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분석 대상 SNP(single nucleotide polymorphism) 데이터를 획득하는 단계;유전형이 결정된 복수의 SNP 데이터들을 포함하는 참조 데이터를 획득하는 단계;상기 참조 데이터에 포함된 각각의 SNP 데이터에 대응하여, 해당하는 SNP 데이터에 포함된 미리 정해진 복수의 영역들 각각에 상기 해당하는 SNP 데이터의 유전형에 대응하는 마커를 삽입하여 상기 참조 데이터를 갱신하는 단계; 및상기 분석 대상 SNP 데이터 및 상기 갱신된 참조 데이터에 기초하여, 상기 분석 대상 SNP 데이터의 유전형을 예측하는 단계를 포함하는SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법
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제1항에 있어서,상기 참조 데이터를 갱신하는 단계는상기 참조 데이터에 포함된 각각의 SNP 데이터에 대응하여, 상기 해당하는 SNP 데이터에 포함된 복수의 엑손(exon)들에 상기 해당하는 SNP 데이터의 유전형에 대응하는 이진 마커를 삽입하는 단계를 포함하는,SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법
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제1항에 있어서,상기 분석 대상 SNP 데이터의 유전형을 예측하는 단계는상기 분석 대상 SNP 데이터와 상기 갱신된 참조 데이터를 예측 모델에 입력함으로써, 상기 분석 대상 SNP 데이터가 상기 복수의 SNP 데이터들의 유전형들에 대응할 확률들을 영역 별로 계산하는 단계; 및상기 영역 별 확률들에 기초하여, 상기 분석 대상 SNP 데이터의 유전형을 예측하는 단계를 포함하는,SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법
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제1항에 있어서,상기 분석 대상 SNP 데이터의 유전형을 예측하는 단계는상기 갱신된 참조 데이터에 포함된 복수의 SNP 데이터들에 기초하여 상기 분석 대상 SNP 데이터를 분석하기 위한 염기 서열의 길이들을 지시하는 복수의 파라미터들을 설정하는 단계;상기 분석 대상 SNP 데이터, 상기 갱신된 참조 데이터 및 상기 파라미터들을 예측 모델에 입력함으로써, 상기 분석 대상 SNP 데이터가 상기 복수의 SNP 데이터들의 유전형들에 대응할 확률들을 영역과 파라미터의 조합 별로 계산하는 단계; 및상기 조합 별 확률들에 기초하여, 상기 분석 대상 SNP 데이터의 유전형을 결정하는 단계를 포함하는, SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법
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제1항에 있어서,상기 분석 대상 SNP 데이터의 유전형을 예측하는 단계는상기 복수의 SNP 데이터들의 유전형들에 대응하는 복수의 마커들 사이의 유전적 거리를 계산하는 단계; 및상기 분석 대상 SNP 데이터, 상기 갱신된 참조 데이터 및 상기 유전적 거리에 기초하여, 상기 분석 대상 SNP 데이터의 유전형을 예측하는 단계를 포함하는SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법
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제5항에 있어서,상기 복수의 마커들 사이의 유전적 거리를 계산하는 단계는상기 분석 대상 SNP 데이터 및 상기 복수의 SNP 데이터들을 샘플링하는 단계;상기 샘플링된 데이터에 기초하여, 히든 마르코프 모델에서 상기 복수의 SNP 데이터의 유전형들에 대응되는 상태들 간 전이 확률을 계산하는 단계; 및상기 상태들 간 전이 확률을 변환하여, 상태들 간 유전적 거리를 획득하는 단계;를 포함하는SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법
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제1항에 있어서,상기 분석 대상 SNP 데이터를 페이징하여 2개의 반수체(haploid) 데이터들로 분리하는 단계; 및상기 2개의 반수체 데이터들을 각각 복제하여, 상기 반수체 데이터와 해당 반수체의 복제 데이터가 하나의 쌍을 이루는 2개의 배수체(diploid) 데이터들을 획득하는 단계를 더 포함하는,SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법
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제7항에 있어서,상기 분석 대상 SNP 데이터의 유전형을 예측하는 단계는상기 2개의 배수체 데이터들 각각에 대응하여,해당하는 이배수체 데이터 및 상기 갱신된 참조 데이터를 예측 모델에 입력함으로써, 상기 해당하는 배수체 데이터의 유전형을 예측하는 단계를 포함하는,SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법
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제7항에 있어서,상기 분석 대상 SNP 데이터를 페이징하여 2개의 반수체 데이터들로 분리하는 단계는상기 분석 대상 SNP 데이터를 모계 기반 SNP 데이터 및 부계 기반 SNP 데이터로 분리하는 단계를 포함하는SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법
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제1항에 있어서,상기 복수의 SNP 데이터들의 유전형들에 대응하는 마커들을 결정하는 단계를 더 포함하는SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법
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제1항에 있어서,상기 분석 대상 SNP 데이터는분석 대상 사용자의 DNA 염기 서열 중 적어도 일부; 및상기 적어도 일부의 DNA 염기 서열에 포함된 적어도 일부의 SNP의 정보를 포함하는,SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법
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제1항에 있어서,상기 참조 데이터는상기 분석 대상 SNP 데이터가 추출된 유전자(gene from which the SNP data to analyze is extracted)에 정의된 복수의 유전형들 중 어느 하나에 해당하는 SNP 데이터를 적어도 하나 포함하는SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법
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제1항에 있어서,상기 갱신된 참조 데이터에 포함된 SNP 데이터들 각각은해당하는 유전형의 DNA 염기 서열;상기 DNA 염기 서열에 포함된 SNP의 정보; 및상기 DNA 염기 서열 내 상기 영역들의 위치들에 삽입된 마커들을 포함하는,SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법
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제1항에 있어서,상기 분석 대상 SNP 데이터는 HLA 유전자에서 추출된 SNP 데이터를 포함하고,상기 복수의 유전형들은 상기 HLA 유전자에 정의된 복수의 유전형들을 포함하는SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법
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분석 대상 SNP(single nucleotide polymorphism) 데이터를 획득하는 단계;유전형이 결정된 복수의 SNP 데이터들을 포함하는 참조 데이터를 획득하는 단계;상기 분석 대상 SNP 데이터 및 상기 복수의 SNP 데이터들을 샘플링하는 단계;상기 샘플링된 데이터에 기초하여, 히든 마르코프 모델에서 상기 복수의 SNP 데이터의 유전형들에 대응되는 상태들 간 전이 확률을 계산하는 단계;상기 상태들 간 전이 확률을 변환하여, 상태들 간 유전적 거리를 획득하는 단계; 및상기 유전적 거리, 상기 참조 데이터 및 상기 분석 대상 SNP 데이터에 기초하여, 상기 분석 대상 SNP 데이터의 유전형을 예측하는 단계를 포함하는SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법
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하드웨어와 결합되어 제1항 내지 제15항 중 어느 하나의 항의 방법을 실행시키기 위하여 매체에 저장된 컴퓨터 프로그램
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분석 대상 SNP(single nucleotide polymorphism) 데이터 및 유전형이 결정된 복수의 SNP 데이터들을 포함하는 참조 데이터를 저장하는 메모리; 및상기 참조 데이터에 포함된 각각의 SNP 데이터에 대응하여, 해당하는 SNP 데이터에 포함된 미리 정해진 복수의 영역들 각각에 상기 해당하는 SNP 데이터의 유전형에 대응하는 마커를 삽입하여 상기 참조 데이터를 갱신하고,상기 분석 대상 SNP 데이터 및 상기 갱신된 참조 데이터에 기초하여 상기 분석 대상 SNP 데이터의 유전형을 예측하는 적어도 하나의 프로세서를 포함하는SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 장치
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제17항에 있어서,상기 프로세서는,참조 데이터를 갱신하기 위하여,상기 참조 데이터에 포함된 각각의 SNP 데이터에 대응하여, 상기 해당하는 SNP 데이터에 포함된 복수의 엑손(exon)들에 상기 해당하는 SNP 데이터의 유전형에 대응하는 이진 마커를 삽입하는 SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 장치
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제17항에 있어서,상기 프로세서는,상기 분석 대상 SNP 데이터의 유전형을 예측하기 위하여,상기 복수의 SNP 데이터들의 유전형들에 대응하는 복수의 마커들 사이의 유전적 거리를 계산하고, 상기 분석 대상 SNP 데이터, 상기 갱신된 참조 데이터 및 상기 유전적 거리에 기초하여, 상기 분석 대상 SNP 데이터의 유전형을 예측하는SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 장치
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제17항에 있어서,상기 분석 대상 SNP 데이터는 HLA 유전자에서 추출된 SNP 데이터를 포함하고,상기 복수의 유전형들은 상기 HLA 유전자에 정의된 복수의 유전형들을 포함하는SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 장치
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