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인공 염기 서열 설계 방법 및 장치와 이를 이용한 프로브

  • 기술번호 : KST2021012491
  • 담당센터 : 경기기술혁신센터
  • 전화번호 : 031-8006-1570
요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 개시의 일 실시예에 따르면, 표적 마이크로 RNA의 프로파일 내의 선택된 임의의 마이크로 RNA의 서열에 대한 다수의 프로브 개체를 생성하고, 표적 마이크로 RNA의 서열 및 농도 정보를 기초로, 다수의 프로브 개체 각각과 상기 표적 마이크로 RNA의 서열을 결합하여, 다수의 프로브 개체 각각에 대한 결합체 농도를 결정하며, 기 설정된 횟수에 따라 결합체 농도를 기초로 선택된 다수의 프로브 개체 중 적어도 일부를 최적화하여, 표적 마이크로 RNA에 대한 최적의 프로브를 획득하는 인공 염기 서열 설계 방법이 제공된다.
Int. CL G16B 25/10 (2019.01.01) G16B 30/00 (2019.01.01) C12Q 1/6837 (2018.01.01) C12Q 1/6806 (2018.01.01)
CPC
출원번호/일자 1020210047012 (2021.04.12)
출원인 성균관대학교산학협력단
등록번호/일자
공개번호/일자 10-2021-0127626 (2021.10.22) 문서열기
공고번호/일자
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보 대한민국  |   1020200045423   |   2020.04.14
법적상태 공개
심사진행상태 수리
심판사항
구분 국내출원/신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2021.04.12)
심사청구항수 16

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 성균관대학교산학협력단 대한민국 경기도 수원시 장안구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 엄숭호 서울특별시 서초구
2 신승원 경기도 수원시 영통구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 위병갑 대한민국 서울특별시 강남구 테헤란로**길 * *층(대영빌딩)(위특허법률사무소)

최종권리자

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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application
2021.04.12 수리 (Accepted) 1-1-2021-0422617-54
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번호 청구항
1 1
인공 염기 서열 설계 방법에 있어서, 표적 마이크로 RNA의 프로파일 내에서 선택된 임의의 마이크로 RNA의 서열에 대한 다수의 프로브 개체를 생성하는 단계;상기 선택된 임의의 표적 마이크로 RNA의 서열 및 농도 정보를 기초로, 상기 다수의 프로브 개체 각각과 상기 표적 마이크로 RNA의 서열을 결합하여, 상기 다수의 프로브 개체 각각에 대한 결합체 농도를 결정하는 단계; 및기 설정된 횟수에 따라 상기 결합체 농도를 기초로 선택된 상기 다수의 프로브 개체 중 적어도 일부의 서열을 최적화하여, 상기 표적 마이크로 RNA에 대한 최적의 프로브를 획득하는 단계를 포함하는, 방법
2 2
제 1항에 있어서, 상기 결합체 농도를 결정하는 단계는,상기 표적 마이크로 RNA의 서열 및 농도 정보를 기초로 상기 다수의 프로브 개체 각각과 상기 표적 마이크로 RNA의 서열의 깁스 에너지를 산출하는 단계; 및상기 깁스 에너지를 기초로 최근접 이웃법(Nearest Neighbor Method, 일명 NNM)을 통해 산출된 평형 상수를 이용하여, 상기 결합체 농도를 결정하는 단계를 포함하는, 방법
3 3
제 1항에 있어서, 상기 표적 마이크로 RNA의 프로파일 내의 서열들과의 반응에서의 결합체 농도의 총합을 프로브의 적합도로 결정하는 단계;상기 결정된 적합도가 기 설정된 값 이상인 프로브 개체들을 선택하는 단계를 더 포함하는, 방법
4 4
제 3항에 있어서, 상기 표적 마이크로 RNA의 프로파일 내의 서열들 중 잡음으로 분류된 서열에 대한 결합체 농도의 값을 음수로 설정하는 단계를 더 포함하고, 상기 결합체 농도의 총합 결정 시, 상기 잡음으로 분류된 서열에 대한 결합체 농도의 값이 음수로 합산되는, 방법
5 5
제 3항에 있어서, 상기 최적의 프로브를 획득하는 단계는,상기 선택된 프로브 개체들을 다음 차수의 교차 혼합 과정에서 서열이 보존된 상태로 배치하고, 선택되지 않은 프로브 개체들을 상기 적합도에 비례한 채택을 거쳐 새로운 개체로서 배치함으로써, 상기 복수의 프로브 개체들 간의 교차 혼합을 수행하는 단계를 포함하는, 방법
6 6
제 5항에 있어서, 프로브 개체들의 배치 및 상기 프로브 개체들 간의 교차 혼합이 상기 기 설정된 횟수 만큼 반복적으로 수행되며, 상기 선택되는 프로브 개체들의 개수, 상기 교차 혼합에서의 돌연변이 빈도, 상기 기 설정된 횟수의 최적값은 smith-waterman 방식을 기반으로 한 평가 결과에 기초하여 결정되는, 방법
7 7
제 3항에 있어서, 상기 최적의 프로브를 획득하는 단계는,상기 선택된 다수의 프로브 개체의 서열에서 임의의 한 염기를 다른 염기로 치환하는 점돌연변이 과정을 통하여 서열을 최적화하는 것인, 방법
8 8
제 3항에 있어서, 상기 최적의 프로브를 획득하는 단계는,선택된 다수의 프로브 개체의 서열에서 임의의 염기를 삽입하는 과정을 통하여, 서열을 최적화하는 것인, 방법
9 9
제 3항에 있어서, 상기 최적의 프로브를 획득하는 단계는,선택된 다수의 프로브 개체의 서열을 FPS(Fitness proportionate selection)을 통하여, 서열을 최적화하는 것인, 방법
10 10
인공 염기 서열 설계 장치에 있어서, 입출력부; 및적어도 하나의 프로세서를 포함하고, 상기 적어도 하나의 프로세서는,표적 마이크로 RNA의 프로파일 내의 선택된 임의의 마이크로 RNA의 서열에 대한 다수의 프로브 개체를 생성하고, 상기 표적 마이크로 RNA의 서열 및 농도 정보를 기초로, 상기 다수의 프로브 개체 각각과 상기 표적 마이크로 RNA의 서열을 결합하여, 상기 다수의 프로브 개체 각각에 대한 결합체 농도를 결정하며,기 설정된 횟수에 따라 상기 결합체 농도를 기초로 선택된 상기 다수의 프로브 개체 중 적어도 일부의 서열을 최적화하여 최적의 프로브를 획득하고, 상기 획득된 최적의 프로브에 대한 정보를 출력하도록 상기 입출력부를 제어하는, 장치
11 11
제 10항에 있어서, 상기 적어도 하나의 프로세서는,상기 표적 마이크로 RNA의 서열 및 농도 정보를 기초로 상기 다수의 프로브 개체 각각과 상기 표적 마이크로 RNA의 서열의 깁스 에너지를 산출하고,상기 깁스 에너지를 기초로 최근접 이웃법(Nearest Neighbor Method, 일명 NNM)을 통해 산출된 평형 상수를 이용하여, 상기 결합체 농도를 결정하는, 장치
12 12
제 10항에 있어서, 상기 적어도 하나의 프로세서는,상기 표적 마이크로 RNA의 프로파일 내의 서열들과의 반응에서의 결합체 농도의 총합을 프로브의 적합도로 결정하고,상기 결정된 적합도가 기 설정된 값 이상인 프로브 개체들을 선택하는, 장치
13 13
제 12항에 있어서, 상기 적어도 하나의 프로세서는,상기 표적 마이크로 RNA의 프로파일 내의 서열들 중 잡음으로 분류된 서열에 대한 결합체 농도의 값을 음수로 설정하고, 상기 결합체 농도의 총합 결정 시, 상기 잡음으로 분류된 서열에 대한 결합체 농도의 값이 음수로 합산되는, 장치
14 14
제 12항에 있어서, 상기 적어도 하나의 프로세서는,상기 선택된 프로브 개체들을 다음 차수의 교차 혼합 과정에서 서열이 보존된 상태로 배치하고, 선택되지 않은 프로브 개체들을 상기 적합도에 비례한 채택을 거쳐 새로운 개체로서 배치함으로써, 상기 복수의 프로브 개체들 간의 교차 혼합을 수행하는, 장치
15 15
제 14항에 있어서, 프로브 개체들의 배치 및 상기 프로브 개체들 간의 교차 혼합이 상기 기 설정된 횟수 만큼 반복적으로 수행되며, 상기 선택되는 프로브 개체들의 개수, 상기 교차 혼합에서의 돌연변이 빈도, 상기 기 설정된 횟수의 최적값은 smith-waterman 방식을 기반으로 한 평가 결과에 기초하여 결정되는, 장치
16 16
제 1항에 내지 제 9항 중 어느 한 항에 따라 설계된 염기서열을 포함하는, 프로브
지정국 정보가 없습니다
패밀리정보가 없습니다
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