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a) 세포 유래 ATAC-seq (Assay for Transposase- Accessible Chromatin using sequencing) 데이터를 정렬 및 피크 콜링(peak calling)하는 단계; b) a) 단계에서 콜링된 피크 중 세포 시료 간 중복되는 피크를 선발하는 단계;c) 상기 b) 단계에서 선발한 피크 중 DNase I 과민성(DNase I hypersensitivity) 공통 피크(consensus peak)와 일치하는 피크를 선발하는 단계; 및d) 상기 c) 단계에서 선발한 피크 중 피크 간 변동계수(coefficients of variation, CV)가 0
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제1항에 있어서, 상기 c) 단계에서 선발한 피크는 전사 시작점(transcription start site, TSS) 또는 5' 비번역 영역(5' untranslational region, 5' UTR)에 위치한 것인, ATAC-seq의 정규화를 위한 정규화 컨트롤 피크의 선발 방법
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제1항에 있어서, 상기 세포는 암 세포, 줄기세포, 면역 세포, 염증세포, 상피 세포, 조혈 세포 및 섬유아세포로 이루어진 군에서 선택된 1종인, ATAC-seq의 정규화를 위한 정규화 컨트롤 피크의 선발 방법
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제1항 내지 제3항 중 어느 한 항의 방법으로 선발된 정규화 컨트롤 피크
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제4항의 선발된 정규화 컨트롤 피크는 서열번호 1 내지 서열번호 232 로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인, 선발된 정규화 컨트롤 피크
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제5항에 있어서, 상기 선발된 정규화 컨트롤 피크는 서열번호 1 내지 20 으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인, 선발된 정규화 컨트롤 피크
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a) 코호트 내 개별 시료에서 제1항의 방법을 통해 선발된 단일 정규화 컨트롤 피크의 면적을 피크 폭으로 나눠, 개별 시료에서 선발된 단일 정규화 컨트롤 피크의 평균 높이(k)를 하기 수식과 같이 도출하는 단계; b) 코호트 내 개별 시료에 존재하는 정규화 컨트롤 피크를 m 개 선발하고, 선발된 m 개 정규화 컨트롤 피크의 평균 높이(k)의 평균 값인 평균 높이(h)를 하기 수식을 통해 도출하는 단계; 및 c) 하기 수식을 통해 ATAC-seq 정규화 인자(normalization factor, F)를 도출하는 단계; 를 포함하는, ATAC-seq 정규화 인자 선발 방법
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제7항에 있어서, 상기 평균 높이(h)는 개별 시료의 염색질 개방도를 나타내는 것을 특징으로 하는, ATAC-seq 정규화 인자 선발 방법
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제8항에 있어서, 시료 내 선택된 정규화 컨트롤 피크의 수 m은 5 내지 50 인 것을 특징으로 하는, ATAC-seq 정규화 인자 선발 방법
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제7항의 방법에 따라 선발된 ATAC-seq 정규화 인자를 하기 수식과 같이 곱하여 ATAC-seq 정규화 인자의 피크 면적을 정규화 하는 방법: 정규화된 면적(normalization area, A) = Fab X Aq 여기에서, Fab는 하기와 같이 정의되고, Aq는 코호트 Cb의 j 번째 시료의 q번째 피크의 면적 값임
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제10항에 있어서, 상기 시료 내 선택된 정규화 컨트롤 피크의 수 m은 5 내지 50 인 것을 특징으로 하는, ATAC-seq 정규화 인자의 피크 면적을 정규화 하는 방법
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a) PD-1 면역항암치료 반응 및 비반응 환자 시료 유래 ATAC-seq 데이터를 정렬 및 피크 콜링을 수행하는 단계;b) 상기 a) 단계의 피크 콜링 값 중 반응 및 비반응 환자 시료에서 구별되는 피크를 선발하는 단계;c) 상기 b) 단계에서 선발된 피크의 피크 면적 값(Ad)에 제9항의 방법에 따라 선발된 ATAC-seq 정규화 인자(Fab)를 하기 수식과 같이 곱하여 선발된 피크 면적을 정규화 하는 단계, 정규화된 면적(A) = Fab X Ad; d) 상기 b) 단계에서 선발된 피크들 중 상기 c) 단계에 의해 얻어진 정규화된 피크 면적 값들의 평균 면적 값을 초과하는 정규화된 면적 값을 갖는 피크를 선발하는 단계; 및e) 상기 d) 단계에서 선발된 피크 중 PD-1 면역항암치료 반응 및 비반응 환자 시료 사이에서 정규화된 피크 면적 값의 평균 차이가 유의도 p 003c# 0
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제12항에 있어서, 상기 a) 단계의 피크 콜링은 HOMER (Hypergeometric Optimization of Motif EnRichment) suite, Model-based Analysis of ChIP-Seq 2 (MACS2) 및 CisGenome으로 이루어진 군에서 선택된 2 종 이상의 피크 콜러를 이용하여 수행되며, b) 단계의 선발은 상기 2 종 이상의 피크 콜러에서 공통적으로 구별되는 피크를 선택하는 것을 특징으로 하는, PD-1 면역항암치료 반응성을 예측하기 위한 차별화 피크 선발 방법
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제13항의 방법으로 선발된 PD-1 면역항암치료 반응성을 예측하기 위한 차별화 피크
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제14항에 있어서, 상기 방법을 통해 선발된 차별화 피크는 서열번호 233 내지 서열번호 299 로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인 것을 특징으로 하는, PD-1 면역항암치료 반응성을 예측하기 위한 차별화 피크
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제15항에 있어서, 상기 차별화 피크는 서열번호 233, 서열번호 234, 서열번호 237, 서열번호 249, 서열번호 252, 서열번호 261, 서열번호 262, 서열번호 267 및 서열번호 268 으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인 것을 특징으로 하는, PD-1 면역항암치료 반응성을 예측하기 위한 차별화 피크
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서열번호 233 내지 서열번호 299 로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 예측 피크를 포함하는, PD-1 면역항암치료 반응성 예측용 바이오 마커 조성물
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제17항에 있어서, 상기 예측 피크는 서열번호 233, 서열번호 234, 서열번호 237, 서열번호 249, 서열번호 252, 서열번호 261, 서열번호 262, 서열번호 267 및 서열번호 268 로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인, PD-1 면역항암치료 반응성 예측용 바이오 마커 조성물
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제17항에 있어서, 상기 바이오 마커 조성물은 상기 예측 피크를 4종 이상 포함하는, PD-1 면역항암치료 반응성 예측용 바이오 마커 조성물
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제17항에 있어서, 상기 예측 피크는 PD-1 면역항암치료 반응 및 비반응 환자의 염색질 개방성 차이를 구별하여 PD-1 면역항암치료에 대한 반응성 정보를 제공하는 것인, PD-1 면역항암치료 반응성 예측용 바이오 마커 조성물
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