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유전자 명명법을 이용한 상동체 유전자의 발굴 방법

  • 기술번호 : KST2014056661
  • 담당센터 : 대전기술혁신센터
  • 전화번호 : 042-610-2279
요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 상동체 유전자(orthologue gene)를 발굴하는 방법에 관한 것으로, 구체적으로, 유전자 온톨로지(Gene Ontology)를 이용하여 두 유전자를 분자생물학적 기능 및 생물학적 프로세스에 따라 각각 분류한 후, 유전자 분류 패턴을 유전자 온톨로지 트리를 작성하여 분석한 다음, 공통된 연결선 개수가 일반적 유전자 사이 보다 많으면서 서열이 유사한 것을 확인함으로써 상동체 유전자를 판단하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 방법은 유전자 기능분석에 용이하게 사용될 수 있으며, 상동체 유전자를 이용하여 유전자 기능 분석이 상대적으로 수월한 생물종에서 유전자 기능을 연구하여 인간과 같이 연구가 어려운 생물종에 적용할 수 있으므로 인간의 질병의 예방, 치료 또는 신약 개발에 유용하게 사용될 수 있다.
Int. CL C12Q 1/68 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01) G06F 19/00 (2011.01)
CPC G16B 20/00(2013.01) G16B 20/00(2013.01) G16B 20/00(2013.01) G16B 20/00(2013.01)
출원번호/일자 1020100004326 (2010.01.18)
출원인 한국기초과학지원연구원
등록번호/일자 10-1151785-0000 (2012.05.24)
공개번호/일자 10-2011-0084658 (2011.07.26) 문서열기
공고번호/일자 (20120531) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2010.01.18)
심사청구항수 18

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 한국기초과학지원연구원 대한민국 대전광역시 유성구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 권경훈 대한민국 대전 서구
2 최선심 대한민국 강원도 춘천시 효
3 박승구 대한민국 경기도 가평군

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 이원희 대한민국 서울특별시 강남구 테헤란로 ***, 성지하이츠빌딩*차 ***호 (역삼동)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 한국기초과학지원연구원 대전광역시 유성구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application
2010.01.18 수리 (Accepted) 1-1-2010-0031061-28
2 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search
2011.04.06 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
3 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search
2011.05.19 수리 (Accepted) 9-1-2011-0044352-02
4 의견제출통지서
Notification of reason for refusal
2011.07.28 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2011-0422746-36
5 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2011.09.28 수리 (Accepted) 1-1-2011-0758704-18
6 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2011.10.21 수리 (Accepted) 4-1-2011-5212108-42
7 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2011.10.28 수리 (Accepted) 1-1-2011-0847228-52
8 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2011.11.23 수리 (Accepted) 1-1-2011-0928761-09
9 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment
2011.12.20 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2011-1014698-16
10 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)
2011.12.20 수리 (Accepted) 1-1-2011-1014697-60
11 등록결정서
Decision to grant
2012.05.23 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2012-0302419-75
12 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2012.08.31 수리 (Accepted) 4-1-2012-5184293-13
13 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2012.08.31 수리 (Accepted) 4-1-2012-5184331-50
14 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2013.04.15 수리 (Accepted) 4-1-2013-5058545-81
15 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2013.04.15 수리 (Accepted) 4-1-2013-5058386-17
16 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2020.06.22 수리 (Accepted) 4-1-2020-5135881-88
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
1) 컴퓨터 입력 장치를 통해 분석하고자 하는 단백질의 아미노산 서열이 입력되는 단계;2) 검색 수단을 통해 생물학적 데이터베이스에서 BLAST 검색결과 e-값이 10 이하인 서열을 갖는 단백질이 검색되는 단계;3) 유전자 온톨로지 용어 할당 수단을 통해, 생물학적 데이터베이스 및 유전자 온톨로지 데이터베이스에서, 상기 단계 2)에서 검색된 단백질에 대응되는 분자생물학적 기능(molecular function) 분류 및 생물학적 프로세스(biological process) 분류의 유전자 온톨로지 용어가 결정되어 할당되는 단계;4) 좌표생성수단을 통해, 상기 단계 3)에서 할당된 각각의 유전자 온톨로지 용어에 대하여 상기 유전자 온톨로지 데이터베이스의 정보로부터 유전자 온톨로지 용어에 연결된 온톨로지 트리의 분기 관계 정보를 추출하고, 온톨로지 트리의 최상위 노드에서 해당 온톨로지 용어의 노드까지를 연결하는 데에 거쳐야하는 온톨로지 용어의 노드들을 이용하여 좌표정보가 수득되는 단계;5) 비교 수단을 이용하여 상기 단계 1)의 분석하고자 하는 단백질 및 상기 단계 2)에서 검색된 각각의 단백질 사이에 대한 분자생물학적 기능 분류의 유전자 온톨로지 트리 및 생물학적 프로세스 분류의 유전자 온톨로지 트리의 연결이 각각 계수되는 단계; 및,6) 판정 수단을 이용하여 상기 단계 5)의 결과 분자생물학적 기능 분류에서 연결선의 수가 7개 이상 및 생물학적 프로세스 분류에서 연결선의 수가 7개 이상인 단백질을 암호화하는 유전자가 상기 단계 1)의 분석하고자 하는 단백질을 암호화하는 유전자의 상동체 유전자(orthologue gene)로 판단되는 단계를 포함하는 상동체 유전자의 탐색 방법
2 2
제 1항에 있어서, 상기 단계 1)의 단백질의 아미노산 서열은 상기 단백질을 암호화하는 유전자의 폴리뉴클레오티드 서열, GenBank 접근 번호(accession number), 유전자 기호(Gene Symbol), 유전자 명칭, 상기 단백질의 명칭으로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나로부터 유추되는 것을 특징으로 하는 상동체 유전자의 탐색 방법
3 3
제 1항에 있어서, 상기 단계 1)는컴퓨터 입력 장치를 통해 분석하고자 하는 단백질의 아미노산 서열의 전체 또는 일부가 입력되는 단계를 포함하는 상동체 유전자의 탐색 방법
4 4
삭제
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7 7
1) 컴퓨터 입력 장치를 통해 서로 다른 두 개의 유전자 정보가 입력되는 단계;2) 유전자 온톨로지 용어 할당 수단을 통해, 생물학적 데이터베이스 및 유전자 온톨로지 데이터베이스에서, 상기 단계 1)에서 입력된 두 개의 유전자 정보에 대응되는 분자생물학적 기능(molecular function) 분류 및 생물학적 프로세스(biological process) 분류의 유전자 온톨로지 용어가 결정되어 할당되는 단계;3) 좌표생성 수단을 통해, 상기 단계 2)에서 할당된 각각의 유전자 온톨로지 용어에 대하여 상기 유전자 온톨로지 데이터베이스의 정보로부터 유전자 온톨로지 용어에 연결된 온톨로지 트리의 분기 관계 정보를 추출하고, 온톨로지 트리의 최상위 노드에서 해당 온톨로지 용어의 노드까지를 연결하는 데에 거쳐야하는 온톨로지 용어의 노드들을 이용하여 좌표정보가 수득되는 단계;4) 합계 수단을 이용하여 상기 두 개 유전자에 대한 각각의 분자생물학적 기능 분류의 유전자 온톨로지 트리 및 생물학적 프로세스 분류의 유전자 온톨로지 트리의 연결선을 상호 비교하여 공통되는 연결선이 각 분류별로 계수되어 합계되는 단계; 및,5) 판정 수단을 이용하여 상기 단계 4)에서 합계된 연결선의 수가 14 이상일 경우, 상기 두 개의 유전자가 상동체 유전자로 판단되는 단계를 포함하는 상동체 유전자의 탐색 방법
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9 9
삭제
10 10
제 7항에 있어서, 상기 단계 3) 이후 및 상기 단계 4) 이전에a) 시각화 수단을 통해 상기 단계 3)에서 수득된 좌표정보의 시각화 데이터가 생성되는 단계;b) 컴퓨터 출력 장치를 통해 상기 단계 a)에서 생성된 시각화 데이터가 출력되는 단계를 더 포함하는 상동체 유전자의 탐색 방법
11 11
1) 컴퓨터 입력 장치를 통해 서로 다른 두 개의 유전자 정보가 입력되는 단계;2) 유전자 온톨로지 용어 할당 수단을 통해 생물학적 데이터베이스 및 유전자 온톨로지 데이터베이스에서, 상기 단계 1)에서 입력된 두 개의 유전자 정보에 대응되는 분자생물학적 기능(molecular function) 분류 및 생물학적 프로세스(biological process) 분류의 유전자 온톨로지 용어가 결정되어 할당되는 단계;3) 좌표생성 수단을 통해, 상기 단계 2)에서 할당된 각각의 유전자 온톨로지 용어에 대하여 상기 유전자 온톨로지 데이터베이스의 정보로부터 유전자 온톨로지 용어에 연결된 온톨로지 트리의 분기 관계 정보를 추출하고, 온톨로지 트리의 최상위 노드에서 해당 온톨로지 용어의 노드까지를 연결하는 데에 거쳐야하는 온톨로지 용어의 노드들을 이용하여 좌표정보가 수득되는 단계;4) 비교 수단을 사용하여 상기 단계 3)에서 수득한 두 개의 유전자에 대한 각각의 좌표정보를 상호 비교하여 동일한 좌표 정보를 선별하는 단계; 및,5) 판정 수단을 이용하여 상기 단계 4)에서 선별된 좌표 정보의 개수가 14 보다 많을 경우, 상기 두 개 유전자가 상동체 유전자로 판단되는 단계를 포함하는 상동체 유전자의 탐색 방법
12 12
제 11항에 있어서, 상기 단계 3) 이후 상기 단계 4) 이전에a) 시각화 수단을 통해 상기 단계 3)에서 수득된 좌표정보의 시각화 데이터가 생성되는 단계;b) 컴퓨터 출력 장치를 통해 상기 단계 a)에서 생성된 시각화 데이터가 출력되는 단계를 추가로 포함하는 상동체 유전자의 탐색 방법
13 13
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14 14
제 10항 또는 제 12항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 출력 장치는 모니터, 프린터 및 플로터 중 어느 하나에 해당하는 상동체 유전자의 탐색 방법
15 15
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16 16
제 1항 또는 제 11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 비교 수단은 좌표 생성 수단을 통해 수득된 좌표정보에 대하여 다른 유전자의 좌표정보와 비교하는 비교 알고리즘 및 상기 비교 알고리즘에 의해 동일한 위치 정보를 갖는 좌표 정보만을 산출해내는 좌표 산출 알고리즘을 이용하는 상동체 유전자의 탐색 방법
17 17
제 16항에 있어서, 상기 비교 수단은 상기 비교 알고리즘을 적용하기 전에 분자생물학적 기능, 생물학적 프로세스 및 세포의 구성성분 중 어느 한 분류에 속하는 유전자 온톨로지 용어에 해당되는 좌표정보만을 산출하는 선택 알고리즘을 적용하는 상동체 유전자의 탐색 방법
18 18
제 7항 또는 제 11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 유전자 정보는 유전자의 폴리뉴클레오티드 서열, 상기 유전자에 의해 암호화되는 단백질의 아미노산 서열의 전체 또는 일부, GenBank 접근 번호, 유전자 기호, 유전자 명칭, 상기 유전자에 의해 암호화되는 단백질의 명칭으로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나인 것을 특징으로 하는 상동체 유전자의 탐색 방법
19 19
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20 20
제 1항, 제 7항 및 제 11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 입력 장치는 키보드, 스캐너, 바코드입력기, 마우스, 타블렛, 트랙볼, 전자펜 및 디지털카메라로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나인 것을 특징으로 하는 상동체 유전자의 탐색 방법
21 21
제 1항, 제 7항 및 제 11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 유전자 온톨로지 용어 할당 수단은 유전자 정보를 생물학적 데이터베이스에 적용하여 상기 유전자를 검색하는 유전자 검색 알고리즘 및 상기 검색된 유전자를 유전자 온톨로지 데이터 베이스에 적용하여 대응되는 유전자 온톨로지 용어를 할당하는 할당 알고리즘을 이용하는 상동체 유전자의 탐색 방법
22 22
제 21항에 있어서, 상기 생물학적 데이터베이스는 Uni-gene, LucusLink, Swiss-Prot, IPI(International Protein Index), MGI(Mouse Genome Informatics), Uniprot 및 EMBL(European Molecular Biology Laboratory)로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나인 것을 특징으로 하는 상동체 유전자의 탐색 방법
23 23
제 1항, 제 7항 및 제 11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 좌표생성 수단은 유전자 온톨로지 데이터 베이스에 분류된 유전자 온톨로지 트리를 좌표로 변환하는 변환 알고리즘 또는 상기 변환된 유전자 온톨로지 트리 좌표 중 상기 할당 수단에 의해 할당된 온톨로지 용어에 해당되는 좌표정보를 수득하는 알고리즘을 이용하는 상동체 유전자의 탐색 방법
24 24
제 1항, 제 7항 및 제 11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 유전자 온톨로지 데이터 베이스는 GO(Gene Ontology), ChEBI(Chemical Entitles Biological Interest), GOA(Gene Ontology Annotation) 및 NEW로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나인 것을 특징으로 하는 상동체 유전자의 탐색 방법
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제 1항, 제 7항 및 제 11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 좌표 정보는 2차원 또는 3차원 좌표정보를 포함하는 상동체 유전자의 탐색 방법
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제 1항, 제 7항 및 제 11항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 상기 수단은 마이크로소프트 계열 프로그래밍 언어, 자바 언어 또는 컴퓨터 운영체제에 따라 제공되는 기타 프로그래밍 언어로 입력된 데이터를 이용하여 계산이 수행되는 상동체 유전자의 탐색 방법
지정국 정보가 없습니다
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1 WO2011087266 WO 세계지적재산권기구(WIPO) FAMILY
2 WO2011087266 WO 세계지적재산권기구(WIPO) FAMILY

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1 WO2011087266 WO 세계지적재산권기구(WIPO) DOCDBFAMILY
2 WO2011087266 WO 세계지적재산권기구(WIPO) DOCDBFAMILY
국가 R&D 정보가 없습니다.