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가상세포시스템을 이용하여 ＮＦκＢ 신호전달경로에서 약물의 항염증 효능을 예측하는 방법

  • 기술번호 : KST2015224040
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 가상세포 시스템에서 약물의 항염증 효능을 예측하는 방법으로서,i) 하기 수학식 1에 약물의 구조에 대한 표현자를 대입하여 IKKβ(IkB kinase beta)의 IC50 (half maximal inhibitory concentration)을 예측하여 출력하는 단계;ii) NF-kB (nuclear factor-kappa B) 신호전달체계의 파라미터로서 시토졸(cytosol)에 존재하는 NF-kB, IkBα(NF-kB inhibitor alpha), 및 IKKβ 의 초기 농도와,상기 약물의 NF-kB 신호전달의 저해율을 입력하는 단계; 및iii) 시간에 따른 NF-kB 신호전달 단백질 또는 전사체의 농도 변화를 예측하여 출력하는 단계를 포함하고:[수학식 1]pIC50 = - 2.79826 + 1.47415 * v + 0.179339 * w - 0.087856 * x + 2.81932 * y + 0.024282 * z상기 식에 대입하는 약물의 표현자로서, 상기 v 는 2차 전기음성도의 자기상관 표현자를 나타내고;상기 w 는 질소(N) 원자와 수소(H) 원자 간 단일결합의 수를 나타내고;상기 x 는 6차 경로의 부분 그래프 수를 나타내고;상기 y 는 6차 MPEOE(Modified Partial Equalization of Orbital Electronegativity) 전하의 자기상관 표현자를 나타내고;상기 z 는 5차의 원자가전자 수를 나타냄을 특징으로 하는, 가상세포 시스템에서 약물의 항염증 효능을 예측하는 방법을 제공한다.
Int. CL G06F 17/10 (2006.01) G06F 19/12 (2011.01)
CPC G06F 19/12(2013.01) G06F 19/12(2013.01) G06F 19/12(2013.01)
출원번호/일자 1020100090594 (2010.09.15)
출원인 사단법인 분자설계연구소
등록번호/일자 10-1335269-0000 (2013.11.21)
공개번호/일자 10-2013-0020851 (2013.03.04) 문서열기
공고번호/일자 (20131212) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2010.09.15)
심사청구항수 15

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 사단법인 분자설계연구소 대한민국 서울특별시 서대문구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 남기엽 대한민국 경기도 고양시 일산서구
2 오원석 대한민국 경기도 수원시 장안구
3 노경태 대한민국 서울특별시 강남구
4 김선영 대한민국 서울특별시 성북구
5 박재성 대한민국 인천광역시 서구
6 강신문 대한민국 경기도 고양시 덕양구
7 김철 대한민국 대전광역시 유성구
8 송미영 대한민국 대전광역시 유성구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 특허법인 남앤남 대한민국 서울특별시 중구 서소문로 ** (서소문동, 정안빌딩 *층)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 사단법인 분자설계연구소 서울특별시 서대문구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application		 2010.09.15 수리 (Accepted) 1-1-2010-0600253-89
2 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search		 2013.03.13 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
3 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search		 2013.03.26 수리 (Accepted) 9-1-2013-0020684-62
4 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2013.03.28 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2013-0213883-16
5 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)		 2013.05.28 수리 (Accepted) 1-1-2013-0472940-26
6 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)		 2013.06.28 수리 (Accepted) 1-1-2013-0585440-26
7 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2013.07.24 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2013-0668044-28
8 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)		 2013.07.24 수리 (Accepted) 1-1-2013-0668042-37
9 등록결정서
Decision to grant		 2013.10.11 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2013-0701319-45
10 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2015.02.12 수리 (Accepted) 4-1-2015-0009099-11
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
입력부 및 연산부를 포함하는 가상세포시스템이 약물의 약효 예측에 관한 정보를 제공하는 방법으로서, 상기 방법은: 목적 약물의 구조에 대한 표현자를 입력하는 단계;상기 입력된 표현자를 하기 수학식 1에 대입하여 IKKβ(IkB kinase beta)의 IC50 (half maximal inhibitory concentration)을 계산하는 단계; 및상기 계산된 IKKβ의 IC50 값으로부터 상기 약물의 약효를 예측하는 단계를 포함하는 것인, 방법:[수학식 1]pIC50 = - 2
2 2
입력부와 연산부를 포함하는 가상세포 시스템에서 약물의 항염증 효능을 예측하는 방법으로서,i) 목적 약물의 구조에 대한 표현자를 입력하고, 상기 입력된 표현자를 하기 수학식 1에 대입하여 IKKβ(IkB kinase beta)의 IC50 (half maximal inhibitory concentration)을 계산하는 단계;ii) NF-kB (nuclear factor-kappa B) 신호전달체계의 파라미터로서 시토졸(cytosol)에 존재하는 NF-kB, IkBα(NF-kB inhibitor alpha), 및 IKKβ 의 초기 농도와, 상기 약물의 NF-kB 신호전달의 저해율을 입력하는 단계; 및iii) 시간에 따른 NF-kB 신호전달 단백질 또는 전사체의 농도 변화를 예측하는 단계를 포함하고:[수학식 1]pIC50 = - 2
3 3
제2항에 있어서,단계 iii)의 NF-kB 신호전달 단백질 또는 전사체는 하기 수학식 2로부터 계산함을 특징으로 하는 방법:[수학식 2]유리된 세포질내 NF-kB 단백질의 농도를 나타내는 상미분방정식(ordinary differential equation, ODE): 상기 상미분방정식에서,a4는 IkBa와 NF-kB의 결합 속도상수 또는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 결합 속도상수이고;d4는 IkBa와 NF-kB의 해리 속도상수 또는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 해리 속도상수이고; r4는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 반응속도이고;deg4는 NF-kB와 복합체를 이룬 구성성 IkBa의 분해속도이고; k1은 NF-kB가 핵 안으로 이동할 때의 속도상수이고;k01은 NF-kB가 핵 밖으로 이동할 때의 속도상수이다
4 4
제2항에 있어서,단계 iii)의 NF-kB 신호전달 단백질 또는 전사체는 하기 수학식 3으로부터 계산함을 특징으로 하는 방법:[수학식 3]유리된 핵내 NF-kB 단백질의 농도를 나타낸 상미분방정식:상기 상미분방정식에서,k1은 NF-kB가 핵 안으로 이동할 때의 속도상수이고;a4는 IkBa와 NF-kB의 결합 속도상수 또는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 결합 속도상수이고;d4는 IkBa와 NF-kB의 해리 속도상수 또는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 해리 속도상수이고; k01은 NF-kB가 핵 밖으로 이동할 때의 속도상수이다
5 5
제2항에 있어서,단계 iii)의 NF-kB 신호전달 단백질 또는 전사체는 하기 수학식 4로부터 계산함을 특징으로 하는 방법:[수학식 4]IkB mRNA 전사체의 농도를 나타내는 상미분방정식:상기 상미분방정식에서,tr2a는 IkBa 구성성(constitutive) mRNA의 합성 속도이고;tr2는 IkBa 유도성(inducible) mRNA의 합성 속도이고;k1은 NF-kB가 핵 안으로 이동할 때의 속도상수이고;tr3은 IkBa mRNA의 분해속도이다
6 6
제2항에 있어서,단계 iii)의 NF-kB 신호전달 단백질 또는 전사체는 하기 수학식 5로부터 계산함을 특징으로 하는 방법:[수학식 5]유리된 세포질내 IkB 단백질의 농도를 나타내는 상미분방정식:상기 상미분방정식에서,a1은 IKK와 IkBa의 결합 속도상수이고;d1은 IKK와 IkBa의 해리 속도상수 또는 IKK와 IkBa-NF-kB 복합체의 해리 속도상수이고; a4는 IkBa와 NF-kB의 결합 속도상수 또는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 결합 속도상수이고;d4는 IkBa와 NF-kB의 해리 속도상수 또는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 해리 속도상수이고; tr1은 구성성 IkBa의 번역 속도이고; deg1은 유리된 구성성 IkBa의 분해속도이고;tp1은 IkBa가 핵 안으로 이동할 때의 속도이고;tp2는 IkBa가 핵 밖으로 이동할 때의 속도이다
7 7
제2항에 있어서,단계 iii)의 NF-kB 신호전달 단백질 또는 전사체는 하기 수학식 6으로부터 계산함을 특징으로 하는 방법:[수학식 6]유리된 핵내 IkB 단백질의 농도를 나타내는 상미분방정식:상기 상미분방정식에서,tp1은 IkBa가 핵 안으로 이동할 때의 속도이고;tp2는 IkBa가 핵 밖으로 이동할 때의 속도이고;a4는 IkBa와 NF-kB의 결합 속도상수 또는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 결합 속도상수이고;d4는 IkBa와 NF-kB의 해리 속도상수 또는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 해리 속도상수이다
8 8
제2항에 있어서,단계 iii)의 NF-kB 신호전달 단백질 또는 전사체는 하기 수학식 7로부터 계산함을 특징으로 하는 방법:[수학식 7]세포질내 IkB-NF-kB 복합체의 농도를 나타내는 상미분방정식:상기 상미분방정식에서,a4는 IkBa와 NF-kB의 결합 속도상수 또는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 결합 속도상수이고;d4는 IkBa와 NF-kB의 해리 속도상수 또는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 해리 속도상수이고; a7은 IKK와 IKBa-NF-kB 복합체의 결합 속도상수이고;d1은 IKK와 IkBa의 해리 속도상수 또는 IKK와 IkBa-NF-kB 복합체의 해리 속도상수이고; k2는 IkBa-NF-kB 복합체가 핵 밖으로 이동할 때의 속도상수이고;deg4는 NF-kB와 복합체를 이룬 구성성 IkBa의 분해속도이다
9 9
제2항에 있어서,단계 iii)의 NF-kB 신호전달 단백질 또는 전사체는 하기 수학식 8로부터 계산함을 특징으로 하는 방법:[수학식 8]핵내 IkB-NF-kB 복합체의 농도를 나타내는 상미분방정식:상기 상미분방정식에서,a4는 IkBa와 NF-kB의 결합 속도상수 또는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 결합 속도상수이고;d4는 IkBa와 NF-kB의 해리 속도상수 또는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 해리 속도상수이고; k2는 IkBa-NF-kB 복합체가 핵 밖으로 이동할 때의 속도상수이다
10 10
제2항에 있어서,단계 iii)의 NF-kB 신호전달 단백질 또는 전사체는 하기 수학식 9로부터 계산함을 특징으로 하는 방법:[수학식 9]유리된 세포질내 IKK 단백질의 농도를 나타내는 상미분방정식:상기 상미분방정식에서,K02는 IKK 농도가 시간에 따라 천천히 줄어드는 속도상수이고;a1은 IKK와 IkBa의 결합 속도상수이고;d1은 IKK와 IkBa의 해리 속도상수 또는 IKK와 IkBa-NF-kB 복합체의 해리 속도상수이고; r1은 IKK와 IkBa의 반응속도이고;a7은 IKK와 IKBa-NF-kB 복합체의 결합 속도상수이고;r4는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 반응속도이다
11 11
제2항에 있어서,단계 iii)의 NF-kB 신호전달 단백질 또는 전사체는 하기 수학식 10으로부터 계산함을 특징으로 하는 방법:[수학식 10]세포질내 IKK-IkB 복합체의 농도를 나타내는 상미분방정식:상기 상미분방정식에서,a1은 IKK와 IkBa의 결합 속도상수이고;d1은 IKK와 IkBa의 해리 속도상수 또는 IKK와 IkBa-NF-kB 복합체의 해리 속도상수이고; r1은 IKK와 IkBa의 반응속도이고;a4는 IkBa와 NF-kB의 결합 속도상수 또는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 결합 속도상수이고;d4는 IkBa와 NF-kB의 해리 속도상수 또는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 해리 속도상수이다
12 12
제2항에 있어서,단계 iii)의 NF-kB 신호전달 단백질 또는 전사체는 하기 수학식 11로부터 계산함을 특징으로 하는 방법:[수학식 11]세포질내 IKK-IkB-NF-kB 복합체의 농도를 나타내는 상미분방정식:상기 상미분방정식에서,a7은 IKK와 IKBa-NF-kB 복합체의 결합 속도상수이고;a4는 IkBa와 NF-kB의 결합 속도상수 또는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 결합 속도상수이고;d1은 IKK와 IkBa의 해리 속도상수 또는 IKK와 IkBa-NF-kB 복합체의 해리 속도상수이고; d4는 IkBa와 NF-kB의 해리 속도상수 또는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 해리 속도상수이고; r4는 IKK-IkBa 복합체와 NF-kB의 반응속도이다
13 13
제2항에 있어서,약물은 한약재임을 특징으로 하는 방법
14 14
i) 목적 약물의 구조에 대한 표현자의 입력부; 및ii) 상기 입력된 표현자를 하기 수학식 1에 대입하여 IKKβ(IkB kinase beta)의 IC50 (half maximal inhibitory concentration)계산하는 연산부를 포함하고, [수학식 1]pIC50 = - 2
15 15
약물의 항염증 효능을 예측하는 가상세포 시스템에 있어서,i) 목적 약물의 구조에 대한 표현자의 제1 입력부; 및ii) 상기 입력된 표현자를 하기 수학식 1에 대입하여 IKKβ(IkB kinase beta)의 IC50 (half maximal inhibitory concentration)계산하는 제1 연산부;iii) NF-kB (nuclear factor-kappa B) 신호전달체계의 파라미터로서 시토졸(cytosol)에 존재하는 NF-kB, IkBα(NF-kB inhibitor alpha), 및 IKKβ 의 초기 농도와,상기 약물의 NF-kB 신호전달의 저해율의 제2 입력부; 및iv) 시간에 따른 NF-kB 신호전달 단백질 또는 전사체의 농도 변화를 계산하는 제2 연산부를 포함하고:[수학식 1]pIC50 = - 2
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1 지식경제부 연세대학교 정보통신산업원천기술개발사업 사이버컴퓨팅기반 e-Organ시스템개발