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시퀀스 분석 장치를 이용하여 핵산 시퀀스를 분석하는 방법에 있어서,상기 시퀀스 분석 장치에 구비된 프로세서에 의해, 벌지(bulge)가 존재하는 제1 쿼리 시퀀스의 정보 및 잠재적 오프-타겟(off-target) 사이트의 타겟 시퀀스의 정보를 메모리로부터 획득하는 단계;상기 프로세서에 의해, 상기 제1 쿼리 시퀀스를 상기 벌지가 존재하지 않는 시퀀스로 가정하기 위하여 상기 벌지의 염기를 상기 벌지 양단의 염기들 사이에 삽입한 제2 쿼리 시퀀스로 상기 제1 쿼리 시퀀스를 변환하는 단계;상기 프로세서에 의해, 상기 변환된 제2 쿼리 시퀀스와 상기 타겟 시퀀스의 염기 자리들이 일치된 상태에서의 제1 미스매치 결과 및 상기 염기 자리들이 불일치된 상태에서의 제2 미스매치 결과를 획득하는 단계;상기 프로세서에 의해, 상기 획득된 제1 및 제2 미스매치 결과들과 미리 정의된 미스매치 임계 개수를 비교함으로써, 상기 타겟 시퀀스를 온-타겟(on-target) 사이트인지 또는 오프-타겟 사이트인지 판별하기 위한 후보로 선택할 것인지를 판단하는 단계를 포함하는, 방법
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제 1 항에 있어서,상기 벌지는 상기 제1 쿼리 시퀀스에서 1개인, 방법
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제 1 항에 있어서,상기 제1 미스매치 결과는상기 염기 자리들이 일치한 상태에서, 상기 제2 쿼리 시퀀스에 포함된 상기 벌지의 염기의 제1 측에 위치한 염기들과 상기 타겟 시퀀스의 염기들 사이의 미스매치 염기 개수에 대응하는, 방법
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제 3 항에 있어서,상기 염기 자리들이 불일치한 상태는상기 타겟 시퀀스에 대해 상기 제2 쿼리 시퀀스가 상기 제1 측으로 염기 1개만큼 어긋나게 정렬된 상태에 해당하고,상기 제2 미스매치 결과는상기 제2 쿼리 시퀀스에서 상기 벌지의 염기의 제2 측에 위치한 염기들과 상기 타겟 시퀀스의 염기들 사이의 미스매치 염기 개수에 대응하는, 방법
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제 4 항에 있어서,상기 제1 측이 상기 타겟 시퀀스의 5' 방향인 경우, 상기 제2 측은 상기 타겟 시퀀스의 3' 방향이고,상기 제1 측이 상기 3' 방향인 경우, 상기 제2 측은 상기 5' 방향인, 방법
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제 1 항에 있어서,상기 핵산 시퀀스는 복수의 잠재적 오프-타겟 사이트들을 포함하고,상기 판단하는 단계는상기 복수의 잠재적 오프-타겟 사이트들 각각의 타겟 시퀀스에 대한 상기 제1 및 제2 미스매치 결과들과 상기 미스매치 임계 개수를 비교함으로써, 상기 복수의 잠재적 오프-타겟 사이트들의 타겟 시퀀스들 중에서 상기 온-타겟 사이트인지 또는 상기 오프-타겟 사이트인지를 판별하기 위한 상기 후보를 선별하는, 방법
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제 6 항에 있어서,상기 선별하는 단계는상기 복수의 잠재적 오프-타겟 사이트들의 상기 타겟 시퀀스들 중에서 상기 미스매치 임계 개수를 초과하는 미스매치 염기 개수를 갖는 타겟 시퀀스들을 프루닝함으로써 상기 후보를 선별하고,상기 미스매치 염기 개수는상기 제1 미스매치 결과와 상기 제2 미스매치 결과를 합한 값에 해당하는, 방법
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제 1 항에 있어서,상기 제1 쿼리 시퀀스는CRISPR Cas9 시스템을 위한 sgRNA의 핵산 시퀀스에 대응하는, 방법
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제 1 항에 있어서,상기 타겟 시퀀스에 포함된 염기 개수는상기 제1 쿼리 시퀀스에 포함된 염기 개수와 동일한, 방법
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벌지(bulge)가 존재하는 제1 쿼리 시퀀스의 정보 및 잠재적 오프-타겟(off-target) 사이트의 타겟 시퀀스의 정보를 저장하는 메모리; 및상기 메모리로부터 상기 제1 쿼리 시퀀스의 정보 및 상기 타겟 시퀀스의 정보를 획득하고, 상기 제1 쿼리 시퀀스를 상기 벌지가 존재하지 않는 시퀀스로 가정하기 위하여 상기 벌지의 염기를 상기 벌지 양단의 염기들 사이에 삽입한 제2 쿼리 시퀀스로 상기 제1 쿼리 시퀀스를 변환하고, 상기 변환된 제2 쿼리 시퀀스와 상기 타겟 시퀀스의 염기 자리들이 일치된 상태에서의 제1 미스매치 결과 및 상기 염기 자리들이 불일치된 상태에서의 제2 미스매치 결과를 획득하고, 상기 획득된 제1 및 제2 미스매치 결과들과 미리 정의된 미스매치 임계 개수를 비교함으로써 상기 타겟 시퀀스를 온-타겟(on-target) 사이트인지 또는 오프-타겟 사이트인지 판별하기 위한 후보로 선택할 것인지를 판단하는 프로세서를 포함하는, 핵산 시퀀스를 분석하는 장치
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제 10 항에 있어서,상기 벌지는 상기 제1 쿼리 시퀀스에서 1개인, 장치
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제 10 항에 있어서,상기 제1 미스매치 결과는상기 염기 자리들이 일치한 상태에서, 상기 제2 쿼리 시퀀스에 포함된 상기 벌지의 염기의 제1 측에 위치한 염기들과 상기 타겟 시퀀스의 염기들 사이의 미스매치 염기 개수에 대응하는, 장치
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제 12 항에 있어서,상기 염기 자리들이 불일치한 상태는상기 타겟 시퀀스에 대해 상기 제2 쿼리 시퀀스가 상기 제1 측으로 염기 1개만큼 어긋나게 정렬된 상태에 해당하고,상기 제2 미스매치 결과는상기 제2 쿼리 시퀀스에서 상기 벌지의 염기의 제2 측에 위치한 염기들과 상기 타겟 시퀀스의 염기들 사이의 미스매치 염기 개수에 대응하는, 장치
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제 13 항에 있어서,상기 제1 측이 상기 타겟 시퀀스의 5' 방향인 경우, 상기 제2 측은 상기 타겟 시퀀스의 3' 방향이고,상기 제1 측이 상기 3' 방향인 경우, 상기 제2 측은 상기 5' 방향인, 장치
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제 10 항에 있어서,상기 핵산 시퀀스는 복수의 잠재적 오프-타겟 사이트들을 포함하고,상기 프로세서는상기 복수의 잠재적 오프-타겟 사이트들 각각의 타겟 시퀀스에 대한 상기 제1 및 제2 미스매치 결과들과 상기 미스매치 임계 개수를 비교함으로써, 상기 복수의 잠재적 오프-타겟 사이트들의 타겟 시퀀스들 중에서 상기 온-타겟 사이트인지 또는 상기 오프-타겟 사이트인지를 판별하기 위한 상기 후보를 선별하는, 장치
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제 15 항에 있어서,상기 프로세서는상기 복수의 잠재적 오프-타겟 사이트들의 상기 타겟 시퀀스들 중에서 상기 미스매치 임계 개수를 초과하는 미스매치 염기 개수를 갖는 타겟 시퀀스들을 프루닝함으로써 상기 후보를 선별하고,상기 미스매치 염기 개수는상기 제1 미스매치 결과와 상기 제2 미스매치 결과를 합한 값에 해당하는, 장치
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제 10 항에 있어서,상기 제1 쿼리 시퀀스는CRISPR Cas9 시스템을 위한 sgRNA의 핵산 시퀀스에 대응하는, 장치
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제 10 항에 있어서,상기 타겟 시퀀스에 포함된 염기 개수는상기 제1 쿼리 시퀀스에 포함된 염기 개수와 동일한, 장치
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