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상호 연관 지도 작성법을 이용한 다목적 활용 가능 유전자 판별법

  • 기술번호 : KST2014022443
  • 담당센터 : 인천기술혁신센터
  • 전화번호 : 032-420-3580
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 마이크로어레이 데이터로부터 세포의 기능을 조절하는데 관여하는 유전자들을 발굴하는 방법에 관한 것으로, 구체적으로 기존에 개발된 데이터 분석방법들을 효과적으로 결합하는 과정을 통해서 상호연관 유전자들(crosstalk gene)을 선별하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 방법에 의해 대표적 모델식물인 애기장대의 비생물학적 스트레스 자극에 대한 반응과 연관된 유전자들을 대량으로 발견하였을 뿐만 아니라, 반응 특이적인 유전자와 반응에 대한 상호연관 유전자들을 선별해 낼 수 있다. 마이크로어레이, 유전자 대량 발굴, 데이터 마이닝(data mining), 그래프 시각화, 리버스 엔지니어링(reverse engineering), 세포내 네트워크
Int. CL G06F 17/40 (2011.01) C12Q 1/68 (2011.01) G06F 19/28 (2011.01) G06F 17/50 (2011.01)
CPC G16B 50/00(2013.01) G16B 50/00(2013.01) G16B 50/00(2013.01)
출원번호/일자 1020080124551 (2008.12.09)
출원인 이화여자대학교 산학협력단
등록번호/일자 10-1003175-0000 (2010.12.15)
공개번호/일자 10-2010-0065949 (2010.06.17) 문서열기
공고번호/일자 (20101222) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2008.12.09)
심사청구항수 13

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 이화여자대학교 산학협력단 대한민국 서울특별시 서대문구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 이동희 대한민국 서울 종로구
2 최윤희 대한민국 서울 강서구
3 주혜준 대한민국 서울 노원구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 이원희 대한민국 서울특별시 강남구 테헤란로 ***, 성지하이츠빌딩*차 ***호 (역삼동)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 이화여자대학교 산학협력단 대한민국 서울특별시 서대문구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application		 2008.12.09 수리 (Accepted) 1-1-2008-0846577-10
2 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search		 2010.01.07 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
3 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search		 2010.02.11 수리 (Accepted) 9-1-2010-0009353-47
4 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2010.06.24 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2010-0267182-14
5 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)		 2010.08.24 수리 (Accepted) 1-1-2010-0545015-05
6 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2010.08.24 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2010-0545016-40
7 등록결정서
Decision to grant		 2010.12.14 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2010-0572022-94
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번호 청구항
1 1
유전자 상대적 위치 결정용 데이터 마이닝 프로그램을 이용하여 마이크로어레이 데이터에서 유전자 발현 유사성을 근거로 수득된 유전자 및 상기 유전자가 2차원 좌표로 표시되는 상대적인 위치가 계산된 자료를 입력받는 제 1 단계; 상기 제 1 단계에서 입력된 유전자의 2차원 좌표를 유전자 묶음으로 분류하기 위한 경계크기가 결정되는 제 2 단계; 상기 제 2 단계에서 결정된 유전자 묶음의 경계크기를 기준으로 4개의 서로 다른 원점을 갖는 새로운 유전자 묶음 카탈로그가 작성되는 제 3 단계; 상기 제 3 단계에서 작성된 유전자 묶음 카탈로그에 통계학적 분석 방법이 적용되어, 정상 세포(대조군)과 자극을 받은 세포(실험군)에 대한 마이크로어레이 데이터가 수득된 후, 상기 마이크로어레이 데이터가 비교 분석되어 유전자 발현 양상이 표시되는 제 4 단계; 상기 제 4 단계의 분석된 데이터를 기반으로, 컴퓨터의 마이크로프로세서 및 메모리에 로드된 시각화 프로그램을 이용하여, 상기 제 4 단계의 분석된 유전자 묶음들을 모두 연결한 데이터를 시각화하여 상호 연관 유전자묶음이 선별되는 제 5 단계를 포함하는 마이크로어레이 데이터에서 세포의 기능을 조절하는데 관여하는 대량의 유전자들의 발굴 방법
2 2
청구항 1에 있어서, 마이크로어레이 데이터는 TAIR 데이터베이스, NCBI의 GEO(gene expression omnibus) 및 EBI의 array express로 이루어진 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 마이크로어레이 데이터에서 세포의 기능을 조절하는데 관여하는 대량의 유전자들의 발굴 방법
3 3
청구항 1에 있어서, 상기 데이터 마이닝 프로그램은 VxOrd 또는 STN AnaVist인 것을 특징으로 하는 마이크로어레이 데이터에서 세포의 기능을 조절하는데 관여하는 대량의 유전자들의 발굴 방법
4 4
청구항 1에 있어서, 상기 제 2 단계의 경계의 크기는 10 내지 20인 것을 특징으로 하는 마이크로어레이 데이터에서 세포의 기능을 조절하는데 관여하는 대량의 유전자들의 발굴 방법
5 5
청구항 4에 있어서, 경계의 크기는 15인 것을 특징으로 하는 마이크로어레이 데이터에서 세포의 기능을 조절하는데 관여하는 대량의 유전자들의 발굴 방법
6 6
청구항 1에 있어서, 원점의 위치는 각각의 유전자 묶음의 경계 크기를 기준으로 X축의 1/2 위치, Y축의 1/2 위치 및 X 및 Y축의 1/2 위치로 이루어진 위치에 존재하는 것을 특징으로 하는 마이크로어레이 데이터에서 세포의 기능을 조절하는데 관여하는 대량의 유전자들의 발굴 방법
7 7
청구항 1에 있어서, 통계학적 분석 방법은 GSEA(gene set enrichment analysis) 또는 PAGE(parametric analysis of gene set enrichment)인 것을 특징으로 하는 마이크로어레이 데이터에서 세포의 기능을 조절하는데 관여하는 대량의 유전자들의 발굴 방법
8 8
청구항 1에 있어서, 그래프 시각화 프로그램은 그래피즈(Graphviz) 또는 pajek인 것을 특징으로 하는 마이크로어레이 데이터에서 세포의 기능을 조절하는데 관여하는 대량의 유전자들의 발굴 방법
9 9
유전자 상대적 위치 결정용 데이터 마이닝 프로그램을 이용하여 마이크로어레이 데이터에서 유전자 발현 유사성을 근거로 수득된 유전자 및 상기 유전자가 2차원 좌표로 표시되는 상대적인 위치가 계산된 자료를 입력받는 제 1 단계; 상기 제 1 단계에서 입력된 유전자의 2차원 좌표를 유전자 묶음으로 분류하기 위한 경계크기가 결정되는 제 2 단계; 상기 제 2 단계에서 결정된 유전자 묶음의 경계크기를 기준으로 4개의 서로 다른 원점을 갖는 새로운 유전자 묶음 카탈로그가 작성되는 제 3 단계; 상기 제 3 단계에서 작성된 유전자 묶음 카탈로그에 통계학적 분석 방법이 적용되어, 정상 세포(대조군)과 자극을 받은 세포(실험군)에 대한 마이크로어레이 데이터가 수득된 후, 상기 마이크로어레이 데이터가 비교 분석되어 유전자 발현 양상이 표시되는 제 4 단계; 상기 제 4 단계의 분석된 데이터를 기반으로, 컴퓨터의 마이크로프로세서 및 메모리에 로드된 시각화 프로그램을 이용하여, 상기 제 4 단계의 분석된 유전자 묶음들을 모두 연결한 데이터를 시각화하여 상호 연관 유전자묶음이 선별되는 제 5 단계; 상기 제 5 단계에서 선별된 유전자 묶음에 대해 자극에 따른 묶음 내 핵심 유전자의 분포 현황을 응집력과 기여도로 구분한 뒤, 자극에 대한 반응의 관련 정도에 따라 이들 유전자 묶음이 ⅰ) 모든 자극에 상호 연관이 있는 응집력과 기여도가 0
10 10
청구항 9에 있어서, 리버스 알고리즘을 구현하는 프로그램은 ARACNe인 것을 특징으로 하는 상호 연관성이 있는 유전자의 선별 방법
11 11
마이크로어레이 데이터에서 유전자의 발현 유사성을 근거로 작성된 유전자 및 상기 유전자의 2차원 좌표로 표시되는 유전자의 상대적 위치 자료를 입력받는 입력부; 상기 입력된 유전자의 2차원 좌표를 일정한 경계크기에 따라 유전자 묶음으로 분류하는 제 1 연산부; 상기 유전자 묶음의 경계 크기를 기준으로 4개의 서로 다른 원점을 갖는 새로운 유전자 묶음 카탈로그로 분류하는 제 2 연산부; 상기 유전자 묶음 카탈로그를 통계학적으로 분석하여 정상 세포(대조군)과 자극을 받은 세포(실험군)에 대한 마이크로어레이 데이터를 얻은 후 그 값을 비교하여 유전자의 발현 양상을 표시하는 제 3 연산부; 제 3 연산부에서 얻은 데이터를 기반으로 컴퓨터의 마이크로프로세서 및 메모리에 로드된 시각화 프로그램을 이용하여, 상기 제 1연산부에서 얻은 유전자 묶음을 발현 지도로 시각화하여 상호 연관 유전자묶음을 선별하는 제 4 연산부; 및 상기 상호 연관 유전자묶음 선별 결과를 출력하기 위한 출력수단으로 구성된 세포의 기능을 조절하는데 관여하는 상호 연관 유전자들을 대량 발굴 장치
12 12
마이크로어레이 데이터에서 유전자의 발현 유사성을 근거로 작성된 유전자 및 상기 유전자의 2차원 좌표로 표시되는 유전자의 상대적 위치 자료를 입력받는 입력부; 상기 입력된 유전자의 2차원 좌표를 일정한 경계크기에 따라 유전자 묶음으로 분류하는 제 1 연산부; 상기 유전자 묶음의 경계 크기를 기준으로 4개의 서로 다른 원점을 갖는 새로운 유전자 묶음 카탈로그로 분류하는 제 2 연산부; 상기 유전자 묶음 카탈로그를 통계학적으로 분석하여 정상 세포(대조군)과 자극을 받은 세포(실험군)에 대한 마이크로어레이 데이터를 얻은 후 그 값을 비교하여 유전자의 발현 양상을 표시하는 제 3 연산부; 제 3 연산부에서 얻은 데이터를 기반으로 컴퓨터의 마이크로프로세서 및 메모리에 로드된 시각화 프로그램을 이용하여, 상기 제 1 연산부에서 얻은 유전자 묶음을 발현 지도로 시각화하여 상호 연관 유전자묶음을 선별하는 제 4 연산부; 다자극에 반응하는 유전자묶음에 대해 응집력과 기여도를 기준으로 ⅰ) 모든 자극에 상호 연관이 있는 응집력과 기여도가 0
13 13
제 12항에 있어서, 상기 다자극은 추위, 염(salt), 자외선 스트레스, 건조(drought), 삼투압, 상처, 유전독성, 산화 및 열에서 선택되는 어느 하나 이상의 비생물학적 스트레스인 것을 특징으로 하는 상호 연관성이 있는 유전자의 선별 장치
지정국 정보가 없습니다
패밀리정보가 없습니다
순번, 연구부처, 주관기관, 연구사업, 연구과제의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 국가R&D 연구정보 정보 표입니다.
순번 연구부처 주관기관 연구사업 연구과제
1 과학기술부(한국과학재단), 과학기술부(한국과학재단), 농촌진흥청 이화여자대학교 산학협력단 국가핵심 연구센터사업, 21st Frontier Project, 현안기술연구사업 신호전달계 Target Validation, 애기장대의 cDNA microarrary를 이용한 십자화과 작물의 저온 순화과정 genenetwork 진단 및 저온 내성 증진에의 이용, 유채의 환경 스트레스 관련 유전자 네트워크 진단 및 생명공학 기법을 이용한 내재해성 유채 품종 개발