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(a) 생체시료에서 핵산을 추출하여 서열정보를 획득하는 단계; (b) 획득한 서열정보(reads)를 표준 염색체 서열 데이터베이스(reference genome database)에 정렬(alignment)하는 단계; (c) 상기 정렬된 서열정보(reads)에 대하여 핵산단편의 길이(Fragment length)를 계산하는 단계; (d) 상기 (c) 단계에서 계산한 핵산단편의 길이를 기반으로 염색체 전체 영역 또는 특정 영역 별로 핵산단편 길이 비(Fragment ratio)를 계산하는 단계; 및(e) 상기 길이 비를 정상 샘플군과 비교하여 FR-score를 계산하여, FR-score가 기준 값 또는 범위 미만 혹은 초과일 경우, 암이 있는 것으로 판정하거나, 예후를 예측하는 단계를 포함하는 암 진단 또는 예후예측을 위한 정보의 제공 방법
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제1항에 있어서, 상기 (a) 단계는 다음의 단계를 포함하는 방법으로 수행되는 것을 특징으로 암 진단 또는 예후예측을 위한 정보의 제공 방법:(a-i) 생체시료에서 핵산을 수득하는 단계;(a-ii) 채취된 핵산에서 솔팅-아웃 방법(salting-out method), 컬럼 크로마토그래피 방법(column chromatography method) 또는 비드 방법(beads method)을 사용하여 단백질, 지방, 및 기타 잔여물을 제거하고 정제된 핵산을 수득하는 단계; (a-iii) 정제된 핵산 또는 효소적 절단, 분쇄, 수압 절단 방법(hydroshear method)으로 무작위 단편화(random fragmentation)된 핵산에 대하여, 싱글 엔드 시퀀싱(single-end sequencing) 또는 페어 엔드 시퀀싱(pair-end sequencing) 라이브러리(library)를 제작하는 단계; (a-iv) 제작된 라이브러리를 차세대 유전자서열검사기(next-generation sequencer)에 반응시키는 단계; 및(a-v) 차세대 유전자서열검사기에서 핵산의 서열정보(reads)를 획득하는 단계
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제1항에 있어서, 상기 리드는 페어드 엔드(paired-end) 시퀀싱으로 수득하는 것을 특징으로 하는 암 진단 또는 예후예측을 위한 정보의 제공 방법
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제1항에 있어서, 상기 (c) 단계의 핵산단편의 길이는 핵산단편의 양 말단에 정렬되는 리드의 정렬 위치를 통해 산출하는 것을 특징으로 하는 암 진단 또는 예후예측을 위한 정보의 제공 방법
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제1항에 있어서, 상기 (d) 단계는 다음의 단계를 포함하는 방법으로 수행되는 것을 특징으로 하는 암 진단 또는 예후예측을 위한 정보의 제공 방법:(d-i) 염색체 전체 영역 또는 특정 영역별로 핵산단편을 긴 핵산단편(long fragment) 및 짧은 핵산단편(short fragment)으로 분류하는 단계;(d-ii) 하기 수식 1을 바탕으로 핵산단편 길이 비(Fragment ratio)를 계산하는 단계;수식 1: Fragment ratio(FR) = Number of short fragment group / Number of long fragment group
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제5항에 있어서, 상기 (d-i) 단계는 기준점을 중심으로 기준점 이하 길이의 핵산단편은 짧은 핵산단편으로, 기준점 초과 길이의 핵산단편은 긴 핵산단편으로 분류하는 것을 특징으로 하는 암 진단 또는 예후예측을 위한 정보의 제공 방법
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제6항에 있어서, 상기 기준점은 50~200bp 일 수 있고, 바람직하게는 150 내지 170bp인 것을 특징으로 하는 암 진단 또는 예후예측을 위한 정보의 제공 방법
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제1항에 있어서, 상기 (e) 단계는 다음의 단계를 포함하는 방법으로 수행되는 것을 특징으로 하는 암 진단 또는 예후예측을 위한 정보의 제공 방법:(e-i) 정상 샘플군에서 샘플군과 동일한 염색체 전체 영역 또는 특정 영역별로 핵산단편 길이 비를 계산하여 하기 수식 2로 상대빈도(Relative Frequency) 값을 계산하는 단계;수식2: 상대빈도i = FR(핵산단편) 비i / ∑ {FR(핵산단편) 비}(e-ii) 각 영역에서의 상대 빈도 값의 평균과 표준편차를 계산하는 단계;(e-iii) 제1항의 d) 단계에서 도출한 FR 값의 상대빈도를 수식 2로 계산하여, 하기 수식 3으로 FR Z-score(FRZ)를 계산하는 단계;수식 3: FR Z-score i bin = (분석 샘플 상대빈도i bin - 정상인 샘플의 상대빈도 평균i bin) / 정상인 샘플의 상대빈도 표준편차i bin(e-iv) 각 유전영역에 해당하는 GC 값으로 LOESS regression을 수행하고, 잔차를 계산하는 단계; (e-v) 각 유전영역별로 GC값으로 보정된 FRZ 값을 LOESS 알고리즘을 통해 정규화 하는 단계; 및(e-iv) 하기 수식 4로 FR-score를 계산하는 단계;수식 4:
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제1항에 있어서, 암 진단 또는 예후예측을 위한 상기 FR-score의 기준값은 5 내지 50인 것을 특징으로 하는 암 진단 또는 예후예측을 위한 정보의 제공 방법
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제1항에 있어서, 상기 (e) 단계의 FR-score가 기준 값 또는 범위 미만일 경우에는 예후가 나쁠 것으로 예측하고, FR-score가 기준 값 또는 범위 초과일 경우에는 예후가 좋을 것으로 예측하는 것을 특징으로 하는 암 진단 또는 예후예측을 위한 정보의 제공 방법
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생체시료에서 핵산을 추출하여 서열정보를 해독하는 해독부; 해독된 서열을 표준 염색체 서열 데이터베이스에 정렬하는 정렬부; 및 선별된 서열정보(reads)를 기반으로 핵산단편의 길이를 계산하고, 이를 기반으로 핵산단편 길이 비를 측정한 다음, 정상 샘플군과 비교하여 FR-score를 계산하고, 계산한 FR-score를 기반으로 염색체 전체 영역 또는 특정 유전 영역 별로 FR-score가 기준 값 또는 구간 미만 또는 초과 일 경우, 암이 있는 것으로 판정하거나, 예후를 예측하는 암 진단 또는 예후예측부를 포함하는 암 진단 또는 예후예측 장치
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컴퓨터 판독 가능한 저장 매체로서, 암 진단 또는 예후예측을 위한 정보를 제공하는 프로세서에 의해 실행되도록 구성되는 명령을 포함하되, (a) 생체시료에서 핵산을 추출하여 서열정보를 획득하는 단계; (b) 획득한 서열정보(reads)를 표준 염색체 서열 데이터베이스(reference genome database)에 정렬(alignment)하는 단계; (c) 상기 정렬된 서열정보(reads)에 대하여 핵산단편의 길이(Fragment length)를 계산하는 단계; (d) 상기 (c) 단계에서 계산한 핵산단편의 길이를 기반으로 염색체 전체 영역 또는 특정 영역 별로 핵산단편 길이 비(Fragment ratio)를 계산하는 단계; 및(e) 상기 길이 비를 정상 샘플군과 비교하여 FR-score를 계산하여, FR-score가 기준 값 또는 범위 미만 혹은 초과일 경우, 암이 있는 것으로 판정하거나, 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하는 프로세서에 의해 실행되도록 구성되는 명령을 포함하는 컴퓨터 판독 가능한 저장 매체
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