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서로 상이한 2종 이상의 박테리아로부터 추출된 게놈 DNA(genomic DNA)를 포함하는 게놈 DNA 인공 유전체를 준비하는 단계; 상기 게놈 DNA 인공 유전체에 대하여 차세대 염기서열 분석을 수행하는 단계; 및,상기 차세대 염기서열 분석 시 게놈 DNA 인공 유전체 내 목표 박테리아의 시료의 양(㎕), 게놈 사이즈(bp), 16S rRNA 유전자 복제 수(개수) 및 상기 16S rRNA 유전자 내 V3V4 영역의 GC 함량(%)을 측정하는 단계;를 포함하며, 상기에서 측정된 값을 하기 식 1에 대입하여 상기 게놈 DNA 인공 유전체 내 목표 박테리아의 예측 분포 비율(%)을 측정하는, 차세대 염기서열 분석에 의한 박테리아 균주 동정의 정확도를 확인하는 방법:[식 1]목표 박테리아의 예측 분포 비율(%) = A1 + A2 X (목표 박테리아의 시료의 양(㎕)) + A3 X (V3V4 영역의 GC 함량(%)) + A4 X (16S rRNA 유전자 복제 수(개)) + A5 X (게놈 사이즈(bp))상기 식 1에서, A1은 16 내지 19이고, A2는 0
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제1항에 있어서, 상기 박테리아는 아시네토박터(Acinetobacter) 속 박테리아, 악티노마이세스(Actinomyces) 속 박테리아, 아에로모나스(Aeromonas) 속 박테리아, 바실러스(Bacillus) 속 박테리아, 박테로이데스(Bacteroides) 속 박테리아, 비피도박테리움(Bifidobacterium) 속 박테리아, 캠필로박터(Campylobacter) 속 박테리아, 클로스트리듐(Clostridium) 속 박테리아, 델프티아(Delftia) 속 박테리아, 에게르텔라(Eggerthella) 속 박테리아, 엔테로박터(Enterobacter) 속 박테리아, 엔테로코커스(Enterococcus) 속 박테리아, 에스케리키아(Escherichia) 속 박테리아, 클렙시엘라 (Klebsiellla) 속 박테리아, 락토바실러스(Lactobacillus) 속 박테리아, 슈도모나스(Pseudomonas) 속 박테리아, 스타필로코커스(Staphylococcus) 속 박테리아 및 스트렙토코커스(Streptococcus) 속 박테리아로 이루어진 군에서 선택된 2종 이상을 포함하는, 차세대 염기서열 분석에 의한 박테리아 균주 동정의 정확도를 확인하는 방법
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제1항에 있어서, 상기 차세대 염기서열 분석 시 프라이머로 V1V2 영역에 대한 프라이머, V3V4 영역에 대한 프라이머 및 V6V8 영역에 대한 프라이머 중 2종 이상을 사용하여 수행한 뒤, 각 프라이머에 따라 분석된 각 박테리아 분포 비율을 비교하며 수행되는, 차세대 염기서열 분석에 의한 박테리아 균주 동정의 정확도를 확인하는 방법
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제1항에 있어서, 상기 게놈 DNA 인공 유전체는 박테리아의 종류에 따라 분류된 제1 군 및 제2 군이 1:1~100의 농도(ng/㎕) 비율로 혼합된 것인, 차세대 염기서열 분석에 의한 박테리아 균주 동정의 정확도를 확인하는 방법
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제4항에 있어서, 상기 차세대 염기서열 분석 시, 시료로 상기 제1 군 및 제2 군이 1:1의 농도 비율로 혼합된 것과, 상기 제1 군 및 제2 군이 1: 1 초과 100 이하의 농도(ng/㎕) 비율로 혼합된 것을 사용한 뒤, 각 시료에 따라 분석된 각 박테리아 분포 비율을 비교하며 수행되는, 차세대 염기서열 분석에 의한 박테리아 균주 동정의 정확도를 확인하는 방법
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삭제
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제1항에 있어서, 상기 식 1에서 상기 A1은 16
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서로 상이한 2종 이상의 박테리아로부터 추출된 게놈 DNA(genomic DNA)를 포함하는 게놈 DNA 인공 유전체를 준비하는 단계; 상기 게놈 DNA 인공 유전체에 대하여 차세대 염기서열 분석을 수행하는 단계; 및,상기 차세대 염기서열 분석 시 게놈 DNA 인공 유전체 내 목표 박테리아의 시료의 양(㎕), 게놈 사이즈(bp), 16S rRNA 유전자 복제 수(개수), 상기 16S rRNA 유전자 내 V3V4 영역의 GC 함량(%) 및 그람 양성 여부를 측정하는 단계;를 포함하며, 상기에서 측정된 값을 하기 식 2에 대입하여 상기 게놈 DNA 인공 유전체 내 목표 박테리아의 예측 분포 비율(%)을 측정, 차세대 염기서열 분석에 의한 박테리아 균주 동정의 정확도를 확인하는 방법:[식 2]목표 박테리아의 예측 분포 비율(%) = A1 + A2 X (목표 박테리아의 시료의 양(㎕)) + A3 X (V3V4 영역의 GC 함량(%)) + A4 X (16S rRNA 유전자 복제 수(개수)) + A5 X (게놈 사이즈(bp)) + A6 X (그람 양성 여부)상기 식 2에서, A1은 16 내지 19이고, A2는 0
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제8항에 있어서, 상기 식 2에서, A1은 16
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제1항 또는 제8항에 있어서,상기 목표 박테리아의 예측 분포 비율(%)을 상기 목표 박테리아의 게놈 DNA 인공 유전체 내 실제 분포 비율(%)과 비교하여 차세대 염기서열 분석법의 정확도를 분석하는 단계를 더 포함하는, 차세대 염기서열 분석에 의한 박테리아 균주 동정의 정확도를 확인하는 방법
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제1항 또는 제8항에 있어서,상기 차세대 염기서열 분석법 수행 시 농도가 상이한 2종류 이상의 시료 또는 2종류 이상의 프라이머를 이용하여 수행하고, 각 시료의 농도(ng/㎕) 또는 각 프라이머에 따른 목표 박테리아의 예측 분포 비율(%)을 상기 목표 박테리아의 게놈 DNA 인공 유전체 내 실제 분포 비율(%)과 비교하는 단계를 더 포함하는, 차세대 염기서열 분석에 의한 박테리아 균주 동정의 정확도를 확인하는 방법
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