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a) 줄기세포능이 높은 상태의 세포에서 분화된 세포로 분화되어 가는 가상의 시계열(Pseudo time)에 따라 단일 세포를 정렬하는 단계; b) 상기 단계 a)의 정렬된 각각의 단일 세포를 단일세포 전사체 데이터를 이용하여 핵 내부의 immature RNA(nascent RNA) 및 세포질의 mature RNA(exonic RNA) 특성에 따라, 각각 유전자가 발현하는 turn on, 유전자가 발현하지 않는 turn off Pseudos-state로 분리하는 단계;c) 상기 a) 단계에서 가상의 시계열(Pseudo time)에 따라 정렬된 단일 세포를 시간의 흐름에 따라 1 그룹 당 X개의 세포가 포함되도록 구간을 나누고 무빙 윈도우(Moving windows) 분석법을 이용하여 시간 흐름에 따른 유전자 간 조건부 상호정보(CMI; Conditional mutual information) 분석을 수행하여 상호 발현에 영향을 미치는 유전자 쌍을 도출하는 단계, 여기에서 X= 100 내지 500개; d) 상기 c) 단계를 통해 도출된 유전자 쌍 중 직접적인 유전자 조절 쌍이 아닌 유전자 쌍을 Cistarget DB 를 이용하여 제외하여 상호 피드백이 이루어지는 타겟 유전자의 후보 조절인자 데이터를 구축하는 단계; e) 상기 단계 d)의 타겟 유전자의 후보 조절인자 데이터를 이진화(discretization)하여 작성된 진리표를 각 Pseudo-state의 모든 유전자의 짝(pair)에 적용하여 시뮬레이션 가능한 조절 관계 로직을 생성하는 단계; 및 f) 상기 단계 e)의 생성된 조절 관계 로직에 BNsimpleReduction 알고리즘을 사용하여 전역 안정화를 달성하는 최종 타겟을 선발하는 단계; 를 포함하는 핵심 유전자 네트워크를 구축하는 방법에 관한 것이다
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제1항에 있어서, 상기 단계 b)의 mature RNA(exonic RNA)는 조절인자(Regulator)인 전사인자의 양으로 간주하고, immature RNA(nascent RNA)를 상기 조절인자에 의해 조절되는 유전자로 간주하는 것을 특징으로 하는, 방법
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제1항에 있어서, 상기 단계 c)의 조건부 상호정보(CMI) 분석은 400개의 세포가 포함되도록 구간을 나누고 무빙 윈도우(Moving windows) 분석을 반복 수행하는 것을 특징으로 하는, 방법
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제1항에 있어서, 상기 단계 e)의 이진화는 latent time에 따른 unspliced read/spliced read 수가 증가 곡선을 이루는 구간에 해당할 경우 유전자가 발현하는 turned on, State=1인 것으로 결정하고 나머지 구간에 해당할 경우 유전자가 발현하지 않은 turned off, State=0인 것으로 결정하는 것을 특징으로 하는, 방법
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제1항에 있어서, 상기 단계 e)의 진리표에서 mature RNA(exonic RNA)가 Input이 되고, immature RNA(nascent RNA)가 Output이 되는 것을 특징으로 하는, 방법
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제1항에 있어서, 상기 단계 f)의 전역 안정화를 달성하는 최종 타겟은 네트워크의 안정상태 및 원하는 상태간 유사도(Similarity score)를 비교하여 유사도가 90% ~ 100% 이면서 조절 인자의 수가 적은 조합인 것을 특징으로 하는, 방법
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MYB 억제제, HDAC2(Histone deacetylase 2) 억제제 및 FOXA2(Forkhead box protein A2) 억제제를 포함하는, 대장암의 예방 또는 치료용 약학 조성물
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제7항에 있어서,상기 MYB, HDAC2 및 FOXA2은 암세포의 분화 시너지를 유도하는 핵심 조절 인자 조합인 것인, 대장암의 예방 또는 치료용 약학 조성물
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제7항에 있어서,상기 억제제는 MYB, HDAC2 또는 FOXA2 유전자의 mRNA에 상보적으로 결합하는 안티센스 올리고뉴클레오타이드, siRNA(small interference RNA), shRNA(short hairpin RNA), miRNA(microRNA) 및 리보자임(ribozyme)으로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상인 것인, 대장암의 예방 또는 치료용 약학 조성물
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제7항에 있어서,상기 억제제는 MYB, HDAC2 또는 FOXA2 단백질에 특이적으로 결합하는 화합물, 펩티드, 펩티드 모방체, 기질유사체, 앱타머 및 항체로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상 것인, 대장암의 예방 또는 치료용 약학 조성물
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제7항에 있어서,상기 조성물은 암세포의 분화된 정상세포 또는 정상 유사 세포로의 가역화를 유도하는 것인, 대장암의 예방 또는 치료용 약학 조성물
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MYB 억제제, HDAC2(Histone deacetylase 2) 억제제 및 FOXA2(Forkhead box protein A2) 억제제를 포함하는, 항암 보조제
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MYB 억제제, HDAC2(Histone deacetylase 2) 억제제 및 FOXA2(Forkhead box protein A2) 억제제를 포함하는, 대장암의 예방 또는 개선용 식품 조성물
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In vitro에서 MYB 억제제, HDAC2(Histone deacetylase 2) 억제제 및 FOXA2(Forkhead box protein A2) 억제제를 대장암세포에 처리하는 단계를 포함하는, 대장암세포의 분화된 정상세포 또는 정상 유사 세포로의 전환 유도 방법
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다음 단계를 포함하는, 대장암 치료용 제제의 스크리닝 방법:(a) 대장암세포에 후보 물질을 처리하는 단계;(b) 후보 물질이 처리된 대장암세포에서 MYB, HDAC2 및 FOXA2의 발현 수준을 측정하는 단계; 및(c) 상기 MYB, HDAC2 및 FOXA2 발현 수준이 후보 물질 미처리 대조군에 비해 낮은 수준을 나타내는 경우, 상기 후보 물질을 대장암 치료용 제제로서 판정하는 단계
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