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서열번호 22 의 염기서열 및 서열번호 23 의 염기서열을 포함하는 프라이머 쌍으로 이루어진 제3프라이머 세트; 및서열번호 25 의 염기서열 및 서열번호 26 의 염기서열을 포함하는 프라이머 쌍으로 이루어진 제4프라이머 세트; 로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나 이상의 프라이머 세트를 포함하는 항생제 내성균 검출용 조성물
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제1항에 있어서, 상기 프라이머 세트는 PCR(polymerase chain reaction)에 사용되는 것을 특징으로 하는 항생제 내성균 검출용 조성물
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제2항에 있어서, 상기 PCR은 정량적 PCR(quantitative PCR, qPCR), 실시간 PCR(real-time PCR), 역전사 PCR(Reverse Transcription PCR, RT-PCR), 고체상 PCR(Solid Phase PCR), 경쟁적 PCR(Competitive PCR), 오버랩 PCR(Overlap-extension PCR), 멀티플렉스 PCR(Multiplex PCR), 네스티드 PCR(Nested PCR), 역 PCR(Inverse PCR), 라이게이션-연관 PCR(Ligation-mediated PCR), ISSR(Intersequence-specific PCR), 메틸화-특이 PCR(Methylation-specific PCR, MSP), 콜로니 PCR(colony PCR), 미니프라이머 PCR(Miniprimer PCR), 나노 PCR(Nanoparticle-Assisted PCR, nanoPCR), TAIL-PCR(Thermal asymmetric interlaced PCR), 터치다운 PCR(Touchdown(Step-down) PCR), 핫 스타트 PCR(Hot start PCR), 인-실리코 PCR(In silico PCR), 대립유전자 특이 PCR(allele-specific PCR), 어셈블리 PCR(Assembly PCR), 비대칭 PCR(asymmetric PCR), 다이알-아웃 PCR(Dial-out PCR), 디지털 PCR(Digital PCR, dPCR) 및 헬리카제-의존형 증폭 기술(helicasedependent amplification)로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나 이상인 것을 특징으로 하는 항생제 내성균 검출용 조성물
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제1항에 있어서, 상기 항생제 내성균은 β-락타마제(beta-lactamase)를 발현하는 것을 특징으로 하는 항생제 내성균 검출용 조성물
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제4항에 있어서, 상기 β-락타마제는 TEM-유형 β-락타마제(TEM-type beta-lactamase), CTX-M-1 그룹 확장 스펙트럼 β-락타마제(CTX-M-1 group extended-spectrum beta-lactamase), 뉴델리 메탈로-β-락타마제-1(New Delhi metallo-beta-lactamase-1), IMP 메탈로-β-락타마제(IMP metallo-beta-lactamse), AmpC β-락타마아제(AmpC beta-lactamase) 및 카바페네마아제(carbapenemase)로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나 이상인 것을 특징으로 하는 항생제 내성균 검출용 조성물
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제1항에 있어서, 상기 항생제 내성균은 패혈증 원인균인 것을 특징으로 하는 항생제 내성균 검출용 조성물
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제6항에 있어서, 상기 패혈증 원인균은 아시네토박터 바우마니균(Acinetobacter baumannii), 에스케리키아 콜라이(Escherichia coli), 크렙시엘라 뉴모니아(Klebsiella pneumoniae), 슈도모나스 에루지노사(Pseudomonas aeruginosa), 시겔라 소이네(Shigella sonnei), 스타필로코커스 아우레우스(Staphylococcus aureus), 스트렙토코커스 피오게네스(Streptococcus pyogenes), 바실러스 세레우스(Bacillus cereus), 클로스트리디움 퍼프린젠스(Clostridium perfringens), 엔테로코커스 페칼리스(Enterococcus faecalis), 살모넬라 엔테라이티디스(Salmonella enteritidis) 및 캄필로박터 제주니(Campylobacter jejuni) 로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나 이상인 것을 특징으로 하는 항생제 내성균 검출용 조성물
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제1항에 있어서, 상기 조성물의 검출한계는 1 ag/㎕ 내지 500 fg/㎕ 인 것을 특징으로 하는 항생제 내성균 검출용 조성물
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제1항에 있어서, 상기 제3프라이머 세트는 추가적으로 서열번호 24 의 염기서열을 포함하는 프로브; 및제4프라이머 세트는 추가적으로 서열번호 27 의 염기서열을 포함하는 프로브; 를 포함하는 것을 특징으로 하는 항생제 내성균 검출용 조성물
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제1항의 조성물과, PCR 증폭 반응을 위한 시약을 포함하는 항생제 내성균 검출용 키트
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제10항에 있어서, 상기 PCR은 정량적 PCR(quantitative PCR, qPCR), 실시간 PCR(real-time PCR), 역전사 PCR(Reverse Transcription PCR, RT-PCR), 고체상 PCR(Solid Phase PCR), 경쟁적 PCR(Competitive PCR), 오버랩 PCR(Overlap-extension PCR), 멀티플렉스 PCR(Multiplex PCR), 네스티드 PCR(Nested PCR), 역 PCR(Inverse PCR), 라이게이션-연관 PCR(Ligation-mediated PCR), ISSR(Intersequence-specific PCR), 메틸화-특이 PCR(Methylation-specific PCR, MSP), 콜로니 PCR(colony PCR), 미니프라이머 PCR(Miniprimer PCR), 나노 PCR(Nanoparticle-Assisted PCR, nanoPCR), TAIL-PCR(Thermal asymmetric interlaced PCR), 터치다운 PCR(Touchdown(Step-down) PCR), 핫 스타트 PCR(Hot start PCR), 인-실리코 PCR(In silico PCR), 대립유전자 특이 PCR(allele-specific PCR), 어셈블리 PCR(Assembly PCR), 비대칭 PCR(asymmetric PCR), 다이알-아웃 PCR(Dial-out PCR), 디지털 PCR(Digital PCR, dPCR) 및 헬리카제-의존형 증폭 기술(helicasedependent amplification)로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나 이상인 것을 특징으로 하는 항생제 내성균 검출용 키트
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i) 패혈증 의심 개체로부터 생물학적 시료를 수득하는 단계;ii) 상기 단계 i)에서 수득한 생물학적 시료로부터 무세포 DNA(cell free DNA)를 분리하는 단계; 및iii) 상기 단계 ii)에서 수득한 무세포 DNA와 상기 제1항의 조성물을 이용하여 항생제 내성균을 검출하는 단계;를 포함하는 항생제 내성균 검출방법
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제12항에 있어서, 상기 단계 i)의 생물학적 시료는 혈액, 소변, 뇌척수액 및 타액 으로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나 이상인 것을 특징으로 하는 항생제 내성균 검출방법
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제13항에 있어서, 상기 혈액은 환자의 중앙 혈관(central vessels) 또는 말초 혈관(peripheral vessels)으로부터 수득된 것을 특징으로 하는 항생제 내성균 검출방법
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제12항에 있어서, 상기 단계 iii)의 검출은 PCR(polymerase chain reaction)을 이용하여 검출하는 것을 특징으로 하는 항생제 내성균 검출방법
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제15항에 있어서, 상기 PCR은 정량적 PCR(quantitative PCR, qPCR), 실시간 PCR(real-time PCR), 역전사 PCR(Reverse Transcription PCR, RT-PCR), 고체상 PCR(Solid Phase PCR), 경쟁적 PCR(Competitive PCR), 오버랩 PCR(Overlap-extension PCR), 멀티플렉스 PCR(Multiplex PCR), 네스티드 PCR(Nested PCR), 역 PCR(Inverse PCR), 라이게이션-연관 PCR(Ligation-mediated PCR), ISSR(Intersequence-specific PCR), 메틸화-특이 PCR(Methylation-specific PCR, MSP), 콜로니 PCR(colony PCR), 미니프라이머 PCR(Miniprimer PCR), 나노 PCR(Nanoparticle-Assisted PCR, nanoPCR), TAIL-PCR(Thermal asymmetric interlaced PCR), 터치다운 PCR(Touchdown(Step-down) PCR), 핫 스타트 PCR(Hot start PCR), 인-실리코 PCR(In silico PCR), 대립유전자 특이 PCR(allele-specific PCR), 어셈블리 PCR(Assembly PCR), 비대칭 PCR(asymmetric PCR), 다이알-아웃 PCR(Dial-out PCR), 디지털 PCR(Digital PCR, dPCR) 및 헬리카제-의존형 증폭 기술(helicasedependent amplification)로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나 이상인 것을 특징으로 하는 항생제 내성균 검출방법
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제1항의 조성물을 포함하는 패혈증 진단 또는 예후 예측용 조성물
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제17항의 조성물과, PCR 증폭 반응을 위한 시약을 포함하는 패혈증 진단 또는 예후 예측용 키트
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i) 패혈증 의심 개체로부터 생물학적 시료를 수득하는 단계;ii) 상기 단계 i)에서 수득한 생물학적 시료로부터 무세포 DNA(cell free DNA)를 분리하는 단계; 및iii) 상기 단계 ii)에서 수득한 무세포 DNA와 상기 제1항의 조성물을 이용하여 항생제 내성균을 검출하는 단계;를 포함하는 패혈증 진단 또는 예후 예측을 위한 정보제공방법
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