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아미노산 서열 분석 장치 및 방법

  • 기술번호 : KST2014022504
  • 담당센터 : 인천기술혁신센터
  • 전화번호 : 032-420-3580
요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 단백질에 포함된 아미노산 서열을 분석하기 위한 장치 및 방법을 제시한다. 본 발명은 분석 대상 펩타이드에 포함된 서열 태그 리스트를 추출하고 이를 포함하는 후보 펩타이드를 결정한 후, 서열 태그 간의 결합을 통해 공백을 포함하는 펩타이드 리스트를 생성한 다음, 공백 부분의 질량 변이와 후보 펩타이드에 포함된 공백 부분의 아미노산 서열 정보를 이용하여 해당 공백 부분의 아미노산 서열 또는 번역 후 변형을 탐색함으로써, 단백질에 포함된 아미노산 서열 및 번역 후 변형의 탐색 절차를 최소화할 수 있다. 단백질, 아미노산 서열, 번역 후 변형
Int. CL C12Q 1/68 (2011.01) G06F 19/20 (2011.01)
CPC G01N 33/6818(2013.01) G01N 33/6818(2013.01)
출원번호/일자 1020040085496 (2004.10.25)
출원인 김상태, 백은옥, 박희진, 이공주
등록번호/일자 10-0699437-0000 (2007.03.19)
공개번호/일자 10-2006-0036322 (2006.04.28) 문서열기
공고번호/일자 (20070327) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2004.10.25)
심사청구항수 24

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 김상태 대한민국 경기도 성남시 분당구
2 박희진 대한민국 서울 동작구
3 백은옥 대한민국 서울특별시 서초구
4 이공주 대한민국 서울특별시 양천구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 김상태 대한민국 경기 성남시 분당구
2 박희진 대한민국 서울 동작구
3 이공주 대한민국 서울 양천구
4 백은옥 대한민국 서울특별시 서초구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 이세진 대한민국 서울특별시 강남구 역삼로 *길 **, 신관 *층~*층, **층(역삼동, 광성빌딩)(특허법인다나)
2 김성남 대한민국 서울특별시 송파구 법원로*길 **(문정동) 에이치비즈니스파크 C동 ***호(에스엔케이특허법률사무소)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 이화여자대학교 산학협력단 서울특별시 서대문구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 특허출원서
Patent Application
2004.10.25 수리 (Accepted) 1-1-2004-0488622-20
2 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search
2006.04.11 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
3 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search
2006.05.11 수리 (Accepted) 9-1-2006-0027798-34
4 의견제출통지서
Notification of reason for refusal
2006.05.24 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2006-0298090-00
5 지정기간연장신청서
Request for Extension of Designated Period
2006.07.19 수리 (Accepted) 1-1-2006-0512810-96
6 의견서
Written Opinion
2006.08.24 수리 (Accepted) 1-1-2006-0603730-43
7 명세서등보정서
Amendment to Description, etc.
2006.08.24 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2006-0603728-51
8 등록결정서
Decision to grant
2006.12.19 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2006-0761364-43
9 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2008.08.28 수리 (Accepted) 4-1-2008-5138680-28
10 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2008.08.28 수리 (Accepted) 4-1-2008-5138695-13
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
단백질에 포함된 아미노산 서열을 분석하기 위한 장치로서,펩타이드 서열 데이터베이스 및 번역 후 변형 데이터베이스;분석 대상 단백질을 구성하는 펩타이드의 질량을 분석하는 탠덤 질량 분석 장치로부터 질량 분석 스펙트럼을 입력받아, 상기 질량 분석 스펙트럼으로부터 복수개의 피크를 추출하는 피크 선택부;상기 피크 선택부에서 추출한 복수개의 피크로부터 번역 후 변형을 포함하지 않는 서열 태그 리스트가 생성되면, 상기 펩타이드 서열 데이터를 참조하여 추출된 상기 서열 태그가 포함되는 후보 펩타이드를 입력받아, 상기 후보 펩타이드에 포함되는 모든 서열 태그 및 결합 가능한 서열 태그를 결합하여 배치하여 공백이 존재하는 시퀀스 태그를 생성하는 시퀀스 태그 생성부; 및상기 번역 후 변형 데이터베이스를 참조하여, 상기 시퀀스 태그 생성부에서 생성한 시퀀스 태그에 존재하는 공백을 아미노산 서열 또는 번역 후 변형을 포함하는 아미노산 서열로 대체하여 상기 공백이 채워진 펩타이드를 생성하는 아미노산 서열 결정부;를 포함하는 아미노산 서열 분석 장치
2 2
삭제
3 3
제 1 항에 있어서,상기 피크 선택부는 20 내지 200개의 피크를 선택하는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열 분석 장치
4 4
제 1 항에 있어서, 상기 아미노산 서열 분석 장치는 상기 선택된 피크의 질량 차이로부터 번역 후 변형을 포함하지 않는 서열 태그를 검색하고, 상기 서열 태그를 포함하는 서열 태그 리스트를 생성하는 태그 추출부를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열 분석 장치
5 5
제 4 항에 있어서, 상기 태그 추출부는 상기 피크 선택부에서 추출된 피크의 모든 쌍에 대하여 각 피크의 쌍이 나타내는 질량의 차이를 계산하기 위한 질량 계산 수단; 및 상기 질량 계산 수단에서 계산한 각 피크 쌍의 질량의 차이와 각 아미노산의 질량을 비교하여, 해당 피크 쌍의 질량 차이만큼의 질량을 갖는 아미노산을 검색하여 복수의 아미노산이 포함된 서열 태그 리스트를 생성하기 위한 아미노산 매칭 수단; 을 포함하는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열 분석 장치
6 6
제 1 항에 있어서, 상기 아미노산 서열 분석 장치는 상기 펩타이드 서열 데이터를 참조하여, 상기 서열 태그가 포함되는 후보 펩타이드를 추출하는 펩타이드 탐색부를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열 분석 장치
7 7
제 6 항에 있어서, 상기 펩타이드 탐색부는 상기 서열 태그가 상기 펩타이드 데이터에 포함되어 있는지 검색하기 위한 펩타이드 비교 수단; 및 상기 펩타이드 비교 수단의 비교 결과 중 지정된 제 1 길이 이상의 시퀀스 태그를 포함하는 적어도 하나 이상의 펩타이드를 추출하고, 상기 제 1 후보 펩타이드 리스트에 포함된 펩타이드 각각에 대해 지정된 제 2 길이의 시퀀스 태그를 포함하는 제 2 후보 펩타이드를 추출하여 제 2 후보 펩타이드를 이용한 후보 펩타이드 리스트를 생성하는 후보 펩타이드 리스트 결정 수단; 을 포함하는 아미노산 서열 분석 장치
8 8
제 7 항에 있어서, 상기 펩타이드 비교 수단은 상기 서열 태그에 대한 정방향 및 역방향 비교를 수행하는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열 분석 장치
9 9
제 7 항에 있어서, 상기 후보 펩타이드 리스트 결정 수단은 상기 후보 펩타이드 리스트 및 상기 서열 태그 리스트와의 일치 방향을 저장하는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열 분석 장치
10 10
제 1 항에 있어서, 상기 시퀀스 태그 생성부는 각 서열 태그에 포함된 첫 번째 피크 또는 마지막 피크의 위치에 대한 질량과 상기 후보 펩타이드의 위치에 대한 질량을 비교하여 상기 질량 비교 결과가 지정된 값 이상 작은 경우, 해당 서열 태그를 상기 서열 태그 리스트로부터 삭제하기 위한 태그 필터링 수단; 상기 후보 펩타이드에 매치되는 서열 태그 간의 결합 여부를 확인하여, 결합 가능한 서열 태그를 결합하기 위한 태그 결합 수단; 및 상기 각각의 서열 태그 및 결합된 서열 태그로부터 공백이 포함된 펩타이드 리스트를 생성하는 펩타이드 리스트 생성 수단; 을 포함하는 아미노산 서열 분석 장치
11 11
제 10 항에 있어서, 상기 태그 필터링 수단은 상기 시퀀스 태그의 전후 질량에 대한 필터링 수행 전 상기 후보 펩타이드와 상기 분석 대상 단백질로부터 추출된 펩타이드의 질량을 비교하여, 상기 질량 비교 결과가 제 1 설정값 이상 작은 후보 펩타이드를 후보 펩타이드 리스트로부터 제외하는 모질량 필터링을 더 수행하는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열 분석 장치
12 12
제 10 항에 있어서, 상기 태그 결합 수단은 두 서열 태그 중 어느 하나의 서열 태그가 다른 하나에 포함되거나, 두 서열 태그가 중첩되거나 이웃하는 경우, 두 서열 태그의 질량 변이의 차이가 기준값에 근사한 경우 상기 서열 태그를 결합하는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열 분석 장치
13 13
제 10 항에 있어서, 상기 태그 결합 수단은 두 서열 태그가 이격되어 있는 경우, 두 서열 태그의 결합 후 발생하는 상기 두 서열 태그 사이의 공백에 대한 질량 변이가 지정된 설정값 내에 포함되는 경우 상기 두 서열 태그를 결합하는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열 분석 장치
14 14
제 10 항에 있어서, 상기 시퀀스 태그 생성부는 상기 분석 대상 단백질의 질량 분석 결과인 질량 분석 스펙트럼을 정규화하고, 상기 공백이 존재하는 모든 펩타이드와 비교하여, 상기 공백이 있는 펩타이드 중 펩타이드 점수가 가장 높은 것을 선택하고, 상기 선택된 펩타이드의 점수보다 지정된 값 이하의 점수를 갖는 모든 공백이 있는 펩타이드를 리스트로부터 삭제하기 위한 펩타이드 리스트 필터링 수단을 더 포함하는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열 분석 장치
15 15
제 14 항에 있어서, 상기 공백이 있는 펩타이드의 점수는 분석 대상 스펙트럼과의 일치된 피크의 개수, 일치된 피크의 정규화된 강도의 합, 일치된 펩타이드의 길이로부터 추출되는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열 분석 장치
16 16
제 1 항에 있어서, 상기 아미노산 서열 결정부는 상기 공백이 존재하는 펩타이드의 공백 부분에 해당하는 후보 펩타이드의 서열과 상기 공백 부분에 해당하는 질량의 변이를 참조하여 상기 번역 후 변형 데이터베이스로부터 아미노산 서열 또는 번역 후 변형이 포함된 아미노산 서열을 검색하는 공백 서열 매칭 수단; 및 상기 공백 서열 매칭 수단에서 검색된 아미노산 서열 또는 번역 후 변형이 포함된 아미노산 서열에 의해 상기 공백이 존재하는 펩타이드를 채운 후, 상기 공백이 채워진 펩타이드로부터 질량 분석 스펙트럼을 생성하여, 상기 분석 대상 스펙트럼과 비교하는 스펙트럼 생성 및 비교 수단; 을 포함하는 아미노산 서열 분석 장치
17 17
제 1 항에 있어서, 상기 펩타이드 데이터베이스에는 동일한 질량을 갖는 펩타이드가 그룹화되어, 각 펩타이드 서열이 접미사 형태로 저장되며, 상기 각 펩타이드 서열에 포함된 서열 태그의 전후 질량 정보를 포함하는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열 분석 장치
18 18
펩타이드 서열 데이터베이스 및 번역 후 변형 데이터베이스를 이용하여 단백질에 포함된 아미노산 서열을 분석하기 위한 방법으로서,분석 대상 단백질에 대한 각 펩타이드의 탠덤 질량 스펙트럼을 입력받아 상기 탠덤 질량 스펙트럼으로부터 복수개의 피크를 추출하는 과정;상기 추출된 피크의 질량 차이로부터 상기 분석 대상 펩타이드의 스펙트럼에 포함된 번역 후 변형을 포함하지 않는 서열 태그를 추출하고 상기 서열 태그를 포함하는 서열 태그 리스트를 결정하는 과정;펩타이드 서열 데이터베이스를 검색하여, 상기 서열 태그가 포함되는 후보 펩타이드를 결정하는 과정;상기 후보 펩타이드에 포함되는 모든 서열 태그 및 결합 가능한 상기 서열 태그를 결합하여 배치하여 공백이 존재하는 시퀀스 태그를 생성하는 과정; 및상기 공백이 존재하는 시퀀스 태그의 공백 부분에 대한 상기 후보 펩타이드의 아미노산 서열 및 상기 공백 부분의 질량 변이를 이용하여, 상기 번역 후 변형 데이터베이스를 검색하여, 상기 분석 대상 펩타이드의 공백 부분에 포함되는 아미노산 서열의 종류 또는 번역 후 변형의 발생 위치 및 종류를 검색하는 아미노산 서열 결정 과정;을 포함하는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열 분석 방법
19 19
제 18 항에 있어서, 상기 피크는 20 내지 200개 선택하는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열 분석 방법
20 20
삭제
21 21
제 18 항에 있어서,상기 서열 태그 리스트 결정 과정은 상기 추출된 모든 피크 쌍의 질량 차이를 계산하는 단계;상기 피크 상의 질량 차이값에 대응하는 아미노산을 판단하는 단계; 및상기 복수개의 피크가 이루는 질량 차이와 복수개 아미노산의 질량 차이를 비교하여, 번역 후 변형을 포함하지 않는 서열 태그 리스트를 생성하는 단계;를 포함하는 아미노산 서열 분석 방법
22 22
제 18 항에 있어서,상기 후보 펩타이드 리스트를 결정하는 과정은 상기 펩타이드 서열 데이터베이스에 저장된 펩타이드와 상기 각각의 서열 태그를 비교하여 지정된 제 1 길이 이상의 시퀀스 태그가 일치하는 제 1 후보 펩타이드를 추출하는 단계;상기 제 1 후보 펩타이드 중 상기 서열 태그와 지정된 제 2 길이의 시퀀스 태그가 일치하는 제 2 후보 펩타이드를 추출하는 단계; 및상기 제 2 후보 펩타이드를 이용하여 후보 펩타이드 리스트를 생성하고, 상기 서열 태그와 펩타이드의 일치 방향을 저장하는 단계;를 포함하는 아미노산 서열 분석 방법
23 23
제 18 항에 있어서, 상기 공백이 존재하는 시퀀스 태그를 생성하는 과정은 상기 서열 태그의 첫 번째 피크 또는 마지막 피크의 위치와 상기 후보 펩타이드로부터 이론적으로 계산된 피크의 위치를 비교하여 상기 위치가 지정된 값 이상 차이가 있는 경우 상기 서열 태그를 상기 서열 태그 리스트로부터 삭제하는 단계; 상기 서열 태그 리스트에 포함된 서열 태그 중 결합 가능한 서열 태그를 결합하는 단계; 및 상기 서열 태그 및 서열 태그의 결합으로 이루어진 공백이 포함된 펩타이드 리스트를 생성하는 단계; 를 포함하는 아미노산 서열 분석 방법
24 24
제 23 항에 있어서, 상기 서열 태그의 전후 질량 비교에 의한 필터링 단계를 수행하기 전, 상기 후보 펩타이드 각각의 모질량과 분석 대상 펩타이드의 질량을 비교하여, 상기 비교 결과로 얻어진 값이 지정된 값 이상 작은 후보 펩타이드를 상기 후보 펩타이드 리스트로부터 제외하는 모질량 필터링 단계를 더 수행하는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열 분석 방법
25 25
제 18 항에 있어서, 상기 아미노산 서열 결정 과정은, 상기 데이터베이스를 검색하기 전, 상기 분석 대상 단백질로부터 추출된 펩타이드에 대한 정규화 과정을 수행하고, 상기 공백이 존재하는 펩타이드와의 매칭 정도를 계산하여, 매칭 정도가 열악한 공백이 있는 펩타이드를 삭제는 것을 더 수행하는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열 분석 방법
26 26
제 18 항에 있어서, 상기 아미노산 서열 결정 과정은 상기 아미노산 서열 또는 번역 후 변형 검색 후, 상기 공백이 있는 펩타이드에 상기 아미노산 서열 또는 번역 후 변형을 채워 공백이 채워진 펩타이드를 생성하고, 상기 공백이 채워진 펩타이드에 대한 질량 분석 스펙트럼을 생성하여, 상기 분석 대상 스펙트럼과 비교하는 것을 더 수행하는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열 분석 방법
27 26
제 18 항에 있어서, 상기 아미노산 서열 결정 과정은 상기 아미노산 서열 또는 번역 후 변형 검색 후, 상기 공백이 있는 펩타이드에 상기 아미노산 서열 또는 번역 후 변형을 채워 공백이 채워진 펩타이드를 생성하고, 상기 공백이 채워진 펩타이드에 대한 질량 분석 스펙트럼을 생성하여, 상기 분석 대상 스펙트럼과 비교하는 것을 더 수행하는 것을 특징으로 하는 아미노산 서열 분석 방법
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