| 1 |
1
복수의 목적 유전자에 대한 프로브 (probe) 를 포함하는 유전자 패널 (gene panel) 을 이용하여, 하나의 대상샘플에 대하여 상기 복수의 목적 유전자를 획득하는 단계; 차세대 염기서열 분석 (NGS, next generation sequencing) 을 이용하여, 상기 복수의 목적 유전자 각각을 복수 회의 독립된 염기서열 분석을 수행하여, 상기 복수의 목적 유전자 각각에 대한 동일한 염기서열 또는 동일하지 않은 염기서열을 포함하는, 복수 개의 염기서열을 수집하는 단계;참조 염기서열과 상기 복수 개의 염기서열을 매칭 (matching) 하는 단계; 상기 복수 개의 염기서열 중, 상기 복수의 목적 유전자에 대하여 상기 참조 염기서열과 매칭되지 않는 염기서열들을 결정하는 단계; 및상기 매칭되지 않는 염기서열들의 통계적 분석에 따라 보정된 산출방식으로 산출된, 상기 매칭되지 않는 염기서열들 내의 불 일치하는 유전자 자리 (locus) 에 대한 돌연변이 확률값을 기초로, 상기 대상샘플 내의 상기 복수의 목적 유전자에 대한 염기서열 변이 후보를 결정하는 단계를 포함하고,상기 돌연변이 확률값은,상기 복수 회의 독립된 염기서열 분석에 의해 수집된 상기 복수 개의 염기서열 각각에 대한 불 일치하는 유전자 자리의 BAF값의 표준편차 및 평균값 중 적어도 하나에 기초한 통계적 분석에 따라 보정된 확률값으로 정의되는, 염기서열 변이의 검출방법
|
| 2 |
2
제1항에 있어서,미리 결정된 염기서열 변이를 획득하는 단계; 및상기 염기서열 변이 후보와 미리 결정된 염기서열 변이를 매칭함으로써, 상기 염기서열 변이 후보와 상기 미리 결정된 염기서열 변이의 일치유무의 정보를 제공하는 단계를 더 포함하는, 염기서열 변이의 검출 방법
|
| 3 |
3
제2항에 있어서,상기 염기서열 변이 후보가 상기 미리 결정된 염기서열 변이와 상이하고, 상기 염기서열 변이 후보의 유전자 자리가 상기 미리 결정된 염기서열 변이의 유전자 자리와 상이한 경우,상기 미리 결정된 염기서열 변이와 상이한 상기 염기서열 변이 후보 및 그 유전자 자리에 대한 정보를 제공하는 단계를 더 포함하는, 염기서열 변이의 검출 방법
|
| 4 |
4
제1항에 있어서,상기 차세대 염기서열 분석은 복수의 분석 플랫폼에 따른 차세대 염기서열 분석이고, 상기 복수 개의 염기서열을 수집하는 단계는, 상기 복수의 분석 플랫폼에 의해 수행되고상기 동일한 염기서열 또는 동일하지 않은 염기서열 각각은 서로 상이한 분석 플랙폼으로 분석된, 복수 개의 염기서열을 수집하는 단계를 포함하는, 염기서열 변이의 검출 방법
|
| 5 |
5
제1항에 있어서,상기 목적 유전자가 암 연관 유전자인 경우,상기 염기서열 변이 후보를 결정하는 단계는,암 치료효과에 대한 상기 염기서열 변이 후보와 항암제의 상관관계를 확인하는 단계를 더 포함하는, 염기서열 변이의 검출 방법
|
| 6 |
6
제 5항에 있어서,상기 상관관계를 확인하는 단계는, 상기 항암제의 작용의 대상이 되는 표적 염기서열 변이를 확인하는 단계를 포함하는, 염기서열 변이의 검출 방법
|
| 7 |
7
제 1항에 있어서,상기 염기서열 변이 후보를 결정하는 단계는,상기 매칭되지 않는 염기서열들의 통계적 분석에 따라 보정된 산출방식으로 산출된, 상기 매칭되지 않는 염기서열들 내의 불 일치하는 유전자 자리에 대한 돌연변이 확률값 및 분석에러 확률값을 기초로, 상기 대상샘플 내의 상기 목적 유전자에 대한 염기서열 변이 후보를 결정하는 단계를 더 포함하는, 염기서열의 변이 검출방법
|
| 8 |
8
제7항에 있어서,상기 분석에러 확률값은,상기 유전자 패널의 분석 플랫폼 (platform) 유형에 따라 염기서열의 변이 유형별 분석에러 및 상기 분석에러의 base call quality 점수를 포함하는 분석에러 프로파일을 결정하고,상기 분석에러 프로파일을 기초로, 적어도 하나의 염기서열의 변이 유형에 대한 분석에러 확률값이 보정된, 염기서열의 변이 검출방법
|
| 9 |
9
제8항에 있어서,상기 분석에러 프로파일은,상기 불 일치하는 유전자 자리의 전, 후로 존재하는 염기서열의 정보를 더 포함하는, 염기서열의 변이 검출방법
|
| 10 |
10
제8항에 있어서,상기 분석 플랫폼 유형이 Illumina 염기서열 분석 플랫폼일 경우, 상기 염기서열의 변이 유형별 분석에러 중 A에서 G로 변이, T에서 C로 변이, A에서 T로 변이, T에서 A로 변이, C에서 T로 변이 및 G에서 A로 변이, C에서 A로 변이 및 G에서 T로 변이 유형에 대한 분석에러의 확률은 나머지 염기서열의 변이 유형의 분석에러의 확률보다 높은, 염기서열의 변이 검출방법
|
| 11 |
11
제8항에 있어서,상기 분석 플랫폼 유형이 IonTorrent 염기서열 분석 플랫폼일 경우, 상기 염기서열의 변이 유형 중 A에서 G로 변이, T에서 C로 변이, C에서 A로 변이, G에서 T로 변이, G에서 A로 변이 및 C에서 T로 변이 유형에 대한 분석에러의 확률은 나머지 염기서열의 변이 유형의 분석에러의 확률보다 높은, 염기서열의 변이 검출방법
|
| 12 |
12
제7항에 있어서,상기 염기서열 변이 후보를 결정하는 단계는,상기 불 일치하는 유전자 자리의 상기 분석에러 확률값에 대한 상기 돌연변이 확률값의 비율을 기초로, 상기 대상샘플 내의 상기 목적 유전자에 대한 염기서열 변이 후보를 결정하는 단계를 더 포함하는, 염기서열의 변이 검출방법
|
| 13 |
13
제12항에 있어서,상기 비율은,하기 수학식 1로 산출되는, 염기서열의 변이 검출방법
|
| 14 |
14
제1항에 있어서,상기 목적 유전자는,ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MET, MLH1, MPL, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53 또는 VHL 유전자 중 적어도 하나인, 염기서열 변이의 검출방법
|
| 15 |
15
제1항에 있어서,상기 염기서열 변이는 저빈도 체성 돌연변이인, 염기서열 변이의 검출방법
|
| 16 |
16
제1항에 있어서,상기 참조 염기서열은, 상기 대상 샘플과 동일한 목적 유전자 자리에 대하여, 염기서열 변이를 포함하지 않은 염기서열인, 염기서열 변이의 검출방법
|
| 17 |
17
삭제
|
| 18 |
18
통신부와 동작 가능하게 연결된 프로세서를 포함하고,상기 프로세서는,상기 통신부를 통해 복수의 목적 유전자에 대한 프로브를 포함하는 유전자 패널을 이용하여, 하나의 대상샘플에 대하여 상기 복수의 목적 유전자를 획득하고,차세대 염기서열 분석을 이용하여, 상기 복수의 목적 유전자 각각을 복수 회의 독립된 염기서열 분석을 수행하여, 상기 복수의 목적 유전자 각각에 대한 동일한 염기서열 또는 동일하지 않은 염기서열을 포함하는, 복수 개의 염기서열을 수집하고,참조 염기서열과 상기 복수 개의 염기서열을 매칭하고,상기 복수 개의 염기서열 중, 상기 복수의 목적 유전자에 대하여 상기 참조 염기서열과 매칭되지 않는 염기서열들을 결정하고,상기 매칭되지 않는 염기서열들의 통계적 분석에 따라 보정된 산출방식으로 산출된, 상기 매칭되지 않는 염기서열들 내의 불 일치하는 유전자 자리에 대한 돌연변이 확률값을 기초로, 상기 대상샘플 내의 상기 목적 유전자에 대한 염기서열 변이 후보를 결정하도록 구성되고,상기 돌연변이 확률값은, 상기 복수 회의 독립된 염기서열 분석에 의해 수집된 상기 복수 개의 염기서열 각각에 대한 불 일치하는 유전자 자리의 BAF값의 표준편차 및 평균값 중 적어도 하나에 기초한 통계적 분석에 따라 보정된 확률값으로 정의되는, 염기서열의 변이 검출 디바이스
|
| 19 |
19
제18항에 있어서,상기 프로세서는,상기 염기서열 변이 후보와 미리 결정된 염기서열 변이를 매칭함으로써, 상기 염기서열 변이 후보와 상기 미리 결정된 염기서열 변이의 일치유무의 정보를 더 제공하도록 구성된, 염기서열 변이의 검출 디바이스
|
| 20 |
20
제19항에 있어서,상기 프로세서는,상기 염기서열 변이 후보가 상기 미리 결정된 염기서열 변이와 상이하고, 상기 염기서열 변이 후보의 유전자 자리가 상기 미리 결정된 염기서열 변이의 유전자 자리와 상이한 경우,상기 미리 결정된 염기서열 변이와 상이한 상기 염기서열 변이 후보 및 그 유전자 자리에 대한 정보를 더 제공하도록 구성된, 염기서열 변이의 검출 디바이스
|
| 21 |
21
제18항에 있어서,상기 프로세서는,상기 매칭되지 않는 염기서열들의 통계적 분석에 따라 보정된 산출방식으로 산출된, 상기 매칭되지 않는 염기서열들 내의 불 일치하는 유전자 자리에 대한 돌연변이 확률값 및 분석에러 확률값을 기초로, 상기 대상샘플 내의 상기 복수의 목적 유전자에 대한 염기서열 변이 후보를 결정하도록 구성된, 염기서열의 변이 검출 디바이스
|
| 22 |
22
제21항에 있어서,상기 프로세서는,상기 불 일치하는 유전자 자리의 상기 분석에러 확률값에 대한 상기 돌연변이 확률값의 비율을 기초로, 상기 대상샘플 내의 상기 목적 유전자에 대한 염기서열 변이 후보를 결정하도록 더 구성된, 염기서열의 변이 검출 디바이스
|
| 23 |
23
제22항에 있어서,상기 비율은,하기 수학식 1로 산출되는, 염기서열의 변이 검출 디바이스
|
