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엔도뉴클레이즈를 이용한 FFPE 조직 유래 DNA 라이브러리 제작 방법

  • 기술번호 : KST2018014011
  • 담당센터 : 부산기술혁신센터
  • 전화번호 : 051-606-6561
요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 엔도뉴클레이즈를 이용한 FFPE 조직 유래 DNA 라이브러리 제작 방법에 관한 것으로서, 일반적인 임상시료는 절대 다수가 FFPE 조직이며, 오래된 FFPE 조직의 경우, DNA 라이브러리 제작에 실패하게 되는 경우가 빈번하여 NGS 분석에 어려움을 겪게 되는데, 이를 극복할 방안이 절실히 필요한 실정이다. S1 뉴클레이즈는 단일-가닥(single-stranded) DNA만을 특이적으로 잘라내는 효소인데, 거의 모든 FFPE의 경우, dsDNA 곳곳에 닉(nick)이 존재하며, 이 부분이 S1 뉴클레이즈의 표적(target)이 될 수 있다. FFPE 조직에서 gDNA를 추출하는 과정 중, 용출(elution) 과정에서 S1 뉴클레이즈를 적정한 조건에서 처리하고 용출하면, DNA 추출과 동시에, DNA 라이브러리 제작에 적당한 크기의 DNA로 단편화된 DNA를 얻을 수 있으므로, Covaris 단편화 과정을 생략할 수 있어, 비용 및 시간을 감소할 수 있다.
Int. CL C12N 15/10 (2017.01.01) C12Q 1/6806 (2018.01.01) C12Q 1/6869 (2018.01.01) C40B 40/06 (2006.01.01) C40B 50/06 (2017.01.01)
CPC
출원번호/일자 1020170145331 (2017.11.02)
출원인 울산대학교 산학협력단, 재단법인 아산사회복지재단
등록번호/일자
공개번호/일자 10-2018-0113894 (2018.10.17) 문서열기
공고번호/일자 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보 대한민국  |   1020160146642   |   2016.11.04
법적상태 등록
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2017.11.02)
심사청구항수 15

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 울산대학교 산학협력단 대한민국 울산광역시 남구
2 재단법인 아산사회복지재단 대한민국 서울특별시 송파구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 장세진 경기도 성남시 분당구
2 천성민 서울특별시 송파구
3 성창옥 경기도 용인시 기흥구
4 김유진 서울특별시 강동구
5 이지영 서울특별시 관악구
6 전혜준 서울특별시 강동구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 특허법인태백 대한민국 서울 금천구 가산디지털*로 *** 이노플렉스 *차 ***호

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 울산대학교 산학협력단 대한민국 울산광역시 남구
2 재단법인 아산사회복지재단 대한민국 서울특별시 송파구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application
2017.11.02 수리 (Accepted) 1-1-2017-1089088-28
2 [출원서등 보정]보정서
[Amendment to Patent Application, etc.] Amendment
2017.11.03 수리 (Accepted) 1-1-2017-1091547-87
3 보정요구서
Request for Amendment
2017.11.14 발송처리완료 (Completion of Transmission) 1-5-2017-0163317-74
4 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2017.12.14 수리 (Accepted) 1-1-2017-1247671-00
5 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2018.01.15 수리 (Accepted) 1-1-2018-0044598-14
6 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2018.02.14 수리 (Accepted) 1-1-2018-0163484-21
7 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2018.03.14 수리 (Accepted) 1-1-2018-0256457-57
8 지정기간연장 관련 안내서
Notification for Extension of Designated Period
2018.03.16 발송처리완료 (Completion of Transmission) 1-5-2018-0041367-53
9 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2018.04.16 수리 (Accepted) 1-1-2018-0375264-55
10 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2018.05.14 수리 (Accepted) 1-1-2018-0471778-30
11 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2018.06.14 수리 (Accepted) 1-1-2018-0581413-94
12 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2018.07.16 수리 (Accepted) 1-1-2018-0697711-26
13 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2018.08.14 수리 (Accepted) 1-1-2018-0803211-19
14 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2018.09.13 수리 (Accepted) 1-1-2018-0911325-71
15 [출원서등 보정]보정서
[Amendment to Patent Application, etc.] Amendment
2018.10.12 수리 (Accepted) 1-1-2018-1006076-47
16 의견제출통지서
Notification of reason for refusal
2018.12.17 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2018-0864142-77
17 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment
2019.02.13 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2019-0151418-37
18 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)
2019.02.13 수리 (Accepted) 1-1-2019-0151417-92
19 의견제출통지서
Notification of reason for refusal
2019.06.25 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2019-0454169-83
20 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)
2019.08.14 수리 (Accepted) 1-1-2019-0833739-96
21 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment
2019.08.14 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2019-0833738-40
22 등록결정서
Decision to grant
2019.12.20 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2019-0923026-31
23 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2020.07.10 수리 (Accepted) 4-1-2020-5154267-54
24 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2020.07.31 수리 (Accepted) 4-1-2020-5172343-48
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
S1 뉴클레이즈, P1 뉴클레이즈, 녹두 뉴클레이즈(mung bean nuclease) 및 BAL-31 뉴클레이즈로 이루어진 군으로부터 선택된 어느 하나 이상의 엔도뉴클레이즈(endonuclease)를 유효성분으로 포함하며, 포르말린-고정, 파라핀-포매(formalin-fixed, paraffin-embedded; FFPE) 조직 유래 이중 나선 DNA(double stranded DNA; dsDNA) 내에 존재하는 단일가닥구조 DNA인 닉(nick)을 타겟으로 단편화하는 DNA 라이브러리(library) 제작용 조성물
2 2
삭제
3 3
삭제
4 4
제1항에 있어서, 상기 DNA 라이브러리는 차세대 유전체 해독기술(Next generation sequencing, NGS) 분석을 위한 것임을 특징으로 하는 DNA 라이브러리 제작용 조성물
5 5
제1항 또는 제4항의 조성물을 포함하며, FFPE 조직 유래 dsDNA 내에 존재하는 단일가닥구조 DNA인 닉(nick)을 타겟으로 단편화하는 DNA 라이브러리 제작용 키트
6 6
S1 뉴클레이즈, P1 뉴클레이즈, 녹두 뉴클레이즈(mung bean nuclease) 및 BAL-31 뉴클레이즈로 이루어진 군으로부터 선택된 어느 하나 이상의 엔도뉴클레이즈를 유효성분으로 포함하며, FFPE 조직 유래 dsDNA 내에 존재하는 단일가닥구조 DNA인 닉(nick)을 타겟으로 단편화된 DNA의 용출(elusion)용 조성물
7 7
삭제
8 8
제6항의 조성물을 포함하며, FFPE 조직 유래 dsDNA 내에 존재하는 단일가닥구조 DNA인 닉(nick)을 타겟으로 단편화된 DNA의 용출용 키트
9 9
FFPE 조직 절편 용해물에 S1 뉴클레이즈, P1 뉴클레이즈, 녹두 뉴클레이즈(mung bean nuclease) 및 BAL-31 뉴클레이즈로 이루어진 군으로부터 선택된 어느 하나 이상의 엔도뉴클레이즈를 처리하여, FFPE 조직 유래 dsDNA 내에 존재하는 단일가닥구조 DNA인 닉(nick)을 타겟으로 DNA를 단편화시키는 단계; 및 상기 단편화된 DNA를 용출하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 복잡도(complexity)가 향상된 FFPE 조직 유래 DNA 라이브러리의 제작 방법
10 10
제9항에 있어서, 상기 FFPE 조직 절편 용해물은 FFPE 조직 절편으로부터 단백질을 분해시켜 제거한 것을 특징으로 하는 복잡도가 향상된 FFPE 조직 유래 DNA 라이브러리의 제작 방법
11 11
제9항에 있어서, 상기 반응물로부터 DNA를 용출하는 단계는 DNA의 양 말단을 평활화(end repair)시키는 단계 및 상기 평활화된 DNA를 라이게이션(ligation)시키는 단계를 추가적으로 포함하는 것을 특징으로 하는 복잡도가 향상된 FFPE 조직 유래 DNA 라이브러리의 제작 방법
12 12
제9항에 있어서, 상기 엔도뉴클레이즈는 1 내지 100 유닛(unit) 처리하는 것을 특징으로 하는 복잡도가 향상된 FFPE 조직 유래 DNA 라이브러리의 제작 방법
13 13
제9항에 있어서, 상기 엔도뉴클레이즈는 37℃에서 1 내지 60분 동안 처리하는 것을 특징으로 하는 복잡도가 향상된 FFPE 조직 유래 DNA 라이브러리의 제작 방법
14 14
삭제
15 15
제9항에 있어서, 상기 DNA 라이브러리는 NGS 분석을 위한 것임을 특징으로 하는 FFPE 조직 유래 DNA 라이브러리 제작 방법
16 16
FFPE 조직 절편 용해물에 S1 뉴클레이즈, P1 뉴클레이즈, 녹두 뉴클레이즈(mung bean nuclease) 및 BAL-31 뉴클레이즈로 이루어진 군으로부터 선택된 어느 하나 이상의 엔도뉴클레이즈를 처리하여, FFPE 조직 유래 dsDNA 내에 존재하는 단일가닥구조 DNA인 닉(nick)을 타겟으로 DNA를 단편화시키는 단계; 및 상기 단편화된 DNA를 용출하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 FFPE 조직 유래 단편화된 DNA 용출 방법
17 17
제16항에 있어서, 상기 FFPE 조직 절편 용해물은 FFPE 조직 절편으로부터 단백질을 분해시켜 제거한 것을 특징으로 하는 FFPE 조직 유래 단편화된 DNA 용출 방법
18 18
제16항에 있어서, 상기 엔도뉴클레이즈는 1 내지 100 유닛(unit) 처리하는 것을 특징으로 하는 FFPE 조직 유래 단편화된 DNA 용출 방법
19 19
제16항에 있어서, 상기 엔도뉴클레이즈는 37℃에서 1 내지 60분 동안 처리하는 것을 특징으로 하는 FFPE 조직 유래 단편화된 DNA 용출 방법
20 20
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1 EP03536785 EP 유럽특허청(EPO) FAMILY
2 WO2018084640 WO 세계지적재산권기구(WIPO) FAMILY

DOCDB 패밀리 정보

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순번 패밀리번호 국가코드 국가명 종류
1 EP3536785 EP 유럽특허청(EPO) DOCDBFAMILY
2 EP3536785 EP 유럽특허청(EPO) DOCDBFAMILY
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순번 연구부처 주관기관 연구사업 연구과제
1 미래창조과학부 울산대학교 해외우수기관유치사업 아산-다나파버 암 유전체 연구 센터(3)
2 과학기술정보통신부 서울아산병원 바이오·의료기술개발사업 혈중 순환 종양 DNA 기반 종양 유전체 및 후성유전체 변이 초고감도 분석 기술 개발
3 교육부 서울아산병원 이공학개인기초연구지원 순환 유리 핵산의 고효율 추출법 개발