| 1 |
1
1) 시료 내 당단백질을 가수분해하여 수득된 폴리펩티드를 고분해능 질량분석기로 분석하여 질량 스펙트럼을 얻는 단계;2) 상기 단계 1)에서 얻은 질량 스펙트럼 결과를 MS 및 탄뎀 스펙트럼(MS/MS)으로 변환하는 단계;3) 상기 단계 2)에서 변환된 HCD-MS/MS 개별 스펙트럼 피크의 질량 대 전하비(m/z)가 126
|
| 2 |
2
제1항에 있어서, 상기 단계 3)의 탄뎀 스펙트럼이 CID 또는 HCD-MS/MS 스펙트럼이고, M-스코어가 하기 수학식 1에 의해 계산되는, O-연결형 당펩티드의 동정 및 정량을 위한 생물정보처리 분석 방법:[수학식 1](N은 확인할 수 있는 당피크 수,n은 확인한 당피크 수,Imi는 매치된 i번째 피크 강도,Imax는 스펙트럼에서 염기 피크의 강도, 및C는 상수 값)
|
| 3 |
3
제1항에 있어서, S-스코어가 하기 수학식 2에 의해 계산되는, O-연결형 당펩티드의 동정 및 정량을 위한 생물정보처리 분석 방법:[수학식 2](X1은 이론적인 동위원소 피크들 중 n번째 피크의 질량,Y1은 실험적인 동위원소 피크들 중 n번째 피크의 질량,X2는 이론적인 동위원소 피크들 중 n번째 피크의 상대적인 강도,Y2는 실험적인 동위원소 피크들 중 n번째 피크의 상대적인 강도,C1 및 C2는 상수값)
|
| 4 |
4
제3항에 있어서, S-스코어를 계산할 때 동위원소의 질량 분포가 유클리드 거리 및 강도 분포를 피어슨 상관 분석을 이용하여 유사도를 측정하는, O-연결형 당펩티드의 동정 및 정량을 위한 생물정보처리 분석 방법
|
| 5 |
5
제1항에 있어서, 상기 단계 6)에서 당단백질로부터 당펩티드의 이론적인 동위원소 분포를 이용하여 데이터베이스를 구축한 다음, O-연결형 당펩티드의 동정 및 정량 분석에 이용하는, O-연결형 당펩티드의 동정 및 정량을 위한 생물정보처리 분석 방법
|
| 6 |
6
제1항에 있어서, 상기 단계 7) 또는 10)의 탄뎀 스펙트럼이 CID 또는 HCD-MS/MS 스펙트럼이고, Y-스코어가 하기 수학식 3에 의해 계산되는, O-연결형 당펩티드의 동정 및 정량을 위한 생물정보처리 분석 방법:[수학식 3](Imax는 스펙트럼에서 염기 피크의 강도,Imi는 매치된 i번째 피크 강도,Isi는 스펙트럼에서 i번째 피크 강도, 및C1 및 C2는 상수값)
|
| 7 |
7
제1항에 있어서, 상기 단계 8) 또는 11)의 탄뎀 스펙트럼이 CID 또는 HCD-MS/MS 스펙트럼이고, P-스코어가 하기 수학식 4에 의해 계산되는, O-연결형 당펩티드의 동정 및 정량을 위한 생물정보처리 분석 방법:[수학식 4](N: 확인할 수 있는 당펩티드에서 펩티드 단편화(c,z 이온) 수,n: 확인 한 당펩티드의 펩티드 단편화 수Imax는 스펙트럼에서 염기 피크의 강도, 및Imi는 매치된 i번째 피크 강도)
|
| 8 |
8
삭제
|
| 9 |
9
삭제
|
| 10 |
10
제1항에 있어서, 상기 가수분해가 트립신(trypsin), 아르기닌 C(Arg-C), 아스파르트산 N(Asp-N), 글루탐산 C(Glu-C), 라이신 C(Lys-C), 키모트립신(chymotrypsin) 및 프로테나아제 K(proteinase K)로 구성된 군으로부터 선택된 효소로 수행되는, O-연결형 당펩티드의 동정 및 정량을 위한 생물정보처리 분석 방법
|
| 11 |
11
제1항에 있어서, 상기 질량분석기가 10,000 이상의 질량 분해능을 갖고, 50 ppm 이하의 질량 정확도를 갖는, O-연결형 당펩티드의 동정 및 정량을 위한 생물정보처리 분석 방법
|
| 12 |
12
제1항에 있어서, 상기 질량분석기가 Orbitrap Fusion Lumos, Orbitrap Elite 또는 Q Exactive인, O-연결형 당펩티드의 동정 및 정량을 위한 생물정보처리 분석 방법
|
| 13 |
13
제1항에 있어서, 상기 단계 8) 또는 11)에서 정량 분석이 MS의 스펙트라에서 S-스코어를 이용하는, O-연결형 당펩티드의 동정 및 정량을 위한 생물정보처리 분석 방법
|
| 14 |
14
제1항에 있어서, 상기 단계 8) 또는 11)에서 정량 분석이 MS의 스펙트라에서 선택된 당펩티드의 강도를 나타내는 동위원소 피크 중에 이론적으로 가장 강도가 강한 것부터 3개 피크의 강도를 합쳐서 나타내는, O-연결형 당펩티드의 동정 및 정량을 위한 생물정보처리 분석 방법
|
