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셀렉션 풀을 이용한 바이클러스터 생성 장치 및 방법

  • 기술번호 : KST2019033758
  • 담당센터 : 서울서부기술혁신센터
  • 전화번호 : 02-6124-6930
요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 바이클러스터의 NP-Hard 문제를 해결하기 위하여 유전자 알고리즘을 채택하고, 또한 셀렉션 풀 개념을 도입하여 클러스터링 계산량을 감소시킨 질병 관련 유전자 검색 기법을 제공하는 바이클러스터 생성 장치 및 방법을 제안한다. 또한 본 발명은 기존의 바이클러스터링이 찾기 힘든 질병과 관련도가 높은 유전자 모듈을 찾을 수 있는 기법을 제공하는 바이클러스터 생성 장치 및 방법을 제안한다. 본 발명에 따른 장치는 유전자에 대한 정보를 기초로 미리 정해진 클러스터들에 대한 스코어를 산출하는 스코어 산출부; 미리 정해진 클러스터들 중에서 스코어를 기초로 선택된 적어도 하나의 제1 클러스터, 및 셀렉션 풀에 포함된 적어도 하나의 제2 클러스터를 기초로 셀렉션 풀을 갱신하는 셀렉션 풀 갱신부; 및 갱신된 셀렉션 풀에 포함된 유전자들을 기초로 바이클러스터를 생성하는 바이클러스터 생성부를 포함한다.
Int. CL G16B 40/00 (2019.01.01) G16B 20/00 (2019.01.01) G16B 50/00 (2019.01.01)
CPC G16B 40/00(2013.01) G16B 40/00(2013.01) G16B 40/00(2013.01)
출원번호/일자 1020160015218 (2016.02.05)
출원인 연세대학교 산학협력단
등록번호/일자 10-1704737-0000 (2017.02.02)
공개번호/일자
공고번호/일자 (20170208) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2016.02.05)
심사청구항수 17

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 연세대학교 산학협력단 대한민국 서울특별시 서대문구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 박상현 대한민국 서울특별시 서대문구
2 김정림 대한민국 서울특별시 서대문구
3 여윤구 대한민국 서울특별시 서대문구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 특허법인우인 대한민국 서울특별시 강남구 역삼로 ***, *층(역삼동, 중평빌딩)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 연세대학교 산학협력단 서울특별시 서대문구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application
2016.02.05 수리 (Accepted) 1-1-2016-0129712-81
2 [우선심사신청]심사청구(우선심사신청)서
[Request for Preferential Examination] Request for Examination (Request for Preferential Examination)
2016.11.01 수리 (Accepted) 1-1-2016-1065918-23
3 [우선심사신청]선행기술조사의뢰서
[Request for Preferential Examination] Request for Prior Art Search
2016.11.03 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
4 [우선심사신청]선행기술조사보고서
[Request for Preferential Examination] Report of Prior Art Search
2016.11.15 수리 (Accepted) 9-1-2016-0047988-16
5 의견제출통지서
Notification of reason for refusal
2016.12.09 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2016-0890471-68
6 면담 결과 기록서
2016.12.09 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-6-2016-0163522-14
7 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment
2016.12.26 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2016-1271762-29
8 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)
2016.12.26 수리 (Accepted) 1-1-2016-1271761-84
9 등록결정서
Decision to grant
2017.01.31 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2017-0077712-19
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번호 청구항
1 1
유전자에 대한 정보를 기초로 미리 정해진 클러스터들에 대한 스코어(Score)를 산출하는 스코어 산출부;상기 미리 정해진 클러스터들 중에서 상기 스코어를 기초로 선택된 적어도 하나의 제1 클러스터, 및 셀렉션 풀(Selection pool)에 포함된 적어도 하나의 제2 클러스터를 기초로 상기 셀렉션 풀을 갱신하되, 상기 제1 클러스터와 상기 제2 클러스터가 미리 정해진 제1 비율 이상 겹치는지 여부에 대한 제1 판단 결과, 및 상기 제1 판단 결과에 따르는 것으로서 상기 제1 클러스터에 대한 스코어가 상기 제2 클러스터에 대한 스코어보다 큰 지 여부에 대한 제2 판단 결과를 기초로 상기 셀렉션 풀을 갱신하는 셀렉션 풀 갱신부; 및갱신된 셀렉션 풀에 포함된 유전자들을 기초로 바이클러스터(Bicluster)를 생성하되, 상기 갱신된 셀렉션 풀에 포함된 클러스터들 중에서 미리 정해진 제2 비율 이상 겹치는 클러스터들을 통합하여 단일 클러스터로 생성하며, 상기 단일 클러스터에 포함된 유전자들을 기초로 상기 바이클러스터를 생성하는 바이클러스터 생성부를 포함하는 것을 특징으로 하는 바이클러스터 생성 장치
2 2
제 1 항에 있어서,상기 바이클러스터는 질병 유전자를 검출하는 데에 이용되는 것을 특징으로 하는 바이클러스터 생성 장치
3 3
제 1 항에 있어서,상기 셀렉션 풀 갱신부는 상기 미리 정해진 클러스터들 중에서 제1 기준값 이상의 스코어를 가지는 클러스터를 상기 제1 클러스터로 선택하는 것을 특징으로 하는 바이클러스터 생성 장치
4 4
삭제
5 5
제 1 항에 있어서,상기 셀렉션 풀 갱신부는 상기 제1 클러스터와 상기 제2 클러스터가 상기 제1 비율 이상 겹치는 것으로 판단되면 상기 제1 클러스터에 대한 스코어가 상기 제2 클러스터에 대한 스코어보다 큰지 여부를 판단하여 상기 셀렉션 풀을 갱신하는 것을 특징으로 하는 바이클러스터 생성 장치
6 6
제 5 항에 있어서,상기 셀렉션 풀 갱신부는 상기 제1 클러스터에 대한 스코어가 상기 제2 클러스터에 대한 스코어보다 큰 것으로 판단되면 상기 셀렉션 풀에서 상기 제2 클러스터를 제외시키고 상기 제1 클러스터를 포함시켜 상기 셀렉션 풀을 갱신하는 것을 특징으로 하는 바이클러스터 생성 장치
7 7
제 1 항에 있어서,상기 셀렉션 풀 갱신부는 상기 제1 클러스터와 상기 제2 클러스터가 상기 제1 비율 이상 겹치지 않는 것으로 판단되면 상기 셀렉션 풀에 상기 제1 클러스터를 포함시켜 상기 셀렉션 풀을 갱신하는 것을 특징으로 하는 바이클러스터 생성 장치
8 8
제 1 항에 있어서,상기 셀렉션 풀 갱신부는 상기 셀렉션 풀을 최초 갱신할 때 상기 셀렉션 풀에 포함된 클러스터를 상기 제2 클러스터로 이용하며, 상기 셀렉션 풀을 최초 이후 갱신할 때 상기 갱신된 셀렉션 풀에 포함된 제3 클러스터 또는 상기 미리 정해진 클러스터들에 포함된 제4 클러스터를 상기 제2 클러스터로 이용하는 것을 특징으로 하는 바이클러스터 생성 장치
9 9
제 8 항에 있어서,상기 셀렉션 풀 갱신부는 상기 셀렉션 풀을 최초 이후 갱신할 때 미리 정해진 확률로 상기 제3 클러스터를 상기 제2 클러스터로 이용하는 것을 특징으로 하는 바이클러스터 생성 장치
10 10
제 8 항에 있어서,상기 제3 클러스터 또는 상기 제4 클러스터에서 유전자에 대한 정보 또는 샘플에 대한 정보를 변경하는 클러스터 정보 변경부를 더 포함하며,상기 셀렉션 풀 갱신부는 상기 셀렉션 풀을 최초 이후 갱신할 때 유전자에 대한 정보 또는 샘플에 대한 정보가 변경된 상기 제3 클러스터 또는 상기 제4 클러스터를 상기 제2 클러스터로 이용하는 것을 특징으로 하는 바이클러스터 생성 장치
11 11
제 10 항에 있어서,상기 클러스터 정보 변경부는 다른 클러스터에 포함된 유전자 또는 샘플을 상기 제3 클러스터 또는 상기 제4 클러스터에 포함된 유전자 또는 샘플에 교차시키거나, 상기 제3 클러스터 또는 상기 제4 클러스터에 유전자 또는 샘플을 추가 또는 삭제하여 상기 제3 클러스터 또는 상기 제4 클러스터에서 유전자에 대한 정보 또는 샘플에 대한 정보를 변경하는 것을 특징으로 하는 바이클러스터 생성 장치
12 12
제 1 항에 있어서,상기 셀렉션 풀 갱신부는 미리 정해진 횟수만큼 상기 셀렉션 풀을 갱신하는 것을 특징으로 하는 바이클러스터 생성 장치
13 13
제 1 항에 있어서,상기 바이클러스터 생성부는 상기 갱신된 셀렉션 풀에 포함된 클러스터들에 대한 스코어가 제2 기준값 이상인지 여부를 판단하며, 상기 제2 기준값 이상의 스코어를 가지는 클러스터에 포함된 유전자들을 기초로 상기 바이클러스터를 생성하는 것을 특징으로 하는 바이클러스터 생성 장치
14 14
삭제
15 15
제 1 항에 있어서,상기 스코어 산출부는 상기 미리 정해진 클러스터들 중에서 선택된 어느 하나의 클러스터에 포함된 제1 유전자들의 발현값과 상기 어느 하나의 클러스터에 포함되지 않은 제2 유전자들의 발현값을 기초로 상기 클러스터들에 대한 스코어를 산출하는 것을 특징으로 하는 바이클러스터 생성 장치
16 16
제 15 항에 있어서,상기 스코어 산출부는,상기 제1 유전자들의 발현값을 합산하여 얻은 값을 상기 제1 유전자들의 개수로 나누어 제1 평균값을 산출하는 제1 평균값 산출부;상기 제2 유전자들의 발현값을 합산하여 얻은 값을 상기 제2 유전자들의 개수로 나누어 제2 평균값을 산출하는 제2 평균값 산출부;상기 제1 평균값끼리 곱셈하여 제1 곱셈값을 획득하고, 상기 제1 평균값에서 상기 제2 평균값을 뺀 값과 상기 제1 평균값을 곱셈하여 제2 곱셈값을 획득하며, 상기 제1 곱셈값과 상기 제2 곱셈값의 절대값을 합산하여 유전자에 대한 스코어를 산출하는 유전자 스코어 산출부; 및상기 유전자에 대한 스코어를 기초로 상기 어느 하나의 클러스터에 대한 스코어를 산출하는 클러스터 스코어 산출부를 포함하는 것을 특징으로 하는 바이클러스터 생성 장치
17 17
제 1 항에 있어서,유전자에 대한 정보와 샘플에 대한 정보를 기초로 상기 미리 정해진 클러스터들을 생성하는 클러스터 생성부를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 바이클러스터 생성 장치
18 18
유전자에 대한 정보를 기초로 미리 정해진 클러스터들에 대한 스코어(Score)를 산출하는 단계;상기 미리 정해진 클러스터들 중에서 상기 스코어를 기초로 선택된 적어도 하나의 제1 클러스터, 및 셀렉션 풀(Selection pool)에 포함된 적어도 하나의 제2 클러스터를 기초로 상기 셀렉션 풀을 갱신하되, 상기 제1 클러스터와 상기 제2 클러스터가 미리 정해진 제1 비율 이상 겹치는지 여부에 대한 제1 판단 결과, 및 상기 제1 판단 결과와 관련된 것으로서 상기 제1 클러스터에 대한 스코어가 상기 제2 클러스터에 대한 스코어보다 큰 지 여부에 대한 제2 판단 결과를 기초로 상기 셀렉션 풀을 갱신하는 단계; 및갱신된 셀렉션 풀에 포함된 유전자들을 기초로 바이클러스터(Bicluster)를 생성하되, 상기 갱신된 셀렉션 풀에 포함된 클러스터들 중에서 미리 정해진 제2 비율 이상 겹치는 클러스터들을 통합하여 단일 클러스터로 생성하며, 상기 단일 클러스터에 포함된 유전자들을 기초로 상기 바이클러스터를 생성하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 바이클러스터 생성 방법
19 19
제 18 항에 있어서,상기 갱신하는 단계는 상기 미리 정해진 클러스터들 중에서 제1 기준값 이상의 스코어를 가지는 클러스터를 상기 제1 클러스터로 선택하는 것을 특징으로 하는 바이클러스터 생성 방법
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1 미래창조과학부 연세대학교 산학협력단 중견연구자지원사업 데이터마이닝 분석기법을 이용한 질병 모듈 탐색 및 질병 네트워크 구축에 관한 연구(1/3)(2015.5.1~2018.4.30)