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(a) 유전성 강직성 하반신마비 단일 염기서열(Single Nucleotide Variant, SNV) 데이터 및 가족정보가 입력된 유전성 강직성 하반신마비 단일 염기서열 데이터 및 가족정보와, 기 설정된 수식을 이용하여 SNV 데이터가 수치화되는 단계;(b) 상기 (a) 단계에서 수치화된 SNV 데이터를 분석 가능한 가족 구성원의 수를 이용하여 윈도우 사이즈 n이 결정되는 단계; (c) 임의의 특정 위치 염기서열을 중심으로 좌측 및 우측으로 각각 상기 (b) 단계에서 결정된 윈도우 사이즈인 n개의 염기서열을 포함하는 윈도우가 설정되고, 설정된 윈도우 내 수치화된 SNV 데이터를 이용하여 분석 대상 가족의 비율이 연산되는 단계; (d) 상기 (c) 단계에서 설정된 윈도우 내 단일 염기서열(SNV) 위치에서 단일비율검정을 이용하여 유의 확률(p-value)이 연산되는 단계;(e) 상기 (c) 단계에서 설정된 윈도우의 양측 말단의 물리적인 위치 보정을 위한 가중치가 연산되는 단계; (f) 상기 (d) 단계에서 연산된 유의 확률과 상기 (e) 단계에서 연산된 가중치를 이용하여 우선순위 점수가 연산되는 단계; (g) 상기 연산된 우선순위 점수에 따라 단일 염기서열(SNV)이 유전자기호(gene symbol)로 변환되는 단계; 및(h) 상기 연산된 우선순위 점수에 따라 우선 순위가 결정되고, 결정된 우선 순위에 따라 원인 후보 유전자 리스트가 확인되는 단계를 포함하는, HSP 질환 원인 신규 변이체를 동정하는 방법
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제1항에 있어서, 상기 (a) 단계의 기 설정된 조건은 (i) 개체의 부친과 모친의 염기서열 정보를 모두 사용할 수 있는 경우 상기 기 설정된 수학식은 이고, (ii) 개체의 부친과 모친의 염기서열 정보를 모두 사용할 수 없거나, 하나만 사용할 수 있는 경우 상기 기 설정된 수학식은 이며, 여기서 MSNVi(S=1)는 i 번째 위치에서 환자의 SNV에 가장 일반적인 패턴이고, v=1,
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제1항에 있어서, 상기 (a) 단계의 SNV 데이터는 AMPD2, PSEN1, APP, CAPN1, FUS, ALDH18A1, ALDH18A1, SOD1, MARS, MPZ, MAG, NEFL, PFN1, SLC16A2, UBQLN2, PLP1, GJB1, L1CAM, GARS, PSEN2, VCP, PMP22, KIF1A, HINT1, ATXN2, ENTPD1, B4GALNT1, AP4M1, TFG, SPG7, KIF5A, KIF1C, USP8, RTN2, PNPLA6, SLC33A1, CYP7B1, TBK1, TARDBP, KIF1B, BSCL2, ALS2, ATL1, GDAP1, LYST, AP4S1, AP4E1, AP4B1, ARL6IP1, NIPA1, SPG21, MFN2, GJC2, CPT1C, REEP1, RAB3GAP2, REEP2, FIG4, GBA2, BICD2, VPS37A, ARSI, CCT5, CYP2U1, SPG11, FA2H, CCDC50, ERLIN1, ERLIN2, PGAP1, ZFYVE26, WDR48, C12orf65, AP5Z1, C19orf12, DDHD1, TECPR2, DDHD2, IBA57, ZFR, KLC2, NT5C2, SPAST, ZFYVE27, KIAA0196, HSP60, SPG20, ARL6IP2로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자를 코딩하는 뉴클레오타이드 서열에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브를 차세대 염기서열 분석((Next Generation Sequencing)을 통해 얻는 것인, HSP 질환 원인 신규 변이체를 동정하는 방법
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제1항에 있어서, (i) 상기 (f)단계에서 연산된 우선순위 점수가 -log(0
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제4항에 있어서, 상기 (i) 단계의 조건을 만족하는 단일 염기서열(SNV) 위치가 암호화 부위(coding region)인지 확인하는 단계를 추가로 포함하는, HSP 질환 원인 신규 변이체를 동정하는 방법
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(a) 유전성 강직성 하반신 마비 단일 염기서열 (SNV) 데이터 및 가족정보가 입력되는, 데이터 취득부;(b) (i) 상기 입력된 SNV 및 가족정보를 기 설정된 수식을 이용하여 SNV 데이터의 수치화; (ii) 수치화된 SNV 데이터를 분석 가능한 가족 구성원의 수를 이용하여 윈도우 사이즈 n 결정; (iii) 임의의 특정 위치 염기서열을 중심으로 좌측 및 우측으로 각각 상기 (ii)의 결정된 윈도우 사이즈 n개의 염기서열을 포함하는 윈도가 설정되고, 설정된 윈도우 내 수치화된 SNV 데이터를 이용하여 분석 대상 가족의 비율을 연산; (iv) 상기 (iii)에서 설정된 윈도우 내 SNV 위치에서 단일비율 검정을 이용하여 유의 확율을 연산; (v) 상기 (iii)에서 설정된 윈도우의 양측 말단의 물리적인 위치 보정을 위한 가중치 연산; 및 (vi) 상기 (v)에서 연산된 유의 확률과 상기 (v)의 연산된 가중치를 이용한 우선순위 점수 연산을 수행하는 데이터 연산부;(c) 상기 연산부에서 연산된 우선순위 점수에 따라 SNV가 유전자 기호로 변환되는 맵핑부; 및(d) 상기 맵핑된 유전자 기호를 확인하여, HSP 질환 원인 유전자를 확인하는 동정부를 포함하는, HSP 질환 원인 유전자 동정용 시스템
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제6항에 있어서, 상기 (b) 단계의 기 설정된 수식은 (i) 개체의 부친과 모친의 염기서열 정보를 모두 사용할 수 있는 경우 상기 기 설정된 수학식은 이고, (ii) 개체의 부친과 모친의 염기서열 정보를 모두 사용할 수 없거나, 하나만 사용할 수 있는 경우 상기 기 설정된 수학식은 이며, 여기사 MSNVi(S=1)는 i 번째 위치에서 환자의 SNV에 가장 일반적인 패턴이고, v=1,
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(a) 유전성 강직성 하반신마비 단일 염기서열(Single Nucleotide Variant, SNV) 데이터 및 가족정보가 입력된 유전성 강직성 하반신마비 단일 염기서열 데이터 및 가족정보와, 기 설정된 수식을 이용하여 SNV 데이터가 수치화되는 단계;(b) 상기 (a) 단계에서 수치화된 SNV 데이터를 분석 가능한 가족 구성원의 수를 이용하여 윈도우 사이즈 n이 결정되는 단계; (c) 임의의 특정 위치 염기서열을 중심으로 좌측 및 우측으로 각각 상기 (b) 단계에서 결정된 윈도우 사이즈인 n개의 염기서열을 포함하는 윈도우가 설정되고, 설정된 윈도우 내 수치화된 SNV 데이터를 이용하여 분석 대상 가족의 비율이 연산되는 단계; (d) 상기 (c) 단계에서 설정된 윈도우 내 단일 염기서열(SNV) 위치에서 단일비율검정을 이용하여 유의 확률(p-value)이 연산되는 단계;(e) 상기 (c) 단계에서 설정된 윈도우의 양측 말단의 물리적인 위치 보정을 위한 가중치가 연산되는 단계; (f) 상기 (d) 단계에서 연산된 유의 확률과 상기 (e) 단계에서 연산된 가중치를 이용하여 우선순위 점수가 연산되는 단계; (g) 상기 연산된 우선순위 점수에 따라 선정된 단일 염기서열(SNV)과 유전성 강직성 하반신마비 단일 염기서열(Single Nucleotide Variant, SNV) 데이터를 맵핑하는 단계; 및(h) 상기 단계에서 맵핑된 SNV를 이용하여 HSP 위험 여부를 출력하는 단계를 포함하는, HSP 예측을 위한 정보 제공용 매체에 저장된 컴퓨터 프로그램
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(a) AMPD2, PSEN1, APP, CAPN1, FUS, ALDH18A1, ALDH18A1, SOD1, MARS, MPZ, MAG, NEFL, PFN1, SLC16A2, UBQLN2, PLP1, GJB1, L1CAM, GARS, PSEN2, VCP, PMP22, KIF1A, HINT1, ATXN2, ENTPD1, B4GALNT1, AP4M1, TFG, SPG7, KIF5A, KIF1C, USP8, RTN2, PNPLA6, SLC33A1, CYP7B1, TBK1, TARDBP, KIF1B, BSCL2, ALS2, ATL1, GDAP1, LYST, AP4S1, AP4E1, AP4B1, ARL6IP1, NIPA1, SPG21, MFN2, GJC2, CPT1C, REEP1, RAB3GAP2, REEP2, FIG4, GBA2, BICD2, VPS37A, ARSI, CCT5, CYP2U1, SPG11, FA2H, CCDC50, ERLIN1, ERLIN2, PGAP1, ZFYVE26, WDR48, C12orf65, AP5Z1, C19orf12, DDHD1, TECPR2, DDHD2, IBA57, ZFR, KLC2, NT5C2, SPAST, ZFYVE27, KIAA0196, HSP60, SPG20, ARL6IP2로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자를 유전자를 코딩하는 뉴클레오타이드 서열에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브를 이용하여 차세대 염기서열 분석((Next Generation Sequencing)을 통해 유전성 강직성 하반신마비 단일 염기서열(Single Nucleotide Variant, SNV) 데이터를 얻는 단계;(b) 상기 SNV 데이터와 개체로부터 얻어진 시료의 데이터를 맵핑하는 단계; 및(c) 상기 SNV 데이터와 HSP 질환 원인 유전자의 변이된 위치를 확인하는 단계를 포함하는, HSP 질환 원인 신규 변이체를 동정하는 방법
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(a) AMPD2, PSEN1, APP, CAPN1, FUS, ALDH18A1, ALDH18A1, SOD1, MARS, MPZ, MAG, NEFL, PFN1, SLC16A2, UBQLN2, PLP1, GJB1, L1CAM, GARS, PSEN2, VCP, PMP22, KIF1A, HINT1, ATXN2, ENTPD1, B4GALNT1, AP4M1, TFG, SPG7, KIF5A, KIF1C, USP8, RTN2, PNPLA6, SLC33A1, CYP7B1, TBK1, TARDBP, KIF1B, BSCL2, ALS2, ATL1, GDAP1, LYST, AP4S1, AP4E1, AP4B1, ARL6IP1, NIPA1, SPG21, MFN2, GJC2, CPT1C, REEP1, RAB3GAP2, REEP2, FIG4, GBA2, BICD2, VPS37A, ARSI, CCT5, CYP2U1, SPG11, FA2H, CCDC50, ERLIN1, ERLIN2, PGAP1, ZFYVE26, WDR48, C12orf65, AP5Z1, C19orf12, DDHD1, TECPR2, DDHD2, IBA57, ZFR, KLC2, NT5C2, SPAST, ZFYVE27, KIAA0196, HSP60, SPG20, ARL6IP2로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자를 유전자를 코딩하는 뉴클레오타이드 서열에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브를 이용하여 차세대 염기서열 분석((Next Generation Sequencing)을 통해 유전성 강직성 하반신마비 단일 염기서열(Single Nucleotide Variant, SNV) 데이터를 얻는 단계;(b) 상기 SNV 데이터와 개체로부터 얻어진 시료의 데이터를 맵핑하는 단계; (c) 상기 SNV 데이터와 HSP 질환 원인 유전자의 변이된 위치를 확인하여 HSP 질환 원인 신규 변이체를 동정하는 단계; 및(d) HSP 질환 원인 신규 변이체의 수가 많은 경우 유전성 강직성 하반신마비 (HSP) 질환 위험도가 높음을 예측하는 단계를 포함하는, HSP 진단을 위한 정보의 제공 방법
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(a) 유전성 강직성 하반신 마비 단일 염기서열 (SNV) 데이터 및 가족정보가 입력되는, 데이터 취득부; (b) (i) 상기 입력된 SNV 및 가족정보를 기 설정된 수식을 이용하여 SNV 데이터의 수치화;(ii) 수치화된 SNV 데이터를 분석 가능한 가족 구성원의 수를 이용하여 윈도우 사이즈 n 결정; (iii) 임의의 특정 위치 염기서열을 중심으로 좌측 및 우측으로 각각 상기 (ii)의 결정된 윈도우 사이즈 n개의 염기서열을 포함하는 윈도가 설정되고, 설정된 윈도우 내 수치화된 SNV 데이터를 이용하여 분석 대상 가족의 비율을 연산; (iv) 상기 (iii)에서 설정된 윈도우 내 SNV 위치에서 단일비율 검정을 이용하여 유의 확율을 연산; (v) 상기 (iii)에서 설정된 윈도우의 양측 말단의 물리적인 위치 보정을 위한 가중치 연산; 및 (vi) 상기 (v)에서 연산된 유의 확률과 상기 (v)의 연산된 가중치를 이용한 우선순위 점수 연산을 수행하는 데이터 연산부;(c) 상기 연산부에서 연산된 우선순위 점수에 따라 선정된 SNV와 HSP의 SNV 데이터를 맵핑하는 맵핑부; 및(d) 상기 단계에서 맵핑된 SNV를 이용하여 HSP 위험 여부를 출력하는 동정부를 포함하는, HSP 질환 진단용 시스템
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제11항에 있어서, 상기 (b) 단계의 기 설정된 수식은 (i) 개체의 부친과 모친의 염기서열 정보를 모두 사용할 수 있는 경우 상기 기 설정된 수학식은 이고, (ii) 개체의 부친과 모친의 염기서열 정보를 모두 사용할 수 없거나, 하나만 사용할 수 있는 경우 상기 기 설정된 수학식은 이며, 여기서 MSNVi(S=1)는 i 번째 위치에서 환자의 SNV에 가장 일반적인 패턴이고, v=1,
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AP4M1, ATL1, CYP7B1, DDHD1, KIAA0196, KIF1C, KIF5A, PLP1, REEP1, SPAST, SPG11, SPG20, SPG7로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자를 코딩하는 뉴클레오타이드 서열에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브를 포함하는, HSP 질환의 원인 진단용 칩
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제13항에 있어서, 상기 칩은 AMPD2, PSEN1, APP, CAPN1, FUS, ALDH18A1, ALDH18A1, SOD1, MARS, MPZ, MAG, NEFL, PFN1, SLC16A2, UBQLN2, GJB1, L1CAM, GARS, PSEN2, VCP, PMP22, KIF1A, HINT1, ATXN2, ENTPD1, B4GALNT1, TFG, USP8, RTN2, PNPLA6, SLC33A1, TBK1, TARDBP, KIF1B, BSCL2, ALS2, GDAP1, LYST, AP4S1, AP4E1, AP4B1, ARL6IP1, NIPA1, SPG21, MFN2, GJC2, CPT1C, RAB3GAP2, REEP2, FIG4, GBA2, BICD2, VPS37A, ARSI, CCT5, CYP2U1, FA2H, CCDC50, ERLIN1, ERLIN2, PGAP1, ZFYVE26, WDR48, C12orf65, AP5Z1, C19orf12, TECPR2, DDHD2, IBA57, ZFR, KLC2, NT5C2, ZFYVE27, HSP60, ARL6IP2로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자를 추가로 포함하는 것인, HSP 질환의 원인 진단용 칩
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제13항의 칩을 포함하는, HSP 진단용 키트
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제15항에 있어서, 상기 키트는 RT-PCR 키트, DNA 칩 키트 또는 단백질 칩 키트인 것인, HSP 진단용 키트
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