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ACSS3를 암호화하는 유전자의 돌연변이인 성별 특이적 마커를 검출할 수 있는 제제를 포함하는 키트로서,상기 제제는 상기 마커에 대한 프라이머, 프로브 또는 항체를 포함하는 것인, 신장암 환자의 성별에 따른 신장암 치료의 효과 차이의 예측 또는 신장암 환자의 예후 진단을 위해 필요한 정보를 제공하는 키트
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청구항 1에 있어서,상기 성별 특이적 마커는 ADAM21, AFF2, ALG13, BRWD3, COL4A5, CPEB1, ERBB2, HSP90AA1, IRAK1, KDM5C, KDM6A, LRP12, NCOA6, NHS, RGAG1, SCAF1, SH3TC1, TBC1D8B, TET2, TEX13A, ULK3, WNK3, ARSF, CFP, FAM47A, PHF16, ZNF449 및 SCRN1로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나를 암호화하는 유전자의 돌연변이를 더 포함하는 것인, 키트
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청구항 2에 있어서,상기 ACSS3를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 1의 아미노산 서열에서, R634*인 넌센스 돌연변이거나, X152_splice(염색체 81503485 위치에서 T가 C로 치환)인 스플라이스 돌연변이거나, G268D인 미스센스 돌연변이고;상기 ADAM21를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 2의 아미노산 서열에서, N265Y, R408C, T589S 및 I161V로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 돌연변이고;상기 AFF2를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 3의 아미노산 서열에서, S770F, P513H, T640N 및 I149K로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 미스센스 돌연변이고;상기 ALG13를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 4의 아미노산 서열에서, P925T 및 V456E 중 적어도 하나의 미스센스 돌연변이거나, L195Pfs*23인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이고;상기 BAP1를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 5의 아미노산 서열에서, M1?(염색체 위치 52443894에서 T가 C로 치환, 52443892에서 C가 T로 치환)인 넌스타트 돌연변이거나, G128*, E402*, Q253*, Q267*, S460*, Y627*, S279*, R60*, Q40*, Q156* 및 K626*로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 넌센스 돌연변이거나, E283Gfs*52, V335Efs*56, K711Sfs*25, R700Gfs*36, D74Efs*4 및 D407Vfs*23로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 FS del 돌연변이거나, F170V, F170C, E31A, N78S, L49V, D75G, S10T, N229H, G109V, L17P, A145G 및 A1061T로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 미스센스 돌연변이거나, X23_splice(염색체 위치 52443729에서 C가 T로 치환), X41_splice(염색체 위치 52443568에서 A가 G로 치환), X41_splice(염색체 위치 52443568에서 A가 T로 치환), X23_splice(염색체 위치 52443623 내지 52443647에서 ACCTGCGATGAGGAAAGGAAAGCAG가 결실), 및 X311_splice(염색체 위치 52439311에서 C가 A로 치환)로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 스플라이스 돌연변이거나, K659del인 인-프레임 결실(in-frame delete, IF del) 돌연변이고;상기 BRWD3를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 6의 아미노산 서열에서, G287A 및 I1747N 중 적어도 하나의 미스센스 돌연변이고;상기 COL4A5를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 7의 아미노산 서열에서, P1184L, P756S, P1365S, G1427V 및 A1656T로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 미스센스 돌연변이거나, X1510_splice(염색체 위치 107935977에서 G가 T로 치환)인 스플라이스 돌연변이고;상기 CPEB1를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 8의 아미노산 서열에서, S393R 및 G136V 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이거나, X499_splice(염색체 위치 83215272에서 C가 A로 치환)인 스플라이스 돌연변이고;상기 ERBB2를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 9의 아미노산 서열에서, E1114G, S649T 및 V219I로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 미스센스 돌연변이거나, N388Qfs*14인 프레임 시프트 삽입 돌연변이고;상기 HSP90AA1를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 10의 아미노산 서열에서, D512N, H806R, I325T 및 L167V로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 미스센스 돌연변이고;상기 IRAK1를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 11의 아미노산 서열에서, Q280*인 넌센스 돌연변이거나, V548M 및 Q584K 중 적어도 하나의 미스센스 돌연변이고;상기 KDM5C를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 12의 아미노산 서열에서, R681*, Q813*, E284*, E798*, Y639*, S1110*, K459* 및 R215*로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 넌센스 돌연변이거나, E1152K, R1458W, G536W, C730R, E592V, C512W, C730F 및 H733P로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 미스센스 돌연변이거나, X321_splice(염색체 위치 53244975에서 A가 G로 치환)인 스플라이스 돌연변이거나, T471Vfs*5, Q1427Pfs*50, E122Vfs*14, E1131Sfs*16, H988Tfs*18, P27Lfs*46, F56Cfs*18, D1414Efs*54 및 G845Rfs*2로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 프레임 시프트 결실 돌연변이고;상기 KDM6A를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 13의 아미노산 서열에서, A30V인 미스센스 돌연변이거나, A1246Pfs*19인 프레임 시프트 돌연변이거나, V156del 인프레임 결실 돌연변이고;상기 LRP12를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 14의 아미노산 서열에서, S622L, E639K 및 V671I로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 미스센스 돌연변이고;상기 NCOA6를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 15의 아미노산 서열에서, G164E, N877I, N864Y 및 V1444A로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 미스센스 돌연변이거나, H832Sfs*47인 프레임 시프트 삽입 돌연변이고;상기 NHS를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 16의 아미노산 서열에서, C360R, P1107A 및 D1069H로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 미스센스 돌연변이고;상기 RGAG1를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 17의 아미노산 서열에서, A1015G, M858V 및 G1053R로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 미스센스 돌연변이고;상기 SCAF1를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 18의 아미노산 서열에서, A219Sfs*11, P211Tfs*19, P211Tfs*19 및 A216Pfs*94로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 프레임 시프트 삽입 돌연변이거나, A216Pfs*94인 프레임 시프트 결실 돌연변이고;상기 SH3TC1를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 19의 아미노산 서열에서, A375V 및 L180F 중 적어도 하나의 미스센스 돌연변이거나, R238Sfs*38인 프레임 시프트 결실 돌연변이고;상기 TBC1D8B를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 20의 아미노산 서열에서, G1059V, A614T 및 Y815F로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 미스센스 돌연변이거나, S861*인 넌센스 돌연변이고;상기 TET2를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 21의 아미노산 서열에서, Q317K, L757V, V449E, N1714K, D194E, N1390H, R1451Q, M600I 및 P554S로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 미스센스 돌연변이거나, K326*인 넌센스 돌연변이고;상기 TEX13A를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 22의 아미노산 서열에서, R393S 및 Y257D 중 적어도 하나의 미스센스 돌연변이거나, X199_splice(염색체 위치 104464282에서 C가 결실)인 스플라이스 돌연변이고;상기 ULK3를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 23의 아미노산 서열에서, Q81Sfs*41인 프레임 시프트 결실 돌연변이고, D79H 및 L77V 중 적어도 하나의 미스센스 돌연변이고;상기 WNK3를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 24의 아미노산 서열에서, S865* 및 Y589* 중 적어도 하나의 넌센스 돌연변이고, E537G인 미스센스 돌연변이고;상기 ARSF를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 25의 아미노산 서열에서, I42F인 미스센스 돌연변이고;상기 CFP를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 26의 아미노산 서열에서, S27L, R359Q 및 E135K로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 미스센스 돌연변이거나, E323Gfs*34인 프레임 시프트 삽입 돌연변이고;상기 FAM47A를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 27의 아미노산 서열에서, R505H 및 E507Q 중 적어도 하나의 미스센스 돌연변이거나, L235_H246del 및 L235_H246del 중 적어도 하나의 인프레임 결실 돌연변이고;상기 PHF16를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 28의 아미노산 서열에서, K656Q 및 R207W 중 적어도 하나의 미스센스 돌연변이고;상기 ZNF449를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 29의 아미노산 서열에서, F183I인 미스센스 돌연변이고;상기 SCRN1를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 30의 아미노산 서열에서, D427Y인 미스센스 돌연변이거나, A257Cfs*34인 프레임 시프트 삽입 돌연변이;인 키트
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청구항 2에 있어서,ACSS3의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 31 및 서열번호 32, 서열번호 33 및 서열번호 34, 및 서열번호 35 및 서열번호 36로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;ADAM21의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 37 및 서열번호 38, 서열번호 39 및 서열번호 40, 서열번호 41 및 서열번호 42, 및 서열번호 43 및 서열번호 44로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;AFF2의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 45 및 서열번호 46, 서열번호 47 및 서열번호 48, 서열번호 49 및 서열번호 50, 및 서열번호 51 및 서열번호 52로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;ALG13의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 53 및 서열번호 54, 서열번호 55 및 서열번호 56, 및 서열번호 57 및 서열번호 58로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;BAP1의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 59 및 서열번호 60, 서열번호 61 및 서열번호 62, 서열번호 63 및 서열번호 64, 서열번호 65 및 서열번호 66, 서열번호 67 및 서열번호 68, 서열번호 69 및 서열번호 70, 서열번호 71 및 서열번호 72, 서열번호 73 및 서열번호 74, 서열번호 75 및 서열번호 76, 서열번호 77 및 서열번호 78, 서열번호 79 및 서열번호 80, 서열번호 81 및 서열번호 82, 서열번호 83 및 서열번호 84, 서열번호 85 및 서열번호 86, 서열번호 87 및 서열번호 88, 서열번호 89 및 서열번호 90, 서열번호 91 및 서열번호 92, 및 서열번호 93 및 서열번호 94로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;BRWD3의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 95 및 서열번호 96, 및 서열번호 97 및 서열번호 98로 나타내는 염기서열 쌍 중 적어도 하나의 프라이머 세트;COL4A5의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 99 및 서열번호 100, 서열번호 101 및 서열번호 102, 서열번호 103 및 서열번호 104, 서열번호 105 및 서열번호 106, 서열번호 107 및 서열번호 108, 및 서열번호 109 및 서열번호 110로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;CPEB1의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 111 및 서열번호 112, 서열번호 113 및 서열번호 114, 및 서열번호 115 및 서열번호 116로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;ERBB2의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 117 및 서열번호 118, 서열번호 119 및 서열번호 120, 및 서열번호 121 및 서열번호 122로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;HSP90AA1의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 123 및 서열번호 124, 서열번호 125 및 서열번호 126, 서열번호 127 및 서열번호 128, 및 서열번호 129 및 서열번호 130로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;IRAK1의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 131 및 서열번호 132, 및 서열번호 133 및 서열번호 134로 나타내는 염기서열 쌍 중 적어도 하나의 프라이머 세트;KDM5C의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 135 및 서열번호 136, 서열번호 137 및 서열번호 138, 서열번호 139 및 서열번호 140, 서열번호 141 및 서열번호 142, 서열번호 143 및 서열번호 144, 서열번호 145 및 서열번호 146, 서열번호 147 및 서열번호 148, 서열번호 149 및 서열번호 150, 서열번호 151 및 서열번호 152, 서열번호 153 및 서열번호 154, 서열번호 155 및 서열번호 156, 서열번호 157 및 서열번호 158, 서열번호 159 및 서열번호 160, 서열번호 161 및 서열번호 162, 서열번호 163 및 서열번호 164, 서열번호 165 및 서열번호 166, 서열번호 167 및 서열번호 168, 서열번호 169 및 서열번호 170, 서열번호 171 및 서열번호 172, 서열번호 173 및 서열번호 174, 및 서열번호 175 및 서열번호 176로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;KDM6A의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 177 및 서열번호 178, 및 서열번호 179 및 서열번호 180로 나타내는 염기서열 쌍 중 적어도 하나의 프라이머 세트;LRP12의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 181 및 서열번호 182, 및 서열번호 183 및 서열번호 184로 나타내는 염기서열 쌍 중 적어도 하나의 프라이머 세트;NCOA6의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 185 및 서열번호 186, 서열번호 187 및 서열번호 188, 서열번호 189 및 서열번호 190, 및 서열번호 191 및 서열번호 192로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;NHS의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 193 및 서열번호 194, 서열번호 195 및 서열번호 196, 및 서열번호 197 및 서열번호 198로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;RGAG1의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 199 및 서열번호 200, 서열번호 201 및 서열번호 202, 및 서열번호 203 및 서열번호 204로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;SCAF1의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 205 및 서열번호 206, 서열번호 207 및 서열번호 208, 서열번호 209 및 서열번호 210, 서열번호 211 및 서열번호 212, 및 서열번호 213 및 서열번호 214로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;SH3TC1의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 215 및 서열번호 216, 서열번호 217 및 서열번호 218, 및 서열번호 219 및 서열번호 220로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;TBC1D8B의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 221 및 서열번호 222, 서열번호 223 및 서열번호 224, 서열번호 225 및 서열번호 226, 및 서열번호 227 및 서열번호 228로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;TET2의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 229 및 서열번호 230, 서열번호 231 및 서열번호 232, 서열번호 233 및 서열번호 234, 서열번호 235 및 서열번호 236, 서열번호 237 및 서열번호 238, 서열번호 239 및 서열번호 240, 서열번호 241 및 서열번호 242, 서열번호 243 및 서열번호 244, 및 서열번호 245 및 서열번호 246로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;TEX13A의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 247 및 서열번호 248, 서열번호 249 및 서열번호 250, 및 서열번호 251 및 서열번호 252로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;ULK3의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 253 및 서열번호 254로 나타내는 염기서열 쌍인 프라이머 세트;WNK3의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 255 및 서열번호 256, 서열번호 257 및 서열번호 258, 및 서열번호 259 및 서열번호 260로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;ARSF의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 261 및 서열번호 262로 나타내는 염기서열 쌍인 프라이머 세트; CFP의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 263 및 서열번호 264, 서열번호 265 및 서열번호 266, 서열번호 267 및 서열번호 268, 및 서열번호 269 및 서열번호 270로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;FAM47A의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 271 및 서열번호 272로 나타내는 염기서열 쌍인 프라이머 세트; PHF16의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 273 및 서열번호 274, 및 서열번호 275 및 서열번호 276로 나타내는 염기서열 쌍으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 프라이머 세트;ZNF449의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 277 및 서열번호 278로 나타내는 염기서열 쌍인 프라이머 세트;SCRN1의 돌연변이 검출을 위한 서열번호 279 및 서열번호 280, 및 서열번호 281 및 서열번호 282로 나타내는 염기서열 쌍 중 적어도 하나의 프라이머 세트;로 선택되는 적어도 하나의 프라이머 세트를 포함하는 키트
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신장암 환자의 샘플로부터 시료 DNA를 준비하는 단계;상기 시료 DNA를 청구항 1 또는 청구항 2의 키트를 이용하여 증폭하는 단계; 및상기 증폭 결과로부터 성별 특이적 마커의 유무를 확인하는 단계;를 포함하는 신장암 환자의 성별에 따른 신장암의 예후 진단을 위해 필요한 정보를 제공하는 방법
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청구항 5에 있어서,상기 방법은 신장암 환자의 총 생존율 또는 무병 생존율을 예측하는 방법
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청구항 6에 있어서,상기 ACSS3를 암호화하는 유전자; 및 ALG13, ARSF, CFP, FAM47A, KDM6A, PHF16, ZNF449 및 SCRN1로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나를 암호화하는 유전자;에서 돌연변이가 확인되고, 신장암 환자가 여성인 경우, 상기 신장암 환자의 생존율이 양호하지 않거나, 상기 신장암 환자의 신장암의 재발율이 높은 것으로 판단하는 단계;를 더 포함하는 방법
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청구항 7에 있어서,상기 ACSS3를 암호화하는 유전자; 및 ALG13, ARSF, CFP, FAM47A, KDM6A, PHF16, ZNF449 및 SCRN1로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나를 암호화하는 유전자;에서 돌연변이가 확인되고, 신장암 환자가 여성인 경우, 상기 신장암 환자의 생존율이 양호하지 않은 것으로 판단하는 단계;를 더 포함하는 방법
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청구항 7에 있어서,상기 ACSS3를 암호화하는 유전자; 및 ALG13, ARSF, CFP, FAM47A, KDM6A, PHF16, ZNF449 및 SCRN1로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나를 암호화하는 유전자;에서 돌연변이가 확인되고, 신장암 환자가 여성인 경우, 상기 신장암 환자의 신장암의 재발율이 높은 것으로 판단하는 단계;를 더 포함하는 방법
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