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제1 분자 및 제2 분자 간에 형성되는 접촉면(interface)에 존재하면서 제1 분자 및 제2 분자 모두와 수소결합을 형성하는 가교 물(bridging water) 단일분자의 벌크 상태에서의 용매화 자유에너지(); 및 상기 가교 물 단일 분자의 수(n)를 측정하는 단계를 포함하는,수성(aqueous) 환경에서의 제1 분자 및 제2 분자 간 유효 결합 자유에너지(effective binding free energy, fu)를 분자 동력학 시뮬레이션을 이용하여 측정하는 방법
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제 1 항에 있어서, 상기 방법은 제1 분자, 제2 분자 및 가교 물 분자의 기체상 에너지(Eu)를 측정하는 단계를 추가적으로 포함하는 것을 특징으로 하는 방법
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제 1 항에 있어서, 상기 방법은 제1 분자, 제2 분자 및 가교 물 분자의 용매화 자유 에너지()를 측정하는 단계를 추가적으로 포함하는 것을 특징으로 하는 방법
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제 1 항에 있어서, 상기 제1 분자 및 제2 분자 간 유효 결합 자유에너지(effective binding free energy, fu)는 하기 수학식을 이용하여 측정하는 것을 특징으로 하는 방법:
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제 4 항에 있어서, 상기 가교 물(bridging water) 단일분자의 벌크 상태에서의 용매화 자유에너지(); 상기 가교 물 단일 분자의 수(n); 제1 분자, 제2 분자 및 가교 물 분자의 기체상 에너지(Eu); 및 제1 분자, 제2 분자 및 가교 물 분자의 용매화 자유 에너지()는 전산 시뮬레이션을 이용하여 측정되는 것을 특징으로 하는 방법
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제 5 항에 있어서, 상기 전산 시뮬레이션은 분자 동력학 시뮬레이션(Molecular Dynamic Simulation)인 것을 특징으로 하는 방법
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제 5 항에 있어서, 상기 가교 물 단일 분자의 수(n)는 전산 시뮬레이션의 스냅샷을 이용하여 측정하는 것을 특징으로 하는 방법
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제 1 항에 있어서, 상기 제1 분자 및 제2 분자 중 적어도 하나의 분자는 생체분자인 것을 특징으로 하는 방법
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제 8 항에 있어서, 상기 생체분자는 단백질인 것을 특징으로 하는 방법
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제 1 항 내지 제 9 항 중 어느 한 항의 방법을 이용하여 수성(aqueous) 환경에서의 제1 분자 및 제2 분자 간 유효 결합 자유에너지(effective binding free energy, fu)를 측정하는 단계를 포함하는 수성 환경에서의 제1 분자 및 제2 분자의 표준결합 자유에너지(standard binding free energy) 변화량()을 측정하는 방법
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제 10 항에 있어서, 상기 제1 분자 및 제2 분자 간 표준결합 자유에너지 변화량()은 하기 수학식을 이용하여 측정하는 것을 특징으로 하는 방법: = △Eu + △- n - T(△Sconfig + △Sext)상기 식에서, △Eu는 결합 전후의 제1 분자, 제2 분자 및 가교 물 분자의 기체상 에너지 변화량이고, △는 결합 전후의 제1 분자, 제2 분자 및 가교 물 분자의 용매화 자유 에너지 변화량이며, 는 가교 물(bridging water) 단일분자의 벌크 상태에서의 용매화 자유에너지이고, n은 가교 물(bridging water) 단일분자의 수이며, T는 온도이고, △Sconfig는 결합 전후의 제1 분자, 제2 분자 및 가교 물 분자의 배치 엔트로피 변화량이며, ΔSext는 결합 전후의 외부 엔트로피 변화량이다
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제 11 항의 방법을 이용하여 수성(aqueous) 환경에서의 제1 분자 및 제2 분자의 표준결합 자유에너지(standard binding free energy) 변화량()을 측정하는 단계를 포함하는 수성 환경에서의 제1 분자 및 제2 분자의 결합여부를 예측하는 방법
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제 12 항에 있어서, 상기 방법은 상기 표준결합 자유에너지 변화량이 음의 값일 경우, 상기 제1 분자 및 제2 분자의 결합 가능성이 증가하는 것으로 판단하는 것을 특징으로 하는 방법
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