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생물학적 시료의 핵산 품질을 결정하는 방법

  • 기술번호 : KST2018013811
  • 담당센터 : 서울동부기술혁신센터
  • 전화번호 : 02-2155-3662
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 생물학적 시료의 DNA 품질을 결정하는 방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 표적 유전자를 증폭할 수 있는 프라이머를 이용하여 정량적 PCR(polymerase chain reaction)을 수행함으로써 생물학적 시료의 DNA 품질을 결정하는 방법, 상기 방법에 이용되는 프라이머 제조방법 및 상기 결정된 DNA 품질을 적용하여 표적 유전자 돌연변이 검출량을 표준화하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 방법에 따르면, 유전자 분석에 이용되는 생물학적 시료의 DNA 품질을 객관적으로 평가할 수 있고 유전자 돌연변이의 발현 비율에 대한 객관적인 결과를 제시할 수 있어, 임상 연구 및 동반 진단 분야에서 신뢰성 있는 정보를 제공하는데 효과를 나타낼 수 있다.
Int. CL C12Q 1/686 (2018.01.01) C12Q 1/6886 (2018.01.01) G16B 20/00 (2019.01.01)
CPC
출원번호/일자 1020180039412 (2018.04.04)
출원인 주식회사 젠큐릭스, (재)록원바이오융합연구재단
등록번호/일자
공개번호/일자 10-2018-0112727 (2018.10.12) 문서열기
공고번호/일자
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보 대한민국  |   1020170043918   |   2017.04.04
법적상태 거절
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2018.11.21)
심사청구항수 12

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 주식회사 젠큐릭스 대한민국 서울특별시 구
2 (재)록원바이오융합연구재단 대한민국 서울특별시 관악구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 신영기 대한민국 서울특별시 강남구
2 김진주 대한민국 서울특별시 관악구
3 김성수 대한민국 서울특별시 금천구
4 최현정 대한민국 서울특별시 광진구
5 문영호 대한민국 서울특별시 구
6 김명선 대한민국 서울특별시 구로구
7 김지은 대한민국 서울특별시 강서구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 김석만 대한민국 서울시 강남구 테헤란로**길 ** *층 (역삼동, JS빌딩)(시원국제특허법률사무소)
2 이희숙 대한민국 서울특별시 강남구 테헤란로 **길 ** *층 (역삼동, JS빌딩)(시원국제특허법률사무소)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
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번호, 서류명, 접수/발송일자, 처리상태, 접수/발송일자의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 행정처리 표입니다.
번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application		 2018.04.04 수리 (Accepted) 1-1-2018-0337135-94
2 보정요구서
Request for Amendment		 2018.04.12 발송처리완료 (Completion of Transmission) 1-5-2018-0057066-34
3 [출원서등 보정]보정서
[Amendment to Patent Application, etc.] Amendment		 2018.04.13 수리 (Accepted) 1-1-2018-0372405-82
4 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)		 2018.05.14 수리 (Accepted) 1-1-2018-0473714-76
5 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)		 2018.06.12 수리 (Accepted) 1-1-2018-0577044-00
6 [출원서등 보정]보정서
[Amendment to Patent Application, etc.] Amendment		 2018.07.10 수리 (Accepted) 1-1-2018-0680268-14
7 [출원인변경]권리관계변경신고서
[Change of Applicant] Report on Change of Proprietary Status		 2018.11.14 수리 (Accepted) 1-1-2018-1134609-07
8 [심사청구]심사청구(우선심사신청)서
[Request for Examination] Request for Examination (Request for Preferential Examination)		 2018.11.20 불수리 (Non-acceptance) 1-1-2018-1157446-34
9 [심사청구]심사청구(우선심사신청)서
[Request for Examination] Request for Examination (Request for Preferential Examination)		 2018.11.21 수리 (Accepted) 1-1-2018-1163621-14
10 서류반려이유통지서
Notice of Reason for Return of Document		 2018.12.03 발송처리완료 (Completion of Transmission) 1-5-2018-0188099-79
11 [반려요청]서류반려요청(반환신청)서
[Request for Return] Request for Return of Document		 2018.12.04 수리 (Accepted) 1-1-2018-1215206-33
12 서류반려통지서
Notice for Return of Document		 2018.12.05 발송처리완료 (Completion of Transmission) 1-5-2018-0190393-91
13 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2020.01.30 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2020-0070963-36
14 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)		 2020.03.27 수리 (Accepted) 1-1-2020-0320671-16
15 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2020.04.23 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2020-0421593-33
16 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견서·답변서·소명서
 2020.04.23 수리 (Accepted) 1-1-2020-0421591-42
17 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2020.09.18 수리 (Accepted) 4-1-2020-5213350-64
18 거절결정서
Decision to Refuse a Patent		 2020.10.30 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2020-0754296-45
19 [법정기간연장]기간 연장신청서·기간 단축신청서·기간 경과 구제신청서·절차 계속신청서
 2020.11.25 수리 (Accepted) 1-1-2020-1270234-94
20 법정기간연장승인서
 2020.11.30 발송처리완료 (Completion of Transmission) 1-5-2020-0179466-70
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번호 청구항
1 1
(a) 개체로부터 수득한 생물학적 시료에서 핵산을 추출하는 단계;(b) 상기 추출된 핵산을 내부 품질 대조 부위(Internal quality control region)를 증폭할 수 있는 i) 프라이머; 또는 ii) 프라이머 및 프로브 세트;로 PCR을 수행하는 단계;(c) 상기 PCR 결과로부터 내부 품질 대조 부위의 카피수(copy number)를 산출하는 단계;(d) 하기 수식에 따라 내부 대조군 품질 지표 (internal quality control index, iQC index)를 산출하는 단계:내부 대조군 품질 지표 = 상기 내부 품질 대조 부위의 카피수 / 상기 PCR의 입력 DNA(input DNA) 카피수; 및(e) 상기 내부 대조군 품질 지표가 정해진 역치값 이상인 경우 상기 시료의 핵산 품질이 적절한 것으로 판단하거나, 또는 상기 내부 대조군 품질 지표가 1에 가까울수록 상기 생물학적 시료의 핵산 품질이 우수한 것으로 판단하는 단계를 포함하는, 생물학적 시료의 핵산 품질을 결정하는 방법
2 2
제1항에 있어서, 상기 생물학적 시료는 세포주, 조직학적 슬라이드, 생검체, 포르말린-고정된 파라핀-포매(FFPE) 조직, 신체 유체, 대변, 소변, 혈장, 혈청, 전혈, 단리된 혈액 세포 및 혈액으로부터 단리된 세포로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인 것을 특징으로 하는 방법
3 3
제1항에 있어서, 상기 내부 품질 대조 부위는 표적유전자 또는 돌연변이 부위를 포함하는 유전자 내에 위치하는 것을 특징으로 하는 방법
4 4
제1항에 있어서, 상기 내부 품질 대조 부위는 표적 유전자 또는 돌연변이 부위에 인접한 부위에 위치하는 것을 특징으로 하는 방법
5 5
제4항에 있어서, 상기 인접한 부위는 20kb (kilobase) 이내에 위치하는 부위인 것을 특징으로 하는 방법
6 6
제1항에 있어서, 상기 내부 품질 대조 부위는 하나 또는 둘이상인 것을 특징으로 하는 방법
7 7
제1항에 있어서, 상기 프라이머는 내부 품질 대조 부위의 카피수를 알고 있는 표준(reference standard) 물질에 대한 정량적 PCR을 수행했을 때, [검출된 상기 내부 품질 대조 부위의 카피수 / 상기 표준 물질의 입력 DNA 카피수]가 0
8 8
제1항에 있어서, 상기 PCR은 디지털 PCR인 것을 특징으로 하는 방법
9 9
제1항에 있어서, 상기 역치값은 0
10 10
제1항에 있어서, 상기 핵산 품질이 적절한 것은 핵산 품질이 실시간 중합효소 연쇄반응(real-time PCR), 디지털 PCR(digital PCR), 유전자 시퀀싱(gemone sequencing), 파이로시퀀싱(pyrosequencing) 및 차세대 시퀀싱(next generation sequencing)로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나의 분석에 적절한 것임을 특징으로 하는 방법
11 11
i) 프라이머 또는 ii) 프라이머 및 프로브 세트의 제조방법에 있어서, (a) 내부 품질 대조 부위(internal quality control region)의 핵산 단편을 증폭할 수 있는 i) 프라이머 또는 ii) 프라이머 및 프로브 세트를 디자인하는 단계; (b) 표준(reference standard) 물질에 포함된 핵산을 상기 프라이머 또는 상기 프라이머 및 프로브 세트로 PCR을 수행하는 단계; (c) 상기 PCR 결과로부터 내부 품질 대조 부위의 카피수(copy number)를 산출하는 단계; 및(d) [상기 내부 품질 대조 부위의 카피수 / 상기 표준 물질의 핵산 카피수]가 0
12 12
제11항에 있어서, 상기 (d) 단계의 선택은 [상기 내부 품질 대조 부위의 카피수 / 상기 표준 물질의 핵산 카피수]가 0
13 13
(a) 개체로부터 수득한 생물학적 시료에서 핵산을 추출하는 단계;(b) 상기 추출된 핵산을 내부 품질 대조 부위 (internal quality control region)을 증폭할 수 있는 i) 프라이머; 또는 ii)프라이머 및 프로브 세트;로 제1의 PCR을 수행하는 단계;(c) 상기 제1의 PCR 결과로부터 내부 품질 대조 부위의 카피수(copy number)를 산출하는 단계;(d) 상기 추출된 핵산을 표적 유전자 또는 돌연변이 부위를 증폭할 수 있는 iii) 프라이머; 또는 iv) 프라이머 및 프로브 세트;로 제2의 PCR을 수행하는 단계;(e) 상기 제2의 PCR 결과로부터 표적 유전자 또는 돌연변이 부위의 카피수를 산출하는 단계; 및(f) 하기 수식에 따라 %돌연변이 지수 (% mutation index)를 산출하는 단계:%돌연변이 지수 = 상기 표적 유전자 또는 돌연변이 부위의 카피수 / 상기 내부 품질 대조 부위의 카피수 × 100;를 포함하는, 생물학적 시료 내 표적 유전자의 %돌연변이 지수의 산출 방법
14 14
(a) 생물학적 시료에서 표적 유전자 또는 돌연변이 부위의 돌연변이 비율 (mutational frequency)을 측정하는 단계; 및(b) 상기 돌연변이 비율을 상기 시료의 내부 대조군 품질 지표 (internal quality control index)로 나누어 표준화된 돌연변이 비율을 산출하는 단계를 포함하는, 생물학적 시료 내 표적 유전자 또는 돌연변이 부위의 돌연변이 비율(mutational frequency)의 표준화 (normalization) 방법
지정국 정보가 없습니다
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순번 패밀리번호 국가코드 국가명 종류
1 CN110709522 CN 중국 FAMILY
2 US20200102595 US 미국 FAMILY
3 WO2018186687 WO 세계지적재산권기구(WIPO) FAMILY

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순번 패밀리번호 국가코드 국가명 종류
1 CN110709522 CN 중국 DOCDBFAMILY
2 US2020102595 US 미국 DOCDBFAMILY
3 WO2018186687 WO 세계지적재산권기구(WIPO) DOCDBFAMILY
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순번 연구부처 주관기관 연구사업 연구과제
1 미래창조과학부 서울대학교 바이오·의료기술개발 POC(proof of concept) 및 Analytical Validation을 통한 RUO kit 개발 및 인간검체를 이용한 IUO Kit의 Clinical Utility 탐색