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컴퓨터 장치가 바이오인포메틱스를 이용하여 표적 단백질의 비구조-구조 전이 부위를 결정하는 단계;상기 컴퓨터 장치가 상기 비구조-구조 전이 부위를 대상으로 특정한 화합물 라이브러리를 연동한 분자 도킹을 수행하여 상기 화합물 라이브러리 중 상기 비구조-구조 전이 부위에 결합 가능한 제1 후보 화합물을 선택하는 단계; 상기 컴퓨터 장치가 상기 제1 후보 화합물과 상기 비구조-구조 전이 부위에 대한 분자동역학 시뮬레이션을 수행하여 상기 제1 후보 화합물 중 제2 후보 화합물을 선택하는 단계; 및상기 컴퓨터 장치는 상기 제2 후보 화합물이 다른 후보 단백질에도 결합되는지 확인하는 단계를 포함하고, 상기 제2 후보 화합물이 상기 다른 후보 단백질보다 상기 표적 단백질에 기준값 이상 강한 결합력을 갖는 경우 상기 제2 후보 화합물을 최종 후보 화합물로 선택하고,상기 컴퓨터 장치는 상기 비구조-구조 전이 부위 중 상기 표적 단백질의 아미노산 순서에 따라 비구조 점수가 증가하는 구간을 대상으로 상기 제1 후보 화합물이 결합 가능한지 확인하고, 상기 비구조 점수는 비구조-구조 전이의 특징을 나타내는 값이고,상기 표적 단백질은 특정 유전자 영역에 직접 결합하여 유전자 발현을 조절하는 비구조-구조 전이 부위를 표적으로 하는 신약 후보 물질 발굴 방법
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제1항에 있어서,상기 컴퓨터 장치가 분자도킹 프로그램을 사용하여 상기 화합물 라이브러리에 포함된 어느 하나의 화합물과 상기 비구조-구조 전이 부위의 분자 도킹을 수행하는 비구조-구조 전이 부위를 표적으로 하는 신약 후보 물질 발굴 방법
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제1항에 있어서,상기 컴퓨터 장치는 상기 분자동역학 시뮬레이션 결과에서 상기 제1 후보 화합물 중 상기 비구조-구조 전이 부위와 결합하는 부위의 수 또는 결합 에너지가 기준값 이상인 화합물을 상기 제2 후보 화합물로 선택하는 비구조-구조 전이 부위를 표적으로 하는 신약 후보 물질 발굴 방법
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제1항에 있어서,상기 확인하는 단계는상기 컴퓨터 장치가 상기 후보 단백질에 대한 아미노산 서열을 기준으로 결정되는 상기 후보 단백질의 비구조 부위를 기준으로 상기 제2 후보 화합물이 결합할 가능성이 있는 후보 영역을 결정하는 단계;상기 컴퓨터 장치가 상기 후보 영역의 아미노산 서열을 기준으로 상기 후보 영역의 단백질 구조를 추정하는 단계; 및상기 컴퓨터 장치가 도킹 프로그램을 이용하여 상기 후보 영역의 단백질 구조와 상기 제2 후보 화합물의 결합 정도를 확인하는 단계를 포함하는 비구조-구조 전이 부위를 표적으로 하는 신약 후보 물질 발굴 방법
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제5항에 있어서,상기 컴퓨터 장치는 PDB(Protein Data Bank)에서 상기 후보 영역의 아미노산 서열을 검색하여 매칭되는 구조를 상기 후보 영역의 단백질 구조로 추정하고, 매칭되는 구조가 없다면 상기 후보 영역의 아미노산 서열을 기준으로 호몰로지 모델링(homology modeling)을 수행하여 상기 후보 영역의 단백질 구조를 추정하는 비구조-구조 전이 부위를 표적으로 하는 신약 후보 물질 발굴 방법
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컴퓨터에서 제1항 내지 제3항 및 제5항 내지 제6항 중 어느 하나의 항에 기재된 비구조-구조 전이 부위를 표적으로 하는 신약 후보 물질 발굴 방법을 실행하기 위한 프로그램을 기록한 컴퓨터로 읽을 수 있는 기록 매체
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사용자의 명령 내지 특정 데이터를 입력 받는 입력 장치;화합물과 단백질의 분자 도킹을 수행하는 도킹 프로그램 및 화합물과 단백질 특정 부위의 분자동역학 시뮬레이션 프로그램을 저장하는 저장 장치; 및바이오인포메틱스를 이용하여 표적 단백질의 비구조-구조 전이 부위를 결정하고, 상기 도킹 프로그램을 실행하여 상기 비구조-구조 전이 부위를 대상으로 특정한 화합물 라이브러리를 연동한 분자 도킹을 수행하여 상기 화합물 라이브러리 중 상기 비구조-구조 전이 부위에 결합 가능한 제1 후보 화합물을 선택하고, 상기 분자동역학 시뮬레이션 프로그램을 실행하여 상기 제1 후보 화합물과 상기 비구조-구조 전이 부위에 대한 분자동역학 시뮬레이션을 수행하여 상기 제1 후보 화합물 중 제2 후보 화합물을 선택하는 연산 장치를 포함하되,상기 연산 장치는 상기 제2 후보 화합물이 다른 후보 단백질에도 결합되는지 확인하고, 상기 제2 후보 화합물이 상기 다른 후보 단백질보다 상기 표적 단백질에 기준값 이상 강한 결합력을 갖는 경우 상기 제2 후보 화합물을 최종 후보 화합물로 선택하고,상기 연산 장치는 상기 비구조-구조 전이 부위 중 상기 표적 단백질의 아미노산 순서에 따라 비구조 점수가 증가하는 구간을 대상으로 상기 제1 후보 화합물이 결합 가능한지 확인하고,상기 비구조 점수는 비구조-구조 전이의 특징을 나타내는 값이고,상기 표적 단백질은 특정 유전자 영역에 직접 결합하여 유전자 발현을 조절하는 비구조-구조 전이 부위를 표적으로 하는 신약 후보 물질 발굴 장치
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제8항에 있어서,상기 특정 데이터는 상기 바이오인포메틱스에 대한 데이터 및 상기 특정 화합물 라이브러리 중 적어도 하나를 포함하고,상기 입력 장치는 외부 저장 매체 또는 네트워크에 존재하는 데이터베이스(DB)로부터 상기 특정 데이터를 수신하는 비구조-구조 전이 부위를 표적으로 하는 신약 후보 물질 발굴 장치
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제8항에 있어서,상기 연산 장치는 상기 분자동역학 시뮬레이션 결과 상기 제1 후보 화합물 중 상기 비구조-구조 전이 부위와 결합하는 부위의 수 또는 결합 에너지가 기준값 이상인 화합물을 상기 제2 후보 화합물로 선택하는 비구조-구조 전이 부위를 표적으로 하는 신약 후보 물질 발굴 장치
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제8항에 있어서,상기 연산 장치는 상기 후보 단백질에 대한 아미노산 서열을 기준으로 결정되는 상기 후보 단백질의 비구조 부위를 기준으로 상기 제2 후보 화합물이 결합할 가능성이 있는 후보 영역을 결정하고, 상기 후보 영역의 아미노산 서열을 기준으로 상기 후보 영역의 단백질 구조를 추정하고, 상기 도킹 프로그램을 이용하여 상기 후보 영역의 단백질 구조와 상기 제2 후보 화합물의 결합 정도를 확인하는 비구조-구조 전이 부위를 표적으로 하는 신약 후보 물질 발굴 장치
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제12항에 있어서,상기 연산 장치는 DB(Protein Data Bank)에서 상기 후보 영역의 아미노산 서열을 검색하여 매칭되는 구조를 상기 후보 영역의 단백질 구조로 추정하고, 매칭되는 구조가 없다면 상기 후보 영역의 아미노산 서열을 기준으로 호몰로지 모델링(homology modeling)을 수행하여 상기 후보 영역의 단백질 구조를 추정하는 비구조-구조 전이 부위를 표적으로 하는 신약 후보 물질 발굴 장치
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