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변형된 폴리펩티드(Ｍｏｄｉｆｉｅｄｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ)의 서열 및 변형 정보를 분석하는방법

  • 기술번호 : KST2015199535
  • 담당센터 : 대전기술혁신센터
  • 전화번호 : 042-610-2279
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 질량 분석 데이터를 이용하여 변형된 폴리펩티드(modified polypeptide)의 서열 및 변형정보를 분석하는 방법에 관한 것으로서, 구체적으로 대상 펩티드 전구체로부터 탠덤 질량 분석 방법(tandom mass spectrometry)에 의하여 얻은 단편 이온 신호(fragment ion signal)들을 이용하여 가능한 모든 펩티드 단편화 패턴(peptide fragmentation pattern)을 구성하고, 이를 고려하여 각각의 후보 펩티드(candidate peptides)에 부합 수치(match score)를 부여한 후, 상기 수치를 통합하여 탠덤 질량 분석 과정에서 다양한 단편화 패턴을 생성하는 변형된 펩티드들을 검색하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 변형된 폴리펩티드(modified polypeptide) 분석 방법은 대상 펩티드의 질량 분석 데이타로부터 동일한 펩티드 서열로 구성되지만 서로 다른 펩티드 단편화 패턴에 의하여 생성될 수 있는 다양한 후보 펩티드의 경우를 모두 고려하여 수치화한 데이터를 통합함으로써 변형된 펩티드의 검색 효율 및 검색 결과의 신뢰도를 높이는 데에 보다 효과적으로 이용될 수 있다.
Int. CL G01N 33/68 (2006.01.01) G06F 19/22 (2017.01.01) G06F 19/24 (2011.01.01)
CPC G01N 33/6848(2013.01) G01N 33/6848(2013.01) G01N 33/6848(2013.01) G01N 33/6848(2013.01) G01N 33/6848(2013.01)
출원번호/일자 1020050072198 (2005.08.08)
출원인 한국기초과학지원연구원
등록번호/일자 10-0805775-0000 (2008.02.14)
공개번호/일자 10-2007-0017676 (2007.02.13) 문서열기
공고번호/일자 (20080221) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2005.08.08)
심사청구항수 12

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 한국기초과학지원연구원 대한민국 대전광역시 유성구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 안영희 대한민국 충북 청주시 상당구
2 권경훈 대한민국 대전 서구
3 유종신 대한민국 대전 유성구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 이원희 대한민국 서울특별시 강남구 테헤란로 ***, 성지하이츠빌딩*차 ***호 (역삼동)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 한국기초과학지원연구원 대한민국 대전광역시 유성구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 특허출원서
Patent Application		 2005.08.08 수리 (Accepted) 1-1-2005-0435928-00
2 명세서등보정서
Amendment to Description, etc.		 2005.08.16 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2005-0448933-22
3 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search		 2006.05.08 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
4 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search		 2006.06.13 수리 (Accepted) 9-1-2006-0039236-23
5 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2006.07.25 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2006-0426091-60
6 지정기간연장신청서
Request for Extension of Designated Period		 2006.09.25 수리 (Accepted) 1-1-2006-0694308-00
7 지정기간연장신청서
Request for Extension of Designated Period		 2006.10.25 수리 (Accepted) 1-1-2006-0773613-07
8 지정기간연장신청서
Request for Extension of Designated Period		 2006.11.24 수리 (Accepted) 1-1-2006-0864965-64
9 지정기간연장신청서
Request for Extension of Designated Period		 2006.12.22 수리 (Accepted) 1-1-2006-0953700-48
10 지정기간연장신청서
Request for Extension of Designated Period		 2007.01.25 수리 (Accepted) 1-1-2007-0075449-66
11 지정기간연장신청서
Request for Extension of Designated Period		 2007.02.26 수리 (Accepted) 1-1-2007-0163602-43
12 명세서등보정서
Amendment to Description, etc.		 2007.03.16 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2007-0213254-64
13 의견서
Written Opinion		 2007.03.16 수리 (Accepted) 1-1-2007-0213255-10
14 최후의견제출통지서
Notification of reason for final refusal		 2007.07.27 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2007-0412224-19
15 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)		 2007.09.27 수리 (Accepted) 1-1-2007-0695529-96
16 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2007.09.27 보정승인 (Acceptance of amendment) 1-1-2007-0695527-05
17 등록결정서
Decision to grant		 2008.01.15 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2008-0019051-88
18 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2011.10.21 수리 (Accepted) 4-1-2011-5212108-42
19 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2012.08.31 수리 (Accepted) 4-1-2012-5184293-13
20 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2012.08.31 수리 (Accepted) 4-1-2012-5184331-50
21 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2013.04.15 수리 (Accepted) 4-1-2013-5058545-81
22 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2013.04.15 수리 (Accepted) 4-1-2013-5058386-17
23 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2020.06.22 수리 (Accepted) 4-1-2020-5135881-88
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
1) 질량 분석기(mass spectroscopy)를 이용하여 폴리펩티드의 질량(mass)을 측정하고, 상기 질량 분석기(mass spectrometry)에 의하여 얻은 단편 이온 신호들을 이용하여 구성 가능한 모든 펩티드 단편화 패턴을 구성한 후, 이를 단백질 서열 데이터베이스로부터 생성된 이론적 펩티드 질량을 고려하여 각각의 후보 펩티드에 통상의 수치화 시스템을 이용하여 부합수치를 부여한 뒤, 부합정도를 비교하여 유력한 후보 펩티드들의 리스트를 구성하는 단계;2) 질량 분석기(mass spectroscopy)를 이용하여 실험적으로 얻은 펩티드 단편들의 질량(mass) 리스트와 상기 단계 1)의 유력한 후보 펩티드 단편들의 패턴으로부터 생성된 이론적 단편들의 질량(mass) 리스트간의 부합정도를 측정하여 통상의 수치화 시스템을 이용하여 수치화하는 단계;3) 최고의 부합 수치를 나타내는 후보 펩티드를 선택하는 단계;4) 실험적으로 얻은 폴리펩티드 단편들의 질량과 상기 단계 3)에서 선택된 후보 펩티드의 단편 패턴과 다르게 나타나는 단편 패턴으로부터 생성된 이론적 단편 질량간의 부합정도를 추가로 측정하여 수치화하는 단계;5) 상기 단계 3)에서 선택된 최고의 부합 수치와 상기 단계 4)에서 산출된 추가적인 부합 수치를 컴퓨터 연산수단을 통하여 합산하는 단계; 및,6) 상기 단계 5)의 합산된 부합 수치로부터 선택된 후보 펩티드를 보고하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 폴리펩티드(modified polypeptide)의 서열 및 변형정보를 분석하는 방법
2 2
삭제
3 3
제 1항에 있어서, 상기 폴리펩티드는 단백질의 화학적 또는 효소학적 가수분해에 의해 획득되는 것을 특징으로 하는 방법
4 4
제 3항에 있어서, 상기 단백질은 생물학적 환경(media)에서의 수식화 변형(post-translational modification) 또는 분석 과정에서의 화학적 반응에 의하여 변형된 것을 특징으로 하는 방법
5 5
제 1항에 있어서, 폴리펩티드는 구아니디노에탄티올(guanidinoethanethiol), 아미노에탄티올(aminoethanethiol), 머캅토에탄올(mercaptoethanol), 알콕시에탄티올(alkoxyethanethiol), 알칸 티올(alkane thiol) 및 알칸 티올이 연결된 비오틴(biotin linked alkane thiol)으로 구성된 그룹에서 선택되는 태그(tag)로 표지된 펩티드인 것을 특징으로 하는 방법
6 6
제 1항에 있어서, 상기 단계 2)의 실험적으로 얻은 펩티드 단편들의 질량(mass)값들은 탠덤 질량 분석(tandom mass spectrometry) 과정 중 펩티드 골격에서의 단편, 또는 폴리펩티드를 구성하는 아미노산의 곁사슬에서의 단편에 의해 동시적으로 발생하는 단편 이온들로부터 획득되는 것을 특징으로 하는 방법
7 7
제 1항에 있어서, 단계 2) 및 3)에서 이미 수치화하여 선택된 단편들의 질량(mass)값들에 대하여 단계 4)에서 반복적으로 측정하지 않는 것을 특징으로 하는 방법
8 8
1) 질량 분석기(mass spectroscopy)를 이용하여 폴리펩티드 전구체의 질량(mass)들을 측정하고, 상기 질량 분석기(mass spectrometry)에 의하여 얻은 단편 이온 신호들을 이용하여 구성 가능한 모든 펩티드 단편화 패턴을 구성한 후, 이를 단백질 서열 데이터베이스로부터 생성된 이론적 펩티드 질량을 고려하여 각각의 후보 펩티드에 통상의 수치화 시스템을 이용하여 부합수치를 부여한 뒤, 부합정도를 비교하여 유력한 후보 펩티드들의 리스트를 구성하는 단계;2) 질량 분석기(mass spectroscopy)를 이용하여 실험적으로 얻은 펩티드 단편들의 질량(mass) 리스트와 상기 단계 1)의 유력한 후보 펩티드 단편들의 패턴으로부터 생성된 이론적 단편들의 질량(mass) 리스트간의 부합정도를 측정하여 통상의 수치화 시스템을 이용하여 수치화하는 단계;3) 각 후보 펩티드의 단편화 패턴들의 부합 수치(match score)를 컴퓨터 연산수단을 통하여 합산하는 단계;4) 후보 펩티드들 중 최고의 부합 수치를 나타내는 후보 펩티드를 선택하는 단계; 및 5) 상기 폴리펩티드로 선택된 후보 펩티드를 보고하는 단계로 구성되는 것을 특징으로 하는 폴리펩티드의 서열 및 변형정보를 분석하는 방법
9 9
제 8항 있어서, 폴리펩티드는 단백질의 화학적 또는 효소학적 가수분해에 의해 획득되는 것을 특징으로 하는 방법
10 10
제 9항에 있어서, 단백질은 생물학적 완충액에서 수식화 변형이나 분석 과정에서 화학적 반응에 의해 변형된 것을 특징으로 하는 방법
11 11
제 8항에 있어서, 폴리펩티드는 구아니디노에탄티올(guanidinoethanethiol), 아미노에탄티올(aminoethanethiol), 머캅토에탄올(mercaptoethanol), 알콕시에탄티올(alkoxyethanethiol), 알칸 티올(alkane thiol) 및 알칸 티올이 연결된 비오틴(biotin linked alkane thiol)으로 구성된 그룹에서 선택되는 태그로 표지된 펩티드인 것을 특징으로 하는 방법
12 12
제 8항에 있어서, 폴리펩티드의 실험적 단편 질량은 탠덤 질량 분석 과정 중 펩티드 골격의 단편 또는 폴리펩티드를 구성하는 아미노산의 곁사슬의 단편에 의해 동시적으로 발생하는 단편 이온에서 획득한 것을 특징으로 하는 방법
13 13
제 8항에 있어서, 단계 3)에서 후보 펩티드의 실험적 펩티드 질량(mass)과 단백질 서열 데이터베이스로부터 생성된 이론적 펩티드 질량(mass) 간에 이미 부합시켜 수치화한 신호에 대하여 반복적으로 측정하지 않는 것을 특징으로 하는 방법
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1 EP01946119 EP 유럽특허청(EPO) FAMILY
2 EP01946119 EP 유럽특허청(EPO) FAMILY
3 WO2007018327 WO 세계지적재산권기구(WIPO) FAMILY

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순번 패밀리번호 국가코드 국가명 종류
1 AT486287 AT 오스트리아 DOCDBFAMILY
2 DE602005024460 DE 독일 DOCDBFAMILY
3 EP1946119 EP 유럽특허청(EPO) DOCDBFAMILY
4 EP1946119 EP 유럽특허청(EPO) DOCDBFAMILY
5 EP1946119 EP 유럽특허청(EPO) DOCDBFAMILY
6 WO2007018327 WO 세계지적재산권기구(WIPO) DOCDBFAMILY
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