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유전자 발현과 DNA 메틸화의 2차 부분 상관관계에 기초한 암 환자별 네트워크 구축 방법

  • 기술번호 : KST2023009610
  • 담당센터 : 인천기술혁신센터
  • 전화번호 : 032-420-3580
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 유전자 발현과 DNA 메틸화의 2차 부분 상관관계에 기초한 암 환자별 네트워크 구축 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 복수의 정상 샘플에서 유전자 발현 데이터 및 DNA 메틸화 데이터를 이용하여 모든 유전자 쌍에 대한 2차 부분 상관관계를 산출하여 제1 네트워크를 구축하는 단계; 상기 복수의 정상 샘플에 단일 종양 샘플을 추가한 샘플에서 모든 유전자 쌍에 대한 2차 부분 상관관계를 재산출하여 제2 네트워크를 구축하는 단계; 상기 제2 네트워크에서 2차 부분 상관관계의 p-값이 기 설정된 제1 임계값 이상인 에지를 제거하는 단계; 및 남아 있는 에지에서 상기 제2 네트워크와 상기 제1 네트워크 사이의 2차 부분 상관관계의 차이를 이용하여 환자별 유전자 네트워크를 구축하는 단계를 포함한다. 이와 같이 본 발명에 따른 2차 부분 상관관계 기반의 네트워크는 다양한 유형의 암을 분류하고 잠재적인 예후 유전자 쌍을 도출하는데 매우 효과적이다. 특히, 개별 유전자 분석이나 유전자 발현 데이터 분석으로는 찾을 수 없는 새로운 암 관련 유전자 또는 유전자 쌍을 발굴할 수 있다. 또한, 네트워크에서 도출된 잠재적인 예후 유전자 쌍의 정보를 기초로 암 환자의 생존 시간을 예측할 수 있다.
Int. CL G16B 5/00 (2019.01.01) G16B 20/00 (2019.01.01) G16B 25/10 (2019.01.01) G16H 50/50 (2018.01.01) G16H 50/20 (2018.01.01) G16H 10/60 (2018.01.01) C12Q 1/6883 (2018.01.01)
CPC G16B 5/00(2013.01) G16B 20/00(2013.01) G16B 25/10(2013.01) G16H 50/50(2013.01) G16H 50/20(2013.01) G16H 10/60(2013.01) C12Q 1/6883(2013.01) C12Q 2600/156(2013.01)
출원번호/일자 1020220047950 (2022.04.19)
출원인 인하대학교 산학협력단
등록번호/일자
공개번호/일자 10-2023-0148944 (2023.10.26) 문서열기
공고번호/일자
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 공개
심사진행상태 수리
심판사항
구분 국내출원/신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2022.04.19)
심사청구항수 5

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 인하대학교 산학협력단 대한민국 인천광역시 미추홀구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 한경숙 서울특별시 서초구
2 이욱 인천광역시 미추홀구
3 이석우 서울특별시 영등포구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 특허법인태백 대한민국 서울특별시 금천구 가산디지털*로 ***, 비동****호(가산동,한라원앤원타워)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application		 2022.04.19 수리 (Accepted) 1-1-2022-0416319-02
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번호 청구항
1 1
복수의 정상 샘플에서 유전자 발현 데이터 및 DNA 메틸화 데이터를 이용하여 모든 유전자 쌍에 대한 2차 부분 상관관계를 산출하여 제1 네트워크를 구축하는 단계;상기 복수의 정상 샘플에 단일 종양 샘플을 추가한 샘플에서 모든 유전자 쌍에 대한 2차 부분 상관관계를 재산출하여 제2 네트워크를 구축하는 단계;상기 제2 네트워크에서 2차 부분 상관관계의 p-값이 기 설정된 제1 임계값 이상인 에지를 제거하는 단계; 및남아 있는 에지에서 상기 제2 네트워크와 상기 제1 네트워크 사이의 2차 부분 상관관계의 차이를 이용하여 환자별 유전자 네트워크를 구축하는 단계를 포함하는 유전자 발현과 DNA 메틸화의 2차 부분 상관관계에 기초한 암 환자별 네트워크 구축 방법
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제 1 항에 있어서,상기 2차 부분 상관관계는 하기의 수학식에 따라 산출하며, 상기 Pcorr(gi,gj│mi,mj)는 유전자 i 및 j 사이의 2차 부분 상관관계를 나타내고, gi, gj는 각각 유전자 i 및 j의 발현 수준을 나타내고, mi, mj는 각각 유전자 i 및 j의 메틸화 수준을 나타내며, ρ는 피어슨 상관관계를 나타내는 유전자 발현과 DNA 메틸화의 2차 부분 상관관계에 기초한 암 환자별 네트워크 구축 방법
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제 2 항에 있어서,상기 2차 부분 상관관계의 p-값은 하기의 수학식으로 정의되는 t-값과 (n - k - 2) 자유도를 갖는 t-분포 함수를 사용하여 산출되며,상기 n은 샘플의 수를 나타내고, k는 상관관계의 차수를 나타내는 유전자 발현과 DNA 메틸화의 2차 부분 상관관계에 기초한 암 환자별 네트워크 구축 방법
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제 1 항에 있어서,대상 암 유형에서 모든 환자별 유전자 네트워크에 존재하는 공통 에지 각각에 대해 환자들의 2차 부분 상관관계의 차이를 사용하여 회귀분석을 수행하는 단계;상기 회귀분석의 p-값을 보정하는 단계; 및보정된 p-값이 기 설정된 제2 임계값 미만인 에지를 잠재적인 예후 유전자 쌍으로 선별하는 단계를 더 포함하는 유전자 발현과 DNA 메틸화의 2차 부분 상관관계에 기초한 암 환자별 네트워크 구축 방법
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제 4 항에 있어서,상기 회귀분석을 수행하는 단계는 상기 공통 에지의 각 유전자 쌍의 2차 부분 상관관계의 차이로 콕스 비례 위험 모델을 실행하는 유전자 발현과 DNA 메틸화의 2차 부분 상관관계에 기초한 암 환자별 네트워크 구축 방법
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순번 연구부처 주관기관 연구사업 연구과제
1 과학기술정보통신부 인하대학교 개인기초연구(과기정통부)(R＆D) 바이오 빅데이터로부터 개인별 분자관계 네트워크 추론과 암의 조기 진단과 예후 예측을 위한 네트워크 바이오마커 발굴