를 결정하도록 구성된 프로세서를 포함하는, 신항원 탐지 디바이스
|
| 14 |
14
제13항에 있어서,상기 펩타이드와 MHCⅠ 결합부위의 연결도는,하기 수학식 2로 산출되도록 구성된 프로세서로 산출되는, 신항원 탐지 디바이스
|
| 15 |
15
삭제
|
| 16 |
16
제9항에 있어서,상기 면역원성을 복수의 수준으로 분류함으로써 신항원을 결정하는 프로세서는,체성 돌연변이의 정보를 포함하는 주석 또는 HLA 대립형질의 정보를 포함하는 주석 중 적어도 하나의 주석을 기초로 면역원성이 복수의 수준으로 분류되도록 구성된 프로세서를 포함하는, 신항원 탐지 디바이스
|
