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신경망 기반의 유전자 선택 알고리즘을 이용한 유전자 발현 마커 선별 방법

  • 기술번호 : KST2020007450
  • 담당센터 : 대전기술혁신센터
  • 전화번호 : 042-610-2279
요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 신경망 기반의 유전자 선택 알고리즘을 이용한 유전자 발현 마커 선별 방법에 대한 것이다. 본 발명에 따르면, 복수의 환자로부터 각각의 생검 조직을 수집하고, 수집된 각각의 생검 조직으로부터 실험적으로 측정된 복수개의 유전자 발현 정보를 수집하는 단계, 상기 수집된 복수개의 유전자 발현 정보를 기 학습된 신경망 기반의 유전자 선택 알고리즘에 적용하여 각각의 유전자에 대한 차별지수(DI)를 산출하는 단계, 상기 산출된 차별지수(DI)에 따라 유전자를 나열하고, 나열된 유전자 중에서 차별지수(DI)가 큰 복수의 특정 유전자를 선별하는 단계, 그리고, 상기 선별된 복수의 특정 유전자의 발현값을 이용하여 암 발생 여부를 예측하는 단계를 포함한다. 이와 같이 본 발명에 따르면, 정상인 그룹과 암 환자 그룹을 구별하기 위한 분류 능력을 나타내는 차별 지수(DI)에 기초하여 유전자의 순위를 정하고, 차별 지수(DI)로 순위가 매겨진 유전자 목록을 통해 최고 순위의 유전자 중에서 최적의 유전자 세트를 선택하도록 할 수 있다.
Int. CL C12Q 1/6886 (2018.01.01)
CPC
출원번호/일자 1020190147762 (2019.11.18)
출원인 단국대학교 천안캠퍼스 산학협력단, 디어젠 주식회사
등록번호/일자
공개번호/일자 10-2020-0057664 (2020.05.26) 문서열기
공고번호/일자
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보 대한민국  |   1020180141779   |   2018.11.16
법적상태 등록
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2019.11.18)
심사청구항수 8

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 단국대학교 천안캠퍼스 산학협력단 대한민국 충청남도 천안시 동남구
2 디어젠 주식회사 대한민국 대전광역시 유성구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 강근수 충청남도 천안시 서북구
2 박성수 경기도 용인시 기흥구
3 신봉근 충청남도 부여군

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 특허법인태백 대한민국 서울 금천구 가산디지털*로 *** 이노플렉스 *차 ***호

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application
2019.11.18 수리 (Accepted) 1-1-2019-1181214-02
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번호 청구항
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유전자 발현 마커 선별 장치를 이용한 신경망 기반의 유전자 발현 마커 선별 방법에 있어서, 복수의 환자로부터 각각의 생검 조직을 수집하고, 수집된 각각의 생검 조직으로부터 실험적으로 측정된 복수개의 유전자 발현 정보를 수집하는 단계, 상기 수집된 복수개의 유전자 발현 정보를 기 학습된 신경망 기반의 유전자 선택 알고리즘에 적용하여 각각의 유전자에 대한 차별지수(DI)를 산출하는 단계, 상기 산출된 차별지수(DI)에 따라 유전자를 나열하고, 나열된 유전자 중에서 차별지수(DI)가 큰 복수의 특정 유전자를 선별하는 단계, 그리고, 상기 선별된 복수의 특정 유전자의 발현값을 이용하여 암 발생 여부를 예측하는 단계를 포함하는 유전자 발현 마커 선별 방법
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제1항에 있어서,상기 신경망 기반의 유전자 선택 알고리즘을 구축하여 학습시키는 단계를 더 포함하며,상기 신경망 기반의 유전자 선택 알고리즘을 구축하여 학습시키는 단계는, 암 게놈 아틀라스(The Cancer Genome Atlas: TCGA) 프로그램으로부터 복수의 암종류에 대한 유전자 발현 정보를 수신하는 단계, 상기 수신된 유전자 발현 정보를 암 환자 그룹과 정상인 그룹으로 그룹핑하고, 각 그룹으로부터 획득한 유전자 정보를 무작위로 추출하여 데이터 셋을 형성하는 단계, 그리고 상기 형성된 데이터 셋을 이용하여 정상인 그룹과 암환자 그룹으로 분류하는 복수의 특정 유전자를 추출하는 유전자 선택 알고리즘을 구축하는 단계를 포함하는 유전자 발현 마커 선별 방법
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제2항에 있어서, 상기 복수의 암종류는, 방광 요로 암종(BLCA), 유방 침습성 암종(BRCA), 선암(COAD), 머리와 목 편평 상피 세포암(HNSC), 신장 발색단(KICH), 신장 투명 세포 암종(KIRC), 신장 유두 세포 암종(KIRP), 간암(LIHC), 폐선암종(LUAD), 폐 편평 상피 세포 암(LUSC), 전립선암(PRAD) 및 갑상선 암종(THCA)를 포함하는 유전자 발현 마커 선별 방법
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제2항에 있어서, 상기 유전자 선택 알고리즘은, 상시 수신된 복수의 암종류에 포함된 모든 발현 유전자에 대한 각각의 차별 지수(DI)값을 산출하고, 상기 산출된 차별 지수(DI)값의 순위를 이용하여 상위 복수개의 특정 유전자를 추출하는 유전자 발현 마커 선별 방법
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제4항에 있어서, 상기 차별 지수(DI)값은, 하기의 수학식을 통해 연산되는 유전자 발현 마커 선별 방법: 여기서, 는 j번째 유전자에 대응하는 암조직의 유전자 발현값들의 총합을 나타내고, 는 j번째 유전자에 대응하는 정상 조직의 유전자 발현값들의 총합을 나타내며, W는 가중치를 나타낸다
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제2항에 있어서, 상기 데이터 셋을 생성하는 단계는,상기 복수의 암 종류마다 각각 상이한 암 샘플과 정상 샘플의 비율에 상관없이 무작위로 발현 유전자 정보를 추출하여 데이터 셋을 생성하는 유전자 발현 마커 선별 방법
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제6항에 있어서, 상기 데이터 셋을 생성하는 단계는, 전체의 암 유전자 발현 데이터를 이용하여 기 설정된 비율로 학습 데이터 셋, 검증 데이터 셋 및 평가 데이터 셋을 생성하며, 각각 생성된 학습 데이터 셋, 검증 데이터 셋 및 평가 데이터 셋은 암 샘플과 정상 샘플의 비율을 동일하게 형성하는 유전자 발현 마커 선별 방법
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제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 복수개의 특정 유전자는, FN1, ALB, EEF1A1, SFTPC, GAPDH, P4HB, DCN, A2M, MGP, UMOD, GPX3, FTL, ACPP 및 CTSD를 포함하는 유전자 발현 마커 선별 방법
지정국 정보가 없습니다
패밀리정보가 없습니다
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순번 연구부처 주관기관 연구사업 연구과제
1 보건복지부 단국대학교 천안캠퍼스 산학협력단 암연구소 및 국가암관리사업본부운영 다중의료정보기반 심층신경망 인공지능기법을 활용한 폐암의 통합적 예후분석 모델개발